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- EMDB-13729: Cryo-electron tomogram of a single cell of Candidatus Absconditic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13729
タイトルCryo-electron tomogram of a single cell of Candidatus Absconditicoccus praedator
マップデータ
試料
  • 細胞: Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator
キーワードPatescibacteria / bacterium (細菌) / UNKNOWN FUNCTION
生物種bacterium (細菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Gaisin V / Pilhofer M
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255European Union
European Research Council (ERC)679209European Union
引用ジャーナル: Environ Microbiol / 年: 2022
タイトル: Cultivation of a vampire: 'Candidatus Absconditicoccus praedator'.
著者: Michail M Yakimov / Alexander Y Merkel / Vasil A Gaisin / Martin Pilhofer / Enzo Messina / John E Hallsworth / Alexandra A Klyukina / Ekaterina N Tikhonova / Vladimir M Gorlenko /
要旨: Halorhodospira halophila, one of the most-xerophilic halophiles, inhabits biophysically stressful and energetically expensive, salt-saturated alkaline brines. Here, we report an additional stress ...Halorhodospira halophila, one of the most-xerophilic halophiles, inhabits biophysically stressful and energetically expensive, salt-saturated alkaline brines. Here, we report an additional stress factor that is biotic: a diminutive Candidate-Phyla-Radiation bacterium, that we named 'Ca. Absconditicoccus praedator' M39-6, which predates H. halophila M39-5, an obligately photosynthetic, anaerobic purple-sulfur bacterium. We cultivated this association (isolated from the hypersaline alkaline Lake Hotontyn Nur, Mongolia) and characterized their biology. 'Ca. Absconditicoccus praedator' is the first stably cultivated species from the candidate class-level lineage Gracilibacteria (order-level lineage Absconditabacterales). Its closed-and-curated genome lacks genes for the glycolytic, pentose phosphate- and Entner-Doudoroff pathways which would generate energy/reducing equivalents and produce central carbon currencies. Therefore, 'Ca. Absconditicoccus praedator' is dependent on host-derived building blocks for nucleic acid-, protein-, and peptidoglycan synthesis. It shares traits with (the uncultured) 'Ca. Vampirococcus lugosii', which is also of the Gracilibacteria lineage. These are obligate parasitic lifestyle, feeding on photosynthetic anoxygenic Gammaproteobacteria, and absorption of host cytoplasm. Commonalities in their genomic composition and structure suggest that the entire Absconditabacterales lineage consists of predatory species which act to cull the populations of their respective host bacteria. Cultivation of vampire : host associations can shed light on unresolved aspects of their metabolism and ecosystem dynamics at life-limiting extremes.
履歴
登録2021年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月24日-
マップ公開2021年11月24日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_13729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.74 Å/pix.
x 222 pix.
= 2384.28 Å		10.74 Å/pix.
x 574 pix.
= 6164.76 Å		10.74 Å/pix.
x 606 pix.
= 6508.44 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-144.0 - 123.0
平均 (標準偏差)0.5752138 (±6.5920553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128532214
サイズ574606222
Spacing606574222
セルA: 6508.44 Å / B: 6164.76 Å / C: 2384.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z10.7410.7410.74
M x/y/z606574222
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z6508.4406164.7602384.280
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS532-128214
NC/NR/NS606574222
D min/max/mean-144.000123.0000.575

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator

全体名称: Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator
要素
  • 細胞: Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator

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超分子 #1: Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator

超分子名称: Cryo-electron tomogram of a cell of Ca. Absconditicoccus praedator
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: bacterium (細菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 9 / 詳細: The cells have been frozen in a culture medium
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 詳細: PELCO easiGlowTM (Ted Pella) 15 mA for 15 s
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Back side blotting fir 6 s.
詳細Cell suspension
Cryo protectantno cryo-protectant
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 2.524 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.5) / 使用した粒子像数: 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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