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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11095
タイトルMasked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
マップデータMasked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
試料
  • 複合体: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
    • タンパク質・ペプチド: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
生物種La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Arragain B / Effantin G / Schoehn G / Cusack S / Malet H
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-19-CE11-0024-02 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes.
著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet /
要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors.
履歴
登録2020年5月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked cryo-EM map of La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.040666975 - 0.08123269
平均 (標準偏差)0.0000479571 (±0.0011303393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.79999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z247.800247.800247.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0410.0810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain

全体名称: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
要素
  • 複合体: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
    • タンパク質・ペプチド: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain

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超分子 #1: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain

超分子名称: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Masked cryo-EM map of La Crosse virus full-length polymerase, displaying only the cap-binding domain and the mid domain. Masking, 3D classification and refinement enable to obtain a structure ...詳細: Masked cryo-EM map of La Crosse virus full-length polymerase, displaying only the cap-binding domain and the mid domain. Masking, 3D classification and refinement enable to obtain a structure of the cap-binding domain.
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
分子量理論値: 265 KDa

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分子 #1: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain

分子名称: La Crosse virus polymerase cap-binding domain and mid domain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: La Crosse orthobunyavirus (ウイルス)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVDP LTIDAPHITP DNYLYINNVL YIIDYKVSVS NESSVITYDK YYELTRDISD RLSIPIEIVI IRIDPVSRDL HINSDRFKEL ...文字列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDYQEYQQ FLARINTARD ACVAKDIDVD LLMARHDYFG RELCKSLNIE YRNDVPFIDI ILDIRPEVDP LTIDAPHITP DNYLYINNVL YIIDYKVSVS NESSVITYDK YYELTRDISD RLSIPIEIVI IRIDPVSRDL HINSDRFKEL YPTIVVDINF NQFFDLKQLL YEKFGDDEEF LLKVAHGDFT LTAPWCKTGC PEFWKHPIYK EFKMSMPVPE RRLFEESVKF NAYESERWNT NLVKIREYTK KDYSEHISKS AKNIFLASGF YKQPNKNEIS EGWTLMVERV QDQREISKSL HDQKPSIHFI WGAHNPGNSN NATFKLILLS KSLQSIKGIS TYTEAFKSLG KMMDIGDKAI EYEEFCMSLK SKARSSWKQI MNKKLEPKQI NNALVLWEQQ FMINNDLIDK SEKLKLFKNF CGIGKHKQFK NKMLEDLEVS KPKILDFDDA NMYLASLTMM EQSKKILSKS NGLKPDNFIL NEFGSRIKDA NKETYDNMHK IFETGYWQCI SDFSTLMKNI LSVSQYNRHN TFRIAMCANN NVFAIVFPSA DIKTKKATVV YSIIVLHKEE ENIFNPGCLH GTFKCMNGYI SISRAIRLDK ERCQRIVSSP GLFLTTCLLF KHDNPTLVMS DIMNFSIYTS LSITKSVLSL TEPARYMIMN SLAISSNVKD YIAEKFSPYT KTLFSVYMTR LIKNACFDAY DQRQRVQLRD IYLSDYDITQ KGIKDNRELT SIWFPGSVTL KEYLTQIYLP FYFNAKGLHE KHHVMVDLAK TILEIECEQR ENIKEIWSTN CTKQTVNLKI LIHSLCKNLL ADTSRHNHLR NRIENRNNFR RSITTISTFT SSKSCLKIGD FRKEKELQSV KQKKILEVQS RKMRLANPMF VTDEQVCLEV GHCNYEMLRN AMPNYTDYIS TKVFDRLYEL LDKKVLTDKP VIEQIMDMMI DHKKFYFTFF NKGQKTSKDR EIFVGEYEAK MCMYAVERIA KERCKLNPDE MISEPGDGKL KVLEQKSEQE IRFLVETTRQ KNREIDEAIE ALATEGYESN LGKIEKLSLG KAKGLKMEIN ADMSKWSAQD VFYKYFWLIA LDPILYPQEK ERILYFMCNY MDKELILPDE LLFNLLDQKV AYQNDIIATM TNQLNSNTVL IKRNWLQGNF NYTSSYVHSC AMSVYKEILK EAITLLDGSI LVNSLVHSDD NQTSITIVQD KMENDKIIDF AMKEFERACL TFGCQANMKK TYVTNCIKEF VSLFNLYGEP FSIYGRFLLT SVGDCAYIGP YEDLASRISS AQTAIKHGCP PSLAWVSIAI SHWMTSLTYN MLPGQSNDPI DYFPAENRKD IPIELNGVLD APLSMISTVG LESGNLYFLI KLLSKYTPVM QKRESVVNQI AEVKNWKVED LTDNEIFRLK ILRYLVLDAE MDPSDIMGET SDMRGRSILT PRKFTTAGSL RKLYSFSKYQ DRLSSPGGMV ELFTYLLEKP ELLVTKGEDM KDYMESVIFR YNSKRFKESL SIQNPAQLFI EQILFSHKPV IDFSGIRDKY INLHDSRALE KEPDILGKVT FTEAYRLLMR DLSSLELTND DIQVIYSYII LNDPMMITIA NTHILSIYGS PQRRMGMSCS TMPEFRNLKL IHHSPALVLR AYSKNNPDIQ GADPTEMARD LVHLKEFVEN TNLEEKMKVR IAMNEAEKGQ RDIVFELKEM TRFYQVCYEY VKSTEHKIKV FILPAKSYTT TDFCSLMQGN LIKDKEWYTV HYLKQILSGG HKAIMQHNAT SEQNIAFECF KLITHFADSF IDSLSRSAFL QLIIDEFSYK DVKVSKLYDI IKNGYNRTDF IPLLFRTGDL RQADLDKYDA MKSHERVTWN DWQTSRHLDM GSINLTITGY NRSITIIGED NKLTYAELCL TRKTPENITI SGRKLLGSRH GLKFENMSKI QTYPGNYYIT YRKKDRHQFV YQIHSHESIT RRNEEHMAIR TRIYNEITPV CVVNVAEVDG DQRILIRSLD YLNNDIFSLS RIKVGLDEFA TIKKAHFSKM VSFEGPPIKT GLLDLTELMK SQDLLNLNYD NIRNSNLISF SKLICCEGSD NINDGLEFLS DDPMNFTEGE AIHSTPIFNI YYSKRGERHM TYRNAIKLLI ERETKIFEEA FTFSENGFIS PENLGCLEAV VSLIKLLKTN EWSTVIDKCI HICLIKNGMD HMYHSFDVPK CFMGNPITRD INWVMFREFI NSLPGTDIPP WNVMTENFKK KCIALINSKF ETQRDFSEFT KLMKKEGGRS NIEFD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
2.0 mMTCEP

詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot time: 2 sec, blot force: 1.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16498 / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4065475
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 37000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Masked 3D classification with the CBD and the mid domain
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Signal subtraction of the other polymerase domain and re-centering of the mid and CBD before refinement
使用した粒子像数: 131058

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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