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万見
- EMDB-20492: Cryo-EM structure of mouse TRPV3 in closed state at 42 degrees Celsius -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20492
タイトルCryo-EM structure of mouse TRPV3 in closed state at 42 degrees Celsius
マップデータmouse TRPV3 in closed state at 42 degrees Celsius
試料
  • 複合体: TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
キーワードIon Channels (イオンチャネル) / Membrane Protein (膜タンパク質) / TRP Channels (TRPチャネル) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hair cycle / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / receptor complex / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Singh AK / McGoldrick LL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA206573 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Structural basis of temperature sensation by the TRP channel TRPV3.
著者: Appu K Singh / Luke L McGoldrick / Lusine Demirkhanyan / Merfilius Leslie / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky /
要旨: We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first ...We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first step, sensitization, the channel pore remains closed while S6 helices undergo α-to-π transitions. During the weakly temperature-dependent second step, channel opening, tight association of the S1-S4 and pore domains is stabilized by changes in the carboxy-terminal and linker domains.
履歴
登録2019年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pvl
  • 表面レベル: 0.0209
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20492.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20492.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈mouse TRPV3 in closed state at 42 degrees Celsius
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0209 / ムービー #1: 0.0209
最小 - 最大-0.04607283 - 0.08739296
平均 (標準偏差)0.00084405165 (±0.004559875)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 233.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z233.200233.200233.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0460.0870.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius

全体名称: TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius
要素
  • 複合体: TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム

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超分子 #1: TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius

超分子名称: TRPV3 in closed state at 42 degree Celsius / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 92.630695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG ...文字列:
MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG KTCLMKALLN INPNTKEIVR ILLAFAEEND ILDRFINAEY TEEAYEGQTA LNIAIERRQG DITAVLIAAG AD VNAHAKG VFFNPKYQHE GFYFGETPLA LAACTNQPEI VQLLMENEQT DITSQDSRGN NILHALVTVA EDFKTQNDFV KRM YDMILL RSGNWELETM RNNDGLTPLQ LAAKMGKAEI LKYILSREIK EKPLRSLSRK FTDWAYGPVS SSLYDLTNVD TTTD NSVLE IIVYNTNIDN RHEMLTLEPL HTLLHTKWKK FAKYMFFLSF CFYFFYNITL TLVSYYRPRE DEDLPHPLAL THKMS WLQL LGRMFVLIWA TCISVKEGIA IFLLRPSDLQ SILSDAWFHF VFFVQAVLVI LSVFLYLFAY KEYLACLVLA MALGWA NML YYTRGFQSMG MYSVMIQKVI LHDVLKFLFV YILFLLGFGV ALASLIEKCS KDKKDCSSYG SFSDAVLELF KLTIGLG DL NIQQNSTYPI LFLFLLITYV ILTFVLLLNM LIALMGETVE NVSKESERIW RLQRARTILE FEKMLPEWLR SRFRMGEL C KVADEDFRLC LRINEVKWTE WKTHVSFLNE DPGPIRRTAD LNKIQDSSRS NSKTTLYAFD ELDEFPETSV LVPRGSAAA WSHPQFEK

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM BME, 0.01% GDN
グリッド材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 42 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6dvw

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 33741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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