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- EMDB-20540: CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20540
タイトルCryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
マップデータCryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai
試料
  • 複合体: NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
    • 複合体: N9 Shanghai2
      • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
    • 複合体: NA-73 Fab
      • タンパク質・ペプチド: NA-73 fragment antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: NA-73 fragment antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Ward AB / Turner HL / Zhu X
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN 272201400024C 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Protection against H7N9 Influenza Virus by Human Anti-N9 Neuraminidase Antibodies.
著者: Xueyong Zhu / Hannah L Turner / Shanshan Lang / Ryan McBride / Sandhya Bangaru / Iuliia M Gilchuk / Wenli Yu / James C Paulson / James E Crowe / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host ...Influenza virus neuraminidase (NA) is a major target for small-molecule antiviral drugs. Antibodies targeting the NA surface antigen could also inhibit virus entry and egress to provide host protection. However, our understanding of the nature and range of target epitopes is limited because of a lack of human antibody structures with influenza neuraminidase. Here, we describe crystal and cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of NAs from human-infecting avian H7N9 viruses in complex with five human anti-N9 antibodies, systematically defining several antigenic sites and antibody epitope footprints. These antibodies either fully or partially block the NA active site or bind to epitopes distant from the active site while still showing neuraminidase inhibition. The inhibition of antibodies to NAs was further analyzed by glycan array and solution-based NA activity assays. Together, these structural studies provide insights into protection by anti-NA antibodies and templates for the development of NA-based influenza virus vaccines and therapeutics.
履歴
登録2019年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月25日-
マップ公開2019年12月4日-
更新2023年4月5日-
現状2023年4月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.488
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.488
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pzy
  • 表面レベル: 0.488
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20540.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20540.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.488 / ムービー #1: 0.488
最小 - 最大-0.62393063 - 1.5987233
平均 (標準偏差)-5.2889686e-08 (±0.07490613)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z263.680263.680263.680
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ111-94150
NX/NY/NZ111123111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.6241.599-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20540_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap A of CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai

ファイルemd_20540_half_map_1.map
注釈Halfmap A of CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap B of CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai

ファイルemd_20540_half_map_2.map
注釈Halfmap B of CryoEM map of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2

全体名称: NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
要素
  • 複合体: NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2
    • 複合体: N9 Shanghai2
      • タンパク質・ペプチド: Neuraminidaseノイラミニダーゼ
    • 複合体: NA-73 Fab
      • タンパク質・ペプチド: NA-73 fragment antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: NA-73 fragment antibody light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2

超分子名称: NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: N9 Shanghai2

超分子名称: N9 Shanghai2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: NA-73 Fab

超分子名称: NA-73 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ノイラミニダーゼ
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/environment/Shanghai/S1439/2013(H7N9)
分子量理論値: 48.214508 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: LKPGCNCSHS QPETTNTSQT IINNYYNETN ITNIQMEERT SRNFNNLTKG LCTINSWHIY GKDNAVRIGE SSDVLVTREP YVSCDPDEC RFYALSQGTT IRGKHSNGTI HDRSQYRALI SWPLSSPPTV YNSRVECIGW SSTSCHDGKS RMSICISGPN N NASAVVWY ...文字列:
LKPGCNCSHS QPETTNTSQT IINNYYNETN ITNIQMEERT SRNFNNLTKG LCTINSWHIY GKDNAVRIGE SSDVLVTREP YVSCDPDEC RFYALSQGTT IRGKHSNGTI HDRSQYRALI SWPLSSPPTV YNSRVECIGW SSTSCHDGKS RMSICISGPN N NASAVVWY NRRPVAEINT WARNILRTQE SECVCHNGVC PVVFTDGSAT GPADTRIYYF KEGKILKWES LTGTAKHIEE CS CYGERTG ITCTCRDNWQ GSNRPVIQID PVAMTHTSQY ICSPVLTDNP RPNDPNIGKC NDPYPGNNNN GVKGFSYLDG ANT WLGRTI STASRSGYEM LKVPNALTDD RSKPIQGQTI VLNADWSGYS GSFMDYWAEG DCYRACFYVE LIRGRPKEDK VWWT SNSIV SMCSSTEFLG QWNWPDGAKI EYFL

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分子 #2: NA-73 fragment antibody heavy chain

分子名称: NA-73 fragment antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.822797 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: QVQLEESGPG LVKPSETLSL TCTVSGYTIS SGYYWGWIRQ PPGKGLEWIG CNNHRGSSYY NPSLKSRVII SVDTTKNKFS LKLSSVTAA DTAVYYCARD PSFWSSTSRT SPYYYGMDVW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV ...文字列:
QVQLEESGPG LVKPSETLSL TCTVSGYTIS SGYYWGWIRQ PPGKGLEWIG CNNHRGSSYY NPSLKSRVII SVDTTKNKFS LKLSSVTAA DTAVYYCARD PSFWSSTSRT SPYYYGMDVW GQGTLVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK D YFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKRVE PKSC

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分子 #3: NA-73 fragment antibody light chain

分子名称: NA-73 fragment antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.792084 KDa
組換発現生物種: Cricetinae gen. sp. (ネズミ)
配列文字列: QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG INTVNWYQQL PGTAPKLLIY SNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC AAWDDNLNGW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNIG INTVNWYQQL PGTAPKLLIY SNNQRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLQ SEDEADYYC AAWDDNLNGW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.14 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッド前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 157751
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5l14

得られたモデル

PDB-6pzy:
CryoEM derived model of NA-73 Fab in complex with N9 Shanghai2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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