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- EMDB-1553: Pretranslocation ribosome. Group after ML3D classification. Rache... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1553
タイトルPretranslocation ribosome. Group after ML3D classification. Racheted ribosome with tRNAs in hybrid positions.
マップデータRacheted ribosome with tRNAs in hybrid positions.
試料
  • 試料: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu
  • 複合体: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state
キーワードribosome (リボソーム) / pretranslocation / hybrid
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Julian P / Konevega AL / Scheres SHW / Lazaro M / Gil D / Wintermeyer W / Rodnina MV / Valle M
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2008
タイトル: Structure of ratcheted ribosomes with tRNAs in hybrid states.
著者: Patricia Julián / Andrey L Konevega / Sjors H W Scheres / Melisa Lázaro / David Gil / Wolfgang Wintermeyer / Marina V Rodnina / Mikel Valle /
要旨: During protein synthesis, tRNAs and mRNA move through the ribosome between aminoacyl (A), peptidyl (P), and exit (E) sites of the ribosome in a process called translocation. Translocation is ...During protein synthesis, tRNAs and mRNA move through the ribosome between aminoacyl (A), peptidyl (P), and exit (E) sites of the ribosome in a process called translocation. Translocation is accompanied by the displacement of the tRNAs on the large ribosomal subunit toward the hybrid A/P and P/E states and by a rotational movement (ratchet) of the ribosomal subunits relative to one another. So far, the structure of the ratcheted state has been observed only when translation factors were bound to the ribosome. Using cryo-electron microscopy and classification, we show here that ribosomes can spontaneously adopt a ratcheted conformation with tRNAs in their hybrid states. The peptidyl-tRNA molecule in the A/P state, which is visualized here, is not distorted compared with the A/A state except for slight adjustments of its acceptor end, suggesting that the displacement of the A-site tRNA on the 50S subunit is passive and is induced by the 30S subunit rotation. Simultaneous subunit ratchet and formation of the tRNA hybrid states precede and may promote the subsequent rapid and coordinated tRNA translocation on the 30S subunit catalyzed by elongation factor G.
履歴
登録2008年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年9月15日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1553.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Racheted ribosome with tRNAs in hybrid positions.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å		2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å		2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 32.0 / ムービー #1: 32
最小 - 最大-81.066000000000003 - 192.718999999999994
平均 (標準偏差)3.9672 (±24.584399999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 352 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-81-81-81
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-81.066192.7193.967

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu

全体名称: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu
要素
  • 試料: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu
  • 複合体: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state

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超分子 #1000: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu

超分子名称: 70 mRNA tRNAfMet fMetLeu-tRNALeu / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 3

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超分子 #1: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state

超分子名称: 70S E.coli ribosome in the pretranslocation state / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: pretranslocation ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5 30mM KCl 70 mM NH4Cl 20 mM MgCl2 2 mM spermine
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryoEM
グリッド詳細: Quantifoil 300 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: single blot for 1.5 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm
試料ステージ試料ホルダー: single tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 90 K
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.2 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: volume
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER XMIPP / 詳細: subset after ML3D classification / 使用した粒子像数: 12590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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