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- EMDB-1972: Complex of E. coli MacA-AcrA hybrid and Aa MacA-TolC hybrid dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1972
タイトルComplex of E. coli MacA-AcrA hybrid and Aa MacA-TolC hybrid dimer
マップデータThis is an image of a surface rendered side-view of TolC and AcrA complex
試料
  • 試料: E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer
  • タンパク質・ペプチド: MacA-AcrA Hybrid
  • タンパク質・ペプチド: Aa MacATolC Hybrid Dimer
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 37.0 Å
データ登録者Xu Y / Lee M / Moeller A / Song S / Yoon BY / Kim HM / Jun SY / Lee K / Ha NC
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: Funnel-like hexameric assembly of the periplasmic adapter protein in the tripartite multidrug efflux pump in gram-negative bacteria.
著者: Yongbin Xu / Minho Lee / Arne Moeller / Saemee Song / Bo-Young Yoon / Hong-Man Kim / So-Young Jun / Kangseok Lee / Nam-Chul Ha /
要旨: Gram-negative bacteria expel diverse toxic chemicals through the tripartite efflux pumps spanning both the inner and outer membranes. The Escherichia coli AcrAB-TolC pump is the principal multidrug ...Gram-negative bacteria expel diverse toxic chemicals through the tripartite efflux pumps spanning both the inner and outer membranes. The Escherichia coli AcrAB-TolC pump is the principal multidrug exporter that confers intrinsic drug tolerance to the bacteria. The inner membrane transporter AcrB requires the outer membrane factor TolC and the periplasmic adapter protein AcrA. However, it remains ambiguous how the three proteins are assembled. In this study, a hexameric model of the adapter protein was generated based on the propensity for trimerization of a dimeric unit, and this model was further validated by presenting its channel-forming property that determines the substrate specificity. Genetic, in vitro complementation, and electron microscopic studies provided evidence for the binding of the hexameric adapter protein to the outer membrane factor in an intermeshing cogwheel manner. Structural analyses suggested that the adapter covers the periplasmic region of the inner membrane transporter. Taken together, we propose an adapter bridging model for the assembly of the tripartite pump, where the adapter protein provides a bridging channel and induces the channel opening of the outer membrane factor in the intermeshing tip-to-tip manner.
履歴
登録2011年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年9月26日-
マップ公開2012年9月26日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.22
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1972.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1972.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an image of a surface rendered side-view of TolC and AcrA complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.48 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.22 / ムービー #1: 0.22
最小 - 最大-0.33917034 - 1.33412397
平均 (標準偏差)0.00091516 (±0.04213304)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-56-56-56
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 613.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.485.485.48
M x/y/z112112112
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z613.760613.760613.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-56-56-56
NC/NR/NS112112112
D min/max/mean-0.3391.3340.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer

全体名称: E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer
要素
  • 試料: E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer
  • タンパク質・ペプチド: MacA-AcrA Hybrid
  • タンパク質・ペプチド: Aa MacATolC Hybrid Dimer

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超分子 #1000: E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer

超分子名称: E. coli MacA-AcrA Hybrid and Aa MacATolC Hybrid Dimer
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: MacA-AcrA Hybrid

分子名称: MacA-AcrA Hybrid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: AcrA / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #2: Aa MacATolC Hybrid Dimer

分子名称: Aa MacATolC Hybrid Dimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: TolC / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: room temperature / 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
日付2010年10月11日
撮影平均電子線量: 15 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: whole image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 APPION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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