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- EMDB-10825: Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10825
タイトルPhase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle (class S2)
マップデータPhase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle (class S2)
試料
  • 複合体: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence
    • 複合体: CENP-A
    • 複合体: Histones H2A, H2B, H4
    • 複合体: Widom 601 DNA
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Boopathi R / Danev R / Khoshouei M / Kale S / Nahata S / Ramos L / Angelov D / Dimitrov S / Hamiche A / Petosa C / Bednar J
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number
French National Research AgencyChromcomp フランス
French National Research AgencyChrom3D フランス
French National Research AgencyChrome フランス
French National Research AgencyEPIVAR.Z フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / : 2020
タイトル: Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle reveals differential flexibility of the DNA ends.
著者: Ramachandran Boopathi / Radostin Danev / Maryam Khoshouei / Seyit Kale / Sunil Nahata / Lorrie Ramos / Dimitar Angelov / Stefan Dimitrov / Ali Hamiche / Carlo Petosa / Jan Bednar /
要旨: The histone H3 variant CENP-A marks centromeres epigenetically and is essential for mitotic fidelity. Previous crystallographic studies of the CENP-A nucleosome core particle (NCP) reconstituted with ...The histone H3 variant CENP-A marks centromeres epigenetically and is essential for mitotic fidelity. Previous crystallographic studies of the CENP-A nucleosome core particle (NCP) reconstituted with a human α-satellite DNA derivative revealed both DNA ends to be highly flexible, a feature important for CENP-A mitotic functions. However, recent cryo-EM studies of CENP-A NCP complexes comprising primarily Widom 601 DNA reported well-ordered DNA ends. Here, we report the cryo-EM structure of the CENP-A 601 NCP determined by Volta phase-plate imaging. The data reveal that one ('left') 601 DNA end is well ordered whereas the other ('right') end is flexible and partly detached from the histone core, suggesting sequence-dependent dynamics of the DNA termini. Indeed, a molecular dynamics simulation of the CENP-A 601 NCP confirmed the distinct dynamics of the two DNA extremities. Reprocessing the image data using two-fold symmetry yielded a cryo-EM map in which both DNA ends appeared well ordered, indicating that such an artefact may inadvertently arise if NCP asymmetry is lost during image processing. These findings enhance our understanding of the dynamic features that discriminate CENP-A from H3 nucleosomes by revealing that DNA end flexibility can be fine-tuned in a sequence-dependent manner.
履歴
登録2020年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2020年6月10日-
現状2020年6月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0184
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0184
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10825.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phase-plate cryo-EM structure of the Widom 601 CENP-A nucleosome core particle (class S2)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0184 / ムービー #1: 0.0184
最小 - 最大-0.037146475 - 0.07996334
平均 (標準偏差)0.0010390878 (±0.006872173)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 148.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z148.400148.400148.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.0370.0800.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 ...

全体名称: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence
要素
  • 複合体: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence
    • 複合体: CENP-A
    • 複合体: Histones H2A, H2B, H4
    • 複合体: Widom 601 DNA

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超分子 #1: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 ...

超分子名称: CENP-A Nucleosome core particle with 145 base pairs of Widom 601 sequence
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

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超分子 #2: CENP-A

超分子名称: CENP-A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Histones H2A, H2B, H4

超分子名称: Histones H2A, H2B, H4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #4: Widom 601 DNA

超分子名称: Widom 601 DNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 倍率(補正後): 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-38 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2608 / 平均露光時間: 7.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 227552
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
ソフトウェア - 詳細: https://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/kzhang/
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Low-pass filtered EM map of the canonical H3 nucleosome core particle
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.03)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.03)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.03)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.03) / 使用した粒子像数: 30915

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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