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万見
- EMDB-1617: C12 symmetrised 3D reconstruction of the Shigella flexneri T3SS n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1617
タイトルC12 symmetrised 3D reconstruction of the Shigella flexneri T3SS needle complex from negatively stained sample electron micrographs
マップデータThis is a 3D reconstruction of the Shigella flexneri 'needle complex' from negative stain images, done with C12 symmetry imposed. The resolution is 21-25A.
試料
  • 試料: Shigella flexneri T3SS needle complex
  • タンパク質・ペプチド: Spa24
  • タンパク質・ペプチド: Spa40
  • タンパク質・ペプチド: MxiM
  • タンパク質・ペプチド: MxiI
  • タンパク質・ペプチド: MxiG
  • タンパク質・ペプチド: MxiJ
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
  • タンパク質・ペプチド: MxiD
キーワードShigella flexneri Type III secretion system Needle complex Microbial pathogenesis
機能・相同性Yop virulence translocation protein R / Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion system, needle protein / Flagellar M-ring , N-terminal / protein secretion / : / cell outer membrane / protein transport
機能・相同性情報
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Hodgkinson JL / Horsley A / Stabat D / Simon M / Johnson S / da Fonseca PCA / Morris EP / Wall JS / Lea SM / Blocker AJ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2009
タイトル: Three-dimensional reconstruction of the Shigella T3SS transmembrane regions reveals 12-fold symmetry and novel features throughout.
著者: Julie L Hodgkinson / Ashley Horsley / David Stabat / Martha Simon / Steven Johnson / Paula C A da Fonseca / Edward P Morris / Joseph S Wall / Susan M Lea / Ariel J Blocker /
要旨: Type III secretion systems (T3SSs) mediate bacterial protein translocation into eukaryotic cells, a process essential for virulence of many Gram-negative pathogens. They are composed of a cytoplasmic ...Type III secretion systems (T3SSs) mediate bacterial protein translocation into eukaryotic cells, a process essential for virulence of many Gram-negative pathogens. They are composed of a cytoplasmic secretion machinery and a base that bridges both bacterial membranes, into which a hollow, external needle is embedded. When isolated, the latter two parts are termed the 'needle complex'. An incomplete understanding of the structure of the needle complex has hampered studies of T3SS function. To estimate the stoichiometry of its components, we measured the mass of its subdomains by scanning transmission electron microscopy (STEM). We determined subunit symmetries by analysis of top and side views within negatively stained samples in low-dose transmission electron microscopy (TEM). Application of 12-fold symmetry allowed generation of a 21-25-A resolution, three-dimensional reconstruction of the needle complex base, revealing many new features and permitting tentative docking of the crystal structure of EscJ, an inner membrane component.
履歴
登録2009年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年5月20日-
マップ公開2009年5月27日-
更新2010年4月23日-
現状2010年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1617.gif

1617.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 3D reconstruction of the Shigella flexneri 'needle complex' from negative stain images, done with C12 symmetry imposed. The resolution is 21-25A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 182 pix.
= 476.84 Å		2.62 Å/pix.
x 182 pix.
= 476.84 Å		2.62 Å/pix.
x 182 pix.
= 476.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-13.1014 - 9.57075
平均 (標準偏差)-0.00000000106342 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-91-91-91
サイズ182182182
Spacing182182182
セルA=B=C: 476.84 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z182182182
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z476.840476.840476.840
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-91-91-91
NC/NR/NS182182182
D min/max/mean-13.1019.571-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Shigella flexneri T3SS needle complex

全体名称: Shigella flexneri T3SS needle complex
要素
  • 試料: Shigella flexneri T3SS needle complex
  • タンパク質・ペプチド: Spa24
  • タンパク質・ペプチド: Spa40
  • タンパク質・ペプチド: MxiM
  • タンパク質・ペプチド: MxiI
  • タンパク質・ペプチド: MxiG
  • タンパク質・ペプチド: MxiJ
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
  • タンパク質・ペプチド: MxiD

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超分子 #1000: Shigella flexneri T3SS needle complex

超分子名称: Shigella flexneri T3SS needle complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Affinity purified using His6 tag on MxiG N-term Contains detergent (see Zenk et al., 2007)
集合状態: Large macromolecular complex (total list of components not yet known)
Number unique components: 8
分子量実験値: 3.6 MDa / 手法: STEM analysis

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分子 #1: Spa24

分子名称: Spa24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Spa24
詳細: This is the MW of the monomer, which must be cleaved in its cytoplasmic portion during T3SS biogenesis.
集合状態: Unknown / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: inner membrane protein
分子量理論値: 240 KDa
配列GO: protein secretion / InterPro: Yop virulence translocation protein R

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分子 #2: Spa40

分子名称: Spa40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Spa40
詳細: This is the MW of the monomer, which must be cleaved in its cytoplasmic portion during T3SS biogenesis.
集合状態: Unknown / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: polytopic-inner membrane protein
分子量理論値: 400 KDa
配列GO: protein secretion
InterPro: Type III exporter system, secretion apparatus protein BsaZ

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分子 #3: MxiM

分子名称: MxiM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: MxiM / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 12 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: outside face of outer membrane
分子量理論値: 150 KDa
配列GO: cell outer membrane

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分子 #4: MxiI

分子名称: MxiI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: MxiI / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 10 / 集合状態: Helical polymer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: periplasmic space
分子量理論値: 100 KDa
配列GO: protein transport

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分子 #5: MxiG

分子名称: MxiG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / Name.synonym: MxiG / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 24 / 集合状態: Probable homo-24mer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: spans inner membrane
分子量理論値: 430 KDa
配列GO: GO: 0009405

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分子 #6: MxiJ

分子名称: MxiJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / Name.synonym: MxiJ
詳細: This is the MW of the monomer with its N-terminal lipid modification site processed (but MW of lipid moiety unknown).
コピー数: 12 / 集合状態: Probable homo-dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system
細胞中の位置: mostly periplasmic face of inner membrane
分子量理論値: 250 KDa
配列GO: protein secretion / InterPro: Flagellar M-ring , N-terminal

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分子 #7: MxiH

分子名称: MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / Name.synonym: MxiH / 詳細: This is the MW of the monomer. / コピー数: 120 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: Extracellular
分子量理論値: 90 KDa
配列GO: GO: 0009405 / InterPro: Type III secretion system, needle protein

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分子 #8: MxiD

分子名称: MxiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / Name.synonym: MxiD
詳細: This is the MW of the monomer without it's signal sequence included
コピー数: 12 / 集合状態: homo-dodecamer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌) / 株: Shigella flexneri M90T / 別称: Dysentery bacillus / 細胞: Gram-negative bacterium / Organelle: Type III secretion system / 細胞中の位置: Outer membrane
分子量理論値: 620 KDa
配列GO: protein secretion
InterPro: Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.050 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 10mM Tris pH 8, 0.1% Triton X-100 and 1mM EDTA buffer
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: negatively stained in unbuffered 2% aqueous uranyl acetate
グリッド詳細: 400 mesh copper grids (Athene) covered with holey carbon film over which thin plain carbon was laid were used
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48600 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
詳細Low-dose mode was used
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 126 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

最終 2次元分類クラス数: 4
最終 角度割当詳細: Imagic beta 87-93 degrees gamma 0-30 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER IMAGIC5
詳細: Maps were generated from 41 individual images (selected through image processing out of an initial pool of 3000)
使用した粒子像数: 41
詳細Numbers of particles given are for final reconstruction. We started with over 3000. Particles were selected using Ximdisp software, cut out to an initial box size of 400 by 400 pixel and coarsened to 2.62A per pixel using Label prior to further processing.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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