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万見
- EMDB-11928: SctV (SsaV) cytoplasmic domain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11928
タイトルSctV (SsaV) cytoplasmic domain
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein.Type three secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Secretion system apparatus protein SsaV分泌
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein HrcV / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Secretion system apparatus protein SsaV
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌) / Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Matthews-Palmer TRS / Gonzalez-Rodriguez N / Calcraft T / Lagercrantz S / Zachs T / Yu XJ / Grabe G / Holden D / Nans A / Rosenthal P ...Matthews-Palmer TRS / Gonzalez-Rodriguez N / Calcraft T / Lagercrantz S / Zachs T / Yu XJ / Grabe G / Holden D / Nans A / Rosenthal P / Rouse S / Beeby M
資金援助 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKFC001179 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001179 英国
Wellcome TrustFC001179 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P019374/1 英国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the cytoplasmic domain of SctV (SsaV) from the Salmonella SPI-2 injectisome and implications for a pH sensing mechanism.
著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / ...著者: Teige R S Matthews-Palmer / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Thomas Calcraft / Signe Lagercrantz / Tobias Zachs / Xiu-Jun Yu / Grzegorz J Grabe / David W Holden / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Sarah L Rouse / Morgan Beeby /
要旨: Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their ...Bacterial type III secretion systems assemble the axial structures of both injectisomes and flagella. Injectisome type III secretion systems subsequently secrete effector proteins through their hollow needle into a host, requiring co-ordination. In the Salmonella enterica serovar Typhimurium SPI-2 injectisome, this switch is triggered by sensing the neutral pH of the host cytoplasm. Central to specificity switching is a nonameric SctV protein with an N-terminal transmembrane domain and a toroidal C-terminal cytoplasmic domain. A 'gatekeeper' complex interacts with the SctV cytoplasmic domain in a pH dependent manner, facilitating translocon secretion while repressing effector secretion through a poorly understood mechanism. To better understand the role of SctV in SPI-2 translocon-effector specificity switching, we purified full-length SctV and determined its toroidal cytoplasmic region's structure using cryo-EM. Structural comparisons and molecular dynamics simulations revealed that the cytoplasmic torus is stabilized by its core subdomain 3, about which subdomains 2 and 4 hinge, varying the flexible outside cleft implicated in gatekeeper and substrate binding. In light of patterns of surface conservation, deprotonation, and structural motion, the location of previously identified critical residues suggest that gatekeeper binds a cleft buried between neighboring subdomain 4s. Simulations suggest that a local pH change from 5 to 7.2 stabilizes the subdomain 3 hinge and narrows the central aperture of the nonameric torus. Our results are consistent with a model of local pH sensing at SctV, where pH-dependent dynamics of SctV cytoplasmic domain affect binding of gatekeeper complex.
履歴
登録2020年11月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月14日-
マップ公開2021年4月14日-
更新2021年4月21日-
現状2021年4月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7awa
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7awa
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11928.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å		1.08 Å/pix.
x 300 pix.
= 324. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.032984994 - 0.07650644
平均 (標準偏差)0.0002004739 (±0.0020256157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0330.0770.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11928_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion sys...

全体名称: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein.Type three secretion system
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein.Type three secretion system
    • タンパク質・ペプチド: Secretion system apparatus protein SsaV分泌

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超分子 #1: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion sys...

超分子名称: Homo-nonameric ring complex of SsaV (SctV) type III secretion system export apparatus protein.
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Full length protein including transmembrane domain recombinantly expressed in E.coli C41 and extracted from membrane fraction with detergent DDM. Transmembrane domain present but not resolved.
由来(天然)生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 株: LT2
分子量実験値: 680 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C41(DE3) / 組換プラスミド: pQlinkN-ssaV6his

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分子 #1: Secretion system apparatus protein SsaV

分子名称: Secretion system apparatus protein SsaV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720
分子量理論値: 76.221359 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRSWLGEGVR AQQWLSVCAG RQDMVLATVL LIAIVMMLLP LPTWMVDILI TINLMFSVIL LLIAIYLSDP LDLSVFPSLL LITTLYRLS LTISTSRLVL LQHNAGNIVD AFGKFVVGGN LTVGLVVFTI ITIVQFIVIT KGIERVAEVS ARFSLDGMPG K QMSIDGDL ...文字列:
MRSWLGEGVR AQQWLSVCAG RQDMVLATVL LIAIVMMLLP LPTWMVDILI TINLMFSVIL LLIAIYLSDP LDLSVFPSLL LITTLYRLS LTISTSRLVL LQHNAGNIVD AFGKFVVGGN LTVGLVVFTI ITIVQFIVIT KGIERVAEVS ARFSLDGMPG K QMSIDGDL RAGVIDADHA RTLRQHVQQE SRFLGAMDGA MKFVKGDTIA GIIVVLVNII GGIIIAIVQY DMSMSEAVHT YS VLSIGDG LCGQIPSLLI SLSAGIIVTR VPGEKRQNLA TELSSQIARQ PQSLILTAVV LMLLALIPGF PFITLAFFSA LLA LPIILI RRKKSVVSAN GVEAPEKDSM VPGACPLILR LSPTLHSADL IRDIDAMRWF LFEDTGVPLP EVNIEVLPEP TEKL TVLLY QEPVFSLSIP AQADYLLIGA DASVVGDSQT LPNGMGQICW LTKDMAHKAQ GFGLDVFAGS QRISALLKCV LLRHM GEFI GVQETRYLMN AMEKNYSELV KELQRQLPIN KIAETLQRLV SERVSIRDLR LIFGTLIDWA PREKDVLMLT EYVRIA LRR HILRRLNPEG KPLPILRIGE GIENLVRESI RQTAMGTYTA LSSRHKTQIL QLIEQALKQS AKLFIVTSVD TRRFLRK IT EATLFDVPIL SWQELGEESL IQVVESIDLS EEELADNEEH HHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
50.0 mMNaCl塩化ナトリウム
0.03 %n-Dodecyl-beta-D-maltoside
5.0 mMDithiothreitolジチオトレイトール
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS
支持フィルム - #0 - Film thickness: 0.30000000000000004 nm
支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 2.5s.
詳細Sample was monodisperse on a continuous carbon film.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6729 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 988000
詳細: interactive training particle picker in Xmipp, used in the Scipion wrapper
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Ab initio 3D model generation from a balanced set of 2D views using stochastic gradient descent implemented in Relion. Initial model heavily low-pass filtered.
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 361000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7awa:
SctV (SsaV) cytoplasmic domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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