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万見
- EMDB-11836: Cryo-EM density map corresponding to BcsRQAB subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11836
タイトルCryo-EM density map corresponding to BcsRQAB subcomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtained after local refinement within the assembled Bcs macrocomplex(BcsRQABEF-BcsMacrocomplex.mrc).
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase protein BcsA
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsR
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsQ
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial cellulose biosynthetic process / 細胞分裂 / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase operon protein BcsQ / Protein YhjR / Cellulose biosynthesis protein BcsQ / Cellulose biosynthesis protein BcsR-like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein / Cellulose biosynthesis protein BcsR / Protein YhjR / Cellulose biosynthesis protein BcsQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zouhir S
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number国
ATIP-Avenir2016 フランス
European Research Council (ERC)Biomatrix 757507 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
European Institute of Chemistry and Biology (IECB) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and regulation of an enterobacterial cellulose secretion system.
著者: Wiem Abidi / Samira Zouhir / Meryem Caleechurn / Stéphane Roche / Petya Violinova Krasteva /
要旨: Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c- ...Many free-living and pathogenic enterobacteria secrete biofilm-promoting cellulose using a multicomponent, envelope-embedded Bcs secretion system under the control of intracellular second messenger c-di-GMP. The molecular understanding of system assembly and cellulose secretion has been largely limited to the crystallographic studies of a distantly homologous BcsAB synthase tandem and a low-resolution reconstruction of an assembled macrocomplex that encompasses most of the inner membrane and cytosolic subunits and features an atypical layered architecture. Here, we present cryo-EM structures of the assembled Bcs macrocomplex, as well as multiple crystallographic snapshots of regulatory Bcs subcomplexes. The structural and functional data uncover the mechanism of asymmetric secretion system assembly and periplasmic crown polymerization and reveal unexpected subunit stoichiometry, multisite c-di-GMP recognition, and ATP-dependent regulation.
履歴
登録2020年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年2月24日-
マップ公開2021年2月24日-
更新2021年2月24日-
現状2021年2月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11836.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.05 Å/pix.
x 410 pix.
= 431.517 Å		1.05 Å/pix.
x 410 pix.
= 431.517 Å		1.05 Å/pix.
x 410 pix.
= 431.517 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05248 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 7.0 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-43.477592 - 123.02881
平均 (標準偏差)-1.1382667e-12 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 431.51678 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.05248048780491.05248048780491.0524804878049
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z431.517431.517431.517
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ410410410
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-43.478123.029-0.000

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_11836_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_11836_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_11836_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_11836_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtaine...

全体名称: Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtained after local refinement within the assembled Bcs macrocomplex(BcsRQABEF-BcsMacrocomplex.mrc).
要素
  • 複合体: Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtained after local refinement within the assembled Bcs macrocomplex(BcsRQABEF-BcsMacrocomplex.mrc).
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase protein BcsA
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsR
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsQ

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超分子 #1: Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtaine...

超分子名称: Cryo-EM density map corresponding to BcsR2Q2AB subcomplex obtained after local refinement within the assembled Bcs macrocomplex(BcsRQABEF-BcsMacrocomplex.mrc).
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Bcs macrocomplex was purified using recombinant co-expression of constructs pRSFDuet1-Bcs(Strep)E-F-G and pCDFDuet1-Bcs(His)R-Q-A(HA-FLAG)-B and affinity pull-down using an anti-FLAG M2 resin ...詳細: Bcs macrocomplex was purified using recombinant co-expression of constructs pRSFDuet1-Bcs(Strep)E-F-G and pCDFDuet1-Bcs(His)R-Q-A(HA-FLAG)-B and affinity pull-down using an anti-FLAG M2 resin (Sigma). The proposed stoichiometry for the resultant assembly is BcsR2-Q2-E2-F2-A-B(5-6). Densities corresponding to a BcsR2Q2AB subcomplex were improved after particle subtraction and local refinement in cryoSPARC V2. BcsE and BcsF partake in the assembled Bcs macrocomplex, BcsG does not co-purify stably with the macrocomplex.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094 / 細胞中の位置: Inner membrane
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
組換プラスミド: pRSFDuet1-Bcs(Strep)EFG and pCDFDuet1-Bcs(His)RQA(HA-FLAG)B
分子量理論値: 257 KDa

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分子 #1: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB

分子名称: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Genome-encoded BcsB harbors a signal sequence to be addressed to the periplam where according to the ServerP4.1 server prediction would result in a mature form starting with the residue #26 ...詳細: Genome-encoded BcsB harbors a signal sequence to be addressed to the periplam where according to the ServerP4.1 server prediction would result in a mature form starting with the residue #26 TPATQ BcsB sequence was cloned in a pCDFDuet1 vector along Bcs(His)R, BcsQ and BcsA(HA-FLAG). 1 copy in locally refined BcsR2Q2AB map, up to 6 copies in the assembled Bcs macrocomplex.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGAD APVV AQNGPSRDVK LTFAQIAPPP GSMVLRGINP NGSIEFGMRS DEVVTKAMLN LEYTPS PSL LPVQSQLKVY LNDELMGVLP VTKEQLGKKT LAQMPINPLF ITDFNRVRLE FVGHYQD VC ENPASTTLWL ...文字列:
TPATQPLINA EPAVAAQTEQ NPQVGQVMPG VQGAD APVV AQNGPSRDVK LTFAQIAPPP GSMVLRGINP NGSIEFGMRS DEVVTKAMLN LEYTPS PSL LPVQSQLKVY LNDELMGVLP VTKEQLGKKT LAQMPINPLF ITDFNRVRLE FVGHYQD VC ENPASTTLWL DVGRSSGLDL TYQTLNVKND LSHFPVPFFD PRDNRTNTLP MVFAGAPD V GLQQASAIVA SWFGSRSGWR GQNFPVLYNQ LPDRNAIVFA TNDKRPDFLR DHPAVKAPV IEMINHPQNP YVKLLVVFGR DDKDLLQAAK GIAQGNILFR GESVVVNEVK PLLPRKPYDA PNWVRTDRP VTFGELKTYE EQLQSSGLEP AAINVSLNLP PDLYLMRSTG IDMDINYRYT M PPVKDSSR MDISLNNQFL QSFNLSSKQE ANRLLLRIPV LQGLLDGKTD VSIPALKLGA TN QLRFDFE YMNPMPGGSV DNCITFQPVQ NHVVIGDDST IDFSKYYHFI PMPDLRAFAN AGF PFSRMA DLSQTITVMP KAPNEAQMET LLNTVGFIGA QTGFPAINLT VTDDGSTIQG KDAD IMIIG GIPDKLKDDK QIDLLVQATE SWVKTPMRQT PFPGIVPDES DRAAETRSTL TSSGA MAAV IGFQSPYNDQ RSVIALLADS PRGYEMLNDA VNDSGKRATM FGSVAVIRES GINSLR VGD VYYVGHLPWF ERLWYALANH PILLAVLAAI SVILLAWVLW RLLRIISRRR LNPDNE

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分子 #2: Bacterial cellulose synthase protein BcsA

分子名称: Bacterial cellulose synthase protein BcsA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: BcsA sequence was cloned in pCDFDuet1 vector along with Bcs(His)R, BcsQ and BcsB. BcsA harbours a C-terminus HA-Flag Tag. 1 copy in both the locally refined BcsR2Q2AB complex and the assembled Bcs macrocomplex.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSILTRWLLI PPVNARLIGR YRDYRRHGAS AFSATLGCFW MILAWIFIPL EHPRWQRIRA EHKNLYPHIN ASRPRPLDPV RYLIQTCWLL IGASRKETPK PRRRAFSGLQ NIRGRYHQWM NELPERVSHK TQHLDEKKEL GHLSAGARRL ILGIIVTFSL ILALICVTQP ...文字列:
MSILTRWLLI PPVNARLIGR YRDYRRHGAS AFSATLGCFW MILAWIFIPL EHPRWQRIRA EHKNLYPHIN ASRPRPLDPV RYLIQTCWLL IGASRKETPK PRRRAFSGLQ NIRGRYHQWM NELPERVSHK TQHLDEKKEL GHLSAGARRL ILGIIVTFSL ILALICVTQP FNPLAQFIFL MLLWGVALIV RRMPGRFSAL MLIVLSLTVS CRYIWWRYTS TLNWDDPVSL VCGLILLFAE TYAWIVLVLG YFQVVWPLNR QPVPLPKDMS LWPSVDIFVP TYNEDLNVVK NTIYASLGID WPKDKLNIWI LDDGGREEFR QFAQNVGVKY IARTTHEHAK AGNINNALKY AKGEFVSIFD CDHVPTRSFL QMTMGWFLKE KQLAMMQTPH HFFSPDPFER NLGRFRKTPN EGTLFYGLVQ DGNDMWDATF FCGSCAVIRR KPLDEIGGIA VETVTEDAHT SLRLHRRGYT SAYMRIPQAA GLATESLSAH IGQRIRWARG MVQIFRLDNP LTGKGLKFAQ RLCYVNAMFH FLSGIPRLIF LTAPLAFLLL HAYIIYAPAL MIALFVLPHM IHASLTNSKI QGKYRHSFWS EIYETVLAWY IAPPTLVALI NPHKGKFNVT AKGGLVEEEY VDWVISRPYI FLVLLNLVGV AVGIWRYFYG PPTEMLTVVV SMVWVFYNLI VLGGAVAVSV ESKQVRRSHR VEMTMPAAIA REDGHLFSCT VQDFSDGGLG IKINGQAQIL EGQKVNLLLK RGQQEYVFPT QVARVMGNEV GLKLMPLTTQ QHIDFVQCTF ARADTWALWQ DSYPEDKPLE SLLDILKLGF RGYRHLAEFA PSSVKGIFRV LTSLVSWVVS FIPRRPERSE TAQPSDQALA QQGSARSSGR TGLEFEEFYP YDVPDYAADY KDDDDKRS

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分子 #3: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsR

分子名称: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: BcsR sequence was cloned in pCDFDuet1 vector along with BcsQ, BcsA(HA-FLAG) and BcsB. BcsR harbours a N-terminal octahistidine tag (N-His8). Likely two copies in the assembled secretion ...詳細: BcsR sequence was cloned in pCDFDuet1 vector along with BcsQ, BcsA(HA-FLAG) and BcsB. BcsR harbours a N-terminal octahistidine tag (N-His8). Likely two copies in the assembled secretion complexes, however the local resolution does not allow backbone tracing. High-resolution structures solved by X-ray crystallography.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGSSHHHHHH HHAAGSMNNN EPDTLPDPAI GYIFQNDIVA LKQAFSLPDI DYADISQREQ LAAALKRWPL LAEFAQQK

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分子 #4: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsQ

分子名称: Bacterial cellulose synthase regulator protein BcsQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: BcsQ sequence was cloned in pCDFDuet1 vector along with Bcs(His)R, BcsA(HA-FLAG) and BcsB
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI ...文字列:
MAVLGLQGVR GGVGTTTITA ALAWSLQMLG ENVLVVDACP DNLLRLSFNV DFTHRQGWAR AMLDGQDWRD AGLRYTSQLD LLPFGQLSIE EQENPQHWQT RLSDICSGLQ QLKASGRYQW ILIDLPRDAS QITHQLLSLC DHSLAIVNVD ANCHIRLHQQ ALPDGAHILI NNFRIGSQVQ DDIYQLWLQS QRRLLPMLIH RDEAMAECLA AKQPVGEYRS DALAAEEILT LANWCLLNYS GLKTPVGSKS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
0.2 MHEPES
0.12 MNaCl塩化ナトリウム
0.005 MMgCl2
2e-06 MAppCp
2e-06 Mc-di-GMPCyclic di-GMP
0.008 %LM.NPG
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Elmo Glow Discharge system
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Particle picking using cryoSPARC's template picker and 2D classes generated from an initial dataset collected on the Elsa the Talos Arctica at the IECB Bordeaux.
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / 詳細: Gctf through the cryoSPARC v2 interface
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model generation in cryosparc V2
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)
詳細: All 2D classification, particle curation, ab initio model generation, particle subtraction and local refinement were performed in cryosparc v2
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2) / 詳細: 3D variability analysis
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
詳細: Two rounds of local refinement of the BcsR2Q2AB assembly were performed using different fulcrum placements. The resulting maps gave FSC values of ~3.9 and 4.1A, respectively, as determined by ...詳細: Two rounds of local refinement of the BcsR2Q2AB assembly were performed using different fulcrum placements. The resulting maps gave FSC values of ~3.9 and 4.1A, respectively, as determined by cryoSPARC using the 0.143 cut-off. The unsharpened maps were combined and conservatively sharpened to 4.5 A resolution. The sharpened map was used for building the C-terminal tail-anchor of BcsB and flexible fitting of a Robetta-derived homology model of BcsA. A BcsR2Q2 dimer solved by X-ray crystallography was rigid-body fitted in the apical density.
使用した粒子像数: 173294
詳細Data collection at the CM01 line in ESRF Grenoble (Titan Krion, GATAN K2 Summit DED and Quantum LS Imaging filter).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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