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- EMDB-13464: Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chim... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13464
タイトルStructure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP)
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRNA-fMet-mRNA
    • タンパク質・ペプチド: x 53種
    • RNA: x 6種
  • リガンド: x 5種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing ...ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / stringent response / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation elongation factor activity / translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to reactive oxygen species / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / : / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus ...: / Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / EF-G / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / EF-G / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Petrychenko V / Peng BZ / Schwarzer AC / Peske F / Rodnina MV / Fischer N
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number
German Research Foundation (DFG)Leibniz Prize (to M.V.R.) & SFB 860 ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2021
タイトル: Structural mechanism of GTPase-powered ribosome-tRNA movement.
著者: Valentyn Petrychenko / Bee-Zen Peng / Ana C de A P Schwarzer / Frank Peske / Marina V Rodnina / Niels Fischer /
要旨: GTPases are regulators of cell signaling acting as molecular switches. The translational GTPase EF-G stands out, as it uses GTP hydrolysis to generate force and promote the movement of the ribosome ...GTPases are regulators of cell signaling acting as molecular switches. The translational GTPase EF-G stands out, as it uses GTP hydrolysis to generate force and promote the movement of the ribosome along the mRNA. The key unresolved question is how GTP hydrolysis drives molecular movement. Here, we visualize the GTPase-powered step of ongoing translocation by time-resolved cryo-EM. EF-G in the active GDP-Pi form stabilizes the rotated conformation of ribosomal subunits and induces twisting of the sarcin-ricin loop of the 23 S rRNA. Refolding of the GTPase switch regions upon Pi release initiates a large-scale rigid-body rotation of EF-G pivoting around the sarcin-ricin loop that facilitates back rotation of the ribosomal subunits and forward swiveling of the head domain of the small subunit, ultimately driving tRNA forward movement. The findings demonstrate how a GTPase orchestrates spontaneous thermal fluctuations of a large RNA-protein complex into force-generating molecular movement.
履歴
登録2021年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2021年10月20日-
現状2021年10月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7pjy
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 334.08 Å
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 334.08 Å
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 334.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6525 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-8.595601 - 15.891618
平均 (標準偏差)5.7110986e-14 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 334.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.65250.65250.6525
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z334.080334.080334.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ288288288
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-8.59615.8920.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_13464_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_13464_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_13464_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRN...

全体名称: E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRNA-fMet-mRNA
要素
  • 複合体: E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRNA-fMet-mRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoformリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • RNA: P-site tRNA(fMet)
    • RNA: P-site fMet-Phe-tRNA(Phe)
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor GEF-G
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptide (FME-PHE)
    • RNA: mRNA伝令RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM IONナトリウム
  • リガンド: APRAMYCINアプラマイシン
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRN...

超分子名称: E. coli ribosome complex 70S-Apr-EF-G-GDP-Pi-fMet-Phe-tRNAPhe-tRNA-fMet-mRNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#59
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 6.463445 KDa
配列文字列:
MAVQQNKPTR SKRGMRRSHD ALTAVTSLSV DKTSGEKHLR HHITADGYYR GRKVIAK

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L10

分子名称: 50S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 17.736596 KDa
配列文字列:
MALNLQDKQA IVAEVSEVAK GALSAVVADS RGVTVDKMTE LRKAGREAGV YMRVVRNTLL RRAVEGTPFE CLKDAFVGPT LIAYSMEHP GAAARLFKEF AKANAKFEVK AAAFEGELIP ASQIDRLATL PTYEEAIARL MATMKEASAG KLVRTLAAVR D AKEAA

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 7.887117 KDa
配列文字列:
MKKDIHPKYE EITASCSCGN VMKIRSTVGH DLNLDVCSKC HPFFTGKQRD VATGGRVDRF NKRFNIPGSK

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 22.277535 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN QTPGKVFKGK K MAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 20.333611 KDa
配列文字列:
MAKLHDYYKD EVVKKLMTEF NYNSVMQVPR VEKITLNMGV GEAIADKKLL DNAAADLAAI SGQKPLITKA RKSVAGFKIR QGYPIGCKV TLRGERMWEF FERLITIAVP RIRDFRGLSA KSFDGRGNYS MGVREQIIFP EIDYDKVDRV RGLDITITTT A KSDEEGRA LLAAFDFPFR K

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 18.932791 KDa
配列文字列:
MSRVAKAPVV VPAGVDVKIN GQVITIKGKN GELTRTLNDA VEVKHADNTL TFGPRDGYAD GWAQAGTARA LLNSMVIGVT EGFTKKLQL VGVGYRAAVK GNVINLSLGF SHPVDHQLPA GITAECPTQT EIVLKGADKQ VIGQVAADLR AYRRPEPYKG K GVRYADEV VRTKEAKKK

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L11

分子名称: 50S ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 14.894362 KDa
配列文字列:
MAKKVQAYVK LQVAAGMANP SPPVGPALGQ QGVNIMEFCK AFNAKTDSIE KGLPIPVVIT VYADRSFTFV TKTPPAAVLL KKAAGIKSG SGKPNKDKVG KISRAQLQEI AQTKAADMTG ADIEAMTRSI EGTARSMGLV VED

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 15.312269 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV RMGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 14.393657 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS EKAEAAAE

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 12.794668 KDa
配列文字列:
MDKKSARIRR ATRARRKLQE LGATRLVVHR TPRHIYAQVI APNGSEVLVA ASTVEKAIAE QLKYTGNKDA AAAVGKAVAE RALEKGIKD VSFDRSGFQY HGRVQALADA AREAGLQF

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.159278 KDa
配列文字列:
MSNIIKQLEQ EQMKQDVPSF RPGDTVEVKV WVVEGSKKRL QAFEGVVIAI RNRGLHSAFT VRKISNGEGV ERVFQTHSPV VDSISVKRR GAVRKAKLYY LRERTGKAAR IKERLN

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.528024 KDa
配列文字列:
MARVKRGVIA RARHKKILKQ AKGYYGARSR VYRVAFQAVI KAGQYAYRDR RQRKRQFRQL WIARINAAAR QNGISYSKFI NGLKKASVE IDRKILADIA VFDKVAFTAL VEKAKAALA

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 11.22216 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNLDFVGGA E

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 11.33925 KDa
配列文字列:
MAAKIRRDDE VIVLTGKDKG KRGKVKNVLS SGKVIVEGIN LVKKHQKPVP ALNQPGGIVE KEAAIQVSNV AIFNAATGKA DRVGFRFED GKKVRFFKSN SETIK

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.14654 KDa
配列文字列:
MAHKKAGGST RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.027551 KDa
配列文字列:
MSRVCQVTGK RPVTGNNRSH ALNATKRRFL PNLHSHRFWV ESEKRFVTLR VSAKGMRVID KKGIDTVLAE LRARGEKY

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 7.286464 KDa
配列文字列:
MKAKELREKS VEELNTELLN LLREQFNLRM QAASGQLQQS HLLKQVRRDV ARVKTLLNEK AGA

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 6.55482 KDa
配列文字列:
MAKTIKITQT RSAIGRLPKH KATLLGLGLR RIGHTVERED TPAIRGMINA VSFMVKVEE

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 26.652557 KDa
配列文字列: MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH ...文字列:
MATVSMRDML KAGVHFGHQT RYWNPKMKPF IFGARNKVHI INLEKTVPMF NEALAELNKI ASRKGKILFV GTKRAASEAV KDAALSCDQ FFVNHRWLGG MLTNWKTVRQ SIKRLKDLET QSQDGTFDKL TKKEALMRTR ELEKLENSLG GIKDMGGLPD A LFVIDADH EHIAIKEANN LGIPVFAIVD TNSDPDGVDF VIPGNDDAIR AVTLYLGAVA ATVREGRSQD LASQAEESFV EA

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 26.031316 KDa
配列文字列: MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY ...文字列:
MGQKVHPNGI RLGIVKPWNS TWFANTKEFA DNLDSDFKVR QYLTKELAKA SVSRIVIERP AKSIRVTIHT ARPGIVIGKK GEDVEKLRK VVADIAGVPA QINIAEVRKP ELDAKLVADS ITSQLERRVM FRRAMKRAVQ NAMRLGAKGI KVEVSGRLGG A EIARTEWY REGRVPLHTL RADIDYNTSE AHTTYGVIGV KVWIFKGEIL GGMAAVEQPE KPAAQPKKQQ RKGRK

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform

分子名称: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 20.055156 KDa
配列文字列:
MPRRRVIGQR KILPDPKFGS ELLAKFVNIL MVDGKKSTAE SIVYSALETL AQRSGKSELE AFEVALENVR PTVEVKSRRV GGSTYQVPV EVRPVRRNAL AMRWIVEAAR KRGDKSMALR LANELSDAAE NKGTAVKKRE DVHRMAEANK AFAHYRWLSL R SFSHQAGA SSKQPALGYL N

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 14.88627 KDa
配列文字列:
MAENQYYGTG RRKSSAARVF IKPGNGKIVI NQRSLEQYFG RETARMVVRQ PLELVDMVEK LDLYITVKGG GISGQAGAIR HGITRALME YDESLRSELR KAGFVTRDAR QVERKKVGLR KARRRPQFSK R

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 11.755597 KDa
配列文字列:
MQNQRIRIRL KAFDHRLIDQ ATAEIVETAK RTGAQVRGPI PLPTRKERFT VLISPHVNKD ARDQYEIRTH LRLVDIVEPT EKTVDALMR LDLAAGVDVQ ISLG

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.870975 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.768157 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 13.128467 KDa
配列文字列:
MARIAGINIP DHKHAVIALT SIYGVGKTRS KAILAAAGIA EDVKISELSE GQIDTLRDEV AKFVVEGDLR REISMSIKRL MDLGCYRGL RHRRGLPVRG QRTKTNARTR KGPRKPIKK

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 11.677637 KDa
配列文字列:
MAKQSMKARE VKRVALADKY FAKRAELKAI ISDVNAASDE DRWNAVLKLQ TLPRDSSPSR QRNRCRQTGR PHGFLRKFGL SRIKVREAA MRGEIPGLKK ASW

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

+
分子 #52: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 10.455355 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF IDLHLLKKVE KAVESGDKKP LRTWSRRSTI FPNMIGLTIA VHNGRQHVPV FVTDEMVGHK LGEFAPTRTY RGHAADKKA KKK

+
分子 #53: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

+
分子 #54: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

+
分子 #57: Elongation factor G

分子名称: Elongation factor G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / : K12
分子量理論値: 77.676227 KDa
配列文字列: MARTTPIARY RNIGISAHID AGKTTTTERI LFYTGVNHKI GEVHDGAATM DWMEQEQERG ITITSAATTA FWSGMAKQYE PHRINIIDT PGHVDFTIEV ERSMRVLDGA VMVYCAVGGV QPQSETVWRQ ANKYKVPRIA FVNKMDRMGA NFLKVVNQIK T RLGANPVP ...文字列:
MARTTPIARY RNIGISAHID AGKTTTTERI LFYTGVNHKI GEVHDGAATM DWMEQEQERG ITITSAATTA FWSGMAKQYE PHRINIIDT PGHVDFTIEV ERSMRVLDGA VMVYCAVGGV QPQSETVWRQ ANKYKVPRIA FVNKMDRMGA NFLKVVNQIK T RLGANPVP LQLAIGAEEH FTGVVDLVKM KAINWNDADQ GVTFEYEDIP ADMVELANEW HQNLIESAAE ASEELMEKYL GG EELTEAE IKGALRQRVL NNEIILVTCG SAFKNKGVQA MLDAVIDYLP SPVDVPAING ILDDGKDTPA ERHASDDEPF SAL AFKIAT DPFVGNLTFF RVYSGVVNSG DTVLNSVKAA RERFGRIVQM HANKREEIKE VRAGDIAAAI GLKDVTTGDT LCDP DAPII LERMEFPEPV ISIAVEPKTK ADQEKMGLAL GRLAKEDPSF RVWTDEESNQ TIIAGMGELH LDIIVDRMKR EFNVE ANVG KPQVAYRETI RQKVTDVEGK HAKQSGGRGQ YGHVVIDMYP LEPGSNPKGY EFINDIKGGV IPGEYIPAVD KGIQEQ LKA GPLAGYPVVD MGIRLHFGSY HDVDSSELAF KLAASIAFKE GFKKAKPVLL EPIMKVEVET PEENTGDVIG DLSRRRG ML KGQESEVTGV KIHAEVPLSE MFGYATQLRS LTKGRASYTM EFLKYDEAPS NVAQAVIEAR GK

+
分子 #58: Dipeptide (FME-PHE)

分子名称: Dipeptide (FME-PHE) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 324.395 Da
配列文字列:
(FME)F

+
分子 #8: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 941.541438 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MC)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUCAACC CGACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCACGG GAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGUCAUGGU UAAGUG GGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGCGUAAU AGCUCAC UG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGCUUAU GCGUUGUU G GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCGAAU GCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGGGG CAGGGUGAGU CGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUUA CUGCGAAGGG G GGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGGA AA AUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA AGCCUCUAAG CAU CAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUUGA GAGAACUCGG GUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCCU CGCGGAUGGA G CUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACGU AU ACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGG AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUGAUC GAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CGGGUAAGUU CCGA C(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCGC UGUG(6MZ)AG AU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA ACAUUGAGCC UUGA UGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCACCCUUUA AUGUU UGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCCU CC UAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG CAUAAGCCAG CUU GACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AAGGGCCAUC GCUC AACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGAU AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU CGACGGCGGU GUUUGGC A(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUCGC CA UUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAG(PSU)(PSU)CG GUCCCUAUCU GCCGUGGGCG C UGGAGAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCCAA UG GCACUGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG AGAUGAGUUC UCC CUGACC CUUUAAGGGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CAGCGAUGCG UUGA GCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU

+
分子 #9: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 9 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 38.79009 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA U

+
分子 #34: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 499.873406 KDa
配列文字列: AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG ...文字列:
AAAUUGAAGA GUUUGAUCAU GGCUCAGAUU GAACGCUGGC GGCAGGCCUA ACACAUGCAA GUCGAACGGU AACAGGAAGA AGCUUGCUU CUUUGCUGAC GAGUGGCGGA CGGGUGAGUA AUGUCUGGGA AACUGCCUGA UGGAGGGGGA UAACUACUGG A AACGGUAG CUAAUACCGC AUAACGUCGC AAGACCAAAG AGGGGGACCU UCGGGCCUCU UGCCAUCGGA UGUGCCCAGA UG GGAUUAG CUAGUAGGUG GGGUAACGGC UCACCUAGGC GACGAUCCCU AGCUGGUCUG AGAGGAUGAC CAGCCACACU GGA ACUGAG ACACGGUCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCC AUGC CGCGU GUAUGAAGAA GGCCUUCGGG UUGUAAAGUA CUUUCAGCGG GGAGGAAGGG AGUAAAGUUA AUACCUUUGC UCAUU GACG UUACCCGCAG AAGAAGCACC GGCUAACUCC G(PSU)GCCAGCAG CC(G7M)CGGUAAU ACGGAGGGUG CAAGCGUU A AUCGGAAUUA CUGGGCGUAA AGCGCACGCA GGCGGUUUGU UAAGUCAGAU GUGAAAUCCC CGGGCUCAAC CUGGGAACU GCAUCUGAUA CUGGCAAGCU UGAGUCUCGU AGAGGGGGGU AGAAUUCCAG GUGUAGCGGU GAAAUGCGUA GAGAUCUGGA GGAAUACCG GUGGCGAAGG CGGCCCCCUG GACGAAGACU GACGCUCAGG UGCGAAAGCG UGGGGAGCAA ACAGGAUUAG A UACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGAU GUCGACUUGG AGGUUGUGCC CUUGAGGCGU GGCUUCCGGA GCUAACGCGU UA AGUCGAC CGCCUGGGGA GUACGGCCGC AAGGUUAAAA CUCAAAUGAA UUGACGGGGG CCCGCACAAG CGGUGGAGCA UGU GGUUUA AUUCGAU(2MG)(5MC)A ACGCGAAGAA CCUUACCUGG UCUUGACAUC CACGGAAGUU UUCAGAGAUG AGAAUG UGC CUUCGGGAAC CGUGAGACAG GUGCUGCAUG GCUGUCGUCA GCUCGUGUUG UGAAAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACG AG CGCAACCCUU AUCCUUUGUU GCCAGCGGUC CGGCCGGGAA CUCAAAGGAG ACUGCCAGUG AUAAACUGGA GGAAGGUG G GGAUGACGUC AAGUCAUCAU G(2MG)CCCUUACG ACCAGGGCUA CACACGUGCU ACAAUGGCGC AUACAAAGAG AAGCG ACCU CGCGAGAGCA AGCGGACCUC AUAAAGUGCG UCGUAGUCCG GAUUGGAGUC UGCAACUCGA CUCCAUGAAG UCGGAA UCG CUAGUAAUCG UGGAUCAGAA UGCCACGGUG AAUACGUUCC CGGGCCUUGU ACACACCG(4OC)C CGU(5MC)ACACC AUGGGAGUGG GUUGCAAAAG AAGUAGGUAG CUUAACCUUC GGGAGGGCGC UUACCACUUU GUGAUUCAUG ACUGGGGUGA AGUCG(UR3)AAC AAGGUAACCG UAGG(2MG)G(MA6)(MA6)CC UGCGGUUGGA UCACCUCCUU A

+
分子 #55: P-site tRNA(fMet)

分子名称: P-site tRNA(fMet) / タイプ: rna / ID: 55 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 24.818893 KDa
配列文字列:
CGCGGGG(4SU)GG AGCAGCCUGG (H2U)AGCUCGUCG GGCUCAUAAC CCGAAGAUCG UCGG(5MU)(PSU)CAAA UCCG GCCCC CGCAACCA

+
分子 #56: P-site fMet-Phe-tRNA(Phe)

分子名称: P-site fMet-Phe-tRNA(Phe) / タイプ: rna / ID: 56 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 24.643889 KDa
配列文字列:
GCCCGGA(4SU)AG CUCAGUCGGU AGAGCAGGGG A(PSU)UGAA(MIA)A(PSU)C CCCGU(G7M)UCCU CGG(5MU) (PSU)CGAU UCCGAGUCCG GGCACCA

+
分子 #59: mRNA

分子名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 59 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 10.480177 KDa
配列文字列:
GUUAACAGGU AUACAUACUA UGUUUGUUAU UAC

+
分子 #60: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 60 / コピー数: 318 / : MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #61: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 61 / コピー数: 2 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #62: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 62 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #63: APRAMYCIN

分子名称: APRAMYCIN / タイプ: ligand / ID: 63 / コピー数: 4 / : AM2
分子量理論値: 539.577 Da
Chemical component information

ChemComp-AM2:
APRAMYCIN / 抗生剤*YM / アプラマイシン

+
分子 #64: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 64 / コピー数: 1 / : GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manual blotting & plunge-freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Aberration corrections performed using Cs image corrector (CEOS company)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8221 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1326729
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 23737
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:
,
,
,
)
詳細Instead of Chimera ChimeraX was used.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: RSCC
得られたモデル

PDB-7pjy:
Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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