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- EMDB-11778: HAd7 knob in complex with 3 EC2-EC3 modules of DSG-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11778
タイトルHAd7 knob in complex with 3 EC2-EC3 modules of DSG-2
マップデータHAd7 knob in complex with three DSG-2 modules
試料
  • 複合体: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2
    • 複合体: Desmoglein-2デスモグレイン2
      • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2デスモグレイン2
    • 複合体: Fiber繊維
      • タンパク質・ペプチド: Fiber繊維
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / ケラチン / 接着斑 / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / RHOG GTPase cycle / 介在板 / maternal process involved in female pregnancy / RAC3 GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / 細胞接着 / カプシド / cell-cell junction / 細胞結合 / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / host cell nucleus / calcium ion binding / 細胞膜 / extracellular exosome / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Catenin binding domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site ...Desmosomal cadherin / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Catenin binding domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
繊維状タンパク質 / デスモグレイン2 / 繊維
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Effantin G / Vassal-Stermann E / Fender P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0001 フランス
引用ジャーナル: Viruses / : 2020
タイトル: Binding Mechanism Elucidation of the Acute Respiratory Disease Causing Agent Adenovirus of Serotype 7 to Desmoglein-2.
著者: Marc-André Hograindleur / Gregory Effantin / Daphna Fenel / Caroline Mas / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender / Emilie Vassal-Stermann /
要旨: The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human ...The study of viruses causing acute respiratory distress syndromes (ARDS) is more essential than ever at a time when a virus can create a global pandemic in a matter of weeks. Among human adenoviruses, adenovirus of serotype 7 (HAdV7) is one of the most virulent serotypes. This virus regularly re-emerges in Asia and has just been the cause of several deaths in the United States. A critical step of the virus life cycle is the attachment of the knob domain of the fiber (HAd7K) to the cellular receptor desmoglein-2 (DSG2). Complexes between the fiber knob and two extracellular domains of DSG2 have been produced. Their characterization by biochemical and biophysical methods show that these two domains are sufficient for the interaction and that the trimeric HAd7K could accommodate up to three DSG2 receptor molecules. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of these complexes at 3.1 Å resolution confirmed the biochemical data, and allowed the identification of the critical amino acid residues for this interaction, which shows similarities with other DSG2 interacting adenoviruses, despite a low homology in the primary sequences.
履歴
登録2020年9月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7agf
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HAd7 knob in complex with three DSG-2 modules
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.012199558 - 0.023372756
平均 (標準偏差)0.0000086076 (±0.00085888605)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ318318318
Spacing318318318
セルA=B=C: 206.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.650.650.65
M x/y/z318318318
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z206.700206.700206.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS318318318
D min/max/mean-0.0120.0230.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of...

全体名称: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2
要素
  • 複合体: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2
    • 複合体: Desmoglein-2デスモグレイン2
      • タンパク質・ペプチド: Desmoglein-2デスモグレイン2
    • 複合体: Fiber繊維
      • タンパク質・ペプチド: Fiber繊維

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超分子 #1: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of...

超分子名称: Human adenovirus type 7 knob in complex with 2 EC2 EC3 modules of DSG-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量実験値: 130 KDa

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超分子 #2: Desmoglein-2

超分子名称: Desmoglein-2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fiber

超分子名称: Fiber / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Fiber

分子名称: Fiber / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human adenovirus B serotype 7 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 23.489217 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSHMGLTFNS NNICIDDNIN TLWTGVNPTT ANCQIMASSE SNDCKLILTL VKTGALVTAF VYVIGVSNDF NMLTTHKNIN FTAELFFDS TGNLLTSLSS LKTPLNHKSG QNMATGALTN AKGFMPSTTA YPFNVNSREK ENYIYGTCYY TASDHTAFPI D ISVMLNQR ...文字列:
GSHMGLTFNS NNICIDDNIN TLWTGVNPTT ANCQIMASSE SNDCKLILTL VKTGALVTAF VYVIGVSNDF NMLTTHKNIN FTAELFFDS TGNLLTSLSS LKTPLNHKSG QNMATGALTN AKGFMPSTTA YPFNVNSREK ENYIYGTCYY TASDHTAFPI D ISVMLNQR ALNNETSYCI RVTWSWNTGV APEVQTSATT LVTSPFTFYY IREDD

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分子 #2: Desmoglein-2

分子名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.126275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEH SSYTLTVEAR DGNGEVTDKP VKQAQVQIRI LDVNDNIPVV ENKVLEGMVE ENQVNVEVTR IKVFDADEIG S DNWLANFT ...文字列:
QGAMEVLDIN DNEPVFTQDV FVGSVEELSA AHTLVMKINA TDADEPNTLN SKISYRIVSL EPAYPPVFYL NKDTGEIYTT SVTLDREEH SSYTLTVEAR DGNGEVTDKP VKQAQVQIRI LDVNDNIPVV ENKVLEGMVE ENQVNVEVTR IKVFDADEIG S DNWLANFT FASGNEGGYF HIETDAQTNE GIVTLIKEVD YEEMKNLDFS VIVANKAAFH KSIRSKYKPT PIPIKVKVKN VK EGI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58219
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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