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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10831 | |||||||||
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タイトル | Structure of S. oneidensis MotAB | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å | |||||||||
データ登録者 | Santiveri M / Roa-Eguiara A / Taylor NMI | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Structure and Function of Stator Units of the Bacterial Flagellar Motor. 著者: Mònica Santiveri / Aritz Roa-Eguiara / Caroline Kühne / Navish Wadhwa / Haidai Hu / Howard C Berg / Marc Erhardt / Nicholas M I Taylor / 要旨: Many bacteria use the flagellum for locomotion and chemotaxis. Its bidirectional rotation is driven by a membrane-embedded motor, which uses energy from the transmembrane ion gradient to generate ...Many bacteria use the flagellum for locomotion and chemotaxis. Its bidirectional rotation is driven by a membrane-embedded motor, which uses energy from the transmembrane ion gradient to generate torque at the interface between stator units and rotor. The structural organization of the stator unit (MotAB), its conformational changes upon ion transport, and how these changes power rotation of the flagellum remain unknown. Here, we present ~3 Å-resolution cryoelectron microscopy reconstructions of the stator unit in different functional states. We show that the stator unit consists of a dimer of MotB surrounded by a pentamer of MotA. Combining structural data with mutagenesis and functional studies, we identify key residues involved in torque generation and present a detailed mechanistic model for motor function and switching of rotational direction. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10831.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10831-v30.xml emd-10831.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10831.png | 86.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10831_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10831_half_map_1.map.gz emd_10831_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10831 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10831 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10831.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10831_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10831_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10831_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Stator unit MotAB
全体 | 名称: Stator unit MotAB |
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要素 |
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-超分子 #1: Stator unit MotAB
超分子 | 名称: Stator unit MotAB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The stator unit consists of a dimer of MotB surrounded by a pentamer of MotA. |
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由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43(DE3) |
-分子 #1: MotA
分子 | 名称: MotA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSFIGVIVAL VFILVGNLIE GGHPSALLDL PAFMIVIGGT IGATVAQFPF SVIIASMKRF KWLIFPLRTD LNERAEFLIE IAGDVRKGGL LSIEDKIDQI DDPFLHKGLE LLVDGYEKDN IVEILEKEIE FEQHGIEQTV KVYEAMGGYC PTMGIVGAVF GLIHAMGLLD ...文字列: MSFIGVIVAL VFILVGNLIE GGHPSALLDL PAFMIVIGGT IGATVAQFPF SVIIASMKRF KWLIFPLRTD LNERAEFLIE IAGDVRKGGL LSIEDKIDQI DDPFLHKGLE LLVDGYEKDN IVEILEKEIE FEQHGIEQTV KVYEAMGGYC PTMGIVGAVF GLIHAMGLLD APDKLGGAIA VAFIATIYGV AAANIIFLPF GNRYKAFAHQ LSLFKEMTLT GITGIADGES PQRLQAQLNP YLEH |
-分子 #2: MotB
分子 | 名称: MotB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shewanella oneidensis (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKKKVDPPE NHERWLISYA DFMTLLFALF VVLYSFAMSD KNEAKFMVEG LIDSLSKIGL ISTPAVNALA PGGTSILEPN TVTSAVDAEP KLIETATTAP STSESNNDLT NAKSNDTIRK YKEIISAKLK NEIENQEVEI DEVSDNLIIR IGDNNTFFAS GSAFIQPKFI ...文字列: MKKKKVDPPE NHERWLISYA DFMTLLFALF VVLYSFAMSD KNEAKFMVEG LIDSLSKIGL ISTPAVNALA PGGTSILEPN TVTSAVDAEP KLIETATTAP STSESNNDLT NAKSNDTIRK YKEIISAKLK NEIENQEVEI DEVSDNLIIR IGDNNTFFAS GSAFIQPKFI PLIDKIGEVI ASVPGRVVIA GHTDATLPME IYADNWDLSS LRATAVVRIM TKNKGVNPSR IIVQGLADTQ PRFQNDTPEH RQKNRRIEII LNQGNTVESH IPIPEGTLEV LFQGPGGSGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.84 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 799093 |