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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12180 | |||||||||
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タイトル | Photosystem I of a temperature sensitive mutant Chlamydomonas reinhardtii光化学系I | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting in photosystem I / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / Chlamydomonas smithii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.54 Å | |||||||||
データ登録者 | Caspy I / Nelson N | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021 タイトル: Dimeric and high-resolution structures of Chlamydomonas Photosystem I from a temperature-sensitive Photosystem II mutant. 著者: Ido Caspy / Tom Schwartz / Vinzenz Bayro-Kaiser / Mariia Fadeeva / Amit Kessel / Nir Ben-Tal / Nathan Nelson / 要旨: Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity ...Water molecules play a pivotal functional role in photosynthesis, primarily as the substrate for Photosystem II (PSII). However, their importance and contribution to Photosystem I (PSI) activity remains obscure. Using a high-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) PSI structure from a Chlamydomonas reinhardtii temperature-sensitive photoautotrophic PSII mutant (TSP4), a conserved network of water molecules - dating back to cyanobacteria - was uncovered, mainly in the vicinity of the electron transport chain (ETC). The high-resolution structure illustrated that the water molecules served as a ligand in every chlorophyll that was missing a fifth magnesium coordination in the PSI core and in the light-harvesting complexes (LHC). The asymmetric distribution of the water molecules near the ETC branches modulated their electrostatic landscape, distinctly in the space between the quinones and FX. The data also disclosed the first observation of eukaryotic PSI oligomerisation through a low-resolution PSI dimer that was comprised of PSI-10LHC and PSI-8LHC. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12180.map.gz | 116.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12180-v30.xml emd-12180.xml | 44 KB 44 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12180_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12180.png | 260.1 KB | ||
その他 | emd_12180_half_map_1.map.gz emd_12180_half_map_2.map.gz | 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12180_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12180_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
+超分子 #1: Photosystem I of temperature sensitive Chlamydomonas reinhardtii
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III, chloroplastic
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit psaK, chloroplastic
+分子 #11: PSI subunit V
+分子 #12: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #13: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #21: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #22: CHLOROPHYLL A
+分子 #23: PHYLLOQUINONE
+分子 #24: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #25: BETA-CAROTENE
+分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #27: (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate
+分子 #28: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #29: OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
+分子 #30: LAURIC ACID
+分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #32: DIACYL GLYCEROL
+分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #34: CALCIUM ION
+分子 #35: Phosphatidylinositol
+分子 #36: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #37: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #38: SPHINGOSINE
+分子 #39: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #40: CHLOROPHYLL B
+分子 #41: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #42: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl...
+分子 #43: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #44: PALMITIC ACID
+分子 #45: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...
+分子 #46: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 12418 / 平均電子線量: 46.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |