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万見- EMDB-20127: Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex in presence of target CRISPR DNA -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20127 | |||||||||
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タイトル | Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex in presence of target CRISPR DNA | |||||||||
マップデータ | Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex in presence of target CRISPR DNA | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sashital DG / Lee H / Dhingra Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: The Cas4-Cas1-Cas2 complex mediates precise prespacer processing during CRISPR adaptation. 著者: Hayun Lee / Yukti Dhingra / Dipali G Sashital / 要旨: CRISPR adaptation immunizes bacteria and archaea against viruses. During adaptation, the Cas1-Cas2 complex integrates fragments of invader DNA as spacers in the CRISPR array. Recently, an additional ...CRISPR adaptation immunizes bacteria and archaea against viruses. During adaptation, the Cas1-Cas2 complex integrates fragments of invader DNA as spacers in the CRISPR array. Recently, an additional protein Cas4 has been implicated in selection and processing of prespacer substrates for Cas1-Cas2, although this mechanism remains unclear. We show that Cas4 interacts directly with Cas1-Cas2 forming a Cas4-Cas1-Cas2 complex that captures and processes prespacers prior to integration. Structural analysis of the Cas4-Cas1-Cas2 complex reveals two copies of Cas4 that closely interact with the two integrase active sites of Cas1, suggesting a mechanism for substrate handoff following processing. We also find that the Cas4-Cas1-Cas2 complex processes single-stranded DNA provided in cis or in trans with a double-stranded DNA duplex. Cas4 cleaves precisely upstream of PAM sequences, ensuring the acquisition of functional spacers. Our results explain how Cas4 cleavage coordinates with Cas1-Cas2 integration and defines the exact cleavage sites and specificity of Cas4. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20127.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20127-v30.xml emd-20127.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20127.png | 38.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20127 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20127 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20127.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex in presence of target CRISPR DNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex with target CRISPR hairpin DNA
全体 | 名称: Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex with target CRISPR hairpin DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex with target CRISPR hairpin DNA
超分子 | 名称: Bacillus halodurans Cas1-Cas2 complex with target CRISPR hairpin DNA タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
分子量 | 実験値: 240 KDa |
-分子 #1: Cas1
分子 | 名称: Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKLLNTLYV TQPDTYLSLD GDNVVLLKEQ EKLGRLPLHN LEAIVGFGYT GASPALMGYC AERNISITFL TKNGRFLARV VGESRGNVVL RKTQYRISEN DQESTKIARN FITGKVYNSK WMLERMTREH PLRVNVEQFK ATSQLLSVMM QEIRNCDSLE SLRGWEGQAA ...文字列: MKKLLNTLYV TQPDTYLSLD GDNVVLLKEQ EKLGRLPLHN LEAIVGFGYT GASPALMGYC AERNISITFL TKNGRFLARV VGESRGNVVL RKTQYRISEN DQESTKIARN FITGKVYNSK WMLERMTREH PLRVNVEQFK ATSQLLSVMM QEIRNCDSLE SLRGWEGQAA INYNKVFDQM ILQQKEEFAF HGRSRRPPKD NVNAMLSFAY TLLANDVAAA LETVGLDAYV GFMHQDRPGR ASLALDLMEE LRGLYADRFV LSLINRKEMT ADGFYKKENG AVLMTDEARK TFLKAWQTKK QEKITHPYLG EKMSWGLVPY VQALLLARFL RGDLDEYPPF LWK |
-分子 #2: Cas2
分子 | 名称: Cas2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLVLITYDVQ TSSMGGTKRL RKVAKACQNY GQRVQNSVFE CIVDSTQLTS LKLELTSLID EEKDSLRIYR LGNNYKTKVE HIGAKPSIDL EDPLIF |
-分子 #3: hairpin CRISPR target
分子 | 名称: hairpin CRISPR target / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) |
配列 | 文字列: GATTTTCGCT GTCGCACTCT TCATGGGTGC GTGGATTGAA ATATTGACGA TAGTCAATAT TTCAATCCAC GCACCCATGA AGAGTGCGAC AGCGAAAATC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.024 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate 詳細: 3 uL of sample was applied to a glow-discharged copper 400-mesh continuous carbon grid for one minute at room temperature. The excess sample was blotted with Whatman filter paper, followed by ...詳細: 3 uL of sample was applied to a glow-discharged copper 400-mesh continuous carbon grid for one minute at room temperature. The excess sample was blotted with Whatman filter paper, followed by immediate application of 3 uL 2% (w/v) uranyl formate. The excess stain was blotted, followed by immediate application of 3 uL 2% uranyl formate. This step was repeated once more. The grids were allowed to dry for at least 5 minutes prior to imaging. | ||||||||||||||||||
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 200 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 95669 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: low-pass filtered to 90 angstrom |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 5279 |