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- EMDB-20074: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20074
タイトルChimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.
マップデータ
試料
  • 複合体: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / membrane => GO:0016020 / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Pallesen J / Andrabi R / de Val N / Burton DR / Ward AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100663 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP115782 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: The Chimpanzee SIV Envelope Trimer: Structure and Deployment as an HIV Vaccine Template.
著者: Raiees Andrabi / Jesper Pallesen / Joel D Allen / Ge Song / Jinsong Zhang / Natalia de Val / Gavin Gegg / Katelyn Porter / Ching-Yao Su / Matthias Pauthner / Amanda Newman / Hilary Bouton- ...著者: Raiees Andrabi / Jesper Pallesen / Joel D Allen / Ge Song / Jinsong Zhang / Natalia de Val / Gavin Gegg / Katelyn Porter / Ching-Yao Su / Matthias Pauthner / Amanda Newman / Hilary Bouton-Verville / Fernando Garces / Ian A Wilson / Max Crispin / Beatrice H Hahn / Barton F Haynes / Laurent Verkoczy / Andrew B Ward / Dennis R Burton /
要旨: Epitope-targeted HIV vaccine design seeks to focus antibody responses to broadly neutralizing antibody (bnAb) sites by sequential immunization. A chimpanzee simian immunodeficiency virus (SIV) ...Epitope-targeted HIV vaccine design seeks to focus antibody responses to broadly neutralizing antibody (bnAb) sites by sequential immunization. A chimpanzee simian immunodeficiency virus (SIV) envelope (Env) shares a single bnAb site, the variable loop 2 (V2)-apex, with HIV, suggesting its possible utility in an HIV immunization strategy. Here, we generate a chimpanzee SIV Env trimer, MT145K, which displays selective binding to HIV V2-apex bnAbs and precursor versions, but no binding to other HIV specificities. We determine the structure of the MT145K trimer by cryo-EM and show that its architecture is remarkably similar to HIV Env. Immunization of an HIV V2-apex bnAb precursor Ab-expressing knockin mouse with the chimpanzee MT145K trimer induces HIV V2-specific neutralizing responses. Subsequent boosting with an HIV trimer cocktail induces responses that exhibit some virus cross-neutralization. Overall, the chimpanzee MT145K trimer behaves as expected from design both in vitro and in vivo and is an attractive potential component of a sequential immunization regimen to induce V2-apex bnAbs.
履歴
登録2019年4月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ohy
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20074.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.10039165 - 0.22258005
平均 (標準偏差)0.0004769411 (±0.00810612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 285.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z285.600285.600285.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1000.2230.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_20074_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_20074_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.

全体名称: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.
要素
  • 複合体: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp160
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.

超分子名称: Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.708664 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENWWVTVYYG VPVWREAKTT LFCASDAKSY STEAHNIWAT QACVPTDPTP QEVLLPNVTE EFNMWENYMV DQMQEDIISL WEQSLKPCV KLTPLCVTLT CNNPTNTSCT NSTDDRLGDM RNCSFNVTTE LRDKKRKVYS LFYVEDITAI GNNSTYRLIN C NTTAITQA ...文字列:
ENWWVTVYYG VPVWREAKTT LFCASDAKSY STEAHNIWAT QACVPTDPTP QEVLLPNVTE EFNMWENYMV DQMQEDIISL WEQSLKPCV KLTPLCVTLT CNNPTNTSCT NSTDDRLGDM RNCSFNVTTE LRDKKRKVYS LFYVEDITAI GNNSTYRLIN C NTTAITQA CPKTSFEPIP IHYCAPAGFA LLKCNDIDYK GNETCKNVST VHCTHGIKPV ATTQLILNGS TADNQTVARI DP SENLAII QLKDPVKITC RRPGNNTRGQ IQIGPAMTFY NIENVVGDTR KAYCEINGTQ WAKALNETKE VLRNILRKNI SFM VPSGGD PEVTNHHFNC GGEFFYCNTS EIINITKINK TENMTIIPCR IRQIVNSWMR VGKGIFAPPI RGNITCTSNI TGML LEIHK NREDQGEDQD QNNTYVCLTG GNMKDIWRSE LYKYKIVEIQ PLGVAPTKCR RY

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp160

分子名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.17949 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LGALFLGFLG AAGSTMGAAS VVLTVQARQL LTGIVQQQNN LLRAPEAQQH LLQLSVWGIK QLQARVLAVE RYLRDQQLLG LWGCTGKTI CCTAVRWNKT WGNISDYQVI WNNYTWQQWD REVNNYTGLI YTLLEEANTQ QEKNEKELLE LD

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 24 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 94.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8714

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 44301
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4tvp

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6ohy:
Chimpanzee SIV Env trimeric ectodomain.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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