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万見
- EMDB-10395: MexA-MexB cryoEM map -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10395
タイトルMexA-MexB cryoEM map
マップデータAverage map of the three classes aligned on MexB
試料
  • 複合体: MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules
    • タンパク質・ペプチド: MexB
    • タンパク質・ペプチド: MexA
機能・相同性
機能・相同性情報


response to chemical / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / 生体膜 ...response to chemical / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein ...RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Efflux pump membrane transporter / MexA family multidrug efflux RND transporter periplasmic adaptor subunit / Multidrug resistance protein MexB / Multidrug resistance protein MexA / Outer membrane protein OprM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Glavier M / Puvanendran D / Salvador D / Decossas M / Phan G / Garnier C / Frezza E / Cece Q / Schoehn G / Picard M ...Glavier M / Puvanendran D / Salvador D / Decossas M / Phan G / Garnier C / Frezza E / Cece Q / Schoehn G / Picard M / Taveau J-C / Daury L / Broutin I / Lambert O
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-17CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Antibiotic export by MexB multidrug efflux transporter is allosterically controlled by a MexA-OprM chaperone-like complex.
著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / ...著者: Marie Glavier / Dhenesh Puvanendran / Dimitri Salvador / Marion Decossas / Gilles Phan / Cyril Garnier / Elisa Frezza / Quentin Cece / Guy Schoehn / Martin Picard / Jean-Christophe Taveau / Laetitia Daury / Isabelle Broutin / Olivier Lambert /
要旨: The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB ...The tripartite multidrug efflux system MexAB-OprM is a major actor in Pseudomonas aeruginosa antibiotic resistance by exporting a large variety of antimicrobial compounds. Crystal structures of MexB and of its Escherichia coli homolog AcrB had revealed asymmetric trimers depicting a directional drug pathway by a conformational interconversion (from Loose and Tight binding pockets to Open gate (LTO) for drug exit). It remains unclear how MexB acquires its LTO form. Here by performing functional and cryo-EM structural investigations of MexB at various stages of the assembly process, we unveil that MexB inserted in lipid membrane is not set for active transport because it displays an inactive LTC form with a Closed exit gate. In the tripartite complex, OprM and MexA form a corset-like platform that converts MexB into the active form. Our findings shed new light on the resistance nodulation cell division (RND) cognate partners which act as allosteric factors eliciting the functional drug extrusion.
履歴
登録2019年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ta6
  • 表面レベル: 0.016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Average map of the three classes aligned on MexB
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0125 / ムービー #1: 0.016
最小 - 最大-0.023631405 - 0.07674396
平均 (標準偏差)-1.2670356e-05 (±0.0015271133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 696.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z696.320696.320696.320
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0240.077-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules

全体名称: MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules
要素
  • 複合体: MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules
    • タンパク質・ペプチド: MexB
    • タンパク質・ペプチド: MexA

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超分子 #1: MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules

超分子名称: MexAB complex in nanodisc interacting with OprM molecules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: MexB

分子名称: MexB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
配列文字列: MSKFFIDRPI FAWVIALVIM LAGGLSILSL PVNQYPAIAP PAIAVQVSYP GASAETVQDT VVQVIEQQM NGIDNLRYIS SESNSDGSMT ITVTFEQGTD PDIAQVQVQN KLQLATPLLP Q EVQRQGIR VTKAVKNFLM VVGVVSTDGS MTKEDLSNYI VSNIQDPLSR ...文字列:
MSKFFIDRPI FAWVIALVIM LAGGLSILSL PVNQYPAIAP PAIAVQVSYP GASAETVQDT VVQVIEQQM NGIDNLRYIS SESNSDGSMT ITVTFEQGTD PDIAQVQVQN KLQLATPLLP Q EVQRQGIR VTKAVKNFLM VVGVVSTDGS MTKEDLSNYI VSNIQDPLSR TKGVGDFQVF GS QYSMRIW LDPAKLNSYQ LTPGDVSSAI QAQNVQISSG QLGGLPAVKG QQLNATIIGK TRL QTAEQF ENILLKVNPD GSQVRLKDVA DVGLGGQDYS INAQFNGSPA SGIAIKLATG ANAL DTAKA IRQTIANLEP FMPQGMKVVY PYDTTPVVSA SIHEVVKTLG EAILLVFLVM YLFLQ NFRA TLIPTIAVPV VLLGTFGVLA AFGFSINTLT MFGMVLAIGL LVDDAIVVVE NVERVM AEE GLSPREAARK SMGQIQGALV GIAMVLSAVF LPMAFFGGST GVIYRQFSIT IVSAMAL SV IVALILTPAL CATMLKPIEK GDHGEHKGGF FGWFNRMFLS TTHGYERGVA SILKHRAP Y LLIYVVIVAG MIWMFTRIPT AFLPDEDQGV LFAQVQTPPG SSAERTQVVV DSMREYLLE KESSSVSSVF TVTGFNFAGR GQSSGMAFIM LKPWEERPGG ENSVFELAKR AQMHFFSFKD AMVFAFAPP SVLELGNATG FDLFLQDQAG VGHEVLLQAR NKFLMLAAQN PALQRVRPNG M SDEPQYKL EIDDEKASAL GVSLADINST VSIAWGSSYV NDFIDRGRVK RVYLQGRPDA RM NPDDLSK WYVRNDKGEM VPFNAFATGK WEYGSPKLER YNGVPAMEIL GEPAPGLSSG DAM AAVEEI VKQLPKGVGY SWTGLSYEER LSGSQAPALY ALSLLVVFLC LAALYESWSI PFSV MLVVP LGVIGALLAT SMRGLSNDVF FQVGLLTTIG LSAKNAILIV EFAKELHEQG KGIVE AAIE ACRMRLRPIV MTSLAFILGV VPLAISTGAG SGSQHAIGTG VIGGMVTATV LAIFWV PLF YVAVSTLFKD EASKQQASVE KGQ

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分子 #2: MexA

分子名称: MexA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
配列文字列: MQRTPAMRVL VPALLVAISA LSGCGKSEAP PPAQTPEVGI VTLEAQTVTL NTELPGRTNA FRIAEVRPQ VNGIILKRLF KEGSDVKAGQ QLYQIDPATY EADYQSAQAN LASTQEQAQR Y KLLVADQA VSKQQYADAN AAYLQSKAAV EQARINLRYT KVLSPISGRI ...文字列:
MQRTPAMRVL VPALLVAISA LSGCGKSEAP PPAQTPEVGI VTLEAQTVTL NTELPGRTNA FRIAEVRPQ VNGIILKRLF KEGSDVKAGQ QLYQIDPATY EADYQSAQAN LASTQEQAQR Y KLLVADQA VSKQQYADAN AAYLQSKAAV EQARINLRYT KVLSPISGRI GRSAVTEGAL VT NGQANAM ATVQQLDPIY VDVTQPSTAL LRLRRELASG QLERAGDNAA KVSLKLEDGS QYP LEGRLE FSEVSVDEGT GSVTIRAVFP NPNNELLPGM FVHAQLQEGV KQKAILAPQQ GVTR DLKGQ ATALVVNAQN KVELRVIKAD RVIGDKWLVT EGLNAGDKII TEGLQFVQPG VEVKT VPAK NVASAQKADA APAKTDSKG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 364914
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 27000 / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Three 3D maps( calculed from Class3D and after REfine3D) were similar but show three different orientations (0,120,240 degree rotation) with respect to MexB
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: After 3D alignment on MexB, an average map was calculed from the three aligned maps and a two-by-two comparison of the maps by FSC leads to a 3.2 angstroems resolution
使用した粒子像数: 82432
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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