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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20584 | |||||||||
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タイトル | A potent cross-neutralizing antibody targeting the fusion glycoprotein inhibits Nipah virus and Hendra virus infection | |||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nipah virus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang HV / Chan YP / Park YJ / Snijder J / Da Silva SC / Vu B / Yan L / Feng YR / Rockx B / Geisbert T ...Dang HV / Chan YP / Park YJ / Snijder J / Da Silva SC / Vu B / Yan L / Feng YR / Rockx B / Geisbert T / Mire CE / Broder CB / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: An antibody against the F glycoprotein inhibits Nipah and Hendra virus infections. 著者: Ha V Dang / Yee-Peng Chan / Young-Jun Park / Joost Snijder / Sofia Cheliout Da Silva / Bang Vu / Lianying Yan / Yan-Ru Feng / Barry Rockx / Thomas W Geisbert / Chad E Mire / Christopher C ...著者: Ha V Dang / Yee-Peng Chan / Young-Jun Park / Joost Snijder / Sofia Cheliout Da Silva / Bang Vu / Lianying Yan / Yan-Ru Feng / Barry Rockx / Thomas W Geisbert / Chad E Mire / Christopher C Broder / David Veesler / 要旨: Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness with fatality rates of 50-100%. No vaccines or licensed ...Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) are zoonotic henipaviruses (HNVs) responsible for outbreaks of encephalitis and respiratory illness with fatality rates of 50-100%. No vaccines or licensed therapeutics currently exist to protect humans against NiV or HeV. HNVs enter host cells by fusing the viral and cellular membranes via the concerted action of the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins, the main targets of the humoral immune response. Here, we describe the isolation and humanization of a potent monoclonal antibody cross-neutralizing NiV and HeV. Cryo-electron microscopy, triggering and fusion studies show the antibody binds to a prefusion-specific quaternary epitope, conserved in NiV F and HeV F glycoproteins, and prevents membrane fusion and viral entry. This work supports the importance of the HNV prefusion F conformation for eliciting a robust immune response and paves the way for using this antibody for prophylaxis and post-exposure therapy with NiV- and HeV-infected individuals. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20584.map.gz | 2.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20584-v30.xml emd-20584.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20584.png | 171.4 KB | ||
その他 | emd_20584_additional.map.gz | 32.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20584 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20584 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_20584_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antib...
全体 | 名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antib...
超分子 | 名称: Nipah virus fusion (F) glycoprotein in complex with the 5B3 antibody Fab fragment タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Fusion glycoprotein F0
超分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Nipah virus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 5B3 antibody
超分子 | 名称: 5B3 antibody / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nipah virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 59.704781 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN CTHDLDYKDD DDKVGDVRLA GVIMAGVCIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI E STNEAVVK ...文字列: MVVILDKRCY CNLLILILMI SECSVGILHY EKLSKIGLVK GVTRKYKIKS NPLTKDIVIK MIPNVSNMSQ CTGSVMENYK TRLNGILTP IKGALEIYKN CTHDLDYKDD DDKVGDVRLA GVIMAGVCIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI E STNEAVVK LQETAEKTVY VLTALQDYIN TNLVPTIDKI SCKQTELSLD LALSKYLSDL LFVFGPNLQD PVSNSMTIQA IS QAFGGNY ETLLRTLGYA TEDFDDLLES DSITGQIIYV DLSSYYIIVR VYFPILTEIQ QAYIQELLPV SFNNDNSEWI SIV PNFILV RNTLISNIEI GFCLITKRSV ICNQDYATPM TNNMRECLTG STEKCPRELV VSSHVPRFAL SNGVLFANCI SVTC QCQTT GRAISQSGEQ TLLMIDNTTC PTAVLGNVII SLGKYLGSVN YNSEGIAIGP PVFTDKVDIS SQISSMNQSL QQSKD YIKE AQRLLDTVNP SLISMLSMMK QIEDKIEEIL SKIYHIENEI ARIKKLIGER IDGR |
-分子 #2: 5B3 antibody heavy chain
分子 | 名称: 5B3 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.245752 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLKL SCAASGFTFS SYDMSWVRQT PEKRLEWVAM ISSGGSYSYY PDSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMSSLRSE DTAMYYCARQ GDYAWFAYWG QGTLVTVSSA S |
-分子 #3: 5B3 antibody light chain
分子 | 名称: 5B3 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.517844 KDa |
組換発現 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPAS QSASLGESVT ITCLASQTIG TWLAWYQQKP GKSPQLLIYA ATSLADGVPS RFSGSGSGTK FSFKISSLQA EDFVSYYCQ QFYSTPFTFG GGTKLEIK |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 38721 |