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- EMDB-20091: Singapore Grouper Iridovirus (SGIV) at 8.6 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20091
タイトルSingapore Grouper Iridovirus (SGIV) at 8.6 Angstrom Resolution
マップデータIndependent reconstruction half of the micrographs
試料
  • ウイルス: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードicosahedral (二十面体) / trimers / outer coat / anchor proteins (錨) / zip proteins / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性Major capsid protein, N-terminal / Major capsid protein N-terminus / Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / カプシド / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Pintilie G / Chen D-H
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM079429 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Segmentation and Comparative Modeling in an 8.6-Å Cryo-EM Map of the Singapore Grouper Iridovirus.
著者: Grigore Pintilie / Dong-Hua Chen / Bich Ngoc Tran / Joanita Jakana / Jinlu Wu / Choy Leong Hew / Wah Chiu /
要旨: SGIV, or Singapore grouper iridovirus, is a large double-stranded DNA virus, reaching a diameter of 220 nm and packaging a genome of 140 kb. We present a 3D cryoelectron microscopy (cryo-EM) ...SGIV, or Singapore grouper iridovirus, is a large double-stranded DNA virus, reaching a diameter of 220 nm and packaging a genome of 140 kb. We present a 3D cryoelectron microscopy (cryo-EM) icosahedral reconstruction of SGIV determined at 8.6-Å resolution. It reveals several layers including a T = 247 icosahedral outer coat, anchor proteins, a lipid bilayer, and the encapsidated DNA. A new segmentation tool, iSeg, was applied to extract these layers from the reconstructed map. The outer coat was further segmented into major and minor capsid proteins. None of the proteins extracted by segmentation have known atomic structures. We generated models for the major coat protein using three comparative modeling tools, and evaluated each model using the cryo-EM map. Our analysis reveals a new architecture in the Iridoviridae family of viruses. It shares similarities with others in the same family, e.g., Chilo iridescent virus, but also shows new features of the major and minor capsid proteins.
履歴
登録2019年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ojn
  • 表面レベル: 4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ojn
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20091.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Independent reconstruction half of the micrographs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.37 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 4
最小 - 最大-13.887831 - 21.549627000000001
平均 (標準偏差)-0.04749717 (±1.4707036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-600-600-600
サイズ120012001200
Spacing120012001200
セルA=B=C: 2843.9998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.372.372.37
M x/y/z120012001200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2844.0002844.0002844.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-600-600-600
NC/NR/NS120012001200
D min/max/mean-13.88821.550-0.047

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添付データ

+
追加マップ: Independent reconstruction other half of the micrographs

ファイルemd_20091_additional_1.map
注釈Independent reconstruction other half of the micrographs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: A pentasymmetron

ファイルemd_20091_additional_10.map
注釈A pentasymmetron
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Averaged densities from trimers from a trisymmetron within...

ファイルemd_20091_additional_11.map
注釈Averaged densities from trimers from a trisymmetron within the asymmetric unit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Trisymmetron 1 of 5 around a pentasymmetron

ファイルemd_20091_additional_12.map
注釈Trisymmetron 1 of 5 around a pentasymmetron
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Trisymmetron 2 of 5 around a pentasymmetron

ファイルemd_20091_additional_13.map
注釈Trisymmetron 2 of 5 around a pentasymmetron
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Trisymmetron 3 of 5 around a pentasymmetron

ファイルemd_20091_additional_14.map
注釈Trisymmetron 3 of 5 around a pentasymmetron
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
添付マップデータ: emd 20091 additional 15.map

ファイルemd_20091_additional_15.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Trisymmetron 5 of 5 around a pentasymmetron

ファイルemd_20091_additional_16.map
注釈Trisymmetron 5 of 5 around a pentasymmetron
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Zip proteins 1

ファイルemd_20091_additional_17.map
注釈Zip proteins 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Zip proteins 2

ファイルemd_20091_additional_18.map
注釈Zip proteins 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Zip proteins 3

ファイルemd_20091_additional_19.map
注釈Zip proteins 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Anchor protein 1

ファイルemd_20091_additional_2.map
注釈Anchor protein 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Zip proteins 4

ファイルemd_20091_additional_20.map
注釈Zip proteins 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Zip proteins 5

ファイルemd_20091_additional_21.map
注釈Zip proteins 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Anchor protein 2

ファイルemd_20091_additional_3.map
注釈Anchor protein 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Anchor protein 3

ファイルemd_20091_additional_4.map
注釈Anchor protein 3
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Anchor protein 4

ファイルemd_20091_additional_5.map
注釈Anchor protein 4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Anchor protein 5

ファイルemd_20091_additional_6.map
注釈Anchor protein 5
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: An asymmetric unit from the icosahedrally-symmetric map

ファイルemd_20091_additional_7.map
注釈An asymmetric unit from the icosahedrally-symmetric map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Inner half of the bilayer lipid membrane

ファイルemd_20091_additional_8.map
注釈Inner half of the bilayer lipid membrane
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Outer half of the bilayer lipid membrane

ファイルemd_20091_additional_9.map
注釈Outer half of the bilayer lipid membrane
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Singapore grouper iridovirus

全体名称: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Singapore grouper iridovirus

超分子名称: Singapore grouper iridovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 262968 / 生物種: Singapore grouper iridovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Epinephelus tauvina (ヒトミハタ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Outer coat / 直径: 2200.0 Å / T番号(三角分割数): 247

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Singapore grouper iridovirus (ウイルス)
分子量理論値: 50.573141 KDa
配列文字列: MTCTTGAGVT SGFIDLATYD NLDRALYGGK DATTYFIKEH YPVGWFTKLP TMATRVSGNP AFGQEFSVGV PRSGDYVLNA WLTLKTPEI KLLETNRLGA NGTVRWTKNL MHNAVEHASL TFNDICAQQF NTAYLDAWTQ FNMCEGKRIG YDNMIGNTSD M TNPTPAQG ...文字列:
MTCTTGAGVT SGFIDLATYD NLDRALYGGK DATTYFIKEH YPVGWFTKLP TMATRVSGNP AFGQEFSVGV PRSGDYVLNA WLTLKTPEI KLLETNRLGA NGTVRWTKNL MHNAVEHASL TFNDICAQQF NTAYLDAWTQ FNMCEGKRIG YDNMIGNTSD M TNPTPAQG QDGARTLPSK NLVLPLPFFF SRDCGLALPT VVLPYNEIRI NIKLRSLQEL LVFQNKDTGN VIPISATDIA GG LADTVEA YVYMTVGLVS NVERCAMAGT VRDMVVEQMQ AAPTHIVNPQ NTNNVHVDMR FSHAVKALFF MVQNVTYKSV GSN YTCVTP VNGPGNTVME PAMSVDPIKS ASLTYENTTR LANMGVEYYS LVQPWYFSAS IPVYTGYHMY SYALNVGSVH PSGS TNYGR LTNASITVTM SPESVVAAAG GGNNNSGYNE PQRFALVVIA VNHNVIRIMN GSMGFPIL

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotted for 1 second before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 63290 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19628
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: EMAN1 starticos was used.
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA
最終 3次元分類クラス数: 1
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: MPSA
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 9422
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1m3y
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Z-score of Cross Correlation scores
得られたモデル

PDB-6ojn:
Comparative Model of SGIV Major Coat Protein (MCP) Trimer Based on Cryo-EM Map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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