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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11615 | |||||||||
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タイトル | Assembly intermediate of the plant mitochondrial complex I | |||||||||
マップデータ | test | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / plant-type vacuole ...L-galactonolactone dehydrogenase / galactonolactone dehydrogenase activity / L-gulono-1,4-lactone dehydrogenase activity / D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity / cold acclimation / NADH dehydrogenase complex / 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類 / 光呼吸 / embryo development ending in seed dormancy / plant-type vacuole / L-ascorbic acid biosynthetic process / respiratory chain complex I / cobalt ion binding / response to osmotic stress / acyl carrier activity / 色素体 / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / protein homotrimerization / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / 細胞呼吸 / respiratory electron transport chain / FAD binding / 葉緑体 / ミトコンドリア / carbonate dehydratase activity / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ペルオキシソーム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ミトコンドリア内膜 / membrane => GO:0016020 / ミトコンドリアマトリックス / copper ion binding / 核小体 / ミトコンドリア / zinc ion binding / extracellular region / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brassica oleracea (キャベツ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Soufari H / Waltz F / Hashem Y | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Specific features and assembly of the plant mitochondrial complex I revealed by cryo-EM. 著者: Heddy Soufari / Camila Parrot / Lauriane Kuhn / Florent Waltz / Yaser Hashem / 要旨: Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the ...Mitochondria are the powerhouses of eukaryotic cells and the site of essential metabolic reactions. Complex I or NADH:ubiquinone oxidoreductase is the main entry site for electrons into the mitochondrial respiratory chain and constitutes the largest of the respiratory complexes. Its structure and composition vary across eukaryote species. However, high resolution structures are available only for one group of eukaryotes, opisthokonts. In plants, only biochemical studies were carried out, already hinting at the peculiar composition of complex I in the green lineage. Here, we report several cryo-electron microscopy structures of the plant mitochondrial complex I. We describe the structure and composition of the plant respiratory complex I, including the ancestral mitochondrial domain composed of the carbonic anhydrase. We show that the carbonic anhydrase is a heterotrimeric complex with only one conserved active site. This domain is crucial for the overall stability of complex I as well as a peculiar lipid complex composed of cardiolipin and phosphatidylinositols. Moreover, we also describe the structure of one of the plant-specific complex I assembly intermediates, lacking the whole P module, in presence of the maturation factor GLDH. GLDH prevents the binding of the plant specific P1 protein, responsible for the linkage of the P to the P module. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11615.map.gz | 162.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11615-v30.xml emd-11615.xml | 43.3 KB 43.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_11615.png | 23.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11615 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11615 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | test | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Plant mitochondrial respiratory complex I assembly intermediate i...
+超分子 #1: Plant mitochondrial respiratory complex I assembly intermediate i...
+分子 #1: 51kDa
+分子 #2: Nad2m
+分子 #3: Nad3m
+分子 #4: Nad6m
+分子 #5: Nad1m
+分子 #6: Nad4Lm
+分子 #7: PGIV
+分子 #8: B16.6
+分子 #9: MWFE
+分子 #10: B9
+分子 #11: B14.5a
+分子 #12: B14.5b
+分子 #13: 15kDa
+分子 #14: Nad7m
+分子 #15: 75kDa
+分子 #16: 39kDa
+分子 #17: Nad9m
+分子 #18: 24kDa
+分子 #19: 18kDa
+分子 #20: 13kDa
+分子 #21: B13
+分子 #22: B17.2
+分子 #23: PSST
+分子 #24: TYKY
+分子 #25: B14
+分子 #26: MNLL
+分子 #27: B8
+分子 #28: ACPM1
+分子 #29: Unk1
+分子 #30: P2
+分子 #31: CAL1
+分子 #32: CA1
+分子 #33: GLDH
+分子 #34: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #35: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #36: Phosphatidylinositol
+分子 #37: CARDIOLIPIN
+分子 #38: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...
+分子 #39: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #40: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #41: ZINC ION
+分子 #42: BICARBONATE ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 36513 |