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- EMDB-20053: Cryo-EM structure of YenTcA in its prepore state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20053
タイトルCryo-EM structure of YenTcA in its prepore state
マップデータem-volume_P1
試料
  • 複合体: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA1毒素
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA2毒素
    • タンパク質・ペプチド: Chitinase 2キチナーゼ
キーワードMembrane protein Pore-forming toxin Complex (生体膜) / TOXIN (毒素)
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / キチナーゼ / chitin catabolic process / chitin binding / : / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. ...Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin subunit YenA1 / Toxin subunit YenA2 / Chitinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Piper SJ / Brillault L
資金援助 オーストラリア, ニュージーランド, 4件
OrganizationGrant number
Australian Research Council (ARC)DP170104484 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP160101018 オーストラリア
Royal Society of New Zealand14-UOA-146 ニュージーランド
Foundation for Science and TechnologyC10X0804 ニュージーランド
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Cryo-EM structures of the pore-forming A subunit from the Yersinia entomophaga ABC toxin.
著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley- ...著者: Sarah J Piper / Lou Brillault / Rosalba Rothnagel / Tristan I Croll / Joseph K Box / Irene Chassagnon / Sebastian Scherer / Kenneth N Goldie / Sandra A Jones / Femke Schepers / Lauren Hartley-Tassell / Thomas Ve / Jason N Busby / Julie E Dalziel / J Shaun Lott / Ben Hankamer / Henning Stahlberg / Mark R H Hurst / Michael J Landsberg /
要旨: ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen ...ABC toxins are pore-forming virulence factors produced by pathogenic bacteria. YenTcA is the pore-forming and membrane binding A subunit of the ABC toxin YenTc, produced by the insect pathogen Yersinia entomophaga. Here we present cryo-EM structures of YenTcA, purified from the native source. The soluble pre-pore structure, determined at an average resolution of 4.4 Å, reveals a pentameric assembly that in contrast to other characterised ABC toxins is formed by two TcA-like proteins (YenA1 and YenA2) and decorated by two endochitinases (Chi1 and Chi2). We also identify conformational changes that accompany membrane pore formation by visualising YenTcA inserted into liposomes. A clear outward rotation of the Chi1 subunits allows for access of the protruding translocation pore to the membrane. Our results highlight structural and functional diversity within the ABC toxin subfamily, explaining how different ABC toxins are capable of recognising diverse hosts.
履歴
登録2019年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月8日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 7.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 7.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ogd
  • 表面レベル: 7.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20053.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈em-volume_P1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.5 / ムービー #1: 7.5
最小 - 最大-45.992274999999999 - 58.495677999999998
平均 (標準偏差)0.0041607455 (±1.6544155)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 557.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z416416416
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z557.440557.440557.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS416416416
D min/max/mean-45.99258.4960.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-...

全体名称: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form
要素
  • 複合体: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA1毒素
    • タンパク質・ペプチド: Toxin subunit YenA2毒素
    • タンパク質・ペプチド: Chitinase 2キチナーゼ

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超分子 #1: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-...

超分子名称: Yersinia entomophaga toxin complex subunit A (YenTcA) in the pre-pore form
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア) / : MH96
分子量理論値: 2.08 MDa

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分子 #1: Toxin subunit YenA1

分子名称: Toxin subunit YenA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 129.91232 KDa
配列文字列: MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSRQ RFIKRHDESL LGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS SSTDASSESQ TNKLPEYNQL FPEPWDNFCR PGAIEALDSP A SYLLDLYK ...文字列:
MDKYNNYSNV IKNKSSISPL LAAAAKIEPE ITVLSSASKS NRSQYSQSLA DTLLGLGYRS IFDIAKVSRQ RFIKRHDESL LGNGAVIFD KAVSMANQVL QKYRKNRLEK SNSPLVPQTS SSTDASSESQ TNKLPEYNQL FPEPWDNFCR PGAIEALDSP A SYLLDLYK FIQSVELDGS NQARKLETRR ADIPKLSLDN DALYKEVTAL SIVNDVLSGS AREYIDQSGQ ADKAVNQILG DT HFPFTLP YSLPTQQINK GLGASNIELG TVIQRVDPQF SWNTTQEKYN QVLLAYTQLS SEQIALLSLP DVFTQNFLTQ TEL SAGYLS ASTTEILAEK DLSRHGYIVK AADNIKGPTQ LVEHSDASYD VIELTCTNQA KETITVKLRG ENIITYQRTK ARMV PFDNS SPFSRQLKLT FVAEDNPSLG NLDKGPYFAN MDIYAAEWVR ENVSSETMVS RPFLTMTYRI AIAKAGASLE ELQPE ADAF FINNFGLSAE DSSQLVKLVA FGDQTGSKAE EIESLLSCGE NLPIVSPNVI FANPIFGSYF NDEPFPAPYH FGGVYI NAH QRNAMTIIRA EGGREIQSLS NFRLERLNRF IRLQRWLDLP SHQLDLLLTS VMQADADNSQ QEITEPVLKS LGLFRHL NL QYKITPEIFS SWLYQLTPFA VSGEIAFFDR IFNREQLFDQ PFILDGGSFT YLDAKGSDAK SVKQLCAGLN ISAVTFQF I APLVQSALGL EAGTLVRSFE VVSSLYRLVS IPQTFGLSTE DGLILMNILT DEMGYLAKQP AFDDKQTQDK DFLSIILKM EALSAWLTKN NLTPASLALL LGVTRLAVVP TNNMVTFFKG IANGLSENVC LTTDDFQRQE LEGADWWTLL STNQVIDDMG LVLDIHPVW GKSDEEMLME KIQSIGVSND NNTLSIIVQI LIQAKNAQEN LLSQTISAEY GVERSVVPLQ LRWLGSNVYS V LNQVLNNT PTDISSIVPK LSELTYSLLI YTQLINSLKL NKEFIFLRLT QPNWLGLTQP KLSTQLSLPE IYLITCYQDW VV NANKNED SIHEYLEFAN IKKTEAEKTL VDNSEKCAEL LAEILAWDAG EILKAASLLG LNPPQATNVF EIDWIRRLQT LSE KTMIST EYLWQMGDLT ENSEFSLKEG VGEAVMAALK AQGDSDNV

UniProtKB: Toxin subunit YenA1

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分子 #2: Toxin subunit YenA2

分子名称: Toxin subunit YenA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 156.324938 KDa
配列文字列: MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQS VQQYINRIAL NLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY VDPTLRLTKT EFFFQLESAL NQGKLTDDVA QKAVLGYLNN F EEVSNLEI ...文字列:
MSNSIEAKLQ EDLRDALVDY YLGQIVPNSK DFTNLRSTIK NVDDLYDHLL LDTQVSAKVI TSRLSLVTQS VQQYINRIAL NLEPGLSIN QQEATDWEEF ANRYGYWAAN QQLRMFPEIY VDPTLRLTKT EFFFQLESAL NQGKLTDDVA QKAVLGYLNN F EEVSNLEI IAGYQDGIDI ENDKTYFVAR TRMQPYRYFW RSLDASQRNA NSQELYPTAW SEWKAISVPL ENVANGIVRP IM MDNRLYI SWFEVAEEKE TDSDGNIIVS GRYRTKIRLA HLGFDGVWSS GTTLREEVLA DQMEEMIAVV DRMEDEPRLA LVA FKEMSE SWDVVFSYIC DSMLIESSNL PTTTHPPKPG DGDKGLSDLD DYGANLVWFY LHETANGGKA EYKQLILYPV IINR DWPIE LDKTHQGDFG TVDDFTLNSN YTGDELSLYL QSSSTYKYDF SKSKNIIYGI WKEDANNNRC WLNYKLLTPE DYEPQ INAT LVMCDKGDVN IITGFSLPNG GVDAGGKIKV TLRVGKKLRD KFQIKQFSQT QYLQFPEASS ADVWYIGKQI RLNTLF AKE LIGKASRSLD LVLSWETQNS RLEEAILGGA AELIDLDGAN GIYFWELFFH MPFMVSWRFN VEQRYEDANR WVKYLFN PF ECEDEPALLL GKPPYWNSRP LVDEPFKGYS LTQPSDPDAI AASDPIHYRK AVFNFLTKNI IDQGDMEYRK LQPSARTL A RLSYSTASSL LGRRPDVQLT SFWQPLTLED ASYKTDSEIR AIEMQSQPLT FEPVVHDQTM SAVDNDIFMY PMNNELRGL WDRIENRIYN LRHNLTLDGK EINMDLYDSS ISPRGLMKQR YQRVVTARNA SKMNFKVPNY RFEPMLNRSK SGVETLIQFG STLLSLLER KDSLSFDAYQ MIQSGDLYRF SIDLQQQDID INKASLEALQ VSKQSAQDRY DHFKELYDEN ISSTEQKVIE L QSQAANSL LMAQGMRTAA AALDVIPNIY GLAVGGSHWG APLNAAAEII MIKYQADSSK SESLSVSESY RRRRQEWELQ YK QAEWEVN SVEQQINLQN MQIKAANKRL EQVEAQQQQA MALLDYFSER FTNESLYTWL ISQLSSLYLQ AYDAVLSLCL SAE ASLLYE LNLGEQSFVG GGGWNDLYQG LMAGETLKLA LMRMERVYVE QNSRRQEITK TISLKALLGE SWPAELNKLK QKTP INFNL EEQIFVEDYQ ELYQRRIKSV SVSLPMLVGP YEDVCAQLTQ TSSSYSTRAD LKTVENMLTK RTFADTPHLV RSIQP NQQI SLSTGVNDSG LFMLNFDDER FLPFEGSGVD SSWRLQFTNL KQNLDSLNDV ILHVKYTAAI GSSTFSQGVR KILANI NND E

UniProtKB: Toxin subunit YenA2

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分子 #3: Chitinase 2

分子名称: Chitinase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: キチナーゼ
由来(天然)生物種: Yersinia entomophaga (バクテリア)
分子量理論値: 69.740609 KDa
配列文字列: MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNAW KFVRAATADE INKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN FKEDGSQGNL SYTATRVCAP MYNHYVGDKT KPKLSAYITD W CQYDARLD ...文字列:
MVNKYTYTSS KAMSDISDVI GEPLAAWDSQ VGGRVFNVIF DGKVYTNTYW VERWQVPGIG SSDGNPHNAW KFVRAATADE INKIGNPTT ADVKPTENIP SPILVEDKYT EETYSRPDVN FKEDGSQGNL SYTATRVCAP MYNHYVGDKT KPKLSAYITD W CQYDARLD GGGSKEEERG RGFDLATLMQ NPATYDRLIF SFLGICGDIG NKSKKVQEVW DGWNAQAPSL GLPQIGKGHI VP LDPYGDL GTARNVGLPP ESADTSIESG TFLPYYQQNR AAGLLGGLRE LQKKAHAMGH KLDLAFSIGG WSLSSYFSAL AEN PDERRV FVASVVDFFV RFPMFSCVDI DWEYPGGGGD EGNISSDKDG ENYVLLIKEL RSALDSRFGY SNRKEISIAC SGVK AKLKK SNIDQLVANG LDNIYLMSYD FFGTIWADYI GHHTNLYSPK DPGEQELFDL SAEAAIDYLH NELGIPMEKI HLGYA NYGR SAVGGDLTTR QYTKNGPALG TMENGAPEFF DIVKNYMDAE HSLSMGKNGF VLMTDTNADA DFLFSEAKGH FISLDT PRT VKQKGEYAAK NKLGGVFSWS GDQDCGLLAN AAREGLGYVA DSNQETIDMG PLYNPGKEIY LKSISEIKSK

UniProtKB: Chitinase 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19713
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.2) / 使用した粒子像数: 9856
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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