[日本語] English
万見
- EMDB-11493: Subtomogram averaging of SARS-CoV-2 Spike Protein from unconcentr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11493
タイトルSubtomogram averaging of SARS-CoV-2 Spike Protein from unconcentrated virions: consensus structure of prefusion S trimers
マップデータPrefusion consensus map
試料
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike proteins on virions
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Ke Z / Oton J / Zivanov J / Lu JM / Peukes J / Cortese M / Zila V / Scheres SHW / Briggs JAG
資金援助European Union, 英国, 日本, ドイツ, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_A025_1013 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
German Research Foundation (DFG)240245660-SFB 1129 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structures and distributions of SARS-CoV-2 spike proteins on intact virions.
著者: Zunlong Ke / Joaquin Oton / Kun Qu / Mirko Cortese / Vojtech Zila / Lesley McKeane / Takanori Nakane / Jasenko Zivanov / Christopher J Neufeldt / Berati Cerikan / John M Lu / Julia Peukes / ...著者: Zunlong Ke / Joaquin Oton / Kun Qu / Mirko Cortese / Vojtech Zila / Lesley McKeane / Takanori Nakane / Jasenko Zivanov / Christopher J Neufeldt / Berati Cerikan / John M Lu / Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Hans-Georg Kräusslich / Sjors H W Scheres / Ralf Bartenschlager / John A G Briggs /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virions are surrounded by a lipid bilayer from which spike (S) protein trimers protrude. Heavily glycosylated S trimers bind to the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) virions are surrounded by a lipid bilayer from which spike (S) protein trimers protrude. Heavily glycosylated S trimers bind to the angiotensin-converting enzyme 2 receptor and mediate entry of virions into target cells. S exhibits extensive conformational flexibility: it modulates exposure of its receptor-binding site and subsequently undergoes complete structural rearrangement to drive fusion of viral and cellular membranes. The structures and conformations of soluble, overexpressed, purified S proteins have been studied in detail using cryo-electron microscopy, but the structure and distribution of S on the virion surface remain unknown. Here we applied cryo-electron microscopy and tomography to image intact SARS-CoV-2 virions and determine the high-resolution structure, conformational flexibility and distribution of S trimers in situ on the virion surface. These results reveal the conformations of S on the virion, and provide a basis from which to understand interactions between S and neutralizing antibodies during infection or vaccination.
履歴
登録2020年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2020年12月30日-
現状2020年12月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11493.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Prefusion consensus map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.5 / ムービー #1: 4.5
最小 - 最大-7.5395675 - 18.490839
平均 (標準偏差)-0.06395083 (±0.8685786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 392.192 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.0643.0643.064
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.192392.192392.192
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-7.54018.491-0.064

-
添付データ

-
ハーフマップ: Prefusion consensus map, half1

ファイルemd_11493_half_map_1.map
注釈Prefusion consensus map, half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Prefusion consensus map, half2

ファイルemd_11493_half_map_2.map
注釈Prefusion consensus map, half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
要素
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
    • タンパク質・ペプチド: SARS-CoV-2 Spike proteins on virions

-
超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Unconcentrated supernatant of SARS-CoV-2 virions produced from infected VeroE6 cells.
NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / Sci species strain: Germany/BavPat1/2020 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

-
分子 #1: SARS-CoV-2 Spike proteins on virions

分子名称: SARS-CoV-2 Spike proteins on virions / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
株: Germany/BavPat1/2020
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PRRARSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GAALQIPFAM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TASALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDKVEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE E(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG) (NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG)(NAG) (NAG)(NAG)LDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQELGKYEQY IKWPWYIWLG FIAGLIAIVM VTIMLCCMTS CCSCLKGCCS CGSCCKFDED DSEPVLKGVK LHYT

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 平均露光時間: 1.25 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

抽出トモグラム数: 156 / 使用した粒子像数: 4104 / 参照モデル: Reference Free
ソフトウェア: (名称: MATLAB (ver. 2016b), RELION (ver. 3.1.0))
詳細: Matlab Relion dedicated python scripts
CTF補正ソフトウェア: (名称: NOVACTF (ver. 1.0.0), IMOD (ver. 4.10.30), RELION (ver. 3.1.0))
詳細: novaCTF Relion dedicated python scripts
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: subtomogram averaging
詳細: Modified version of RELION for subtomogram averaging
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / ソフトウェア - 詳細: subtomogram averaging
詳細: Modified version of RELION for subtomogram averaging
使用したサブトモグラム数: 4104

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る