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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10898 | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit | |||||||||
マップデータ | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, post-processed map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / transferase activity / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) / Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Nicholson D / Edwards TA / O'Neill AJ / Ranson NA | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics. 著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson / 要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10898.map.gz | 29.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10898-v30.xml emd-10898.xml | 49.3 KB 49.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10898_fsc.xml | 14.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10898.png | 32.7 KB | ||
マスクデータ | emd_10898_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10898_additional.map.gz emd_10898_half_map_1.map.gz emd_10898_half_map_2.map.gz | 141.3 MB 182.8 MB 182.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ysiMC 6yhsC 6ypuC 6ys5C 6yt9C 6ytfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10407 (タイトル: Motion-corrected micrographs and extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline Data size: 538.5 Data #1: Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [micrographs - single frame] Data #2: Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with tigecycline [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, post-processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10898_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex, consensus map filtered by...
ファイル | emd_10898_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex, consensus map filtered by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, half...
ファイル | emd_10898_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, half...
ファイル | emd_10898_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit
+超分子 #1: Acinetobacter baumannii ribosome-tigecycline complex - 50S subunit
+分子 #1: 50S ribosomal protein L2
+分子 #2: 50S ribosomal protein L3
+分子 #3: 50S ribosomal protein L4
+分子 #4: 50S ribosomal protein L5
+分子 #5: 50S ribosomal protein L6
+分子 #6: 50S ribosomal protein L13
+分子 #7: 50S ribosomal protein L14
+分子 #8: 50S ribosomal protein L15
+分子 #9: 50S ribosomal protein L16
+分子 #10: 50S ribosomal protein L17
+分子 #11: 50S ribosomal protein L18
+分子 #12: 50S ribosomal protein L19
+分子 #13: 50S ribosomal protein L20
+分子 #14: 50S ribosomal protein L21
+分子 #15: 50S ribosomal protein L22
+分子 #16: 50S ribosomal protein L23
+分子 #17: 50S ribosomal protein L24
+分子 #18: 50S ribosomal protein L25
+分子 #19: 50S ribosomal protein L27
+分子 #20: 50S ribosomal protein L28
+分子 #21: 50S ribosomal protein L29
+分子 #22: 50S ribosomal protein L30
+分子 #23: 50S ribosomal protein L31
+分子 #24: 50S ribosomal protein L32
+分子 #25: 50S ribosomal protein L33
+分子 #26: 50S ribosomal protein L34
+分子 #30: 50S ribosomal protein L35
+分子 #31: 50S ribosomal protein L36
+分子 #27: 23S ribosomal RNA
+分子 #28: 5S ribosomal RNA
+分子 #29: E-site tRNA
+分子 #32: MAGNESIUM ION
+分子 #33: TIGECYCLINE
+分子 #34: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |