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万見
- EMDB-21145: Structure of the bovine BBSome:ARL6:GTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21145
タイトルStructure of the bovine BBSome:ARL6:GTP complex
マップデータBBSome:ARL6:GTP complex. Post-processed map.
試料
  • 複合体: Bovine BBSome:ARL6:GTP complex
    • 複合体: BBSome complex
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: ADP-ribosylation factor-like protein 6
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードCilia (繊毛) / ciliopathy (繊毛病) / complex / membrane-protein transport / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


BBSome binding / establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity ...BBSome binding / establishment of anatomical structure orientation / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / multi-ciliated epithelial cell differentiation / receptor localization to non-motile cilium / renal tubule development / BBSome / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / smoothened binding / establishment of planar polarity / axonemal microtubule / photoreceptor connecting cilium / inner ear receptor cell stereocilium organization / patched binding / olfactory bulb development / membrane coat / protein localization to cilium / non-motile cilium assembly / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / non-motile cilium / regulation of stress fiber assembly / 繊毛 / protein targeting to membrane / centrosome cycle / ciliary membrane / 中心体マトリックス / fat cell differentiation / axoneme / intracellular transport / cilium assembly / centriolar satellite / protein polymerization / vesicle-mediated transport / ciliary basal body / 軸索誘導 / protein localization to plasma membrane / phospholipid binding / intracellular protein transport / multicellular organism growth / 繊毛 / protein localization / regulation of protein localization / protein transport / sensory perception of smell / protein-macromolecule adaptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / neuron projection / GTPase activity / 中心体 / GTP binding / 生体膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein ...ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein / Bardet-Biedl syndrome 2 protein / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal domain / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, C-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 2, middle region / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / DM16 repeat / Cilia BBSome complex subunit 10 / Tetratricopeptide repeat protein 8 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein/sex-determination protein fem-3 / Bardet-Biedl syndrome 5 protein / Cilia BBSome complex subunit 10 / Repeats in sea squirt COS41.4, worm R01H10.6, fly CG1126 etc. / Parathyroid hormone-responsive B1 / PTHB1, N-terminal domain / PTHB1, C-terminal domain / PTHB1 N-terminus / PTHB1 C-terminus / Bardet-Biedl syndrome 1 protein / Bardet-Biedl syndrome 1, N-terminal / Ciliary BBSome complex subunit 1 / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Tetratricopeptide repeat / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 9 / Bardet-Biedl syndrome 1 / Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / Tetratricopeptide repeat domain 8 / BBSome interacting protein 1 / ADP-ribosylation factor-like protein 6 / Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Singh SK / Gui M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structure and activation mechanism of the BBSome membrane protein trafficking complex.
著者: Sandeep K Singh / Miao Gui / Fujiet Koh / Matthew Cj Yip / Alan Brown /
要旨: Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS ...Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a currently incurable ciliopathy caused by the failure to correctly establish or maintain cilia-dependent signaling pathways. Eight proteins associated with BBS assemble into the BBSome, a key regulator of the ciliary membrane proteome. We report the electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures of the native bovine BBSome in inactive and active states at 3.1 and 3.5 Å resolution, respectively. In the active state, the BBSome is bound to an Arf-family GTPase (ARL6/BBS3) that recruits the BBSome to ciliary membranes. ARL6 recognizes a composite binding site formed by BBS1 and BBS7 that is occluded in the inactive state. Activation requires an unexpected swiveling of the β-propeller domain of BBS1, the subunit most frequently implicated in substrate recognition, which widens a central cavity of the BBSome. Structural mapping of disease-causing mutations suggests that pathogenesis results from folding defects and the disruption of autoinhibition and activation.
履歴
登録2019年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月29日-
マップ公開2020年1月29日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6vbv
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21145.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21145.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BBSome:ARL6:GTP complex. Post-processed map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.09028247 - 0.1276134
平均 (標準偏差)-0.00007061716 (±0.004018769)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z339.200339.200339.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0900.128-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_21145_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_21145_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_21145_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #4

ファイルemd_21145_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: BBSome:ARL6:GTP complex. Unfiltered map

ファイルemd_21145_additional_1.map
注釈BBSome:ARL6:GTP complex. Unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: BBSome:ARL6:GTP complex. Chimeric map following multibody refinement.

ファイルemd_21145_additional_2.map
注釈BBSome:ARL6:GTP complex. Chimeric map following multibody refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post-processed multibody map for the BBSome body

ファイルemd_21145_additional_3.map
注釈Post-processed multibody map for the BBSome body
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post-processed multibody map for the BBSome head

ファイルemd_21145_additional_4.map
注釈Post-processed multibody map for the BBSome head
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post-processed multibody map for the BBS1-ARL6 interaction.

ファイルemd_21145_additional_5.map
注釈Post-processed multibody map for the BBS1-ARL6 interaction.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BBSome:ARL6:GTP complex. Half map 1

ファイルemd_21145_half_map_1.map
注釈BBSome:ARL6:GTP complex. Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: BBSome:ARL6:GTP complex. Half map 2

ファイルemd_21145_half_map_2.map
注釈BBSome:ARL6:GTP complex. Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Bovine BBSome:ARL6:GTP complex

全体名称: Bovine BBSome:ARL6:GTP complex
要素
  • 複合体: Bovine BBSome:ARL6:GTP complex
    • 複合体: BBSome complex
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 18 proteinBardet–Biedl syndrome
      • タンパク質・ペプチド: BBS1 domain-containing protein
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homologBardet–Biedl syndrome
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homologBardet–Biedl syndrome
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homologBardet–Biedl syndrome
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homologBardet–Biedl syndrome
      • タンパク質・ペプチド: Tetratricopeptide repeat domain 8Tetratricopeptide repeat
      • タンパク質・ペプチド: Bardet-Biedl syndrome 9Bardet–Biedl syndrome
    • 複合体: ADP-ribosylation factor-like protein 6
      • タンパク質・ペプチド: ADP-ribosylation factor-like protein 6
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸

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超分子 #1: Bovine BBSome:ARL6:GTP complex

超分子名称: Bovine BBSome:ARL6:GTP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Native BBSome complex isolated from bovine retina and incubated with recombinant bovine ARL6 in the presence of GTP.
分子量理論値: 500 KDa

+
超分子 #2: BBSome complex

超分子名称: BBSome complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina

+
超分子 #3: ADP-ribosylation factor-like protein 6

超分子名称: ADP-ribosylation factor-like protein 6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
分子 #1: Bardet-Biedl syndrome 18 protein

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 18 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 8.070502 KDa
配列文字列:
MAETKSMFRE VLPKQGQLYV EDITTMVLCK PKLLPLKSLT LEKLEKMQQA AQDTIHQQEM TEKEQKITH

UniProtKB: BBSome interacting protein 1

+
分子 #2: BBS1 domain-containing protein

分子名称: BBS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 64.939141 KDa
配列文字列: MAATSSSDSD GGKGESEANS KWLDSLSDSM ANIHTFSACL ALADFHGDGE YKLAMGDLGP DGRQPRLKVL KGHTLVSQKP LPDLPAAAV TFLMASHEPR TPALAIASGP CVYVYKNLKP YFKFSLPSLP TNPLEQDLWN QAKEDQIDPL TLKEMLEGIR E KAEVPLSV ...文字列:
MAATSSSDSD GGKGESEANS KWLDSLSDSM ANIHTFSACL ALADFHGDGE YKLAMGDLGP DGRQPRLKVL KGHTLVSQKP LPDLPAAAV TFLMASHEPR TPALAIASGP CVYVYKNLKP YFKFSLPSLP TNPLEQDLWN QAKEDQIDPL TLKEMLEGIR E KAEVPLSV QSLRFLPLEL SEMEAFVNQH KSKSIRRQTV ITTMTTLKKN LADEDAVSCL VLGTENKELL VLDPEAFTIL AK MSLPSVP AFLEASGQFD VEFRLAAACR NGSIYILRRD SKRPKYCIEL GAQPVGLVGV HKVLVVGSNQ DSLHGFTYKG KRL WTVQMP AAILAMNLLE QHSRGLQAVM AALANEEVRI YHDKVLLNVI RTPEAVTSLC FGRYGREDNT LIMTTLGGGL IIKI LKRTA VFAEGGGEAG PPPSQAIKLN VPRKTRLYVD QTLREREAGT AMHRTFQADL YLLRLRAARA YVQALESSLS PVSLT AREP LKLHAVVQGL GPTFKLTLHL QNTSTARPIL GLVVCFLYNE VLYALPRAFF KVPLLVPGLN YPLETFVKSL SDKGIS DII KVLVLREGQS TPLLSAHINM PMSEGLAAD

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 1

+
分子 #3: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 79.911484 KDa
配列文字列: MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLLN INQTVSCLTA GVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG ASAIVLGTLG DITSPLAIIG GNCALQGFNH EGNDLFWTVT G DNVHSLAL ...文字列:
MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLLN INQTVSCLTA GVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG ASAIVLGTLG DITSPLAIIG GNCALQGFNH EGNDLFWTVT G DNVHSLAL CDFDGDGKKE LLVGSEDFDI RVFKEDEIVA EMSETEIITS LCPMYGSRFG YALSNGTVGV YDKTARYWRI KS KNQAMSI HAFDLNSDGV CELITGWSNG KVDARSDRTG EVIFKDNFSS AIAGVVEGDY RMEGCQQLIC CSVDGEIRGY LPG TAEMRG NLMDISVEQD LIRELSQKKQ NLLLELRNYE ENAKAELSSP LNEADGHRGV IPANTKHHTA LSVSLGSEAQ AAHA ELCIS TSNDTIIRAV LIFAEGVFAG ESHVVHPSVH HLSSSVRIPI TPPKDIPVDL HLKTFVGYRS STQFHVFELT RQLPR FSMY ALTSPDPASE PLSYVNFIIA ERAQRVVMWL NQNFLLPEDT NIQNAPFQVC FTSLRNGGQL YIKIKLSGEI TVNTDD IDL AGDIIQSMAS FFAIEDLQVE ADFPVYFEEL RKVLVKVDEY HSVHQKLSAD MADNSNLIRS LLVQAEDARL MRDMKTM KN RYKELYDLNK DLLNGYKIRC NNHTELLGSL KAVNQAIQRA GHLRVGKPKN QVITACRDAI RSNNINMLFR IMRVGTAS S

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 2 protein homolog

+
分子 #4: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 58.289133 KDa
配列文字列: MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYAI YVQALIFRLE GNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA AIEVYNEAAK LNQKDWEICH NLGVCYIYLK QFDKAQDQLH N ALHLNRHD ...文字列:
MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYAI YVQALIFRLE GNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA AIEVYNEAAK LNQKDWEICH NLGVCYIYLK QFDKAQDQLH N ALHLNRHD LTYIMLGKIF LLKGDLDKAI EIYKKAVEFS PENTELLTTL GLLYLQLGIY QKAFEHLGNT LTYDPTNYKA IL AAGSMMQ THGDFDVALT KYKVVACAVI ESPPLWNNIG MCFFGKKKYV AAISCLKRAN YLAPLDWKIL YNLGLVHLTM QQY ASAFHF LSAAINFQPK MGELYMLLAV ALTNLEDSEN AKRAYEEAVR LDKCNPLVNL NYAVLLYNQG EKRDALAQYQ EMEK KVNLL KYSSSLEFDP EMVEVAQKLG AALQVGEALV WTKPVKDPKS KHQTASTSKA AGFQQPLGSN QALGQAMSSA ATCRK LSSG AGGTSQLTKP PSLPLEPEPT VEAQPTEASA QTREK

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 4 protein homolog

+
分子 #5: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 38.880984 KDa
配列文字列: MSVLDALWED RDVRFDVSSQ QMKTRPGEVL IDCLDSVEDT KGNNGDRGRL LVTNLRIVWH SLALPRVNLS IGYNCILNIT TRTANSKLR GQTEALYVLT KCNSTRFEFI FTNLVPGSPR LYTSLIAVHR AYETSKMYRD FKLRSALIQN KQLRLLPQEN V YNKINGVW ...文字列:
MSVLDALWED RDVRFDVSSQ QMKTRPGEVL IDCLDSVEDT KGNNGDRGRL LVTNLRIVWH SLALPRVNLS IGYNCILNIT TRTANSKLR GQTEALYVLT KCNSTRFEFI FTNLVPGSPR LYTSLIAVHR AYETSKMYRD FKLRSALIQN KQLRLLPQEN V YNKINGVW NLSSDQGNLG TFFITNVRIV WHANMNDSFN VSIPYLQIRS VKIRDSKFGL ALVIESSQQS GGYVLGFKID PV EKLQESV KEINSLHKVY SANPIFGVDY EMEEKPQPLE ALTVKQIQDD VEIDSDDHTD AFVAYFADGN KQQDREPVFS EEL GLAIEK LKDGFTLQGL WEVMN

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 5 protein homolog

+
分子 #6: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 80.471375 KDa
配列文字列: MDLNLNRADY LQVGVTSQKT MKLLPASKHR ATQKVVVGDH DGIVMCFGMK KGEAVTVFKT LPGQKIARLE LGGALNTPQE KIFIAAGSE IRGFTKRGKQ FLSFETNLTE SIKAMHISGS DLFLSASYIY NHYCDCKDQH YYLSGDKIND VICLPVERLL R EVPVLACQ ...文字列:
MDLNLNRADY LQVGVTSQKT MKLLPASKHR ATQKVVVGDH DGIVMCFGMK KGEAVTVFKT LPGQKIARLE LGGALNTPQE KIFIAAGSE IRGFTKRGKQ FLSFETNLTE SIKAMHISGS DLFLSASYIY NHYCDCKDQH YYLSGDKIND VICLPVERLL R EVPVLACQ DRVLRVLQGS DVTYEIEVPG PPTVLALHNG NGGDSGEDLL FGTSDGKLGL IQITTSKPIH KWEIRNEKKR GG ILCVDSF DIVGDGVKDL LVGRDDGMVE VYGFDNANEP VLRFDHTLSE SVTSIQGGCV GKDGYDEIVV STYSGWITGL TTE PVHKES GPGEELKFNQ EMQNKISSLR SELEQLQYKV LQEREKYQQS SQSSKAKSAV PSFSVNDKFT LNKDDASYSL ILEV QTAID NVLIQSDVPI DLLDVDKNSA VVSFSSCDSE SNDNFLLATY RCQANTTRLE LKIRSIEGQY GTLQAYVTPR IQPKT CQVR QYHIKPLSLH QRTHFIDHDR PMNTLTLTGQ FSFSELHSWV VFCMPEVPEK PPAGECVTFY FQNTFLDTQL ESTYRK GEG VFKSDNISTI SILKDVLSKE ATKRKINLNI SYEINEVSVK HTLKLIHPKL EYQLLLAKKV QLIDALKELQ VHEGNTN FL IPEYRCILEE ADHLQEEYKK QPAHLERLYG MITDLFIDKF KFKGTNVKTK VPLLLEILDS YDQNALIAFF DAA

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 7 protein homolog

+
分子 #7: Tetratricopeptide repeat domain 8

分子名称: Tetratricopeptide repeat domain 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 56.686406 KDa
配列文字列: MEPLLLAWSY FRRRRFQLCA DLCTQMLEKS PCDQAAWILK ARALTEMVYV DEIDVDEEGI AEMILDENAI AQVPRPGTSL KLPGTNQTG GPSPAVRPVT QAGRPITGFL RPSTQSGRPG TIEQAIKTPR TAYTARPIAS SSGRFVRLGT ASMLTSPDGP F INLSRLNL ...文字列:
MEPLLLAWSY FRRRRFQLCA DLCTQMLEKS PCDQAAWILK ARALTEMVYV DEIDVDEEGI AEMILDENAI AQVPRPGTSL KLPGTNQTG GPSPAVRPVT QAGRPITGFL RPSTQSGRPG TIEQAIKTPR TAYTARPIAS SSGRFVRLGT ASMLTSPDGP F INLSRLNL AKYAQKPKLA KALFEYIFHH ENDVKTALDL AALSTEHSQY KDWWWKVQIG KCYYRLGLYR EAEKQFKSAL KQ QEMVDTF LYLAKVYISL DQPLTALNLF KQGLDKFPGE VTLLCGIARI YEEMNNISSA TEYYKEVLKQ DNTHVEAIAC IGS NHFYTD QPEVALRFYR RLLQMGVYNC QLFNNLGLCC FYAQQYDMTL TSFERALSLA ENEEEVADVW YNLGHVAVGT GDTN LAHQC FRLALVSNNQ HAEAYNNLAV LEMRRGHVEQ AKALLQTASS LAPHMYEPHF NFATISDKIG DLQRSYAAAK KSEAA FPDH VDTQHLIKQL EQHFAML

UniProtKB: Tetratricopeptide repeat domain 8

+
分子 #8: Bardet-Biedl syndrome 9

分子名称: Bardet-Biedl syndrome 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 器官: Eye / 組織: Retina
分子量理論値: 99.230914 KDa
配列文字列: MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLLL EVHLRDPILQ VEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN QYQIKLMYEH NLQRTACNMT YGSFGGVKGR DLICIQSVDG M LMVFEQES ...文字列:
MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLLL EVHLRDPILQ VEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN QYQIKLMYEH NLQRTACNMT YGSFGGVKGR DLICIQSVDG M LMVFEQES YAFGRFLPGS LLPGPLAYSS RTDSFITVSS CHQVESYKYQ VLAFATDADK RQETEQQKHG SGKRLVVDWT LN IGEQAID ICIVSFIQSA SSVFVLGERN FFCLKDNGQI QFMKKLDYSP SCFLPYCSVS EGTINTLIGN HNNMLHIYQD VTL KWATQL PHVPVAVRVG CLHDLKGVIV TLSDDGHLQC SYLGTDPSLF QAPKVESREL NYDELDMELK ELQKVIKNVN KSQD VWPLT EREDDLKVSA MVSPNFDSVS QATDVEVGAD LVPSVTVKVT LKNRVALQKI KLSIYVQPPL VLTGDQFTFE FMAPE MTRT VGFSVYLKGS YSPPELEGNA VVSYSRPTER NPDGIPRVSQ CKFRLPLKLV CLPGQPSKTA SHKLTIDTNK SPVSLL SLF PGFAKQSEDD QVNVMGFRFL GGSQVTLLAS KTSQRYRIQS EQFEDLWLIT NELIIRLQEY FEKQGIKDFT CSFSGSV PL EEYFELIDHH FELRINGEKL EELLSERAVQ FRAIQRRLLT RFKDKTPAPL QHLDTLLDGT YKQVIALADA VEENQDNL F QSFTRLKSAT HLVILLIGLW QKLSADQIAI LEAAFLPLQQ DTQELGWEET VDAALSHLLK TCLSKSSKEQ ALNLNSQLG IPKDTSQLKK HITLFCDRLA KGGRLCLSTD AAAPQTMVMP GGCATIPESD LEGRSIDQDS SELFTNHKHL MVETPVPEVS PLQGVTE

UniProtKB: Bardet-Biedl syndrome 9

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分子 #9: ADP-ribosylation factor-like protein 6

分子名称: ADP-ribosylation factor-like protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.086486 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGLLDRLSGL LGLKKKEVHV LCLGLDNSGK TTIINKLKPS NAQSQDIVPT IGFSIQKFKS SSLSFTVFDM SGQGRYRNLW EHYYKEGQA IIFVIDSSDK LRMVVAKEEL RTLLNHPDIK HRRIPILFFA NKMDLRDALT SVKVSQLLCL EDIKDKPWHI C ASDAIKGE GLQEGVDWLQ DQIQSVKT

UniProtKB: ADP-ribosylation factor-like protein 6

+
分子 #10: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #11: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
220.0 mMNaCl塩化ナトリウム
5.0 mMMgCl2
4.0 mMbeta-mercaptoethanol2-メルカプトエタノール
1.0 mMGTP
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: Grids were blotted for 2 s with a -2 offset..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9408 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial map for the BBSome was generated using RELION's implementation of the stochastic gradient descent algorithm using default parameters and a mask diameter of 280 Angstrom.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 75201
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細During refinement, the resolution limit was set to 3.5 Angstrom. Secondary structure, Ramachandran and rotamer restraints were applied during refinement.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 43.6 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6vbv:
Structure of the bovine BBSome:ARL6:GTP complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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