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万見
- EMDB-21533: CryoEM Structure of Inactive GABAB Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21533
タイトルCryoEM Structure of Inactive GABAB Heterodimer
マップデータInactive state heterodimer of GABAB.
試料
  • 複合体: GABAB Heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / response to nicotine / ミトコンドリア / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / シナプス小胞 / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/SCR/CCP superfamily / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Papasergi-Scott MM / Robertson MJ / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01NS092695-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structures of metabotropic GABA receptor.
著者: Makaía M Papasergi-Scott / Michael J Robertson / Alpay B Seven / Ouliana Panova / Jesper M Mathiesen / Georgios Skiniotis /
要旨: Stimulation of the metabotropic GABA receptor by γ-aminobutyric acid (GABA) results in prolonged inhibition of neurotransmission, which is central to brain physiology. GABA belongs to family C of ...Stimulation of the metabotropic GABA receptor by γ-aminobutyric acid (GABA) results in prolonged inhibition of neurotransmission, which is central to brain physiology. GABA belongs to family C of the G-protein-coupled receptors, which operate as dimers to transform synaptic neurotransmitter signals into a cellular response through the binding and activation of heterotrimeric G proteins. However, GABA is unique in its function as an obligate heterodimer in which agonist binding and G-protein activation take place on distinct subunits. Here we present cryo-electron microscopy structures of heterodimeric and homodimeric full-length GABA receptors. Complemented by cellular signalling assays and atomistic simulations, these structures reveal that extracellular loop 2 (ECL2) of GABA has an essential role in relaying structural transitions by ordering the linker that connects the extracellular ligand-binding domain to the transmembrane region. Furthermore, the ECL2 of each of the subunits of GABA caps and interacts with the hydrophilic head of a phospholipid that occupies the extracellular half of the transmembrane domain, thereby providing a potentially crucial link between ligand binding and the receptor core that engages G proteins. These results provide a starting framework through which to decipher the mechanistic modes of signal transduction mediated by GABA dimers, and have important implications for rational drug design that targets these receptors.
履歴
登録2020年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月1日-
マップ公開2020年7月1日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0168
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0168
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w2x
  • 表面レベル: 0.0168
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Inactive state heterodimer of GABAB.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 380 pix.
= 323.798 Å		0.85 Å/pix.
x 380 pix.
= 323.798 Å		0.85 Å/pix.
x 380 pix.
= 323.798 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0168 / ムービー #1: 0.0168
最小 - 最大-0.14691305 - 0.17749089
平均 (標準偏差)0.0000944169 (±0.0022107814)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 323.798 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.85210.85210.8521
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.798323.798323.798
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.1470.1770.000

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添付データ

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追加マップ: Inactive state heterodimer of GABAB focused refinement on...

ファイルemd_21533_additional.map
注釈Inactive state heterodimer of GABAB focused refinement on VFT and linker region.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GABAB Heterodimer

全体名称: GABAB Heterodimer
要素
  • 複合体: GABAB Heterodimer
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: GABAB Heterodimer

超分子名称: GABAB Heterodimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 94.17357 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW ...文字列:
DYKDDDDKSH SPHLPRPHSR VPPHPSSERR AVYIGALFPM SGGWPGGQAC QPAVEMALED VNSRRDILPD YELKLIHHDS KCDPGQATK YLYELLYNDP IKIILMPGCS SVSTLVAEAA RMWNLIVLSY GSSSPALSNR QRFPTFFRTH PSATLHNPTR V KLFEKWGW KKIATIQQTT EVFTSTLDDL EERVKEAGIE ITFRQSFFSD PAVPVKNLKR QDARIIVGLF YETEARKVFC EV YKERLFG KKYVWFLIGW YADNWFKIYD PSINCTVDEM TEAVEGHITT EIVMLNPANT RSISNMTSQE FVEKLTKRLK RHP EETGGF QEAPLAYDAI WALALALNKT SGGGGRSGVR LEDFNYNNQT ITDQIYRAMN SSSFEGVSGH VVFDASGSRM AWTL IEQLQ GGSYKKIGYY DSTKDDLSWS KTDKWIGGSP PADQTLVIKT FRFLSQKLFI SVSVLSSLGI VLAVVCLSFN IYNSH VRYI QNSQPNLNNL TAVGCSLALA AVFPLGLDGY HIGRNQFPFV CQARLWLLGL GFSLGYGSMF TKIWWVHTVF TKKEEK KEW RKTLEPWKLY ATVGLLVGMD VLTLAIWQIV DPLHRTIETF AKEEPKEDID VSILPQLEHC SSRKMNTWLG IFYGYKG LL LLLGIFLAYE TKSVSTEKIN DHRAVGMAIY NVAVLCLITA PVTMILSSQQ DAAFAFASLA IVFSSYITLV VLFVPKMR R LITRGEWQSE AQDTMKTGSS TNNNEEEKSR LLEKENRELE KIIAEKEERV SELRHQLQSR QQLRSRRHPP TPPEPSGGL PRGPPEPPDR LSCDGSRVHL LYKHHHHHH

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.799164 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDKWA RGAPRPPPSS PPLSIMGLMP LTKEVAKGSI GRGVLPAVEL AIEQIRNESL LRPYFLDLRL YDTECDNAKG LKAFYDAIK YGPNHLMVFG GVCPSVTSII AESLQGWNLV QLSFAATTPV LADKKKYPYF FRTVPSDNAV NPAILKLLKH Y QWKRVGTL ...文字列:
DYKDDDDKWA RGAPRPPPSS PPLSIMGLMP LTKEVAKGSI GRGVLPAVEL AIEQIRNESL LRPYFLDLRL YDTECDNAKG LKAFYDAIK YGPNHLMVFG GVCPSVTSII AESLQGWNLV QLSFAATTPV LADKKKYPYF FRTVPSDNAV NPAILKLLKH Y QWKRVGTL TQDVQRFSEV RNDLTGVLYG EDIEISDTES FSNDPCTSVK KLKGNDVRII LGQFDQNMAA KVFCCAYEEN MY GSKYQWI IPGWYEPSWW EQVHTEANSS RCLRKNLLAA MEGYIGVDFE PLSSKQIKTI SGKTPQQYER EYNNKRSGVG PSK FHGYAY DGIWVIAKTL QRAMETLHAS SRHQRIQDFN YTDHTLGRII LNAMNETNFF GVTGQVVFRN GERMGTIKFT QFQD SREVK VGEYNAVADT LEIINDTIRF QGSEPPKDKT IILEQLRKIS LPLYSILSAL TILGMIMASA FLFFNIKNRN QKLIK MSSP YMNNLIILGG MLSYASIFLF GLDGSFVSEK TFETLCTVRT WILTVGYTTA FGAMFAKTWR VHAIFKNVKM KKKIIK DQK LLVIVGGMLL IDLCILICWQ AVDPLRRTVE KYSMEPDPAG RDISIRPLLE HCENTHMTIW LGIVYAYKGL LMLFGCF LA WETRNVSIPA LNDSKYIGMS VYNVGIMCII GAAVSFLTRD QPNVQFCIVA LVIIFCSTIT LCLVFVPKLI TLRTNPDA A TQNRRFQFTQ NQKKEDSKTS TSVTSVNQAS TSRLEGLQSE NHRLRMKITE LDKDLEEVTM QLQDTPEKTT YIKQNHYQE LNDILNLGNF TESTDGGKAI LKNHLDQNPQ LQWNTTEPSR TCKDPIEDIN SPEHIQRRLS LQLPILHHAY LPSIGGVDAS CVSPCVSPT ASPRHRHVPP SFRVMVSGL

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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分子 #5: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadeca...

分子名称: (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: L9Q
分子量理論値: 746.05 Da
Chemical component information

ChemComp-L9Q:
(1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate / [S,(-)]-1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-D-グリセロ-ル3-(りん酸2-アミノエチル)

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分子 #6: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidany...

分子名称: [(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SGG
分子量理論値: 402.252 Da
Chemical component information

ChemComp-SGG:
[(2~{S})-3-[[(1~{S})-1-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]amino]-2-oxidanyl-propyl]-(phenylmethyl)phosphinic acid / CGP-55845A

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.004 %C56H92O25glyco-diosgenin (GDN)
0.0004 %C31H50O4Cholesterol hemisuccinate
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 3.5 sec. / 平均電子線量: 60.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2601040
CTF補正ソフトウェア: (名称: RELION (ver. 3.0), RELION (ver. 3.1))
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 286140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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