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- EMDB-10837: Rix1-Rea1 pre-60S particle - Rea1, body 3 (rigid body refinement,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10837
タイトルRix1-Rea1 pre-60S particle - Rea1, body 3 (rigid body refinement, composite structure of Rea1 ring and tail)
マップデータLocal resolution filtered composite map of the Rea1 Ring and Tail of the nucleoplasmic Rix1-Rea1 pre-60S particle
試料
  • 複合体: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain
    • タンパク質・ペプチド: MidasinMDN1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome assembly protein 4
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / NLE / NLE (NUC135) domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome assembly protein 4 / Midasin
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kater L / Beckmann R
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Construction of the Central Protuberance and L1 Stalk during 60S Subunit Biogenesis.
著者: Lukas Kater / Valentin Mitterer / Matthias Thoms / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Ed Hurt /
要旨: Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering ...Ribosome assembly is driven by numerous assembly factors, including the Rix1 complex and the AAA ATPase Rea1. These two assembly factors catalyze 60S maturation at two distinct states, triggering poorly understood large-scale structural transitions that we analyzed by cryo-electron microscopy. Two nuclear pre-60S intermediates were discovered that represent previously unknown states after Rea1-mediated removal of the Ytm1-Erb1 complex and reveal how the L1 stalk develops from a pre-mature nucleolar to a mature-like nucleoplasmic state. A later pre-60S intermediate shows how the central protuberance arises, assisted by the nearby Rix1-Rea1 machinery, which was solved in its pre-ribosomal context to molecular resolution. This revealed a Rix1-Ipi3 tetramer anchored to the pre-60S via Ipi1, strategically positioned to monitor this decisive remodeling. These results are consistent with a general underlying principle that temporarily stabilized immature RNA domains are successively remodeled by assembly factors, thereby ensuring failsafe assembly progression.
履歴
登録2020年4月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年9月2日-
現状2020年9月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6ylf
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10837.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered composite map of the Rea1 Ring and Tail of the nucleoplasmic Rix1-Rea1 pre-60S particle
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.0015304224 - 0.14313743
平均 (標準偏差)0.00037300837 (±0.0035066353)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 370.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z370.650370.650370.650
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0020.1430.000

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添付データ

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追加マップ: Local resolution filtered map of the Tail of...

ファイルemd_10837_additional_1.map
注釈Local resolution filtered map of the Tail of Rea1 of the nucleoplasmic Rix1-Rea1 pre-60S particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local resolution filtered map of the Ring of...

ファイルemd_10837_additional_2.map
注釈Local resolution filtered map of the Ring of Rea1 of the nucleoplasmic Rix1-Rea1 pre-60S particle
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain

全体名称: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain
要素
  • 複合体: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain
    • タンパク質・ペプチド: MidasinMDN1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome assembly protein 4

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超分子 #1: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain

超分子名称: Rix1-Rea1 pre-60S assembly particle - Rea1 with the Rsa4-UBL domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Rix1-TAP Flag-Rea1 derived pre-60S assembly complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Midasin

分子名称: Midasin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 559.951438 KDa
配列文字列: MSQDRILLDL DVVNQRLILF NSAFPSDAIE APFHFSNKES TSENLDNLAG TILHSRSITG HVFLYKHIFL EIVARWIKDS KKKDYVLVI EKLASIITIF PVAMPLIEDY LDKENDHFIT ILQNPSTQKD SDMFKILLAY YRLLYHNKEV FARFIQPDIL Y QLVDLLTK ...文字列:
MSQDRILLDL DVVNQRLILF NSAFPSDAIE APFHFSNKES TSENLDNLAG TILHSRSITG HVFLYKHIFL EIVARWIKDS KKKDYVLVI EKLASIITIF PVAMPLIEDY LDKENDHFIT ILQNPSTQKD SDMFKILLAY YRLLYHNKEV FARFIQPDIL Y QLVDLLTK EQENQVVIFL ALKVLSLYLD MGEKTLNDML DTYIKSRDSL LGHFEGDSGI DYSFLELNEA KRCANFSKLP SV PECFTIE KKSSYFIIEP QDLSTKVASI CGVIVPKVHT IHDKVFYPLT FVPTHKTVSS LRQLGRKIQN STPIMLIGKA GSG KTFLIN ELSKYMGCHD SIVKIHLGEQ TDAKLLIGTY TSGDKPGTFE WRAGVLATAV KEGRWVLIED IDKAPTDVLS ILLS LLEKR ELTIPSRGET VKAANGFQLI STVRINEDHQ KDSSNKIYNL NMIGMRIWNV IELEEPSEED LTHILAQKFP ILTNL IPKL IDSYKNVKSI YMNTKFISLN KGAHTRVVSV RDLIKLCERL DILFKNNGIN KPDQLIQSSV YDSIFSEAAD CFAGAI GEF KALEPIIQAI GESLDIASSR ISLFLTQHVP TLENLDDSIK IGRAVLLKEK LNIQKKSMNS TLFAFTNHSL RLMEQIS VC IQMTEPVLLV GETGTGKTTV VQQLAKMLAK KLTVINVSQQ TETGDLLGGY KPVNSKTVAV PIQENFETLF NATFSLKK N EKFHKMLHRC FNKNQWKNVV KLWNEAYKMA QSILKITNTE NENENAKKKK RRLNTHEKKL LLDKWADFND SVKKFEAQS SSIENSFVFN FVEGSLVKTI RAGEWLLLDE VNLATADTLE SISDLLTEPD SRSILLSEKG DAEPIKAHPD FRIFACMNPA TDVGKRDLP MGIRSRFTEI YVHSPERDIT DLLSIIDKYI GKYSVSDEWV GNDIAELYLE AKKLSDNNTI VDGSNQKPHF S IRTLTRTL LYVTDIIHIY GLRRSLYDGF CMSFLTLLDQ KSEAILKPVI EKFTLGRLKN VKSIMSQTPP SPGPDYVQFK HY WMKKGPN TIQEQAHYII TPFVEKNMMN LVRATSGKRF PVLIQGPTSS GKTSMIKYLA DITGHKFVRI NNHEHTDLQE YLG TYVTDD TGKLSFKEGV LVEALRKGYW IVLDELNLAP TDVLEALNRL LDDNRELFIP ETQEVVHPHP DFLLFATQNP PGIY GGRKI LSRAFRNRFL ELHFDDIPQD ELEIILRERC QIAPSYAKKI VEVYRQLSIE RSASRLFEQK NSFATLRDLF RWALR DAVG YEQLAASGYM LLAERCRTPQ EKVTVKKTLE KVMKVKLDMD QYYASLEDKS LEAIGSVTWT KGMRRLSVLV SSCLKN KEP VLLVGETGCG KTTICQLLAQ FMGRELITLN AHQNTETGDI LGAQRPVRNR SEIQYKLIKS LKTALNIAND QDVDLKE LL QLYSKSDNKN IAEDVQLEIQ KLRDSLNVLF EWSDGPLIQA MRTGNFFLLD EISLADDSVL ERLNSVLEPE RSLLLAEQ G SSDSLVTASE NFQFFATMNP GGDYGKKELS PALRNRFTEI WVPSMEDFND VNMIVSSRLL EDLKDLANPI VKFSEWFGK KLGGGNATSG VISLRDILAW VEFINKVFPK IQNKSTALIQ GASMVFIDAL GTNNTAYLAE NENDLKSLRT ECIIQLLKLC GDDLELQQI ETNEIIVTQD ELQVGMFKIP RFPDAQSSSF NLTAPTTASN LVRVVRAMQV HKPILLEGSP GVGKTSLITA L ANITGNKL TRINLSEQTD LVDLFGADAP GERSGEFLWH 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PLRN IDTVA SNMDSYLEKI SSQEFPNFAD LASDFYAEAE RLRKETPNVY TKENKKRLAY LKTQKSKLLG DALKELRRIG LKVNF REDI QKVQSSTTTI LANIAPFNNE YLNSSDAFFF KILDLLPKLR SAASNPSDDI PVAAIERGMA LAQSLMFSLI TVRHPL SEF TNDYCKINGM MLDLEHFTCL KGDIVHSSLK ANVDNVRLFE KWLPSLLDYA AQTLSVISKY SATSEQQKIL LDAKSTL SS FFVHFNSSRI FDSSFIESYS RFELFINELL KKLENAKETG NAFVFDIIIE WIKANKGGPI KKEQKRGPSV EDVEQAFR R TFTSIILSFQ KVIGDGIESI SETDDNWLSA SFKKVMVNVK LLRSSVVSKN IETALSLLKD FDFTTTESIY VKSVISFTL PVITRYYNAM TVVLERSRIY YTNTSRGMYI LSTILHSLAK NGFCSPQPPS EEVDDKNLQE GTGLGDGEGA QNNNKDVEQD EDLTEDAQN ENKEQQDKDE RDDENEDDAV EMEGDMAGEL EDLSNGEEND DEDTDSEEEE LDEEIDDLNE DDPNAIDDKM W DDKASDNS KEKDTDQNLD GKNQEEDVQA AENDEQQRDN KEGGDEDPNA PEDGDEEIEN DENAEEENDV GEQEDEVKDE EG EDLEANV PEIETLDLPE DMNLDSEHEE SDEDVDMSDG MPDDLNKEEV GNEDEEVKQE SGIESDNEND EPGPEEDAGE TET ALDEEE GAEEDVDMTN DEGKEDEENG PEEQAMSDEE ELKQDAAMEE NKEKGGEQNT EGLDGVEEKA DTEDIDQEAA VQQD SGSKG AGADATDTQE QDDVGGSGTT QNTYEEDQED VTKNNEESRE EATAALKQLG DSMKEYHRRR QDIKEAQTNG EEDEN LEKN NERPDEFEHV 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分子 #2: Ribosome assembly protein 4

分子名称: Ribosome assembly protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 57.106781 KDa
配列文字列: MSTLIPPPSK KQKKEAQLPR EVAIIPKDLP NVSIKFQALD TGDNVGGALR VPGAISEKQL EELLNQLNGT SDDPVPYTFS CTIQGKKAS DPVKTIDITD NLYSSLIKPG YNSTEDQITL LYTPRAVFKV KPVTRSSSAI AGHGSTILCS AFAPHTSSRM V TGAGDNTA ...文字列:
MSTLIPPPSK KQKKEAQLPR EVAIIPKDLP NVSIKFQALD TGDNVGGALR VPGAISEKQL EELLNQLNGT SDDPVPYTFS CTIQGKKAS DPVKTIDITD NLYSSLIKPG YNSTEDQITL LYTPRAVFKV KPVTRSSSAI AGHGSTILCS AFAPHTSSRM V TGAGDNTA RIWDCDTQTP MHTLKGHYNW VLCVSWSPDG EVIATGSMDN TIRLWDPKSG QCLGDALRGH SKWITSLSWE PI HLVKPGS KPRLASSSKD GTIKIWDTVS RVCQYTMSGH TNSVSCVKWG GQGLLYSGSH DRTVRVWDIN SQGRCINILK SHA HWVNHL SLSTDYALRI GAFDHTGKKP STPEEAQKKA LENYEKICKK NGNSEEMMVT ASDDYTMFLW NPLKSTKPIA RMTG HQKLV NHVAFSPDGR YIVSASFDNS IKLWDGRDGK FISTFRGHVA SVYQVAWSSD CRLLVSCSKD TTLKVWDVRT RKLSV DLPG HKDEVYTVDW SVDGKRVCSG GKDKMVRLWT H

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R3/3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.3 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 273799
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3319

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 55397

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6hyp

,

6hyd

,

6or5

,

6qta

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ylf:
Rix1-Rea1 pre-60S particle - Rea1, body 3 (rigid body refinement, composite structure of Rea1 ring and tail)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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