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- EMDB-1977: Extracellular complexes of the hematopoietic human and mouse CSF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1977
タイトルExtracellular complexes of the hematopoietic human and mouse CSF-1 receptor are driven by common assembly principles.
マップデータSurface rendering of the hCSF-1RD1-D5 hCSF-1 complex
試料
  • 試料: Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the complete ectodomain of hCSF-1R
  • タンパク質・ペプチド: Colony Stimulating Factor-1 Receptor (CSF-1R)
  • タンパク質・ペプチド: Colony Stimulating Factor-1
キーワードHematopoiesis / Receptor Tyrosine Kinase (RTK) / Colony-Stimulating Factor-1 / CSF-1 / CSF-1R / ternary complex / ectodomain complex / cytokine-receptor complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Elegheert J / Desfosses A / Shkumatov AV / Wu X / Bracke N / Verstraete K / Van Craenenbroeck K / Brooks BR / Svergun DI / Vergauwen B ...Elegheert J / Desfosses A / Shkumatov AV / Wu X / Bracke N / Verstraete K / Van Craenenbroeck K / Brooks BR / Svergun DI / Vergauwen B / Gutsche I / Savvides SN
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Extracellular complexes of the hematopoietic human and mouse CSF-1 receptor are driven by common assembly principles.
著者: Jonathan Elegheert / Ambroise Desfosses / Alexander V Shkumatov / Xiongwu Wu / Nathalie Bracke / Kenneth Verstraete / Kathleen Van Craenenbroeck / Bernard R Brooks / Dmitri I Svergun / Bjorn ...著者: Jonathan Elegheert / Ambroise Desfosses / Alexander V Shkumatov / Xiongwu Wu / Nathalie Bracke / Kenneth Verstraete / Kathleen Van Craenenbroeck / Bernard R Brooks / Dmitri I Svergun / Bjorn Vergauwen / Irina Gutsche / Savvas N Savvides /
要旨: The hematopoietic colony stimulating factor-1 receptor (CSF-1R or FMS) is essential for the cellular repertoire of the mammalian immune system. Here, we report a structural and mechanistic consensus ...The hematopoietic colony stimulating factor-1 receptor (CSF-1R or FMS) is essential for the cellular repertoire of the mammalian immune system. Here, we report a structural and mechanistic consensus for the assembly of human and mouse CSF-1:CSF-1R complexes. The EM structure of the complete extracellular assembly of the human CSF-1:CSF-1R complex reveals how receptor dimerization by CSF-1 invokes a ternary complex featuring extensive homotypic receptor contacts and striking structural plasticity at the extremities of the complex. Studies by small-angle X-ray scattering of unliganded hCSF-1R point to large domain rearrangements upon CSF-1 binding, and provide structural evidence for the relevance of receptor predimerization at the cell surface. Comparative structural and binding studies aiming to dissect the assembly principles of human and mouse CSF-1R complexes, including a quantification of the CSF-1/CSF-1R species cross-reactivity, show that bivalent cytokine binding to receptor coupled to ensuing receptor-receptor interactions are common denominators in extracellular complex formation.
履歴
登録2011年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年10月21日-
マップ公開2011年12月16日-
更新2012年5月3日-
現状2012年5月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1977_CSF1R_i...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendering of the hCSF-1RD1-D5 hCSF-1 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.5 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.01 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.03322909 - 0.22371151
平均 (標準偏差)-0.0002531 (±0.00919499)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 280.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.53.53.5
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.000280.000280.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0330.224-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the co...

全体名称: Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the complete ectodomain of hCSF-1R
要素
  • 試料: Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the complete ectodomain of hCSF-1R
  • タンパク質・ペプチド: Colony Stimulating Factor-1 Receptor (CSF-1R)
  • タンパク質・ペプチド: Colony Stimulating Factor-1

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超分子 #1000: Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the co...

超分子名称: Complex of human Colony-Stimulating Factor-1 (hCSF-1) with the complete ectodomain of hCSF-1R
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Dimeric / Number unique components: 2
分子量実験値: 145 KDa / 理論値: 145 KDa / 手法: Multi-angle laser light scattering

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分子 #1: Colony Stimulating Factor-1 Receptor (CSF-1R)

分子名称: Colony Stimulating Factor-1 Receptor (CSF-1R) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: CSF-1R / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 76 KDa / 理論値: 76 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens, HEK293T cell line / 組換プラスミド: pHLSec

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分子 #2: Colony Stimulating Factor-1

分子名称: Colony Stimulating Factor-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: CSF-1 / コピー数: 2 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Homo sapiens, HEK293T cell line / 組換プラスミド: pHLSec

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM NaPO4 pH 7.40, 150 mM NaCl.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Purified sample at 0.2 mg/mL in PBS buffer was applied to the clear side of carbon on a carbon-mica interface and stained by floating on 2 % (w/v) uranyl acetate.
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1200EXII
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.1 mm / 倍率（公称値）: 40000
試料ステージ試料ホルダー: Jeol / 試料ホルダーモデル: JEOL
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3. Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, SPIDER / 使用した粒子像数: 9421

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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