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- EMDB-11569: Human C Complex Spliceosome - High-resolution CORE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11569
タイトルHuman C Complex Spliceosome - High-resolution CORE
マップデータ
試料
  • 複合体: Human C complex Spliceosome - High resolution core
    • RNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 21種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA double-strand break processing / striated muscle dense body / post-spliceosomal complex / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / embryonic brain development / pre-mRNA binding ...regulation of DNA double-strand break processing / striated muscle dense body / post-spliceosomal complex / post-mRNA release spliceosomal complex / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / 3'-5' RNA helicase activity / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / embryonic brain development / pre-mRNA binding / nuclear retinoic acid receptor binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / Prp19 complex / positive regulation of androgen receptor activity / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / mRNA 3'-end processing / mRNA cis splicing, via spliceosome / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / positive regulation by host of viral transcription / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Notch binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / muscle organ development / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / 微小管形成中心 / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / Notch-HLH transcription pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Formation of paraxial mesoderm / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / mRNA 3'-splice site recognition / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / U5 snRNP / retinoic acid receptor signaling pathway / カハール体 / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / 転写後修飾 / protein peptidyl-prolyl isomerization / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / cellular response to retinoic acid / translation elongation factor activity / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of RNA splicing / RNA splicing / response to cocaine / nuclear receptor coactivator activity / positive regulation of protein export from nucleus / プロリルイソメラーゼ / DNA damage checkpoint signaling / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / nuclear receptor binding / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / mRNA splicing, via spliceosome / 転写後修飾 / 核小体 / Z disc / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / rRNA processing / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nuclear matrix / Dual incision in TC-NER / positive regulation of protein import into nucleus / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / calcium-dependent protein binding / disordered domain specific binding
類似検索 - 分子機能
Corepressor interacting with RBPJ 1 / Protein FRG1 / FRG1-like domain / CBF1-interacting co-repressor CIR, N-terminal domain / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Saf4/Yju2 protein / Splicing factor Yju2 ...Corepressor interacting with RBPJ 1 / Protein FRG1 / FRG1-like domain / CBF1-interacting co-repressor CIR, N-terminal domain / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Pre-mRNA splicing factor / N-terminal domain of CBF1 interacting co-repressor CIR / Saf4/Yju2 protein / Splicing factor Yju2 / Saf4/Yju2 protein / Actin-crosslinking / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / : / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Helix hairpin bin domain superfamily / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Pre-mRNA-processing factor 17 / : / STL11, N-terminal / WD repeat Prp46/PLRG1-like / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Myb-like DNA-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Snu114, GTP-binding domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / ジンクフィンガー / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Myb domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / EF-G domain III/V-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core
類似検索 - ドメイン・相同性
Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Protein BUD31 homolog / SNW domain-containing protein 1 / Protein FRG1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Corepressor interacting with RBPJ 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein ...Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Protein BUD31 homolog / SNW domain-containing protein 1 / Protein FRG1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Corepressor interacting with RBPJ 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / Splicing factor YJU2 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / WD repeat-containing protein 70 / Pre-mRNA-splicing factor CWC25 homolog / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bertram K / Kastner B
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Roles of Metazoan-Specific Splicing Factors in the Human Step 1 Spliceosome.
著者: Karl Bertram / Leyla El Ayoubi / Olexandr Dybkov / Dmitry E Agafonov / Cindy L Will / Klaus Hartmuth / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Holger Stark / Reinhard Lührmann /
要旨: Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core ...Human spliceosomes contain numerous proteins absent in yeast, whose functions remain largely unknown. Here we report a 3D cryo-EM structure of the human spliceosomal C complex at 3.4 Å core resolution and 4.5-5.7 Å at its periphery, and aided by protein crosslinking we determine its molecular architecture. Our structure provides additional insights into the spliceosome's architecture between the catalytic steps of splicing, and how proteins aid formation of the spliceosome's catalytically active RNP (ribonucleoprotein) conformation. It reveals the spatial organization of the metazoan-specific proteins PPWD1, WDR70, FRG1, and CIR1 in human C complexes, indicating they stabilize functionally important protein domains and RNA structures rearranged/repositioned during the B to C transition. Structural comparisons with human B, C, and P complexes reveal an intricate cascade of RNP rearrangements during splicing catalysis, with intermediate RNP conformations not found in yeast, and additionally elucidate the structural basis for the sequential recruitment of metazoan-specific spliceosomal proteins.
履歴
登録2020年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2020年10月14日-
現状2020年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6zym
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zym
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.18465073 - 0.33589733
平均 (標準偏差)-0.00011441692 (±0.008981588)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 466.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z466.400466.400466.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.1850.336-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human C complex Spliceosome - High resolution core

全体名称: Human C complex Spliceosome - High resolution core
要素
  • 複合体: Human C complex Spliceosome - High resolution core
    • RNA: U2 snRNA
    • RNA: U5 snRNA
    • RNA: U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Corepressor interacting with RBPJ 1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • タンパク質・ペプチド: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: SNW domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Pleiotropic regulator 1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 17
    • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Cell division cycle 5-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Crooked neck-like protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
    • タンパク質・ペプチド: Protein BUD31 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Serine/arginine repetitive matrix protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
    • RNA: pre-mRNA一次転写産物
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 70
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor CWC25 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Splicing factor YJU2
    • タンパク質・ペプチド: Protein FRG1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATEフィチン酸
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human C complex Spliceosome - High resolution core

超分子名称: Human C complex Spliceosome - High resolution core / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa S3

+
分子 #1: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 60.186445 KDa
配列文字列:
AUCGCUUCUC GGCCUUUUGG CUAAGAUCAA GUGUAGUAUC UGUUCUUAUC AGUUUAAUAU CUGAUACGUC CUCUAUCCGA GGACAAUAU AUUAAAUGGA UUUUUGGAGC AGGGAGAUGG AAUAGGAGCU UGCUCCGUCC ACUCCACGCA UCGACCUGGU A UUGCAGUA CCUCCAGGAA CGGUGCACCC

+
分子 #2: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 36.908668 KDa
配列文字列:
AUACUCUGGU UUCUCUUCAG AUCGCAUAAA UCUUUCGCCU UUUACUAAAG AUUUCCGUGG AGAGGAACAA CUCUGAGUCU UAACCCAAU UUUUUGAGCC UUGCCUUGGC AAGGCUA

+
分子 #3: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 25.48024 KDa
配列文字列:
GUGCUCGCUU CGGCAGCACA UAUACUAAAA UUGGAACGAU ACAGAGAAGA UUAGCAUGGC CCCUGCGCAA GGAUGACAC

+
分子 #19: pre-mRNA

分子名称: pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 19 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 103.979148 KDa
配列文字列: GGGAGACGGA AUUCGAGCUC GCCCACUCUU GGAUCGGAAA CCCGUCGGCC UCCGAACGGU AAGAGCCUAG CAUGUAGAAC UGGUUACCU GCAGCCCAAG CUUGCUGCAC GUCUAGGGCG CAGUAGUCCA GGGUUUCCUU GAUGAUGUCA UACUUAUCCU G UCCCUUUU ...文字列:
GGGAGACGGA AUUCGAGCUC GCCCACUCUU GGAUCGGAAA CCCGUCGGCC UCCGAACGGU AAGAGCCUAG CAUGUAGAAC UGGUUACCU GCAGCCCAAG CUUGCUGCAC GUCUAGGGCG CAGUAGUCCA GGGUUUCCUU GAUGAUGUCA UACUUAUCCU G UCCCUUUU UUUUCCACAG CUCGCGGUUG AGGACAAACU CUUCGCGGUC UUUCCAGUGG GGAUCCGAUA UCCGUACACC AU CAGGGUA CGAGCUAGCC CAUGGCGUAC ACCAUCAGGG UACGACUAGU AGAUCUCGUA CACCAUCAGG GUACGGAAUU CUC UAGA

+
分子 #4: Corepressor interacting with RBPJ 1

分子名称: Corepressor interacting with RBPJ 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 52.44175 KDa
配列文字列: MGKSFANFMC KKDFHPASKS NIKKVWMAEQ KISYDKKKQE ELMQQYLKEQ ESYDNRLLMG DERVKNGLNF MYEAPPGAKK ENKEKEETE GETEYKFEWQ KGAPREKYAK DDMNIRDQPF GIQVRNVRCI KCHKWGHVNT DRECPLFGLS GINASSVPTD G SGPSMHPS ...文字列:
MGKSFANFMC KKDFHPASKS NIKKVWMAEQ KISYDKKKQE ELMQQYLKEQ ESYDNRLLMG DERVKNGLNF MYEAPPGAKK ENKEKEETE GETEYKFEWQ KGAPREKYAK DDMNIRDQPF GIQVRNVRCI KCHKWGHVNT DRECPLFGLS GINASSVPTD G SGPSMHPS ELIAEMRNSG FALKRNVLGR NLTANDPSQE YVASEGEEDP EVEFLKSLTT KQKQKLLRKL DRLEKKKKKK DR KKKKFQK SRSKHKKHKS SSSSSSSSSS SSSTETSESS SESESNNKEK KIQRKKRKKN KCSGHNNSDS EEKDKSKKRK LHE ELSSSH HNREKAKEKP RFLKHESSRE DSKWSHSDSD KKSRTHKHSP EKRGSERKEG SSRSHGREER SRRSRSRSPG SYKQ RETRK RAQRNPGEEQ SRRNDSRSHG TDLYRGEKMY REHPGGTHTK VTQRE

+
分子 #5: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 207.470719 KDa
配列文字列: MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP ...文字列:
MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP FDDEEPPLDY ADNILDVEPL EAIQLELDPE EDAPVLDWFY DHQPLRDSRK YVNGSTYQRW QFTLPMMSTL YR LANQLLT DLVDDNYFYL FDLKAFFTSK ALNMAIPGGP KFEPLVRDIN LQDEDWNEFN DINKIIIRQP IRTEYKIAFP YLY NNLPHH VHLTWYHTPN VVFIKTEDPD LPAFYFDPLI NPISHRHSVK SQEPLPDDDE EFELPEFVEP FLKDTPLYTD NTAN GIALL WAPRPFNLRS GRTRRALDIP LVKNWYREHC PAGQPVKVRV SYQKLLKYYV LNALKHRPPK AQKKRYLFRS FKATK FFQS TKLDWVEVGL QVCRQGYNML NLLIHRKNLN YLHLDYNFNL KPVKTLTTKE RKKSRFGNAF HLCREVLRLT KLVVDS HVQ YRLGNVDAFQ LADGLQYIFA HVGQLTGMYR YKYKLMRQIR MCKDLKHLIY YRFNTGPVGK GPGCGFWAAG WRVWLFF MR GITPLLERWL GNLLARQFEG RHSKGVAKTV TKQRVESHFD LELRAAVMHD ILDMMPEGIK QNKARTILQH LSEAWRCW K ANIPWKVPGL PTPIENMILR YVKAKADWWT NTAHYNRERI RRGATVDKTV CKKNLGRLTR LYLKAEQERQ HNYLKDGPY ITAEEAVAVY TTTVHWLESR RFSPIPFPPL SYKHDTKLLI LALERLKEAY SVKSRLNQSQ REELGLIEQA YDNPHEALSR IKRHLLTQR AFKEVGIEFM DLYSHLVPVY DVEPLEKITD AYLDQYLWYE ADKRRLFPPW IKPADTEPPP LLVYKWCQGI N NLQDVWET SEGECNVMLE SRFEKMYEKI DLTLLNRLLR LIVDHNIADY MTAKNNVVIN YKDMNHTNSY GIIRGLQFAS FI VQYYGLV MDLLVLGLHR ASEMAGPPQM PNDFLSFQDI ATEAAHPIRL FCRYIDRIHI FFRFTADEAR DLIQRYLTEH PDP NNENIV GYNNKKCWPR DARMRLMKHD VNLGRAVFWD IKNRLPRSVT TVQWENSFVS VYSKDNPNLL FNMCGFECRI LPKC RTSYE EFTHKDGVWN LQNEVTKERT AQCFLRVDDE SMQRFHNRVR QILMASGSTT FTKIVNKWNT ALIGLMTYFR EAVVN TQEL LDLLVKCENK IQTRIKIGLN SKMPSRFPPV VFYTPKELGG LGMLSMGHVL IPQSDLRWSK QTDVGITHFR SGMSHE EDQ LIPNLYRYIQ PWESEFIDSQ RVWAEYALKR QEAIAQNRRL TLEDLEDSWD RGIPRINTLF QKDRHTLAYD KGWRVRT DF KQYQVLKQNP FWWTHQRHDG KLWNLNNYRT DMIQALGGVE GILEHTLFKG TYFPTWEGLF WEKASGFEES MKWKKLTN A QRSGLNQIPN RRFTLWWSPT INRANVYVGF QVQLDLTGIF MHGKIPTLKI SLIQIFRAHL WQKIHESIVM DLCQVFDQE LDALEIETVQ KETIHPRKSY KMNSSCADIL LFASYKWNVS RPSLLADSKD VMDSTTTQKY WIDIQLRWGD YDSHDIERYA RAKFLDYTT DNMSIYPSPT GVLIAIDLAY NLHSAYGNWF PGSKPLIQQA MAKIMKANPA LYVLRERIRK GLQLYS

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分子 #6: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 107.225898 KDa
配列文字列: MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT ...文字列:
MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT DILFTEQERG VGIKSTPVTV VLPDTKGKSY LFNIMDTPGH VNFSDEVTAG LRISDGVVLF IDAAEGVMLN TE RLIKHAV QERLAVTVCI NKIDRLILEL KLPPTDAYYK LRHIVDEVNG LISMYSTDEN LILSPLLGNV CFSSSQYSIC FTL GSFAKI YADTFGDINY QEFAKRLWGD IYFNPKTRKF TKKAPTSSSQ RSFVEFILEP LYKILAQVVG DVDTSLPRTL DELG IHLTK EELKLNIRPL LRLVCKKFFG EFTGFVDMCV QHIPSPKVGA KPKIEHTYTG GVDSDLGEAM SDCDPDGPLM CHTTK MYST DDGVQFHAFG RVLSGTIHAG QPVKVLGENY TLEDEEDSQI CTVGRLWISV ARYHIEVNRV PAGNWVLIEG VDQPIV KTA TITEPRGNEE AQIFRPLKFN TTSVIKIAVE PVNPSELPKM LDGLRKVNKS YPSLTTKVEE SGEHVILGTG ELYLDCV MH DLRKMYSEID IKVADPVVTF CETVVETSSL KCFAETPNKK NKITMIAEPL EKGLAEDIEN EVVQITWNRK KLGEFFQT K YDWDLLAARS IWAFGPDATG PNILVDDTLP SEVDKALLGS VKDSIVQGFQ WGTREGPLCD ELIRNVKFKI LDAVVAQEP LHRGGGQIIP TARRVVYSAF LMATPRLMEP YYFVEVQAPA DCVSAVYTVL ARRRGHVTQD APIPGSPLYT IKAFIPAIDS FGFETDLRT HTQGQAFSLS VFHHWQIVPG DPLDKSIVIR PLEPQPAPHL AREFMIKTRR RKGLSEDVSI SKF

+
分子 #7: SNW domain-containing protein 1

分子名称: SNW domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 61.610703 KDa
配列文字列: MALTSFLPAP TQLSQDQLEA EEKARSQRSR QTSLVSSRRE PPPYGYRKGW IPRLLEDFGD GGAFPEIHVA QYPLDMGRKK KMSNALAIQ VDSEGKIKYD AIARQGQSKD KVIYSKYTDL VPKEVMNADD PDLQRPDEEA IKEITEKTRV ALEKSVSQKV A AAMPVRAA ...文字列:
MALTSFLPAP TQLSQDQLEA EEKARSQRSR QTSLVSSRRE PPPYGYRKGW IPRLLEDFGD GGAFPEIHVA QYPLDMGRKK KMSNALAIQ VDSEGKIKYD AIARQGQSKD KVIYSKYTDL VPKEVMNADD PDLQRPDEEA IKEITEKTRV ALEKSVSQKV A AAMPVRAA DKLAPAQYIR YTPSQQGVAF NSGAKQRVIR MVEMQKDPME PPRFKINKKI PRGPPSPPAP VMHSPSRKMT VK EQQEWKI PPCISNWKNA KGYTIPLDKR LAADGRGLQT VHINENFAKL AEALYIADRK AREAVEMRAQ VERKMAQKEK EKH EEKLRE MAQKARERRA GIKTHVEKED GEARERDEIR HDRRKERQHD RNLSRAAPDK RSKLQRNENR DISEVIALGV PNPR TSNEV QYDQRLFNQS KGMDSGFAGG EDEIYNVYDQ AWRGGKDMAQ SIYRPSKNLD KDMYGDDLEA RIKTNRFVPD KEFSG SDRR QRGREGPVQF EEDPFGLDKF LEEAKQHGGS KRPSDSSRPK EHEHEGKKRR KE

+
分子 #8: Pleiotropic regulator 1

分子名称: Pleiotropic regulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 57.280758 KDa
配列文字列: MVEEVQKHSV HTLVFRSLKR THDMFVADNG KPVPLDEESH KRKMAIKLRN EYGPVLHMPT SKENLKEKGP QNATDSYVHK QYPANQGQE VEYFVAGTHP YPPGPGVALT ADTKIQRMPS ESAAQSLAVA LPLQTKADAN RTAPSGSEYR HPGASDRPQP T AMNSIVME ...文字列:
MVEEVQKHSV HTLVFRSLKR THDMFVADNG KPVPLDEESH KRKMAIKLRN EYGPVLHMPT SKENLKEKGP QNATDSYVHK QYPANQGQE VEYFVAGTHP YPPGPGVALT ADTKIQRMPS ESAAQSLAVA LPLQTKADAN RTAPSGSEYR HPGASDRPQP T AMNSIVME TGNTKNSALM AKKAPTMPKP QWHPPWKLYR VISGHLGWVR CIAVEPGNQW FVTGSADRTI KIWDLASGKL KL SLTGHIS TVRGVIVSTR SPYLFSCGED KQVKCWDLEY NKVIRHYHGH LSAVYGLDLH PTIDVLVTCS RDSTARIWDV RTK ASVHTL SGHTNAVATV RCQAAEPQII TGSHDTTIRL WDLVAGKTRV TLTNHKKSVR AVVLHPRHYT FASGSPDNIK QWKF PDGSF IQNLSGHNAI INTLTVNSDG VLVSGADNGT MHLWDWRTGY NFQRVHAAVQ PGSLDSESGI FACAFDQSES RLLTA EADK TIKVYREDDT ATEETHPVSW KPEIIKRKRF

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分子 #9: Pre-mRNA-processing factor 17

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 65.61218 KDa
配列文字列: MSAAIAALAA SYGSGSGSES DSDSESSRCP LPAADSLMHL TKSPSSKPSL AVAVDSAPEV AVKEDLETGV HLDPAVKEVQ YNPTYETMF APEFGPENPF RTQQMAAPRN MLSGYAEPAH INDFMFEQQR RTFATYGYAL DPSLDNHQVS AKYIGSVEEA E KNQGLTVF ...文字列:
MSAAIAALAA SYGSGSGSES DSDSESSRCP LPAADSLMHL TKSPSSKPSL AVAVDSAPEV AVKEDLETGV HLDPAVKEVQ YNPTYETMF APEFGPENPF RTQQMAAPRN MLSGYAEPAH INDFMFEQQR RTFATYGYAL DPSLDNHQVS AKYIGSVEEA E KNQGLTVF ETGQKKTEKR KKFKENDASN IDGFLGPWAK YVDEKDVAKP SEEEQKELDE ITAKRQKKGK QEEEKPGEEK TI LHVKEMY DYQGRSYLHI PQDVGVNLRS TMPPEKCYLP KKQIHVWSGH TKGVSAVRLF PLSGHLLLSC SMDCKIKLWE VYG ERRCLR TFIGHSKAVR DICFNTAGTQ FLSAAYDRYL KLWDTETGQC ISRFTNRKVP YCVKFNPDED KQNLFVAGMS DKKI VQWDI RSGEIVQEYD RHLGAVNTIV FVDENRRFVS TSDDKSLRVW EWDIPVDFKY IAEPSMHSMP AVTLSPNGKW LACQS MDNQ ILIFGAQNRF RLNKKKIFKG HMVAGYACQV DFSPDMSYVI SGDGNGKLNI WDWKTTKLYS RFKAHDKVCI GAVWHP HET SKVITCGWDG LIKLWD

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分子 #10: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.359492 KDa
配列文字列: MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC ...文字列:
MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC TGSDDGTVKL WDIRKKAAIQ TFQNTYQVLA VTFNDTSDQI ISGGIDNDIK VWDLRQNKLT YTMRGHADSV TG LSLSSEG SYLLSNAMDN TVRVWDVRPF APKERCVKIF QGNVHNFEKN LLRCSWSPDG SKIAAGSADR FVYVWDTTSR RIL YKLPGH AGSINEVAFH PDEPIIISAS SDKRLYMGEI Q

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分子 #11: Cell division cycle 5-like protein

分子名称: Cell division cycle 5-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 92.406883 KDa
配列文字列: MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK ...文字列:
MPRIMIKGGV WRNTEDEILK AAVMKYGKNQ WSRIASLLHR KSAKQCKARW YEWLDPSIKK TEWSREEEEK LLHLAKLMPT QWRTIAPII GRTAAQCLEH YEFLLDKAAQ RDNEEETTDD PRKLKPGEID PNPETKPARP DPIDMDEDEL EMLSEARARL A NTQGKKAK RKAREKQLEE ARRLAALQKR RELRAAGIEI QKKRKRKRGV DYNAEIPFEK KPALGFYDTS EENYQALDAD FR KLRQQDL DGELRSEKEG RDRKKDKQHL KRKKESDLPS AILQTSGVSE FTKKRSKLVL PAPQISDAEL QEVVKVGQAS EIA RQTAEE SGITNSASST LLSEYNVTNN SVALRTPRTP ASQDRILQEA QNLMALTNVD TPLKGGLNTP LHESDFSGVT PQRQ VVQTP NTVLSTPFRT PSNGAEGLTP RSGTTPKPVI NSTPGRTPLR DKLNINPEDG MADYSDPSYV KQMERESREH LRLGL LGLP APKNDFEIVL PENAEKELEE REIDDTYIED AADVDARKQA IRDAERVKEM KRMHKAVQKD LPRPSEVNET ILRPLN VEP PLTDLQKSEE LIKKEMITML HYDLLHHPYE PSGNKKGKTV GFGTNNSEHI TYLEHNPYEK FSKEELKKAQ DVLVQEM EV VKQGMSHGEL SSEAYNQVWE ECYSQVLYLP GQSRYTRANL ASKKDRIESL EKRLEINRGH MTTEAKRAAK MEKKMKIL L GGYQSRAMGL MKQLNDLWDQ IEQAHLELRT FEELKKHEDS AIPRRLECLK EDVQRQQERE KELQHRYADL LLEKETLKS KF

+
分子 #12: Crooked neck-like protein 1

分子名称: Crooked neck-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 100.610008 KDa
配列文字列: MTATVENLTF QKDTLGNAVD KNTSRLELRS YSLAGRHGST EPLVLAWSSQ FRRLTWGCAL DALHRSPCVA ASQHGVTHLI RSSRTPHST RCRKEDAQPG HHGNGAASVT AQARGQRSVL QVPLPVPRSC LFSESFVVSV SSQSRFLASV PGTGVQRSTA A DMAASTAA ...文字列:
MTATVENLTF QKDTLGNAVD KNTSRLELRS YSLAGRHGST EPLVLAWSSQ FRRLTWGCAL DALHRSPCVA ASQHGVTHLI RSSRTPHST RCRKEDAQPG HHGNGAASVT AQARGQRSVL QVPLPVPRSC LFSESFVVSV SSQSRFLASV PGTGVQRSTA A DMAASTAA GKQRIPKVAK VKNKAPAEVQ ITAEQLLREA KERELELLPP PPQQKITDEE ELNDYKLRKR KTFEDNIRKN RT VISNWIK YAQWEESLKE IQRARSIYER ALDVDYRNIT LWLKYAEMEM KNRQVNHARN IWDRAITTLP RVNQFWYKYT YME EMLGNV AGARQVFERW MEWQPEEQAW HSYINFELRY KEVDRARTIY ERFVLVHPDV KNWIKYARFE EKHAYFAHAR KVYE RAVEF FGDEHMDEHL YVAFAKFEEN QKEFERVRVI YKYALDRISK QDAQELFKNY TIFEKKFGDR RGIEDIIVSK RRFQY EEEV KANPHNYDAW FDYLRLVESD AEAEAVREVY ERAIANVPPI QEKRHWKRYI YLWINYALYE ELEAKDPERT RQVYQA SLE LIPHKKFTFA KMWILYAQFE IRQKNLSLAR RALGTSIGKC PKNKLFKVYI ELELQLREFD RCRKLYEKFL EFGPENC TS WIKFAELETI LGDIDRARAI YELAISQPRL DMPEVLWKSY IDFEIEQEET ERTRNLYRRL LQRTQHVKVW ISFAQFEL S SGKEGSLTKC RQIYEEANKT MRNCEEKEER LMLLESWRSF EEEFGTASDK ERVDKLMPEK VKKRRKVQTD DGSDAGWEE YFDYIFPEDA ANQPNLKLLA MAKLWKKQQQ EKEDAEHHPD EDVDESES

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分子 #13: Pre-mRNA-splicing factor RBM22

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 25.223928 KDa
配列文字列: MATSLGSNTY NRQNWEDADF PILCQTCLGE NPYIRMTKEK YGKECKICAR PFTVFRWCPG VRMRFKKTEV CQTCSKLKNV CQTCLLDLE YGLPIQVRDA GLSFKDDMPK SDVNKEYYTQ NMEREISNSD GTRPVGMLGK ATSTSDMLLK LARTTPYYKR N RPHICSFW ...文字列:
MATSLGSNTY NRQNWEDADF PILCQTCLGE NPYIRMTKEK YGKECKICAR PFTVFRWCPG VRMRFKKTEV CQTCSKLKNV CQTCLLDLE YGLPIQVRDA GLSFKDDMPK SDVNKEYYTQ NMEREISNSD GTRPVGMLGK ATSTSDMLLK LARTTPYYKR N RPHICSFW VKGECKRGEE CPYRHEKPTD PDDPLADQNI KDRYYGINDP VADKLLKRAS

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分子 #14: Protein BUD31 homolog

分子名称: Protein BUD31 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 17.03285 KDa
配列文字列:
MPKVKRSRKA PPDGWELIEP TLDELDQKMR EAETEPHEGK RKVESLWPIF RIHHQKTRYI FDLFYKRKAI SRELYEYCIK EGYADKNLI AKWKKQGYEN LCCLRCIQTR DTNFGTNCIC RVPKSKLEVG RIIECTHCGC RGCSG

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分子 #15: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog

分子名称: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 26.674447 KDa
配列文字列: MTTAARPTFE PARGGRGKGE GDLSQLSKQY SSRDLPSHTK IKYRQTTQDA PEEVRNRDFR RELEERERAA AREKNRDRPT REHTTSSSV SKKPRLDQIP AANLDADDPL TDEEDEDFEE ESDDDDTAAL LAELEKIKKE RAEEQARKEQ EQKAEEERIR M ENILSGNP ...文字列:
MTTAARPTFE PARGGRGKGE GDLSQLSKQY SSRDLPSHTK IKYRQTTQDA PEEVRNRDFR RELEERERAA AREKNRDRPT REHTTSSSV SKKPRLDQIP AANLDADDPL TDEEDEDFEE ESDDDDTAAL LAELEKIKKE RAEEQARKEQ EQKAEEERIR M ENILSGNP LLNLTGPSQP QANFKVKRRW DDDVVFKNCA KGVDDQKKDK RFVNDTLRSE FHKKFMEKYI K

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分子 #16: Serine/arginine repetitive matrix protein 2

分子名称: Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 300.255312 KDa
配列文字列: MYNGIGLPTP RGSGTNGYVQ RNLSLVRGRR GERPDYKGEE ELRRLEAALV KRPNPDILDH ERKRRVELRC LELEEMMEEQ GYEEQQIQE KVATFRLMLL EKDVNPGGKE ETPGQRPAVT ETHQLAELNE KKNERLRAAF GISDSYVDGS SFDPQRRARE A KQPAPEPP ...文字列:
MYNGIGLPTP RGSGTNGYVQ RNLSLVRGRR GERPDYKGEE ELRRLEAALV KRPNPDILDH ERKRRVELRC LELEEMMEEQ GYEEQQIQE KVATFRLMLL EKDVNPGGKE ETPGQRPAVT ETHQLAELNE KKNERLRAAF GISDSYVDGS SFDPQRRARE A KQPAPEPP KPYSLVRESS SSRSPTPKQK KKKKKKDRGR RSESSSPRRE RKKSSKKKKH RSESESKKRK HRSPTPKSKR KS KDKKRKR SRSTTPAPKS RRAHRSTSAD SASSSDTSRS RSRSAAAKTH TTALAGRSPS PASGRRGEGD APFSEPGTTS TQR PSSPET ATKQPSSPYE DKDKDKKEKS ATRPSPSPER SSTGPEPPAP TPLLAERHGG SPQPLATTPL SQEPVNPPSE ASPT RDRSP PKSPEKLPQS SSSESSPPSP QPTKVSRHAS SSPESPKPAP APGSHREISS SPTSKNRSHG RAKRDKSHSH TPSRR MGRS RSPATAKRGR SRSRTPTKRG HSRSRSPQWR RSRSAQRWGR SRSPQRRGRS RSPQRPGWSR SRNTQRRGRS RSARRG RSH SRSPATRGRS RSRTPARRGR SRSRTPARRR SRSRTPTRRR SRSRTPARRG RSRSRTPARR RSRTRSPVRR RSRSRSP AR RSGRSRSRTP ARRGRSRSRT PARRGRSRSR TPARRSGRSR SRTPARRGRS RSRTPRRGRS RSRSLVRRGR SHSRTPQR R GRSGSSSERK NKSRTSQRRS RSNSSPEMKK SRISSRRSRS LSSPRSKAKS RLSLRRSLSG SSPCPKQKSQ TPPRRSRSG SSQPKAKSRT PPRRSRSSSS PPPKQKSKTP SRQSHSSSSP HPKVKSGTPP RQGSITSPQA NEQSVTPQRR SCFESSPDPE LKSRTPSRH SCSGSSPPRV KSSTPPRQSP SRSSSPQPKV KAIISPRQRS HSGSSSPSPS RVTSRTTPRR SRSVSPCSNV E SRLLPRYS HSGSSSPDTK VKPETPPRQS HSGSISPYPK VKAQTPPGPS LSGSKSPCPQ EKSKDSLVQS CPGSLSLCAG VK SSTPPGE SYFGVSSLQL KGQSQTSPDH RSDTSSPEVR QSHSESPSLQ SKSQTSPKGG RSRSSSPVTE LASRSPIRQD RGE FSASPM LKSGMSPEQS RFQSDSSSYP TVDSNSLLGQ SRLETAESKE KMALPPQEDA TASPPRQKDK FSPFPVQDRP ESSL VFKDT LRTPPRERSG AGSSPETKEQ NSALPTSSQD EELMEVVEKS EEPAGQILSH LSSELKEMST SNFESSPEVE ERPAV SLTL DQSQSQASLE AVEVPSMASS WGGPHFSPEH KELSNSPLRE NSFGSPLEFR NSGPLGTEMN TGFSSEVKED LNGPFL NQL ETDPSLDMKE QSTRSSGHSS SELSPDAVEK AGMSSNQSIS SPVLDAVPRT PSRERSSSAS SPEMKDGLPR TPSRRSR SG SSPGLRDGSG TPSRHSLSGS SPGMKDIPRT PSRGRSECDS SPEPKALPQT PRPRSRSPSS PELNNKCLTP QRERSGSE S SVDQKTVART PLGQRSRSGS SQELDVKPSA SPQERSESDS SPDSKAKTRT PLRQRSRSGS SPEVDSKSRL SPRRSRSGS SPEVKDKPRA APRAQSGSDS SPEPKAPAPR ALPRRSRSGS SSKGRGPSPE GSSSTESSPE HPPKSRTARR GSRSSPEPKT KSRTPPRRR SSRSSPELTR KARLSRRSRS ASSSPETRSR TPPRHRRSPS VSSPEPAEKS RSSRRRRSAS SPRTKTTSRR G RSPSPKPR GLQRSRSRSR REKTRTTRRR DRSGSSQSTS RRRQRSRSRS RVTRRRRGGS GYHSRSPARQ ESSRTSSRRR RG RSRTPPT SRKRSRSRTS PAPWKRSRSR ASPATHRRSR SRTPLISRRR SRSRTSPVSR RRSRSRTSVT RRRSRSRASP VSR RRSRSR TPPVTRRRSR SRTPTTRRRS RSRTPPVTRR RSRSRTPPVT RRRSRSRTSP ITRRRSRSRT SPVTRRRSRS RTSP VTRRR SRSRTSPVTR RRSRSRTPPA IRRRSRSRTP LLPRKRSRSR SPLAIRRRSR SRTPRTARGK RSLTRSPPAI RRRSA SGSS SDRSRSATPP ATRNHSGSRT PPVALNSSRM SCFSRPSMSP TPLDRCRSPG MLEPLGSSRT PMSVLQQAGG SMMDGP GPR IPDHQRTSVP ENHAQSRIAL ALTAISLGTA RPPPSMSAAG LAARMSQVPA PVPLMSLRTA PAANLASRIP AASAAAM NL ASARTPAIPT AVNLADSRTP AAAAAMNLAS PRTAVAPSAV NLADPRTPTA PAVNLAGART PAALAALSLT GSGTPPTA A NYPSSSRTPQ APASANLVGP RSAHATAPVN IAGSRTAAAL APASLTSARM APALSGANLT SPRVPLSAYE RVSGRTSPP LLDRARSRTP PSAPSQSRMT SERAPSPSSR MGQAPSQSLL PPAQDQPRSP VPSAFSDQSR CLIAQTTPVA GSQSLSSGAV ATTTSSAGD HNGMLSVPAP GVPHSDVGEP PASTGAQQPS ALAALQPAKE RRSSSSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSSGSS S SDSEGSSL PVQPEVALKR VPSPTPAPKE AVREGRPPEP TPAKRKRRSS SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS SSSSSSSSSS SS SSSSSSS SPSPAKPGPQ ALPKPASPKK PPPGERRSRS PRKPIDSLRD SRSLSYSPVE RRRPSPQPSP RDQQSSSSER GSR RGQRGD SRSPSHKRRR ETPSPRPMRH RSSRSP

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分子 #17: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 105.646578 KDa
配列文字列: MKSSVAQIKP SSGHDRRENL NSYQRNSSPE DRYEEQERSP RDRDYFDYSR SDYEHSRRGR SYDSSMESRN RDREKRRERE RDTDRKRSR KSPSPGRRNP ETSVTQSSSA QDEPATKKKK DELDPLLTRT GGAYIPPAKL RMMQEQITDK NSLAYQRMSW E ALKKSING ...文字列:
MKSSVAQIKP SSGHDRRENL NSYQRNSSPE DRYEEQERSP RDRDYFDYSR SDYEHSRRGR SYDSSMESRN RDREKRRERE RDTDRKRSR KSPSPGRRNP ETSVTQSSSA QDEPATKKKK DELDPLLTRT GGAYIPPAKL RMMQEQITDK NSLAYQRMSW E ALKKSING LINKVNISNI SIIIQELLQE NIVRGRGLLS RSVLQAQSAS PIFTHVYAAL VAIINSKFPQ IGELILKRLI LN FRKGYRR NDKQLCLTAS KFVAHLINQN VAHEVLCLEM LTLLLERPTD DSVEVAIGFL KECGLKLTQV SPRGINAIFE RLR NILHES EIDKRVQYMI EVMFAVRKDG FKDHPIILEG LDLVEEDDQF THMLPLEDDY NPEDVLNVFK MDPNFMENEE KYKA IKKEI LDEGDTDSNT DQDAGSSEED EEEEEEEGEE DEEGQKVTIH DKTEINLVSF RRTIYLAIQS SLDFEECAHK LLKME FPES QTKELCNMIL DCCAQQRTYE KFFGLLAGRF CMLKKEYMES FEGIFKEQYD TIHRLETNKL RNVAKMFAHL LYTDSL PWS VLECIKLSEE TTTSSSRIFV KIFFQELCEY MGLPKLNARL KDETLQPFFE GLLPRDNPRN TRFAINFFTS IGLGGLT DE LREHLKNTPK VIVAQKPDVE QNKSSPSSSS SASSSSESDS SDSDSDSSDS SSESSSEESD SSSISSHSSA SANDVRKK G HGKTRSKEVD KLIRNQQTND RKQKERRQEH GHQETRTERE RRSEKHRDQN SSGSNWRDPI TKYTSDKDVP SERNNYSRV ANDRDQEMHI DLENKHGDPK KKRGERRNSF SENEKHTHRI KDSENFRRKD RSKSKEMNRK HSGSRSDEDR YQNGAERRWE KSSRYSEQS RESKKNQDRR REKSPAKQK

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分子 #18: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1

分子名称: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: プロリルイソメラーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.257805 KDa
配列文字列:
MAAIPPDSWQ PPNVYLETSM GIIVLELYWK HAPKTCKNFA ELARRGYYNG TKFHRIIKDF MIQGGDPTGT GRGGASIYGK QFEDELHPD LKFTGAGILA MANAGPDTNG SQFFVTLAPT QWLDGKHTIF GRVCQGIGMV NRVGMVETNS QDRPVDDVKI I KAYPSG

+
分子 #20: WD repeat-containing protein 70

分子名称: WD repeat-containing protein 70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 73.306172 KDa
配列文字列: MERSGPSEVT GSDASGPDPQ LAVTMGFTGF GKKARTFDLE AMFEQTRRTA VERSRKTLEA REKEEEMNRE KELRRQNEDI EPTSSRSNV VRDCSKSSSR DTSSSESEQS SDSSDDELIG PPLPPKMVGK PVNFMEEDIL GPLPPPLNEE EEEAEEEEEE E EEEENPVH ...文字列:
MERSGPSEVT GSDASGPDPQ LAVTMGFTGF GKKARTFDLE AMFEQTRRTA VERSRKTLEA REKEEEMNRE KELRRQNEDI EPTSSRSNV VRDCSKSSSR DTSSSESEQS SDSSDDELIG PPLPPKMVGK PVNFMEEDIL GPLPPPLNEE EEEAEEEEEE E EEEENPVH KIPDSHEITL KHGTKTVSAL GLDPSGARLV TGGYDYDVKF WDFAGMDASF KAFRSLQPCE CHQIKSLQYS NT GDMILVV SGSSQAKVID RDGFEVMECI KGDQYIVDMA NTKGHTAMLH TGSWHPKIKG EFMTCSNDAT VRTWEVENPK KQK SVFKPR TMQGKKVIPT TCTYSRDGNL IAAACQNGSI QIWDRNLTVH PKFHYKQAHD SGTDTSCVTF SYDGNVLASR GGDD SLKLW DIRQFNKPLF SASGLPTMFP MTDCCFSPDD KLIVTGTSIQ RGCGSGKLVF FERRTFQRVY EIDITDASVV RCLWH PKLN QIMVGTGNGL AKVYYDPNKS QRGAKLCVVK TQRKAKQAET LTQDYIITPH ALPMFREPRQ RSTRKQLEKD RLDPLK SHK PEPPVAGPGR GGRVGTHGGT LSSYIVKNIA LDKTDDSNPR EAILRHAKAA EDSPYWVSPA YSKTQPKTMF AQVESDD EE AKNEPEWKKR KI

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分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP16
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 140.720641 KDa
配列文字列: MGDTSEDASI HRLEGTDLDC QVGGLICKSK SAASEQHVFK APAPRPSLLG LDLLASLKRR EREEKDDGED KKKSKVSSYK DWEESKDDQ KDAEEEGGDQ AGQNIRKDRH YRSARVETPS HPGGVSEEFW ERSRQRERER REHGVYASSK EEKDWKKEKS R DRDYDRKR ...文字列:
MGDTSEDASI HRLEGTDLDC QVGGLICKSK SAASEQHVFK APAPRPSLLG LDLLASLKRR EREEKDDGED KKKSKVSSYK DWEESKDDQ KDAEEEGGDQ AGQNIRKDRH YRSARVETPS HPGGVSEEFW ERSRQRERER REHGVYASSK EEKDWKKEKS R DRDYDRKR DRDERDRSRH SSRSERDGGS ERSSRRNEPE SPRHRPKDAA TPSRSTWEEE DSGYGSSRRS QWESPSPTPS YR DSERSHR LSTRDRDRSV RGKYSDDTPL PTPSYKYNEW ADDRRHLGST PRLSRGRGRR EEGEEGISFD TEEERQQWED DQR QADRDW YMMDEGYDEF HNPLAYSSED YVRRREQHLH KQKQKRISAQ RRQINEDNER WETNRMLTSG VVHRLEVDED FEED NAAKV HLMVHNLVPP FLDGRIVFTK QPEPVIPVKD ATSDLAIIAR KGSQTVRKHR EQKERKKAQH KHWELAGTKL GDIMG VKKE EEPDKAVTED GKVDYRTEQK FADHMKRKSE ASSEFAKKKS ILEQRQYLPI FAVQQELLTI IRDNSIVIVV GETGSG KTT QLTQYLHEDG YTDYGMIGCT QPRRVAAMSV AKRVSEEMGG NLGEEVGYAI RFEDCTSENT LIKYMTDGIL LRESLRE AD LDHYSAIIMD EAHERSLNTD VLFGLLREVV ARRSDLKLIV TSATMDAEKF AAFFGNVPIF HIPGRTFPVD ILFSKTPQ E DYVEAAVKQS LQVHLSGAPG DILIFMPGQE DIEVTSDQIV EHLEELENAP ALAVLPIYSQ LPSDLQAKIF QKAPDGVRK CIVATNIAET SLTVDGIMFV IDSGYCKLKV FNPRIGMDAL QIYPISQANA NQRSGRAGRT GPGQCFRLYT QSAYKNELLT TTVPEIQRT NLANVVLLLK SLGVQDLLQF HFMDPPPEDN MLNSMYQLWI LGALDNTGGL TSTGRLMVEF PLDPALSKML I VSCDMGCS SEILLIVSML SVPAIFYRPK GREEESDQIR EKFAVPESDH LTYLNVYLQW KNNNYSTIWC NDHFIHAKAM RK VREVRAQ LKDIMVQQRM SLASCGTDWD IVRKCICAAY FHQAAKLKGI GEYVNIRTGM PCHLHPTSSL FGMGYTPDYI VYH ELVMTT KEYMQCVTAV DGEWLAELGP MFYSVKQAGK SRQENRRRAK EEASAMEEEM ALAEEQLRAR RQEQEKRSPL GSVR STKIY TPGRKEQGEP MTPRRTPARF GL

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分子 #22: Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 33.046254 KDa
配列文字列: MARNAEKAMT ALARFRQAQL EEGKVKERRP FLASECTELP KAEKWRRQII GEISKKVAQI QNAGLGEFRI RDLNDEINKL LREKGHWEV RIKELGGPDY GKVGPKMLDH EGKEVPGNRG YKYFGAAKDL PGVRELFEKE PLPPPRKTRA ELMKAIDFEY Y GYLDEDDG ...文字列:
MARNAEKAMT ALARFRQAQL EEGKVKERRP FLASECTELP KAEKWRRQII GEISKKVAQI QNAGLGEFRI RDLNDEINKL LREKGHWEV RIKELGGPDY GKVGPKMLDH EGKEVPGNRG YKYFGAAKDL PGVRELFEKE PLPPPRKTRA ELMKAIDFEY Y GYLDEDDG VIVPLEQEYE KKLRAELVEK WKAEREARLA RGEKEEEEEE EEEINIYAVT EEESDEEGSQ EKGGDDSQQK FI AHVPVPS QQEIEEALVR RKKMELLQKY ASETLQAQSE EARRLLGY

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分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor CWC25 homolog

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor CWC25 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 49.769938 KDa
配列文字列: MGGGDLNLKK SWHPQTLRNV EKVWKAEQKH EAERKKIEEL QRELREERAR EEMQRYAEDV GAVKKKEEKL DWMYQGPGGM VNRDEYLLG RPIDKYVFEK MEEKEAGCSS ETGLLPGSIF APSGANSLLD MASKIREDPL FIIRKKEEEK KREVLNNPVK M KKIKELLQ ...文字列:
MGGGDLNLKK SWHPQTLRNV EKVWKAEQKH EAERKKIEEL QRELREERAR EEMQRYAEDV GAVKKKEEKL DWMYQGPGGM VNRDEYLLG RPIDKYVFEK MEEKEAGCSS ETGLLPGSIF APSGANSLLD MASKIREDPL FIIRKKEEEK KREVLNNPVK M KKIKELLQ MSLEKKEKKK KKEKKKKHKK HKHRSSSSDR SSSEDEHSAG RSQKKMANSS PVLSKVPGYG LQVRNSDRNQ GL QGPLTAE QKRGHGMKNH SRSRSSSHSP PRHASKKSTR EAGSRDRRSR SLGRRSRSPR PSKLHNSKVN RRETGQTRSP SPK KEVYQR RHAPGYTRKL SAEELERKRQ EMMENAKWRE EERLNILKRH AKDEEREQRL EKLDSRDGKF IHRMKLESAS TSSL EDRVK RNIYSLQRTS VALEKNFMKR

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分子 #24: Splicing factor YJU2

分子名称: Splicing factor YJU2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 21.452719 KDa
配列文字列:
MSERKVLNKY YPPDFDPSKI PKLKLPKDRQ YVVRLMAPFN MRCKTCGEYI YKGKKFNARK ETVQNEVYLG LPIFRFYIKC TRCLAEITF KTDPENTDYT MEHGATRNFQ AEKLLEEEEK RVQKEREDEE LNNPMKVLEN RTKDSKLEME VLENLQELKD L NQRQAHVD FEAMLRQHRL

+
分子 #25: Protein FRG1

分子名称: Protein FRG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 29.227492 KDa
配列文字列: MAEYSYVKST KLVLKGTKTK SKKKKSKDKK RKREEDEETQ LDIVGIWWTV TNFGEISGTI AIEMDKGTYI HALDNGLFTL GAPHKEVDE GPSPPEQFTA VKLSDSRIAL KSGYGKYLGI NSDGLVVGRS DAIGPREQWE PVFQNGKMAL LASNSCFIRC N EAGDIEAK ...文字列:
MAEYSYVKST KLVLKGTKTK SKKKKSKDKK RKREEDEETQ LDIVGIWWTV TNFGEISGTI AIEMDKGTYI HALDNGLFTL GAPHKEVDE GPSPPEQFTA VKLSDSRIAL KSGYGKYLGI NSDGLVVGRS DAIGPREQWE PVFQNGKMAL LASNSCFIRC N EAGDIEAK SKTAGEEEMI KIRSCAERET KKKDDIPEED KGNVKQCEIN YVKKFQSFQD HKLKISKEDS KILKKARKDG FL HETLLDR RAKLKADRYC K

+
分子 #26: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #27: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸 / フィチン酸

+
分子 #28: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #29: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES-KOHHEPES-KOH, pH 7.9
1.5 mMMgCl2Magnesium Chloride
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Monodisperse particle distribution

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.003 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.001 µm / 倍率（公称値）: 132000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 28279 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1751359
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 411539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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