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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11218 | |||||||||
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タイトル | H11-H4 bound to Spike | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Lama glama (ラマ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Clare DK / Naismith JH / Weckener M / Vogirala VK | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Neutralizing nanobodies bind SARS-CoV-2 spike RBD and block interaction with ACE2. 著者: Jiandong Huo / Audrey Le Bas / Reinis R Ruza / Helen M E Duyvesteyn / Halina Mikolajek / Tomas Malinauskas / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Maud Dumoux / Philip N Ward / Jingshan Ren / ...著者: Jiandong Huo / Audrey Le Bas / Reinis R Ruza / Helen M E Duyvesteyn / Halina Mikolajek / Tomas Malinauskas / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Maud Dumoux / Philip N Ward / Jingshan Ren / Daming Zhou / Peter J Harrison / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Vinod K Vogirala / Julika Radecke / Lucile Moynié / Yuguang Zhao / Javier Gilbert-Jaramillo / Michael L Knight / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Naomi Coombes / Michael J Elmore / Miles W Carroll / Loic Carrique / Pranav N M Shah / William James / Alain R Townsend / David I Stuart / Raymond J Owens / James H Naismith / 要旨: The SARS-CoV-2 virus is more transmissible than previous coronaviruses and causes a more serious illness than influenza. The SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) of the spike protein binds to the ...The SARS-CoV-2 virus is more transmissible than previous coronaviruses and causes a more serious illness than influenza. The SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) of the spike protein binds to the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) receptor as a prelude to viral entry into the cell. Using a naive llama single-domain antibody library and PCR-based maturation, we have produced two closely related nanobodies, H11-D4 and H11-H4, that bind RBD (K of 39 and 12 nM, respectively) and block its interaction with ACE2. Single-particle cryo-EM revealed that both nanobodies bind to all three RBDs in the spike trimer. Crystal structures of each nanobody-RBD complex revealed how both nanobodies recognize the same epitope, which partly overlaps with the ACE2 binding surface, explaining the blocking of the RBD-ACE2 interaction. Nanobody-Fc fusions showed neutralizing activity against SARS-CoV-2 (4-6 nM for H11-H4, 18 nM for H11-D4) and additive neutralization with the SARS-CoV-1/2 antibody CR3022. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11218.map.gz | 80.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11218-v30.xml emd-11218.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11218_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11218.png | 176.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11218 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11218 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11218.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex between Spike and nanobody H11-H4
全体 | 名称: Complex between Spike and nanobody H11-H4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between Spike and nanobody H11-H4
超分子 | 名称: Complex between Spike and nanobody H11-H4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: Nanobody complexed to Spike protein |
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分子量 | 理論値: 520 KDa |
-超分子 #2: Spike
超分子 | 名称: Spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: nanobody H11-H4
超分子 | 名称: nanobody H11-H4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 142.399375 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSFIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGAALQIPFA MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STASALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGRSLEVLF QGPGHHHHHH HHGSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSA WSHP QFEK |
-分子 #2: Nanobody H11-H4
分子 | 名称: Nanobody H11-H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
分子量 | 理論値: 15.045752 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LMQAGGSLRL SCAVSGRTFS TAAMGWFRQA PGKEREFVAA IRWSGGSAYY ADSVKGRFTI SRDKAKNTVY LQMNSLKYE DTAVYYCAQT HYVSYLLSDY ATWPYDYWGQ GTQVTVSSKH HHHHH |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 26 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM Tris, pH 7, 150 mM NaCl |
グリッド | モデル: Homemade / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 81 % / 装置: SPOTITON 詳細: SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC- ...詳細: SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 81 % relative humidity and ambient temperature.. |
詳細 | Complex mixed together |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 47170 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
詳細 | EPU auto-function coma free correction |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10000 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 / 詳細: The images were collected as 50 frame movies |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |