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- EMDB-10746: Plant PSI-ferredoxin supercomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10746
タイトルPlant PSI-ferredoxin supercomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: x 17種
  • リガンド: x 16種
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 ...chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / 光化学系I / 光化学系II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / 葉緑体 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK ...4Fe-4S dicluster domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI subunit V / PSI-K / Ferredoxin-1, chloroplastic ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VI / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / PSI subunit V / PSI-K / Ferredoxin-1, chloroplastic / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ) / Pea (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Caspy I / Nelson N / Shkolnisky Y / Klaiman D / Sheinker A
資金援助 イスラエル, 2件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and Development1483 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2020
タイトル: The structure of a triple complex of plant photosystem I with ferredoxin and plastocyanin.
著者: Ido Caspy / Anna Borovikova-Sheinker / Daniel Klaiman / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson /
要旨: The ability of photosynthetic organisms to use sunlight as a sole source of energy is endowed by two large membrane complexes-photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). PSI and PSII are the ...The ability of photosynthetic organisms to use sunlight as a sole source of energy is endowed by two large membrane complexes-photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). PSI and PSII are the fundamental components of oxygenic photosynthesis, providing oxygen, food and an energy source for most living organisms on Earth. Currently, high-resolution crystal structures of these complexes from various organisms are available. The crystal structures of megadalton complexes have revealed excitation transfer and electron-transport pathways within the various complexes. PSI is defined as plastocyanin-ferredoxin oxidoreductase but a high-resolution structure of the entire triple supercomplex is not available. Here, using a new cryo-electron microscopy technique, we solve the structure of native plant PSI in complex with its electron donor plastocyanin and the electron acceptor ferredoxin. We reveal all of the contact sites and the modes of interaction between the interacting electron carriers and PSI.
履歴
登録2020年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2020年10月21日-
現状2020年10月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 137.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.085 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0131 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.059374478 - 0.11133092
平均 (標準偏差)-0.0000527385 (±0.0043332344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ330330330
Spacing330330330
セルA=B=C: 358.05002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0851.0851.085
M x/y/z330330330
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.050358.050358.050
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS330330330
D min/max/mean-0.0590.111-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin

全体名称: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin光化学系I
要素
  • 複合体: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaD
    • タンパク質・ペプチド: PsaE
    • タンパク質・ペプチド: PsaF
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: PsaH
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit X psaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: PsaL
    • タンパク質・ペプチド: Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Ferredoxin-1, chloroplasticフェレドキシン
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin

超分子名称: Pea Photosystem I in complex with Ferredoxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 660 KDa

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 82.571484 KDa
配列文字列: PEVKILVDRD PIKTSFEQWA KPGHFSRTIA KGPDTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LSIIFLWLSG MYFHGARFS NYEAWLNDPT HIRPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFRGIQ ITSGFFQIWR ASGITSELQL YCTAIGALVF A ALMLFAGW ...文字列:
PEVKILVDRD PIKTSFEQWA KPGHFSRTIA KGPDTTTWIW NLHADAHDFD SHTSDLEEIS RKVFSAHFGQ LSIIFLWLSG MYFHGARFS NYEAWLNDPT HIRPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFRGIQ ITSGFFQIWR ASGITSELQL YCTAIGALVF A ALMLFAGW FHYHKAAPKL VWFQDVESML NHHLAGLLGL GSLSWAGHQV HVSLPINQFL NAGVDPKEIP LPHEFILNRD LL AQLYPSF AEGATPFFTL NWSKYADFLT FRGGLDPLTG GLWLTDIAHH HLAIAILFLI AGHMYRTNWG IGHGIKDILE AHK GPFTGQ GHKGLYEILT TSWHAQLSIN LAMLGSLTII VAHHMYAMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGFLIVGAA AHAA IFMVR DYDPTTRYND LLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQPVFAQ WIQNT HALA PGTTAPGATT STSLTWGGGD LVSVGGKVAL LPIPLGTADF LVHHIHAFTI HVTVLILLKG VLFARSSRLI PDKANL GFR FPCDGPGRGG TCQVSAWDHV FLGLFWMYNA ISVVIFHFSW KMQSDVWGSI NDQGVVTHIT GGNFAQSSIT INGWLRD FL WAQASQVIQS YGSSLSAYGL FFLGAHFVWA FSLMFLFSGR GYWQELIESI VWAHNKLKVA PATQPRALSI VQGRAVGV T HYLLGGIATT WAFFLARIIA VG

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 82.381734 KDa
配列文字列: ALRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEGR LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWVQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAL GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAI FLLFLSFISL LAGWLHLQPK W KPSVSWFK ...文字列:
ALRFPRFSQG LAQDPTTRRI WFGIATAHDF ESHDDITEGR LYQNIFASHF GQLAIIFLWT SGNLFHVAWQ GNFEAWVQDP LHVRPIAHA IWDPHFGQPA VEAFTRGGAL GPVNIAYSGV YQWWYTIGLR TNEDLYTGAI FLLFLSFISL LAGWLHLQPK W KPSVSWFK NAESRLNHHL SGLFGVSSLA WAGHLVHVAI PGSRGEYVRW NNFLSVLPHP QGLGPLFTGQ WNLYAQNPDS SN HLFSTSQ GAGTAILTLL GGFHPQTQSL WLTDMAHHHL AIAILFLIGG HMYRTNFGIG HSIKYILEAH IPPGGRLGRG HKG LYDTIN NSIHFQLGLA LASLGVITSL VAQHMYSLPA YAFIAQDFTT QAALYTHHQY IAGFIMTGAF AHGAIFFIRD YNPE QNADN VLARMLEHKE AIISHLSWAS LFLGFHTLGL YVHNDVMLAF GTPEKQILIE PIFAQWIQSA HGKTSYGFDV LLSST NSPA LNAGRSIWLP GWLNAINENS NSLFLTIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWML NTIGWVTFYW HWKHITLWQG NVSQFNESST YLMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLVWATGFMF LISWRGYWQE LIETLAWAHE RTPLANLIRW RDKPVALSIV QARLVGLVHF SVGYIFTY A AFLIASTSGK FG

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分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 8.860276 KDa
配列文字列:
SHSVKIYDTC IGCTQCVRAC PTDVLEMIPW GGCKAKQIAS APRTEDCVGC KRCESACPTD FLSVRVYLWH ETTRSMGLAY

+
分子 #4: PsaD

分子名称: PsaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 16.041408 KDa
配列文字列:
GFTPPELDPN TPSPIFGGST GGLLRKAQVE EFYVITWESP KEQIFEMPTG GAAIMREGPN LLKLARKEQC LALGTRLRSK YKIKYQFYR VFPSGEVQYL HPKDGVYPEK VNPGRQGVGV NFRSIGKNVS PIEVKFTGKQ PYDL

+
分子 #5: PsaE

分子名称: PsaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 7.479422 KDa
配列文字列:
PPIGPKRGAK VKILRQESYW YKGTGSVVAV DQDPNTRYPV VVRFNKVNYA NVSTNNYALD EVEEVK

+
分子 #6: PsaF

分子名称: PsaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 17.137857 KDa
配列文字列:
DIAGLTPCKD SKQFAKREKQ SIKKLESSLK LYAPDSAPAL AINATIEKTK RRFDNYGKQG LLCGADGLPH LIVSGDQRHW GEFITPGIL FLYIAGWIGW VGRSYLIAIR DDKKPTQKEI IIDVPLATGL VFRGFSWPIA AYRELLNGEL VAKDV

+
分子 #7: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 10.678027 KDa
配列文字列:
LNPSLVISLS TGLSLFLGRF VFFNFQRENV AKQGLPEQNG VTHFEAGDTR AKEYVSLLKS NDPVGFNIVD VLAWGSIGHI VAYYILATS SNGYDPKF

+
分子 #8: PsaH

分子名称: PsaH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 9.491742 KDa
配列文字列:
VYFDLEDLGN TTGQWDLYGS DAPSPYNSLQ SKFFETFAAP FTKRGLLLKF LILGGGSTLA YFSATASGDI LPIKKGPQLP PQLGPRLG

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 3.409198 KDa
配列文字列:
INLPSLFVPL VGLLFPAVAM ASLFLHVEKR L

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 4.767609 KDa
配列文字列:
MRDLKTYLSV APVASTLWFA ALAGLLIEIN RFFPDALTFP FF

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit X psaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit X psaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 8.135471 KDa
配列文字列:
FIGSPTNLIM VTSTSLMLFA GRFGLAPSAN RKATAGLKLE ARDSGLQTGD PAGFTLADTL ACGVVGHIIG VGVVLGLKNI G

+
分子 #12: PsaL

分子名称: PsaL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 16.564977 KDa
配列文字列:
YQVVQPINGD PFIGSLETPV TSSPLVAWYL SNLPGYRTAV NPLLRGIEVG LAHGFLLVGP FVKAGPLRNT EIAGQAGSLA AGGLVVILS ICLTIYGISS FNEGDPSTAP SLTLTGRKKQ PDQLQTADGW AKFTGGFFFG GISGVIWAFF LLYVLDLP

+
分子 #13: Lhca1

分子名称: Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 21.335439 KDa
配列文字列: DWMPGQPRPS YLDGSAPGDF GFDPLRLGEV PENLERFKES ELIHCRWAML AVPGILVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPGGQA TYLGNPVPW GTLPTILVIE FLSIAFVEHQ RSMEKDPEKK KYPGGAFDPL GYSKDPKKFH EYKIKEVKNG RLALLAFVGI C VQQSAYPG ...文字列:
DWMPGQPRPS YLDGSAPGDF GFDPLRLGEV PENLERFKES ELIHCRWAML AVPGILVPEA LGLGNWVKAQ EWAALPGGQA TYLGNPVPW GTLPTILVIE FLSIAFVEHQ RSMEKDPEKK KYPGGAFDPL GYSKDPKKFH EYKIKEVKNG RLALLAFVGI C VQQSAYPG TGPLENLATH LADPWHNTIG NVLIP

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分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 22.845812 KDa
配列文字列: TVAEPDRPLW FPGSTPPPWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE SLRWNVQAEL VHSRWAMLGA AGIFIPEFLT KLGILNTPSW YTAGEQEYF TDTTTLFIVE LVFIGWAEGR RWADILNPGC VNTDPIFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GSASPQKLKE L RTKEIKNG ...文字列:
TVAEPDRPLW FPGSTPPPWL DGSLPGDFGF DPLGLGSDPE SLRWNVQAEL VHSRWAMLGA AGIFIPEFLT KLGILNTPSW YTAGEQEYF TDTTTLFIVE LVFIGWAEGR RWADILNPGC VNTDPIFPNN KLTGTDVGYP GGLWFDPLGW GSASPQKLKE L RTKEIKNG RLAMLAVMGA WFQHIYTGTG PIDNLFAHLA DPGHATIFAA

+
分子 #15: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 24.139521 KDa
配列文字列: RPLWFASKQS LSYLDGSLPG DYGFDPLGLS DPEGTGGFIE PRWLAYGEVI NGRFAMLGAV GAIAPEYLGK VGLIPQETAL AWFQTGVIP PAGTYNYWAD NYTLFVLEMA LMGFAEHRRF QDWAKPGSMG KQYFLGLEKG FGGSGNPAYP GGPFFNPLGF G KDEKSLKE ...文字列:
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+
分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein P4, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 21.994029 KDa
配列文字列: KKGEWLPGLA SPGYLTGSLP GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVNGRW AMLGVAGMLL PEVFTSIGII NVPKWYDAGK EEYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPAG EVGYPGGIFN PLNFAPTLEA KEKEIANGRL A MLAFLGFI ...文字列:
KKGEWLPGLA SPGYLTGSLP GDNGFDPLGL AEDPENLKWF VQAELVNGRW AMLGVAGMLL PEVFTSIGII NVPKWYDAGK EEYFASSST LFVIEFILFH YVEIRRWQDI KNPGSVNQDP IFKQYSLPAG EVGYPGGIFN PLNFAPTLEA KEKEIANGRL A MLAFLGFI IQHNVTGKGP FDNLLQHISD PWHNTIVQTL

+
分子 #17: Ferredoxin-1, chloroplastic

分子名称: Ferredoxin-1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pea (エンドウ)
分子量理論値: 10.359312 KDa
配列文字列:
ASYKVKLVTP DGTQEFECPS DVYILDHAEE VGIDLPYSCR AGSCSSCAGK VVGGEVDQSD GSFLDDEQIE AGFVLTCVAY PTSDVVIET HKEEDLTA

+
分子 #18: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 141 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #20: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #21: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #22: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 27 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #23: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #24: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 6 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #25: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 19 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #26: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #27: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #28: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 7 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #29: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 15 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #30: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

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分子 #31: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: C7Z
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-C7Z:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル

+
分子 #32: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

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分子 #33: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 56 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3669 / 平均電子線量: 1.075 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1776870
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5l8r

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 269657
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

5l8r

,

1a70

)
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yac:
Plant PSI-ferredoxin supercomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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