+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1705 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mechanism of eIF6s anti-association activity | |||||||||
マップデータ | 60S-eIF6 complex from S. cerevisiae | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | 60S / ribosome (リボソーム) / eIF6 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor ...maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / translation initiation factor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Gartmann M / Blau M / Armache J-P / Mielke T / Topf M / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010 タイトル: Mechanism of eIF6-mediated inhibition of ribosomal subunit joining. 著者: Marco Gartmann / Michael Blau / Jean-Paul Armache / Thorsten Mielke / Maya Topf / Roland Beckmann / 要旨: During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of ...During the process of ribosomal assembly, the essential eukaryotic translation initiation factor 6 (eIF6) is known to act as a ribosomal anti-association factor. However, a molecular understanding of the anti-association activity of eIF6 is still missing. Here we present the cryo-electron microscopy reconstruction of a complex of the large ribosomal subunit with eukaryotic eIF6 from Saccharomyces cerevisiae. The structure reveals that the eIF6 binding site involves mainly rpL23 (L14p in Escherichia coli). Based on our structural data, we propose that the mechanism of the anti-association activity of eIF6 is based on steric hindrance of intersubunit bridge formation around the dynamic bridge B6. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1705.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1705-v30.xml emd-1705.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | em1705.png | 260.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1705 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1705 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1705.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 60S-eIF6 complex from S. cerevisiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.71 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 60S-eIF6 complex
全体 | 名称: 60S-eIF6 complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: 60S-eIF6 complex
超分子 | 名称: 60S-eIF6 complex / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: Reconstituted complex of 60S subunits with eIF6 in vitreous ice 集合状態: Heterodimer / Number unique components: 2 |
---|
-超分子 #1: 60S
超分子 | 名称: 60S / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 60S ribosomal subunit / 詳細: 60S subunit, contains rpL23, rpL24 and SRL. / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: LSU 60S |
---|
-分子 #1: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6
分子 | 名称: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EIF-6 / 詳細: Residues 1-224 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 38900 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: FEI Polara cartridge system / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 95 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Defocus group volumes |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider |