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万見
- EMDB-1459: Partitivirus structure reveals a 120-subunit, helix-rich capsid w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1459
タイトルPartitivirus structure reveals a 120-subunit, helix-rich capsid with distinctive surface arches formed by quasisymmetric coat-protein dimers.
マップデータThis is the final map calculated
試料
  • 試料: PsV-S
  • ウイルス: Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)
生物種Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å
データ登録者Ochoa WF / Havens WM / Sinkovits RS / Nibert ML / Ghabrial SA / Baker TS
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Partitivirus structure reveals a 120-subunit, helix-rich capsid with distinctive surface arches formed by quasisymmetric coat-protein dimers.
著者: Wendy F Ochoa / Wendy M Havens / Robert S Sinkovits / Max L Nibert / Said A Ghabrial / Timothy S Baker /
要旨: Two distinct partitiviruses, Penicillium stoloniferum viruses S and F, can be isolated from the fungus Penicillium stoloniferum. The bisegmented dsRNA genomes of these viruses are separately packaged ...Two distinct partitiviruses, Penicillium stoloniferum viruses S and F, can be isolated from the fungus Penicillium stoloniferum. The bisegmented dsRNA genomes of these viruses are separately packaged in icosahedral capsids containing 120 coat-protein subunits. We used transmission electron cryomicroscopy and three-dimensional image reconstruction to determine the structure of Penicillium stoloniferum virus S at 7.3 A resolution. The capsid, approximately 350 A in outer diameter, contains 12 pentons, each of which is topped by five arched protrusions. Each of these protrusions is, in turn, formed by a quasisymmetric dimer of coat protein, for a total of 60 such dimers per particle. The density map shows numerous tubular features, characteristic of alpha helices and consistent with secondary structure predictions for the coat protein. This three-dimensional structure of a virus from the family Partitiviridae exhibits both similarities to and differences from the so-called "T = 2" capsids of other dsRNA viruses.
履歴
登録2007年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年11月14日-
マップ公開2008年1月3日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1459.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 206 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the final map calculated
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 381 pix.
= 468.63 Å		1.23 Å/pix.
x 381 pix.
= 468.63 Å		1.23 Å/pix.
x 381 pix.
= 468.63 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.18 / ムービー #1: 2.4
最小 - 最大-1.77061069 - 6.65659952
平均 (標準偏差)0.23081067 (±0.8776772)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-190-190-190
サイズ381381381
Spacing381381381
セルA=B=C: 468.63 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z381381381
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z468.630468.630468.630
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-59
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-190-190-190
NC/NR/NS381381381
D min/max/mean-1.7716.6570.231

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PsV-S

全体名称: PsV-S
要素
  • 試料: PsV-S
  • ウイルス: Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)

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超分子 #1000: PsV-S

超分子名称: PsV-S / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Penicillium stoloniferum virus S

超分子名称: Penicillium stoloniferum virus S / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PsV-S / NCBI-ID: 216371 / 生物種: Penicillium stoloniferum virus S / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PsV-S
宿主生物種: Penicillium Stoloniferum (菌類) / 別称: FUNGI
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: PsV-S / 直径: 35 Å / T番号(三角分割数): 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPHERA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER
試料ステージ試料ホルダー: Polara / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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