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- EMDB-11726: Sub-nanometer cryo-EM density map of the human heterodimeric amin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11726
タイトルSub-nanometer cryo-EM density map of the human heterodimeric amino acid transporter 4F2hc-LAT2
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 4F2hc-LAT2
    • タンパク質・ペプチド: hLAT2
    • タンパク質・ペプチド: h4F2hc
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Jeckelmann J-M / Fotiadis D
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationNational Centre of Competence in Research (NCCR) TransCure スイス
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Sub-Nanometer Cryo-EM Density Map of the Human Heterodimeric Amino Acid Transporter 4F2hc-LAT2.
著者: Jean-Marc Jeckelmann / Dimitrios Fotiadis /
要旨: Heterodimeric amino acid transporters (HATs) are protein complexes mediating the transport of amino acids and derivatives thereof across biological membranes. HATs are composed of two subunits, a ...Heterodimeric amino acid transporters (HATs) are protein complexes mediating the transport of amino acids and derivatives thereof across biological membranes. HATs are composed of two subunits, a heavy and a light chain subunit belonging to the solute carrier (SLC) families SLC3 and SLC7. The human HAT 4F2hc-LAT2 is composed of the type-II membrane N-glycoprotein 4F2hc (SCL3A2) and the L-type amino acid transporter LAT2 (SLC7A8), which are covalently linked to each other by a conserved disulfide bridge. Whereas LAT2 catalyzes substrate transport, 4F2hc is important for the successful trafficking of the transporter to the plasma membrane. The overexpression, malfunction, or absence of 4F2hc-LAT2 is associated with human diseases, and therefore, this heterodimeric complex represents a potential drug target. The recombinant human 4F2hc-LAT2 can be functionally overexpressed in the methylotrophic yeast , and the protein can be purified. Here, we present the cryo-EM density map of the human 4F2hc-LAT2 amino acid transporter at sub-nanometer resolution. A homology model of 4F2hc-LAT2 in the inward-open conformation was generated and fitted into the cryo-EM density and analyzed. In addition, disease-causing point mutations in human LAT2 were mapped on the homology model of 4F2hc-LAT2, and the possible functional implications on the molecular level are discussed.
履歴
登録2020年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.66 Å/pix.
x 180 pix.
= 298.8 Å		1.66 Å/pix.
x 180 pix.
= 298.8 Å		1.66 Å/pix.
x 180 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-0.94068015 - 2.2950344
平均 (標準偏差)0.00003898510 (±0.12522496)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.661.661.66
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z298.800298.800298.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.9412.2950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 4F2hc-LAT2

全体名称: 4F2hc-LAT2
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 4F2hc-LAT2
    • タンパク質・ペプチド: hLAT2
    • タンパク質・ペプチド: h4F2hc

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超分子 #1: 4F2hc-LAT2

超分子名称: 4F2hc-LAT2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: heavy and light chain of the contently linked heterodimeric amino acid transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa
組換発現生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類)

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分子 #1: hLAT2

分子名称: hLAT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: light chain of the contently linked heterodimeric amino acid transporter
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: TMAWSHPQFE KIEGRMEEGA RHRNNTEKKH PGGGESDASP EAGSGGGGVA LKKEIGLVSA CGIIVGNIIG SGIFVSPKGV LENAGSVGLA LIVWIVTGFI TVVGALCYAE LGVTIPKSGG DYSYVKDIFG GLAGFLRLWI AVLVIYPTNQ AVIALTFSNY VLQPLFPTCF ...文字列:
TMAWSHPQFE KIEGRMEEGA RHRNNTEKKH PGGGESDASP EAGSGGGGVA LKKEIGLVSA CGIIVGNIIG SGIFVSPKGV LENAGSVGLA LIVWIVTGFI TVVGALCYAE LGVTIPKSGG DYSYVKDIFG GLAGFLRLWI AVLVIYPTNQ AVIALTFSNY VLQPLFPTCF PPESGLRLLA AICLLLLTWV NCSSVRWATR VQDIFTAGKL LALALIIIMG IVQICKGEYF WLEPKNAFEN FQEPDIGLVA LAFLQGSFAY GGWNFLNYVT EELVDPYKNL PRAIFISIPL VTFVYVFANV AYVTAMSPQE LLASNAVAVT FGEKLLGVMA WIMPISVALS TFGGVNGSLF TSSRLFFAGA REGHLPSVLA MIHVKRCTPI PALLFTCIST LLMLVTSDMY TLINYVGFIN YLFYGVTVAG QIVLRWKKPD IPRPIKINLL FPIIYLLFWA FLLVFSLWSE PVVCGIGLAI MLTGVPVYFL GVYWQHKPKC FSDFIELLTL VSQKMCVVVY PEVERGSGTE EANEDMEEQQ QPMYQPTPTK DKDVAGQPQP

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分子 #2: h4F2hc

分子名称: h4F2hc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: heavy chain of the contently linked heterodimeric amino acid transporter
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類)
配列文字列: TMAHHHHHHH HHGIEGRMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE AAAAAKFTGL SKEELLKVAG SPGWVRTRWA LLLLFWLGWL GMLAGAVVII VRAPRCRELP AQKWWHTGAL YRIGDLQAFQ GHGAGNLAGL KGRLDYLSSL ...文字列:
TMAHHHHHHH HHGIEGRMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV KIKVAEDEAE AAAAAKFTGL SKEELLKVAG SPGWVRTRWA LLLLFWLGWL GMLAGAVVII VRAPRCRELP AQKWWHTGAL YRIGDLQAFQ GHGAGNLAGL KGRLDYLSSL KVKGLVLGPI HKNQKDDVAQ TDLLQIDPNF GSKEDFDSLL QSAKKKSIRV ILDLTPNYRG ENSWFSTQVD TVATKVKDAL EFWLQAGVDG FQVRDIENLK DASSFLAEWQ NITKGFSEDR LLIAGTNSSD LQQILSLLES NKDLLLTSSY LSDSGSTGEH TKSLVTQYLN ATGNRWCSWS LSQARLLTSF LPAQLLRLYQ LMLFTLPGTP VFSYGDEIGL DAAALPGQPM EAPVMLWDES SFPDIPGAVS ANMTVKGQSE DPGSLLSLFR RLSDQRSKER SLLHGDFHAF SAGPGLFSYI RHWDQNERFL VVLNFGDVGL SAGLQASDLP ASASLPAKAD LLLSTQPGRE EGSPLELERL KLEPHEGLLL RFPYAA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 104971
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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