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万見
- EMDB-1508: 3.88 Angstrom structure of cytoplasmic polyhedrosis virus by sing... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1508
タイトル3.88 Angstrom structure of cytoplasmic polyhedrosis virus by single-particle cryo-electron microscopy
マップデータThis is the whole cryoEM 2f map for the icosahedral Cytoplasmic Polyhedrosis Virus (CPV).
試料
  • 試料: cytoplasmic polyhedrosis virusCypovirus
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
キーワードvirus (ウイルス) / strcuture / CPV / cryo-electron microscopy (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性: / : / CPV Capsid shell protein VP1, small protrusion domain / Inner layer core protein VP1-like, C-terminal / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / Capsid protein VP1 / VP3
機能・相同性情報
生物種Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者YU X / Jin L / Zhou ZH
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: 3.88 A structure of cytoplasmic polyhedrosis virus by cryo-electron microscopy.
著者: Xuekui Yu / Lei Jin / Z Hong Zhou /
要旨: Cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) is unique within the Reoviridae family in having a turreted single-layer capsid contained within polyhedrin inclusion bodies, yet being fully capable of cell ...Cytoplasmic polyhedrosis virus (CPV) is unique within the Reoviridae family in having a turreted single-layer capsid contained within polyhedrin inclusion bodies, yet being fully capable of cell entry and endogenous RNA transcription. Biochemical data have shown that the amino-terminal 79 residues of the CPV turret protein (TP) is sufficient to bring CPV or engineered proteins into the polyhedrin matrix for micro-encapsulation. Here we report the three-dimensional structure of CPV at 3.88 A resolution using single-particle cryo-electron microscopy. Our map clearly shows the turns and deep grooves of alpha-helices, the strand separation in beta-sheets, and densities for loops and many bulky side chains; thus permitting atomic model-building effort from cryo-electron microscopy maps. We observed a helix-to-beta-hairpin conformational change between the two conformational states of the capsid shell protein in the region directly interacting with genomic RNA. We have also discovered a messenger RNA release hole coupled with the mRNA capping machinery unique to CPV. Furthermore, we have identified the polyhedrin-binding domain, a structure that has potential in nanobiotechnology applications.
履歴
登録2008年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年4月16日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2012年12月26日-
現状2012年12月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3cnf
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3cnf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1508.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1508.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the whole cryoEM 2f map for the icosahedral Cytoplasmic Polyhedrosis Virus (CPV).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 771 pix.
= 747.87 Å		0.97 Å/pix.
x 771 pix.
= 747.87 Å		0.97 Å/pix.
x 771 pix.
= 747.87 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.644 / ムービー #1: 0.8
最小 - 最大0.0 - 8.028090000000001
平均 (標準偏差)0.0903673 (±0.386624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-385-385-385
サイズ771771771
Spacing771771771
セルA=B=C: 747.87 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.970.970.97
M x/y/z771771771
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z747.870747.870747.870
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ494949
NX/NY/NZ969696
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-385-385-385
NC/NR/NS771771771
D min/max/mean0.0008.0280.090

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添付データ

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セグメンテーションマップ: This is a segment of the asymmetric unit

注釈This is a segment of the asymmetric unit
ファイルemd_1508_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cytoplasmic polyhedrosis virus

全体名称: cytoplasmic polyhedrosis virusCypovirus
要素
  • 試料: cytoplasmic polyhedrosis virusCypovirus
  • ウイルス: Bombyx mori cypovirus 1 (ウイルス)

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超分子 #1000: cytoplasmic polyhedrosis virus

超分子名称: cytoplasmic polyhedrosis virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: whole infectious virus / 集合状態: icosahedral particle of whole virus / Number unique components: 5

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超分子 #1: Bombyx mori cypovirus 1

超分子名称: Bombyx mori cypovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: CPV
詳細: CPV is an unenveloped virus wiht a single-shell capsid and diameter of 750 Angstroms.
NCBI-ID: 110829 / 生物種: Bombyx mori cypovirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: CPV
宿主生物種: Bombyx mori (カイコ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 750 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM PBS
グリッド詳細: the holes of holey carbon films
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: lab-made plunger. Vitrification was carried out at room temperature. CPV were embedded in a thin layer of vitreous ice suspended across the holes of holey carbon ...詳細: Vitrification instrument: lab-made plunger. Vitrification was carried out at room temperature. CPV were embedded in a thin layer of vitreous ice suspended across the holes of holey carbon films for cryoEM imaging.
手法: blot for 3 seconds wiht filter paper before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 154380 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.15 µm / 倍率（公称値）: 154380
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 100 K
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS / 平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMIRS
詳細: Determination of particle orientation and center parameters and subsequent 3D reconstruction were carried out using programs in the IMIRS software package, which are based on Fourier common ...詳細: Determination of particle orientation and center parameters and subsequent 3D reconstruction were carried out using programs in the IMIRS software package, which are based on Fourier common lines and Fourier-Bessel synthesis methods. Prior to the merging of particles for 3D reconstruction, the Fourier transform values of individual images were corrected for the CTF with 15 percent amplitude contrast and a decay factor of 35 sq. Angstroms.
使用した粒子像数: 12814
詳細Focal pairs of micrographs were recorded on 4KX4K charge-coupled device (CCD) camera.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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