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万見
- EMDB-10840: Structure of RyR1 in apo/closed state in native membrane -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10840
タイトルStructure of RyR1 in apo/closed state in native membrane
マップデータStructure of RyR1 in native SR membrane in apo/closed state
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoplasmic reticulum筋小胞体
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis ...ATP-gated ion channel activity / terminal cisterna / ryanodine receptor complex / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / ossification involved in bone maturation / skin development / cellular response to caffeine / intracellularly gated calcium channel activity / outflow tract morphogenesis / organelle membrane / toxic substance binding / voltage-gated calcium channel activity / skeletal muscle fiber development / release of sequestered calcium ion into cytosol / sarcoplasmic reticulum membrane / cellular response to calcium ion / muscle contraction / 筋小胞体 / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / disordered domain specific binding / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain ...: / Ryanodine receptor junctional solenoid repeat / Ryanodine receptor, SPRY domain 2 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / リアノジン受容体 / Ryanodine receptor, SPRY domain 1 / Ryanodine receptor, SPRY domain 3 / Ryanodine Receptor TM 4-6 / Ryanodine receptor Ryr / RyR domain / RyR/IP3 receptor binding core, RIH domain superfamily / : / RyR/IP3R Homology associated domain / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / RyR and IP3R Homology associated / Inositol 1,4,5-trisphosphate/ryanodine receptor / RIH domain / MIR motif / MIR domain / MIR domain profile. / Domain in ryanodine and inositol trisphosphate receptors and protein O-mannosyltransferases / Mir domain superfamily / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ryanodine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Chen W / Sanchez R / Zhang Y / Dietrich L / Kudryashev M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaja Award ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Subnanometer-resolution structure determination in situ by hybrid subtomogram averaging - single particle cryo-EM.
著者: Ricardo M Sanchez / Yingyi Zhang / Wenbo Chen / Lea Dietrich / Mikhail Kudryashev /
要旨: Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace ...Cryo-electron tomography combined with subtomogram averaging (StA) has yielded high-resolution structures of macromolecules in their native context. However, high-resolution StA is not commonplace due to beam-induced sample drift, images with poor signal-to-noise ratios (SNR), challenges in CTF correction, and limited particle number. Here we address these issues by collecting tilt series with a higher electron dose at the zero-degree tilt. Particles of interest are then located within reconstructed tomograms, processed by conventional StA, and then re-extracted from the high-dose images in 2D. Single particle analysis tools are then applied to refine the 2D particle alignment and generate a reconstruction. Use of our hybrid StA (hStA) workflow improved the resolution for tobacco mosaic virus from 7.2 to 4.4 Å and for the ion channel RyR1 in crowded native membranes from 12.9 to 9.1 Å. These resolution gains make hStA a promising approach for other StA projects aimed at achieving subnanometer resolution.
履歴
登録2020年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10840.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10840.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of RyR1 in native SR membrane in apo/closed state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0227 / ムービー #1: 0.0227
最小 - 最大-0.05186503 - 0.0947685
平均 (標準偏差)0.0004150545 (±0.00484771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 544.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.71.71.7
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z544.000544.000544.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0520.0950.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10840_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 of structure of RyR1 in...

ファイルemd_10840_half_map_1.map
注釈half map 1 of structure of RyR1 in native membrane in apo/closed state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 of structure of RyR1 in...

ファイルemd_10840_half_map_2.map
注釈half map 2 of structure of RyR1 in native membrane in apo/closed state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sarcoplasmic reticulum

全体名称: Sarcoplasmic reticulum筋小胞体
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Sarcoplasmic reticulum筋小胞体

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超分子 #1: Sarcoplasmic reticulum

超分子名称: Sarcoplasmic reticulum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 47 / 使用した粒子像数: 2563
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 2563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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