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- EMDB-10263: Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10263
タイトルStructure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1
マップデータ
試料
  • 複合体: Coxsackievirus A10
    • 複合体: Coxsackievirus A10
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus VP4
    • 複合体: KREMEN1
      • タンパク質・ペプチド: Kremen protein 1
  • リガンド: SPHINGOSINEスフィンゴシン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus ...Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / limb development / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / TCF dependent signaling in response to WNT / host cell cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / Wntシグナル経路 / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / neuronal cell body / DNA-templated transcription / apoptotic process / structural molecule activity / virion attachment to host cell / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kremen / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Kremen / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Kremen protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Zhao Y / Zhou D / Ni T / Karia D / Kotecha A / Wang X / Rao Z / Jones EY / Fry EE / Ren J / Stuart DI
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Wellcome Trust101122/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Hand-foot-and-mouth disease virus receptor KREMEN1 binds the canyon of Coxsackie Virus A10.
著者: Yuguang Zhao / Daming Zhou / Tao Ni / Dimple Karia / Abhay Kotecha / Xiangxi Wang / Zihe Rao / E Yvonne Jones / Elizabeth E Fry / Jingshan Ren / David I Stuart /
要旨: Coxsackievirus A10 (CV-A10) is responsible for an escalating number of severe infections in children, but no prophylactics or therapeutics are currently available. KREMEN1 (KRM1) is the entry ...Coxsackievirus A10 (CV-A10) is responsible for an escalating number of severe infections in children, but no prophylactics or therapeutics are currently available. KREMEN1 (KRM1) is the entry receptor for the largest receptor-group of hand-foot-and-mouth disease causing viruses, which includes CV-A10. We report here structures of CV-A10 mature virus alone and in complex with KRM1 as well as of the CV-A10 A-particle. The receptor spans the viral canyon with a large footprint on the virus surface. The footprint has some overlap with that seen for the neonatal Fc receptor complexed with enterovirus E6 but is larger and distinct from that of another enterovirus receptor SCARB2. Reduced occupancy of a particle-stabilising pocket factor in the complexed virus and the presence of both unbound and expanded virus particles suggests receptor binding initiates a cascade of conformational changes that produces expanded particles primed for viral uncoating.
履歴
登録2019年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
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  • 原子モデル: PDB-6snw
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  • 原子モデルPDB-6snw
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10263.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10263.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.05129708 - 0.097188205
平均 (標準偏差)0.0006619525 (±0.0049746973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0510.0970.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A10

全体名称: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
要素
  • 複合体: Coxsackievirus A10
    • 複合体: Coxsackievirus A10
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus VP2
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3カプシド
      • タンパク質・ペプチド: Coxsackievirus VP4
    • 複合体: KREMEN1
      • タンパク質・ペプチド: Kremen protein 1
  • リガンド: SPHINGOSINEスフィンゴシン
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Coxsackievirus A10

超分子名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

+
超分子 #2: Coxsackievirus A10

超分子名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
株: Kowalik

+
超分子 #3: KREMEN1

超分子名称: KREMEN1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293S

+
分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ピコルナイン2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 33.191422 KDa
配列文字列: GDPVEDIIHD ALSSTVRRAI TSGQDVNTAA GTAPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVM NRNGVLEATI SHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYAVWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TENGEARPFM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF ...文字列:
GDPVEDIIHD ALSSTVRRAI TSGQDVNTAA GTAPSSHRLE TGRVPALQAA ETGATSNATD ENMIETRCVM NRNGVLEATI SHFFSRSGL VGVVNLTDGG TDTTGYAVWD IDIMGFVQLR RKCEMFTYMR FNAEFTFVTT TENGEARPFM LQYMYVPPGA P KPTGRDAF QWQTATNPSV FVKLTDPPAQ VSVPFMSPAS AYQWFYDGYP TFGQHPETSN TTYGQCPNNM MGTFAVRVVS RV ASQLKLQ TRVYMKLKHV RAWIPRPIRS QPYLLKNFPN YDSSKITYSA RDRASIKQAN M

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分子 #2: Coxsackievirus VP2

分子名称: Coxsackievirus VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ピコルナイン2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 27.72998 KDa
配列文字列: SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVLAGRGSNT KPNEAPHPGF NTTFPGTAGA S FNDPYVLD ...文字列:
SPSVEACGYS DRVAQLTVGN SSITTQEAAN IVLAYGEWPE YCPDTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLDSKM WQENSTGWYW KFPDVLNKT GVFGQNAQFH YLYRSGFCLH VQCNASKFHQ GALLVAVIPE FVLAGRGSNT KPNEAPHPGF NTTFPGTAGA S FNDPYVLD SGVPLSQSLI YPHQWINLRT NNCATIIVPY INAVPFDSAI NHSNFGLIVV PVSPLKYSSG ATTAIPITVT IA PLNSEFG GLRQAVSQ

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分子 #3: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ピコルナイン2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.219672 KDa
配列文字列: GLPTELRPGT NQFLTTEDDT AAPILPGFSP TPSIHIPGEV RSLLELCRVE TILEVNNTTD ATGLNRLLIP VSAQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP ...文字列:
GLPTELRPGT NQFLTTEDDT AAPILPGFSP TPSIHIPGEV RSLLELCRVE TILEVNNTTD ATGLNRLLIP VSAQNKADEL CAAFMVDPG RIGPWQSTLV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYSPPGSA QPANRETAML GTHVIWDFGL Q SSVSLVIP WISNTHFRTA KTGGNYDYYT AGVVTLWYQT NYVVPPETPG EAYIIAMGAA QDNFTLKICK DTDEVTQQAV LQ

+
分子 #4: Coxsackievirus VP4

分子名称: Coxsackievirus VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ピコルナイン2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 7.464065 KDa
配列文字列:
MGAQVSSQRS GSHETGNVAT GGSTINFTNI NYYKDSYAAS ASRQDFTQDP KKFTQPVLDS IRELSAPLN

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分子 #5: Kremen protein 1

分子名称: Kremen protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.786293 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGAPSPGLG PGPECFTANG ADYRGTQNWT ALQGGKPCLF WNETFQHPYN TLKYPNGEGG LGEHNYCRNP DGDVSPWCYV AEHEDGVYW KYCEIPACQM PGNLGCYKDH GNPPPLTGTS KTSNKLTIQT CISFCRSQRF KFAGMESGYA CFCGNNPDYW K YGEAASTE ...文字列:
ETGAPSPGLG PGPECFTANG ADYRGTQNWT ALQGGKPCLF WNETFQHPYN TLKYPNGEGG LGEHNYCRNP DGDVSPWCYV AEHEDGVYW KYCEIPACQM PGNLGCYKDH GNPPPLTGTS KTSNKLTIQT CISFCRSQRF KFAGMESGYA CFCGNNPDYW K YGEAASTE CNSVCFGDHT QPCGGDGRII LFDTLVGACG GNYSAMSSVV YSPDFPDTYA TGRVCYWTIR VPGASHIHFS FP LFDIRDS ADMVELLDGY THRVLARFHG RSRPPLSFNV SLDFVILYFF SDRINQAQGF AVLYQAVKEE GSENLYFQGG SLP QERPAV NQTVAEVITE QANLSVSAAR SSKVLYVITT SPSHPPQTVP GTHHHHHHHH HH

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分子 #6: SPHINGOSINE

分子名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SPH
分子量理論値: 299.492 Da
Chemical component information

ChemComp-SPH:
SPHINGOSINE / スフィンゴシン

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5c4w

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1597

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6snw:
Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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