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- EMDB-11300: Coxsackievirus B4 strain E2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11300
タイトルCoxsackievirus B4 strain E2
マップデータ
試料Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス):
virusウイルス / (Genome polyprotein) x 4
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / RNA-protein covalent cross-linking / integral to membrane of host cell / pore formation by virus in membrane of host cell ...suppression by virus of host RIG-I activity / picornain 2A / pore-mediated entry of viral genome into host cell / suppression by virus of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / RNA-protein covalent cross-linking / integral to membrane of host cell / pore formation by virus in membrane of host cell / protein complex oligomerization / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / suppression by virus of host gene expression / ion channel activity / induction by virus of host autophagy / DNA複製 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / RNA helicase activity / transcription, DNA-templated / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein like / Poliovirus 3A protein-like / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus 2B protein / Picornavirus 2B protein / Picornavirus core protein 2A / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus coat protein VP4 ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein like / Poliovirus 3A protein-like / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus 2B protein / Picornavirus 2B protein / Picornavirus core protein 2A / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / picornavirus capsid protein / Picornavirus capsid / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・ホモロジー
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Flatt JW / Domanska A / Butcher SJ
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number
Academy of Finland315950 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Commun Biol / : 2021
タイトル: Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses.
著者: Justin W Flatt / Aušra Domanska / Alma L Seppälä / Sarah J Butcher /
要旨: Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals ...Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals that prevent virus attachment and entry into host cells. To aid with broad-range drug development, we report here structures of coxsackieviruses B3 and B4 bound to different interprotomer-targeting capsid binders using single-particle cryo-EM. The EM density maps are beyond 3 Å resolution, providing detailed information about interactions in the ligand-binding pocket. Comparative analysis revealed the residues that form a conserved virion-stabilizing network at the interprotomer site, and showed the small molecule properties that allow anchoring in the pocket to inhibit virus disassembly.
履歴
登録2020年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.00816
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.00816
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zms
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zms
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 400 pix.
= 496. Å
1.24 Å/pix.
x 400 pix.
= 496. Å
1.24 Å/pix.
x 400 pix.
= 496. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00816 / ムービー #1: 0.00816
最小 - 最大-0.04550528 - 0.083117016
平均 (標準偏差)0.0009391678 (±0.0053684674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 496.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z496.000496.000496.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0460.0830.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Coxsackievirus B4 (strain E2)

全体名称: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
構成要素数: 5

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構成要素 #1: ウイルス, Coxsackievirus B4 (strain E2)

ウイルス名称: Coxsackievirus B4 (strain E2) / クラス: VIRION / 中空か: No / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
由来(天然)宿主: Homo sapiens (ヒト)
殻 #1要素名: icosahedral / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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構成要素 #2: タンパク質, Genome polyprotein

タンパク質名称: Genome polyprotein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.685498 kDa
由来生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)

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構成要素 #3: タンパク質, Genome polyprotein

タンパク質名称: Genome polyprotein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.70807 kDa
由来生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)

+
構成要素 #4: タンパク質, Genome polyprotein

タンパク質名称: Genome polyprotein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.44416 kDa
由来生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)

+
構成要素 #5: タンパク質, Genome polyprotein

タンパク質名称: Genome polyprotein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.499235 kDa
由来生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: TFS TALOS F200C
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 40627
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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