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- EMDB-14407: Single particle structure of keyhole limpet hemocyanin obtained v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14407
タイトルSingle particle structure of keyhole limpet hemocyanin obtained via iDPC scanning transmission electron microscopy
マップデータsharpened map from cryosparc local refinement v3.3.1
試料
  • 複合体: keyhole limpet hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: keyhole limpet hemocyanin
キーワードiDPC / STEM (ステム) / KLH / single particle analysis (単粒子解析法) / OXYGEN TRANSPORT (血液)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemocyanin beta-sandwich domain / Haemocyanin C-terminal domain superfamily / Haemocyanin beta-sandwich / Tyrosinase CuA-binding region signature. / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Megathura crenulata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.51 Å
データ登録者Mann D / Lazic I / Wirix M / de Haas F / Sachse C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022
タイトル: Single-particle cryo-EM structures from iDPC-STEM at near-atomic resolution.
著者: Ivan Lazić / Maarten Wirix / Max Leo Leidl / Felix de Haas / Daniel Mann / Maximilian Beckers / Evgeniya V Pechnikova / Knut Müller-Caspary / Ricardo Egoavil / Eric G T Bosch / Carsten Sachse /
要旨: In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently ...In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently computationally combined into a high-resolution three-dimensional structure. Here, we apply scanning transmission electron microscopy (STEM) using the integrated differential phase contrast mode also known as iDPC-STEM to two cryo-EM test specimens, keyhole limpet hemocyanin (KLH) and tobacco mosaic virus (TMV). The micrographs show complete contrast transfer to high resolution and enable the cryo-EM structure determination for KLH at 6.5 Å resolution, as well as for TMV at 3.5 Å resolution using single-particle reconstruction methods, which share identical features with maps obtained by CTEM of a previously acquired same-sized TMV data set. These data show that STEM imaging in general, and in particular the iDPC-STEM approach, can be applied to vitrified single-particle specimens to determine near-atomic resolution cryo-EM structures of biological macromolecules.
履歴
登録2022年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map from cryosparc local refinement v3.3.1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 624.64 Å		2.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 624.64 Å		2.44 Å/pix.
x 256 pix.
= 624.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.62414944 - 2.1362143
平均 (標準偏差)-0.0010584741 (±0.17536116)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 624.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14407_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_14407_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map B

ファイルemd_14407_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : keyhole limpet hemocyanin

全体名称: keyhole limpet hemocyanin
要素
  • 複合体: keyhole limpet hemocyanin
    • タンパク質・ペプチド: keyhole limpet hemocyanin

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超分子 #1: keyhole limpet hemocyanin

超分子名称: keyhole limpet hemocyanin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物)

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分子 #1: keyhole limpet hemocyanin

分子名称: keyhole limpet hemocyanin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Megathura crenulata (無脊椎動物)
配列文字列: MLSVRLLIVV LALANAENLV RKSVEHLTQE ETLDLQAALR ELQMDSSSIG FQKIAAAHGA PASCVHKDTS IACCIHGMPT FPHWHRAYVV HMERALQTKR RTSGLPYWDW TEPITQLPSL AADPVYIDSQ GGKAHTNYWY RGNIDFLDKK TNRAVDDRLF EKVKPGQHTH ...文字列:
MLSVRLLIVV LALANAENLV RKSVEHLTQE ETLDLQAALR ELQMDSSSIG FQKIAAAHGA PASCVHKDTS IACCIHGMPT FPHWHRAYVV HMERALQTKR RTSGLPYWDW TEPITQLPSL AADPVYIDSQ GGKAHTNYWY RGNIDFLDKK TNRAVDDRLF EKVKPGQHTH LMESVLDALE QDEFCKFEIQ FELAHNAIHY LVGGKHDYSM ANLEYTAYDP IFFLHHSNVD RIFAIWQRLQ ELRNKDPKAM DCAQELLHQK MEPFSWEDND IPLTNEHSTP ADLFDYCELH YDYDTLNLNG MTPEELKTYL DERSSRARAF ASFRLKGFGG SANVFVYVCI PDDNDRNDDH CEKAGDFFVL GGPSEMKWQF YRPYLFDLSD TVHKMGMKLD GHYTVKAELF SVNGTALPDD LLPHPVVVHH PEKGFTDPPV KHHQSANLLV RKNINDLTRE EVLNLREAFH KFQEDRSVDG YQATAEYHGL PARCPRPDAK DRYACCVHGM PIFPHWHRLF VTQVEDALVG RGATIGIPYW DWTEPMTHIP GLAGNKTYVD SHGASHTNPF HSSVIAFEEN APHTKRQIDQ RLFKPATFGH HTDLFNQILY AFEQEDYCDF EVQFEITHNT IHAWTGGSEH FSMSSLHYTA FDPLFYFHHS NVDRLWAVWQ ALQMRRHKPY RAHCAISLEH MHLKPFAFSS PLNNNEKTHA NAMPNKIYDY ENVLHYTYED LTFGGISLEN IEKMIHENQQ EDRIYAGFLL AGIRTSANVD IFIKTTDSVQ HKAGTFAVLG GSKEMKWGFD RVFKFDITHV LKDLDLTADG DFEVTVDITE VDGTKLASSL IPHASVIREH ARVKFDKVPR SRLIRKNVDR LSPEEMNELR KALALLKEDK SAGGFQQLGA FHGEPKWCPS PEASKKFACC VHGMSVFPHW HRLLTVQSEN ALRRHGYDGA LPYWDWTSPL NHLPELADHE KYVDPEDGVE KHNPWFDGHI DTVDKTTTRS VQNKLFEQPE FGHYTSIAKQ VLLALEQDNF CDFEIQYEIA HNYIHALVGG AQPYGMASLR YTAFDPLFYL HHSNTDRIWA IWQALQKYRG KPYNVANCAV TSMREPLQPF GLSANINTDH VTKEHSVPFN VFDYKTNFNY EYDTLEFNGL SISQLNKKLE AIKSQDRFFA GFLLSGFKKS SLVKFNICTD SSNCHPAGEF YLLGDENEMP WAYDRVFKYD ITEKLHDLKL HAEDHFYIDY EVFDLKPASL GKDLFKQPSV IHEPRIGHHE GEVYQAEVTS ANRIRKNIEN LSLGELESLR AAFLEIENDG TYESIAKFHG SPGLCQLNGN PISCCVHGMP TFPHWHRLYV VVVENALLKK GSSVAVPYWD WTKRIEHLPH LISDATYYNS RQHHYETNPF HHGKITHENE ITTRDPKDSL FHSDYFYEQV LYALEQDNFC DFEIQLEILH NALHSLLGGK GKYSMSNLDY AAFDPVFFLH HATTDRIWAI WQDLQRFRKR PYREANCAIQ LMHTPLQPFD KSDNNDEATK THATPHDGFE YQNSFGYAYD NLELNHYSIP QLDHMLQERK RHDRVFAGFL LHNIGTSADG HVFVCLPTGE HTKDCSHEAG MFSILGGQTE MSFVFDRLYK LDITKALKKN GVHLQGDFDL EIEITAVNGS HLDSHVIHSP TILFEAGTDS AHTDDGHTEP VMIRKDITQL DKRQQLSLVK ALESMKADHS SDGFQAIASF HALPPLCPSP AASKRFACCV HGMATFPQWH RLYTVQFQDS LRKHGAVVGL PYWDWTLPRS ELPELLTVST IHDPETGRDI PNPFIGSKIE FEGENVHTKR DINRDRLFQG STKTHHNWFI EQALLALEQT NYCDFEVQFE IMHNGVHTWV GGKEPYGIGH LHYASYDPLF YIHHSQTDRI WAIWQSLQRF RGLSGSEANC AVNLMKTPLK PFSFGAPYNL NDHTHDFSKP EDTFDYQKFG YIYDTLEFAG WSIRGIDHIV RNRQEHSRVF AGFLLEGFGT SATVDFQVCR TAGDCEDAGY FTVLGGEKEM PWAFDRLYKY DITETLDKMN LRHDEIFQIE VTITSYDGTV LDSGLIPTPS IIYDPAHHDI SSHHLSLNKV RHDLSTLSER DIGSLKYALS SLQADTSADG FAAIASFHGL PAKCNDSHNN EVACCIHGMP TFPHWHRLYT LQFEQALRRH GSSVAVPYWD WTKPIHNIPH LFTDKEYYDV WRNKVMPNPF ARGYVPSHDT YTVRDVQEGL FHLTSTGEHS ALLNQALLAL EQHDYCDFAV QFEVMHNTIH YLVGGPQVYS LSSLHYASYD PIFFIHHSFV DKVWAVWQAL QEKRGLPSDR ADCAVSLMTQ NMRPFHYEIN HNQFTKKHAV PNDVFKYELL GYRYDNLEIG GMNLHEIEKE IKDKQHHVRV FAGFLLHGIR TSADVQFQIC KTSEDCHHGG QIFVLGGTKE MAWAYNRLFK YDITHALHDA HITPEDVFHP SEPFFIKVSV TAVNGTVLPA SILHAPTIIY EPGLDHHEDH HSSSMAGHGV RKEINTLTTA EVDNLKDAMR AVMADHGPNG YQAIAAFHGN PPMCPMPDGK NYSCCTHGMA TFPHWHRLYT KQMEDALTAH GARVGLPYWD GTTAFTALPT FVTDEEDNPF HHGHIDYLGV DTTRSPRDKL FNDPERGSES FFYRQVLLAL EQTDFCQFEV QFEITHNAIH SWTGGLTPYG MSTLEYTTYD PLFWLHHANT DRIWAIWQAL QEYRGLPYDH ANCEIQAMKR PLRPFSDPIN HNAFTHSNAK PTDVFEYSRF NFQYDNLRFH GMTIKKLEHE LEKQKEEDRT FAAFLLHGIK KSADVSFDVC NHDGECHFAG TFAILGGEHE MPWSFDRLFR YDITQVLKQM HLEYDSDFTF HMRIIDTSGK QLPSDLIKMP TVEHSPGGKH HEKHHEDHHE DILVRKNIHS LSHHEAEELR DALYKLQNDE SHGGYEHIAG FHGYPNLCPE KGDEKYPCCV HGMSIFPHWH RLHTIQFERA LKKHGSHLGI PYWDWTQTIS SLPTFFADSG NNNPFFKYHI RSINQDTVRD VNEAIFQQTK FGEFSSIFYL ALQALEEDNY CDFEVQYEIL HNEVHALIGG AEKYSMSTLE YSAFDPYFMI HHASLDKIWI IWQELQKRRV KPAHAGSCAG DIMHVPLHPF NYESVNNDDF TRENSLPNAV VDSHRFNYKY DNLNLHGHNI EELEEVLRSL RLKSRVFAGF VLSGIRTTAV VKVYIKSGTD SDDEYAGSFV ILGGAKEMPW AYERLYRFDI TETVHNLNLT DDHVKFRFDL KKYDHTELDA SVLPAPIIVR RPNNAVFDII EIPIGKDVNL PPKVVVKRGT KIMFMSVDEA VTTPMLNLGS YTAMFKCKVP PFSFHAFELG KMYSVESGDY FMTASTTELC NDNNLRIHVH VDDE

UniProtKB: Hemocyanin 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
詳細: STEM imaging was conducted using a Thermo Fisher Scientific Titan Krios G4, operated at 300 kV. The column was equipped with a standard high-brightness field emission gun (XFEG), three- ...詳細: STEM imaging was conducted using a Thermo Fisher Scientific Titan Krios G4, operated at 300 kV. The column was equipped with a standard high-brightness field emission gun (XFEG), three-condenser lens system, C-TWIN objective lens with wide-gap pole piece (11 mm and Cs = 2.7mm), Panther segmented STEM detector, a Ceta camera and Falcon 4 direct electron detection (DED) camera. A combination of different C2 apertures (20 mum and 50 mum) and C2/C3 lens current ratios were used to create different CSA of the beam. Alignment for STEM was done by aligning beam shift, beam tilt pivot points and beam tilt in STEM mode for the different convergence angles. For accurate determination of the COM, a de-scan alignment has additionally been performed. The CSA of the applied beams were measured with high precision using the Au cross-grating and Ceta camera by first recording the radii of the gold diffraction rings for calibration and subsequently measuring the radius of the bright-field (BF) disc.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 18597
詳細Panther segmented STEM detector
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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