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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20831 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction shows that the needle complex's inner rings from Salmonella assemble with 23-fold symmetry in the absence of the export apparatus. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Butan C / Galan J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: High-resolution view of the type III secretion export apparatus in situ reveals membrane remodeling and a secretion pathway. 著者: Carmen Butan / Maria Lara-Tejero / Wenwei Li / Jun Liu / Jorge E Galán / 要旨: Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into ...Type III protein secretion systems are essential virulence factors for many important pathogenic bacteria. The entire protein secretion machine is composed of several substructures that organize into a holostructure or injectisome. The core component of the injectisome is the needle complex, which houses the export apparatus that serves as a gate for the passage of the secreted proteins through the bacterial inner membrane. Here, we describe a high-resolution structure of the export apparatus of the type III secretion system in association with the needle complex and the underlying bacterial membrane, both in isolation and in situ. We show the precise location of the core export apparatus components within the injectisome and bacterial envelope and demonstrate that their deployment results in major membrane remodeling and thinning, which may be central for the protein translocation process. We also show that InvA, a critical export apparatus component, forms a multiring cytoplasmic conduit that provides a pathway for the type III secretion substrates to reach the entrance of the export gate. Combined with structure-guided mutagenesis, our studies provide major insight into potential mechanisms of protein translocation and injectisome assembly. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20831.map.gz | 140.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20831-v30.xml emd-20831.xml | 9.2 KB 9.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20831_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20831.png | 329.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20831 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20831 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of PrgH and PrgK, the protein components of the inner rin...
全体 | 名称: Complex of PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of Salmonella's needle complex, assembled in the absence of the export apparatus. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of PrgH and PrgK, the protein components of the inner rin...
超分子 | 名称: Complex of PrgH and PrgK, the protein components of the inner rings of Salmonella's needle complex, assembled in the absence of the export apparatus. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |