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- EMDB-11165: Coxsackievirus B4 in complex with capsid binder compound 48 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11165
タイトルCoxsackievirus B4 in complex with capsid binder compound 48
マップデータCoxsackievirus B4 in complex with capsid binder compound 48
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4カプシド
  • リガンド: 4-[(6-propoxynaphthalen-2-yl)sulfonylamino]benzoic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity ...: / positive stranded viral RNA replication / RNA-protein covalent cross-linking / : / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA複製 / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Flatt JW / Domanska A / Butcher SJ
資金援助 フィンランド, 2件
OrganizationGrant number国
Academy of Finland315950 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Identification of a conserved virion-stabilizing network inside the interprotomer pocket of enteroviruses.
著者: Justin W Flatt / Aušra Domanska / Alma L Seppälä / Sarah J Butcher /
要旨: Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals ...Enteroviruses pose a persistent and widespread threat to human physical health, with no specific treatments available. Small molecule capsid binders have the potential to be developed as antivirals that prevent virus attachment and entry into host cells. To aid with broad-range drug development, we report here structures of coxsackieviruses B3 and B4 bound to different interprotomer-targeting capsid binders using single-particle cryo-EM. The EM density maps are beyond 3 Å resolution, providing detailed information about interactions in the ligand-binding pocket. Comparative analysis revealed the residues that form a conserved virion-stabilizing network at the interprotomer site, and showed the small molecule properties that allow anchoring in the pocket to inhibit virus disassembly.
履歴
登録2020年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月17日-
マップ公開2021年3月17日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00928
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00928
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zck
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zck
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11165.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Coxsackievirus B4 in complex with capsid binder compound 48
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00928 / ムービー #1: 0.00928
最小 - 最大-0.035159986 - 0.07784694
平均 (標準偏差)0.001138117 (±0.0055316053)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 445.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.200445.200445.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0350.0780.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus B4 (strain E2)

全体名称: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP4カプシド
  • リガンド: 4-[(6-propoxynaphthalen-2-yl)sulfonylamino]benzoic acid

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超分子 #1: Coxsackievirus B4 (strain E2)

超分子名称: Coxsackievirus B4 (strain E2) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Virus harvested in BGM cells and purified in CsCl gradient.
NCBI-ID: 103905 / 生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Icosahedron / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
株: E2
分子量理論値: 30.685498 KDa
配列文字列: MGRVADTIAR GPSNSEQIPA LTAVETGHTS QVDPSDTMQT RHVHNYHSRS ESSIENFLCR SACVIYIKYS SAESNNLKRY AEWVINTRQ VAQLRRKMEM FTYIRCDMEL TFVITSHQEM STATNSDVPV QTHQIMYVPP GGPVPTSVND YVWQTSTNPS I FWTEGNAP ...文字列:
MGRVADTIAR GPSNSEQIPA LTAVETGHTS QVDPSDTMQT RHVHNYHSRS ESSIENFLCR SACVIYIKYS SAESNNLKRY AEWVINTRQ VAQLRRKMEM FTYIRCDMEL TFVITSHQEM STATNSDVPV QTHQIMYVPP GGPVPTSVND YVWQTSTNPS I FWTEGNAP PRMSIPFMSI GNAYTMFYDG WSNFSRDGIY GYNSLNNMGT IYARHVNDSS PGGLTSTIRI YFKPKHVKAY VP RPPRLCQ YKKAKNVNFD VEAVTTERAS LVTT

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
株: E2
分子量理論値: 27.70807 KDa
配列文字列: SDRVRSITLG NSTITTQECA NVVVGYGVWP DYLSDEEATA EDQPTQPDVA TCRFYTLNSV KWEMQSAGWW WKFPDALSEM GLFGQNMQY HYLGRSGYTI HVQCNASKFH QGCLLVVCVP EAEMGCTNAE NAPTYGDLCG GETAKQFEQN AVTGETAVQT A VCNAGMGV ...文字列:
SDRVRSITLG NSTITTQECA NVVVGYGVWP DYLSDEEATA EDQPTQPDVA TCRFYTLNSV KWEMQSAGWW WKFPDALSEM GLFGQNMQY HYLGRSGYTI HVQCNASKFH QGCLLVVCVP EAEMGCTNAE NAPTYGDLCG GETAKQFEQN AVTGETAVQT A VCNAGMGV GVGNLTIYPH QWINLRTNNS ATIVMPYINS VPMDNMFRHN NFTLMIIPFA PLDYVTGASS YIPITVTVAP MS AEYNGLR LAGHQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
株: E2
分子量理論値: 26.44416 KDa
配列文字列: GLPTMLTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMNIPGQV RNLMEIAEVD SVVPINNLQA NLKTMEAYRV QVRSTDEMGG QIFGFPLQP GASSVLQRTL LGEILNYYTH WSGSLKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPDSRKNAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列:
GLPTMLTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMNIPGQV RNLMEIAEVD SVVPINNLQA NLKTMEAYRV QVRSTDEMGG QIFGFPLQP GASSVLQRTL LGEILNYYTH WSGSLKLTFV FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GAPDSRKNAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTHYRY VVDDKYTASG FISCWYQTNV IVPAEAQKSC YIMCFVSACN DFSVRMLRDT QFIKQDTFYQ

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分子 #4: Capsid protein VP4

分子名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B4 (strain E2) (コクサッキーウイルス)
株: E2
分子量理論値: 7.499235 KDa
配列文字列:
MGAQVSTQKT GAHETSLSAS GNSIIHYTNI NYYKDAASNS ANRQDFTQDP SKFTEPVKDV MIKSLPALN

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分子 #5: 4-[(6-propoxynaphthalen-2-yl)sulfonylamino]benzoic acid

分子名称: 4-[(6-propoxynaphthalen-2-yl)sulfonylamino]benzoic acid
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: QFW
分子量理論値: 385.434 Da
Chemical component information

ChemComp-QFW:
4-[(6-propoxynaphthalen-2-yl)sulfonylamino]benzoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHepes
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
2.0 mMCaCl2Calcium chloride
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: Ted Pella product No. 01824
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細purified virus mixed with compound 48, incubated at room temperature for 30 minutes before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 13252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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