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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13425 | |||||||||
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タイトル | Map of complex of Vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobody NorM-Nb17_4, NabFab, and anti-Fab nanobody with fulcrum in center of micelle | |||||||||
マップデータ | Map of VcNorM NabFab complex with fulcrum in center of micelle | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / Multidrug resistance protein NorM 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae RC385 (コレラ菌) / synthetic construct (人工物) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Bloch JS / Mukherjee S / Kowal J / Niederer M / Pardon E / Steyaert J / Kossiakoff AA / Locher KP | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins. 著者: Joël S Bloch / Somnath Mukherjee / Julia Kowal / Ekaterina V Filippova / Martina Niederer / Els Pardon / Jan Steyaert / Anthony A Kossiakoff / Kaspar P Locher / 要旨: With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that ...With conformation-specific nanobodies being used for a wide range of structural, biochemical, and cell biological applications, there is a demand for antigen-binding fragments (Fabs) that specifically and tightly bind these nanobodies without disturbing the nanobody-target protein interaction. Here, we describe the development of a synthetic Fab (termed NabFab) that binds the scaffold of an alpaca-derived nanobody with picomolar affinity. We demonstrate that upon complementary-determining region grafting onto this parent nanobody scaffold, nanobodies recognizing diverse target proteins and derived from llama or camel can cross-react with NabFab without loss of affinity. Using NabFab as a fiducial and size enhancer (50 kDa), we determined the high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of nanobody-bound VcNorM and ScaDMT, both small membrane proteins of ∼50 kDa. Using an additional anti-Fab nanobody further facilitated reliable initial three-dimensional structure determination from small cryo-EM test datasets. Given that NabFab is of synthetic origin, is humanized, and can be conveniently expressed in in large amounts, it may be useful not only for structural biology but also for biomedical applications. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Development of a universal nanobody-binding Fab module for fiducial-assisted cryo-EM studies of membrane proteins 著者: Bloch JS / Mukherjee S / Kowal J / Filippova EV / Niederer M / Pardon E / Steyaert J / Kossiakoff AA / Locher KP | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13425.map.gz | 262.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13425-v30.xml emd-13425.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13425_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13425.png | 67.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13425 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13425 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of VcNorM NabFab complex with fulcrum in center of micelle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobo...
全体 | 名称: Complex of vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobody NorM-Nb17_4, NabFab, and anti-Fab nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobo...
超分子 | 名称: Complex of vibrio cholerae MATE transporter NorM, chimeric nanobody NorM-Nb17_4, NabFab, and anti-Fab nanobody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae RC385 (コレラ菌) |
-超分子 #2: Multidrug resistance protein NorM
超分子 | 名称: Multidrug resistance protein NorM / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: NabFab HC
超分子 | 名称: NabFab HC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #4: NabFab LC
超分子 | 名称: NabFab LC / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #5: NorM-Nb17_4
超分子 | 名称: NorM-Nb17_4 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #6: Anti-Fab nanobody
超分子 | 名称: Anti-Fab nanobody / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 26.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |