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万見
- EMDB-20065: Three-dimensional architecture of epithelial primary cilia -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20065
タイトルThree-dimensional architecture of epithelial primary cilia
マップデータUCSF Chimera: contour level 86, step size 2 with "hide dust" (2.3e 03)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: primary cilium #C
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Sun S / Fisher RL / Bowser SS / Pentecost BT / Sui H
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Three-dimensional architecture of epithelial primary cilia.
著者: Shufeng Sun / Rebecca L Fisher / Samuel S Bowser / Brian T Pentecost / Haixin Sui /
要旨: We report a complete 3D structural model of typical epithelial primary cilia based on structural maps of full-length primary cilia obtained by serial section electron tomography. Our data demonstrate ...We report a complete 3D structural model of typical epithelial primary cilia based on structural maps of full-length primary cilia obtained by serial section electron tomography. Our data demonstrate the architecture of primary cilia differs extensively from the commonly acknowledged 9+0 paradigm. The axoneme structure is relatively stable but gradually evolves from base to tip with a decreasing number of microtubule complexes (MtCs) and a reducing diameter. The axonemal MtCs are cross-linked by previously unrecognized fibrous protein networks. Such an architecture explains why primary cilia can elastically withstand liquid flow for mechanosensing. The nine axonemal MtCs in a cilium are found to differ significantly in length indicating intraflagellar transport processes in primary cilia may be more complicated than that reported for motile cilia. The 3D maps of microtubule doublet-singlet transitions generally display longitudinal gaps at the inner junction between the A- and B-tubules, which indicates the inner junction protein is a major player in doublet-singlet transitions. In addition, vesicles releasing from kidney primary cilia were observed in the structural maps, supporting that ciliary vesicles budding may serve as ectosomes for cell-cell communication.
履歴
登録2019年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月1日-
マップ公開2019年5月1日-
更新2019年5月22日-
現状2019年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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添付画像

emd_20065.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 197.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈UCSF Chimera: contour level 86, step size 2 with "hide dust" (2.3e 03)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 12.82 Å
密度
最小 - 最大0.0 - 127.0
平均 (標準偏差)59.649963 (±14.900586000000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-615-105693
サイズ512512790
Spacing512512790
セルA: 6563.84 Å / B: 6563.84 Å / C: 10127.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z12.8212.8212.82
M x/y/z512512790
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6563.8406563.84010127.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ513513513
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1056-61593
NC/NR/NS512512790
D min/max/mean0.000127.00059.650

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : primary cilium #C

全体名称: primary cilium #C
要素
  • 細胞器官・細胞要素: primary cilium #C

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超分子 #1: primary cilium #C

超分子名称: primary cilium #C / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Primary cilium #C is related to Fig.S3c, Fig.S4c, and movie 8.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: kidney / 細胞: IMCD3

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
染色タイプ: POSITIVE / 材質: uranyl acetate, lead citrate
詳細: 2% uranyl acetate and Reynolds lead citrate solution
糖包埋材質: epoxy resin
詳細: The samples were infiltrated with a graded series of resins (SPI-PON 812, SPI-CHEM, USA) in acetone over 24 hours. After infiltration with pure resin (3 x within 24 hours), the specimens in ...詳細: The samples were infiltrated with a graded series of resins (SPI-PON 812, SPI-CHEM, USA) in acetone over 24 hours. After infiltration with pure resin (3 x within 24 hours), the specimens in resin were polymerized at 60 degrees C for 2 days.
グリッド詳細: unspecified
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: UC6 microtome / ウルトラミクロトーム - 温度: 298 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 120 nm
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
平均電子線量: 6.0 e/Å2

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: TOMO3D
詳細: This SSET work used a series of dual-axis tilt data sets.
使用した粒子像数: 3024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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