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- EMDB-20584: A potent cross-neutralizing antibody targeting the fusion glycopr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20584
タイトルA potent cross-neutralizing antibody targeting the fusion glycoprotein inhibits Nipah virus and Hendra virus infection
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment
    • 複合体: Fusion glycoprotein F0
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5B3 antibody
      • タンパク質・ペプチド: 5B3 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 5B3 antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Nipah virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dang HV / Chan YP / Park YJ / Snijder J / Da Silva SC / Vu B / Yan L / Feng YR / Rockx B / Geisbert T ...Dang HV / Chan YP / Park YJ / Snijder J / Da Silva SC / Vu B / Yan L / Feng YR / Rockx B / Geisbert T / Mire CE / Broder CB / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)120553 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2019
タイトル: An antibody against the F glycoprotein inhibits Nipah and Hendra virus infections.
著者: Ha V Dang / Yee-Peng Chan / Young-Jun Park / Joost Snijder / Sofia Cheliout Da Silva / Bang Vu / Lianying Yan / Yan-Ru Feng / Barry Rockx / Thomas W Geisbert / Chad E Mire / Christopher C ...著者: Ha V Dang / Yee-Peng Chan / Young-Jun Park / Joost Snijder / Sofia Cheliout Da Silva / Bang Vu / Lianying Yan / Yan-Ru Feng / Barry Rockx / Thomas W Geisbert / Chad E Mire / Christopher C Broder / David Veesler /
要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness with fatality rates of 50-100%. No vaccines or licensed ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness with fatality rates of 50-100%. No vaccines or licensed therapeutics currently exist to protect humans against NiV or HeV. HNVs enter host cells by fusing the viral and cellular membranes via the concerted action of the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins, the main targets of the humoral immune response. Here, we describe the isolation and humanization of a potent monoclonal antibody cross-neutralizing NiV and HeV. Cryo-electron microscopy, triggering and fusion studies show the antibody binds to a prefusion-specific quaternary epitope, conserved in NiV F and HeV F glycoproteins, and prevents membrane fusion and viral entry. This work supports the importance of the HNV prefusion F conformation for eliciting a robust immune response and paves the way for using this antibody for prophylaxis and post-exposure therapy with NiV- and HeV-infected individuals.
履歴
登録2019年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年10月9日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.9
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  • 表面レベル: 0.9
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  • 原子モデル: PDB-6tys
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6tys
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-2.974538 - 4.6816626
平均 (標準偏差)0.005286577 (±0.09749216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 350.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.371.371.37
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.720350.720350.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.9754.6820.005

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_20584_additional.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antib...

全体名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment
要素
  • 複合体: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment
    • 複合体: Fusion glycoprotein F0
      • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • 複合体: 5B3 antibody
      • タンパク質・ペプチド: 5B3 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 5B3 antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antib...

超分子名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Fusion glycoprotein F0

超分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 5B3 antibody

超分子名称: 5B3 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nipah virus (ウイルス)
分子量理論値: 59.704781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN CTHDLDYKDD DDKVGDVRLA GVIMAGVCIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI E STNEAVVK ...文字列:
MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN CTHDLDYKDD DDKVGDVRLA GVIMAGVCIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI E STNEAVVK LQETAEKTVY VLTALQDYIN TNLVPTIDKI SCKQTELSLD LALSKYLSDL LFVFGPNLQD PVSNSMTIQA IS QAFGGNY ETLLRTLGYA TEDFDDLLES DSITGQIIYV DLSSYYIIVR VYFPILTEIQ QAYIQELLPV SFNNDNSEWI SIV PNFILV RNTLISNIEI GFCLITKRSV ICNQDYATPM TNNMRECLTG STEKCPRELV VSSHVPRFAL SNGVLFANCI SVTC QCQTT GRAISQSGEQ TLLMIDNTTC PTAVLGNVII SLGKYLGSVN YNSEGIAIGP PVFTDKVDIS SQISSMNQSL QQSKD YIKE AQRLLDTVNP SLISMLSMMK QIEDKIEEIL SKIYHIENEI ARIKKLIGER IDGR

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分子 #2: 5B3 antibody heavy chain

分子名称: 5B3 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.245752 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS SYDMSWVRQT PEKRLEWVAM ISSGGSYSYY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSE DTAMYYCARQ GDYAWFAYWG QGTLVTVSSA S

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分子 #3: 5B3 antibody light chain

分子名称: 5B3 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.517844 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIQMTQSPAS QSASLGESVT ITCLASQTIG TWLAWYQQKP GKSPQLLIYA ATSLADGVPS RFSGSGSGTK FSFKISSLQA EDFVSYYCQ QFYSTPFTFG GGTKLEIK

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 38721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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