[日本語] English
万見
- EMDB-2027: Coxsackievirus A7 (CAV7) empty capsid reconstruction at 6.09 angs... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2027
タイトルCoxsackievirus A7 (CAV7) empty capsid reconstruction at 6.09 angstrom resolution.
マップデータThis is a three-dimensional model of coxsackievirus A7 (CAV7) at 6.09 angstrom resolution.
試料
  • 試料: Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer
  • ウイルス: Human coxsackievirus A7 (コクサッキーウイルス)
キーワードcoxsackievirus (コクサッキーウイルス) / CAV7 / picornavirus (ピコルナウイルス科) / enterovirus (エンテロウイルス) / HEV-A
機能・相同性
機能・相同性情報


カプシド / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coxsackievirus A7 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.09 Å
データ登録者Seitsonen JJT / Shakeel S / Susi P / Pandurangan AP / Sinkovits RS / Hyvonen H / Laurinmaki P / Yla-Pelto J / Topf M / Hyypia T / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of coxsackievirus A7 reveals conformational changes associated with uncoating.
著者: Jani J T Seitsonen / Shabih Shakeel / Petri Susi / Arun P Pandurangan / Robert S Sinkovits / Heini Hyvönen / Pasi Laurinmäki / Jani Ylä-Pelto / Maya Topf / Timo Hyypiä / Sarah J Butcher /
要旨: Coxsackievirus A7 (CAV7) is a rarely detected and poorly characterized serotype of the Enterovirus species Human enterovirus A (HEV-A) within the Picornaviridae family. The CAV7-USSR strain has ...Coxsackievirus A7 (CAV7) is a rarely detected and poorly characterized serotype of the Enterovirus species Human enterovirus A (HEV-A) within the Picornaviridae family. The CAV7-USSR strain has caused polio-like epidemics and was originally thought to represent the fourth poliovirus type, but later evidence linked this strain to the CAV7-Parker prototype. Another isolate, CAV7-275/58, was also serologically similar to Parker but was noninfectious in a mouse model. Sequencing of the genomic region encoding the capsid proteins of the USSR and 275/58 strains and subsequent comparison with the corresponding amino acid sequences of the Parker strain revealed that the Parker and USSR strains are nearly identical, while the 275/58 strain is more distant. Using electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction, the structures of the CAV7-USSR virion and empty capsid were resolved to 8.2-Å and 6.1-Å resolutions, respectively. This is one of the first detailed structural analyses of the HEV-A species. Using homology modeling, reconstruction segmentation, and flexible fitting, we constructed a pseudoatomic T = 1 (pseudo T = 3) model incorporating the three major capsid proteins (VP1 to VP3), addressed the conformational changes of the capsid and its constituent viral proteins occurring during RNA release, and mapped the capsid proteins' variable regions to the structure. During uncoating, VP4 and RNA are released analogously to poliovirus 1, the interfaces of VP2 and VP3 are rearranged, and VP1 rotates. Variable regions in the capsid proteins were predicted to map mainly to the surface of VP1 and are thus likely to affect the tropism and pathogenicity of CAV7.
履歴
登録2012年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年3月30日-
マップ公開2012年6月11日-
更新2014年4月9日-
現状2014年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4biq
  • 表面レベル: 750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4biq
  • 表面レベル: 1400
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4biq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EM-2027.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2027.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈This is a three-dimensional model of coxsackievirus A7 (CAV7) at 6.09 angstrom resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.13 Å
密度
表面レベル登録者による: 750.0 / ムービー #1: 750
最小 - 最大-2101.0 - 3670.0
平均 (標準偏差)0.30472371 (±499.749023439999974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ401401401
Spacing401401401
セルA=B=C: 453.13 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z1.131.131.13
M x/y/z401401401
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.130453.130453.130
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS401401401
D min/max/mean-2101.0003670.0000.305

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer

全体名称: Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer
要素
  • 試料: Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer
  • ウイルス: Human coxsackievirus A7 (コクサッキーウイルス)

-
超分子 #1000: Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer

超分子名称: Coxsackievirus A7 USSR-strain empty particles in buffer
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: empty particle (no RNA) / Number unique components: 1
分子量理論値: 5.2 MDa

-
超分子 #1: Human coxsackievirus A7

超分子名称: Human coxsackievirus A7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CAV7 / NCBI-ID: 42787 / 生物種: Human coxsackievirus A7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: CAV7
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
分子量理論値: 5.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP1VP2VP3 / 直径: 300 Å / T番号(三角分割数): 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM phosphate buffer, 0.5 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Custom built / 手法: Manual

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.81 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.62 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 264 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / 詳細: Scanned with Zeiss Photoscan TD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 7849

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る