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- EMDB-10224: Cryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome in TkNat10 dele... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10224
タイトルCryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome in TkNat10 deleted strain
マップデータ30S head body postprocess
試料
  • 複合体: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 62種
  • リガンド: x 2種
キーワードT. kodakarensis / ac4C deletion / Ribosome (リボソーム) / cryo-EM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein ...Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS / Ribosome maturation protein SBDS, conserved site / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, central domain / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS, central domain superfamily / SBDS protein, domain II / Uncharacterized protein family UPF0023 signature. / Ribosome maturation protein SDO1/SBDS, N-terminal / Ribosome maturation protein SBDS, N-terminal domain superfamily / Ribosome maturation protein Sdo1/SBDS-like / Shwachman-Bodian-Diamond syndrome (SBDS) protein / Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L14e / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / EF-G domain III/V-like / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / Zinc finger, C2H2 type / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / ジンクフィンガー / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / LSU ribosomal protein L41E / Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Nucleic acid-binding protein, containing C2H2 zinc-finger / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Ribosome maturation protein SDO1 homolog / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Matzov D / Sas-Chen A
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping.
著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / ...著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / Yuko Nobe / Chloe A Briney / Michaella J Levy / Ryan T Fuchs / G Brett Robb / Jesse Hartmann / Sunny Sharma / Qishan Lin / Laurence Florens / Michael P Washburn / Toshiaki Isobe / Thomas J Santangelo / Moran Shalev-Benami / Jordan L Meier / Schraga Schwartz /
要旨: N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics ...N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics and functions of cytidine acetylation have yet to be fully elucidated. Here we report acC-seq, a chemical genomic method for the transcriptome-wide quantitative mapping of acC at single-nucleotide resolution. In human and yeast mRNAs, acC sites are not detected but can be induced-at a conserved sequence motif-via the ectopic overexpression of eukaryotic acetyltransferase complexes. By contrast, cross-evolutionary profiling revealed unprecedented levels of acC across hundreds of residues in rRNA, tRNA, non-coding RNA and mRNA from hyperthermophilic archaea. AcC is markedly induced in response to increases in temperature, and acetyltransferase-deficient archaeal strains exhibit temperature-dependent growth defects. Visualization of wild-type and acetyltransferase-deficient archaeal ribosomes by cryo-electron microscopy provided structural insights into the temperature-dependent distribution of acC and its potential thermoadaptive role. Our studies quantitatively define the acC landscape, providing a technical and conceptual foundation for elucidating the role of this modification in biology and disease.
履歴
登録2019年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6skg
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10224.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈30S head body postprocess
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.2655873 - 0.49709478
平均 (標準偏差)0.00042904046 (±0.012407327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.000408.000408.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.2660.4970.000

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添付データ

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追加マップ: 50S masked unsharpened

ファイルemd_10224_additional_1.map
注釈50S masked unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 30S body masked unsharpened

ファイルemd_10224_additional_2.map
注釈30S body masked unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 30S head masked unsharpened

ファイルemd_10224_additional_3.map
注釈30S head masked unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 30S head masked postprocess

ファイルemd_10224_additional_4.map
注釈30S head masked postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 50S masked postprocess

ファイルemd_10224_additional_5.map
注釈50S masked postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 50S masked postprocess

ファイルemd_10224_additional_6.map
注釈50S masked postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis

全体名称: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
要素
  • 複合体: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
    • RNA: 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
    • RNA: 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL35Aリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L37Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L37eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L39eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L40eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L41E
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L44eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Nucleic acid-binding protein, containing C2H2 zinc-finger
    • タンパク質・ペプチド: Predicted exosome subunit, UPF0023 family
    • タンパク質・ペプチド: Unknown ribosomal protein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis

超分子名称: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#65
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)

+
分子 #1: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 487.394938 KDa
配列文字列: AUUCCGG(OMU)UG AUCCUG(5MC)CGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA UGGGGCGCGC UC UGCGCGC ACCGGCGGAC GGCUCAGUAA CACGUCGGUA AC(OMC)UACCCUC G(OMG)GAGGGGGA UAACCCCGGG AAACU GG(OMG)G ...文字列:
AUUCCGG(OMU)UG AUCCUG(5MC)CGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC CGACUAAGCC AUGCGAGUCA UGGGGCGCGC UC UGCGCGC ACCGGCGGAC GGCUCAGUAA CACGUCGGUA AC(OMC)UACCCUC G(OMG)GAGGGGGA UAACCCCGGG AAACU GG(OMG)G CUAAUCCCCC AUAGGCCUGA GGUACUGGAA GGUCCUCAGG CCGAAAGGGG CAUCUGCCCG CCCGAGGAUG (OMG)GCCGGCGG C(OMC)GAUUAGGU AGUUGGUGGG GUAACGGCCC ACCAAGCCGA AGAUCGGUAC GGGCCAUGAG AGU GGGAGC CCGGAGAUGG ACACUGAGAC ACG(OMG)GUCCAG GCCCUACGGG GCG(5MC)AGCAGG CG(5MC)GA(A2M)AC C UCCGCAAUGC GGGCAACCGC GACGG(OMG)GGGA CCCCCAGUGC CGUGGCAUAG CCACGGCUUU UCCGGAGUGU AAAAA GCUC CGGGAAUAAG G(OMG)CUG(OMG)GCAA GG(5MC)CGGUGG(5MC) AGCCGCCG(5MC)G GUAA(OMU)ACCGG CG GCCCGAG U(OMG)GU(OMG)GCCGC UAUUAUUGGG CCUAAAGCGU CCGUAGCC(OMG)G GCCCGUAAGU CCCUGGCGAA A UCCCACGG CUCAACCGUG G(OMG)GCUUGCUG GGGAUACUGC GGGCCUUGGG ACCGGGAGAG GCCGGGGGUA CCCCUG (OMG)GG UAGG(OMG)GUGAA AUCCUAUAAU CCCAGGG(OMG)GA CCGCCAGU(OMG)G (5MC)GAAGGCGCC CGG (5MC)UGGAA CGGGUCCGAC GGUGAGGGAC GAAGGCCAGG GGAGCGAACC GGAUUAGAUA CCCGGGUAGU C(OMC) (OMU)GGCUGU AAAGGAUGCG (OMG)GCUAGGUGU CGGGCGAGCU UCGAGCUCGC CCGGUGCCGG AGGGAAGCCG UUAAG (OMC)CCG CCGCCUG(OMG)GG AGUACGGCCG CAA(OMG)G(5MC)UGAA ACUUAAAGGA AUUGGCGGGG GAGCACUACA AG(OMG)GGUGGA GCGUGCGGUU UAAUU(OMG)GAU(5MU) (LV2)AACG(5MC)(OMC)GGG AACCUCACCG GGGGCGA CG GCAGGAUGAA GGCCAG(OMG)CUG AAGGUCUUGC CGGACACGCC GAGAGGA(OMG)(2MG)U GCAUGG(5MC)(5MC) G (5MC)(5MC)GUCAGCUC GUAC(OMU)GUGAG GCGUCCACUU AAGUGUGGUA ACGAGCGAGA CCCGCGCCCC CAGUUGC CA GUCCUCCCCG CUGGGGAGGA GGCACUCUGG GG(OMG)GACCGCC GGCGAUAAGC CGGAGGAAGG AGCGGGCGAC GGUA GGUCA GUAUGCCCCG AAACCCCCGG GCUACACGCG (5MC)GCUACAAUG GGCGGGACAA UGGGAUCCGA CCCCGAAAG (OMG)GGAAGGGAA UCCCCUAAAC CCGCCCUCAG UUCGGAUCGC GGG(5MC)UGCAAC UCGCCCGCGU GAAGCUGGAA UC CCUAGUA CCCG(5MC)GUGUC AUCAUCGCG(5MC) GGCGAAUACG UCCCUGCUCC UUGCACACAC (5MC)G(OMC)CCG (OMU)CA (OMC)UCCACCCGA GCGGGGUCCG GGUGAGGCCU GGUCUCCCUU CGGGGAGGCC GGGUCGAGCC UGGGCUCCG UGAGGGGGGA GAAGUCGUA(6MZ) CAAGGUAGCC GUAGGGG(MA6)(MA6)C CUACGG(5MC)U(5MC)G AUCACCUCCU AUCGCCGGA

+
分子 #27: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 987.981438 KDa
配列文字列: AACGUCCCGC CCGGUGGCAA CUAAGCCGCC UGGUGGAUGG CUCGGCUCGG GGCG(5MC)CGACG AA(OMG)G(OMG) (OMC)GUG GCAAGCUGCG AUAAGCCCCG G(OMC)GAGGCGCA GGCAGCCGUC GAACCGGGGA UGCCCGAAUG GGACCUCC C GCGGCUUUUG ...文字列:
AACGUCCCGC CCGGUGGCAA CUAAGCCGCC UGGUGGAUGG CUCGGCUCGG GGCG(5MC)CGACG AA(OMG)G(OMG) (OMC)GUG GCAAGCUGCG AUAAGCCCCG G(OMC)GAGGCGCA GGCAGCCGUC GAACCGGGGA UGCCCGAAUG GGACCUCC C GCGGCUUUUG CCGCACUCCC AGUCGGGAGG GGGAACGCGG GGAAUUGAAA CAUCUUAGUA CCCGCAGGAA AAGAAA (OMG)CA AAAGCGAUGC CGUUAGUAGG GGCGACCGAA AGCGGCACAG GGCAAACUGA ACCCCGGGCC GAAAGGUUCG (OMG)GGGAUGUG GUGUUGUAGG GCCCGCGGAG GAGCCCUGGG GGCGAAGCCG AAGUC(OMC)GCUG GAACGCGGCG CCG GAGAG(OMG) GUGAAAGCCC CGUAGGCGUA AGCCCCCGAG CUCCUGCGGU GUCCCUGAGU ACCGUCGGUC GGAUAUCCGG CGGGAAGCU GGGAGGCA(OMU)C GGCUCCCAAC CCUAAAUACG UCCCGAGACC GAUAGCGAAC UAGUACCGUG (A2M)G (OMG)GAAAGC UGAAAAGCAC CCCGGGAGGG GGGUGAAAAG AGCCUGAAAC CAGGCGGCGA UAGGAGGGUG CGGCCCGAA A(OMG)GGUUGACC CUCCCCGAAG GAAACACGGG CGACCGUGGA GUACGAGGGG AGGUGACCGG GGUUGCACCG UCCG (OMU)CUUG GAUCACGG(OMG)G CA(OMG)GGAGUUC ACCCGAGCGG CGAGGUUAAG GGGGUCAACC CCGAAGCCGC AGG GAAACC GACAGGUCCG CAGCCCGUAA GGGCGAGGGA CGGGGUGUGA AAGCGCCCGG AGUCGCUCGG GUGAGACCC(OMG) AAGCCGGUC GAUCUAGCCC GGGGCAGGG(5MU) GAA(OMG)UCCCUC AACAGAGGG(A2M) UGGAGGCCCG CUAGGGGUG (OMC)UG(OMG)CG(5MU)GCA (A2M)UUCGCUCCC GUGACCCCGG GCUAGGGGUG AAA(OMG)GCCAAU CGAGGCCGGC GAU(A2M)GCUGG UUCCCGCCGA AUUAUCCCCC AGGAUAGCCC GGCCGGAGGU AGGCAGUGGG GUAGAGCACU GAUUGGG GG UUUAGGGGGC GAAAGCCUCC GGCUCCCUGU CAAACUCCGA ACCCACUGCC GCCGUAGAUG GCCGGAGUAG GGGGGCGG U GUAAGCCGUC ACCCGAGAGG GGAACAACCC AGACCGGGGU UAAGGCCCCA AAGUGCCGGC UAAG(OMU)GUUAC UCCAA AGGG UGUCCCUGGC CUUAGACAGC GGGGAGGUAG GCUUAGAAGC AGCCAUCCUU UAAAGAGUGC GUAACAGCUC ACCCGU CGA GGUCAGGGGC CCCGAAAAUG GACGGGGCUU AAGCCGGCCG CCGAGACCCC GGCGCACGGA CCGAUUGGUC CGUGAUC GG GUAGGC(OMG)GGC GUGCCGAUGG GG(5MC)GGAAGCC GGGCCGUGAG GUCCGGUGGA CCCGUCGGUA UUGCGGAUCC UGCCGGGAG (OMU)AGCAGCAUA GCCGGGUGAG AAUCCCGGCC GCCGUAGGGG CCAGGGUUCC ACGGCAAUGU UCGUCAG CC GUGGGUUAG(OMU) CGGUCCUAAC CCGACCCGUA ACUCGGC(OMG)UC GGGGAAAGGG AAAC(OMG)GGUUU AUAUUC CCG UACCGCGGUG GUAGGUGCGG CAACGCAAGC CCGAGGGGUG ACGCCUCGGG GUAGGCGGAC CGGUCCACAA GGCCGGC UA AGCGUAUAAG CCCGGGGAGU GCCGUAAUGG CGAGAACCGG GUGAAAGCGC GAAUGGCCUC CCGUAAGGGG GGUUCCGC C GAUCCCUGGG GCCCGUGAAA AGCCCCUCGG GAACGAUCCA CCGCGACCGU ACCGAGAACC GACACUGG(5MU)G CCCCU GGG(OMU) GAGAAGCCUA AGGCGUGUCG GGGGAAACCC AGCCGAGGGA ACU(OMC)GGCAAA UUGGCCCCGU AACUUCGG G AGAAGGGG(5MU)G CCUGCGGGUG UGUAACCCGC AGGUCGCAGU GACUAGG(OMG)GG GCCCGACUGU UUAGUAAAAA C ACAGGUCC CAGCUAGCCC GAAAGGGUUU GUACUGGG(OMG)C C(OMG)ACGCCUGC (5MC)CAG(OMU)GCCGG UAUGUG AAG CCCGGGUACA A(OMC)CGGGUGAA GCACCG(OMG)UAA AC(OMG)GCGGGGG UAACUAUAAC CCUCUUAAGG UAG (OMC)GAAAU UC(5MC)UUGUCGG UUAAAUG(5MC)CG AC(5MC)UGCAUGA AUGGCGUA(A2M)C GAGGUCCCCA CUGU (OMC)CCCG GCUGGGGCCC GG(OMC)GAAACCU CUGCCAGGCG CAUAUGCCUG GGACCUCCGG UGGGAA(OMG)(OMC)G AAGACCCCAU GGAGCUUUAC UGCAGCCUGC CGUUGCCGUA CGGCGGGGGG UGCGCAGCGU AGGCGGGAGG CGUCGAAGCC CGCCCUCCG GGGCGGGUGG AGCCGCCCAU GAGACACCGC CCACCCUCUG CCGUACGGCU AACCCGCGGA AGCGGGGAC (A2M)GCGGUAGGU GGGCAGUUUG GCUG(OMG)GGCGG CACACCCUCG AAAAGGUAUC (OMG)AGGGUGCCC (OMU)AAG GUCGG CUCAGGCGGG UCAGGAAUCC GCCGUAGAG(5MU) GCAAGGGCAA AAGCCGGCCU GACUGGACCC GUAACAGA (OMG) GC(OMG)GGUCCAG CCGCGAAAGC GUGGCCUAGC GAACCCCUGU GCCUCCCCGG UGGG(OMG)GCCAG (OMG) (OMG)AUGACAG AAAAGC(OMU)AC(OMC) CUGG(OMG)GA(4SU)AA CAGAGUCGUC UCGGGCGAGA GCCCA(4SU)AU C GACCCCGAGG (OMC)UUGCUACCU (5MC)GCUGUCGGC UCUUCCCAUC CUGGCCCUGC AGCAG(OMG)G(OMG)CC AAG GGUGGG GG(OMU)GUUCACC CAUUAAAG(OMG)G GAACGUGAGC UGGG(5MC)UUAGA CCGUCGUGAG ACAGGUCGGA UG CUAUCUA CCGGA(OMG)GUGU UGGCCGCCUG AG(OMG)GGAAGGC UCCCCCAGUA CGAGAGGAAC AGGGAGCCGC GGCCU CUGG UCUACCGGUU GUCCUACAGG GCAUAGCCGG GCAGCUACGC CGCAGCCGAU AAGGCCUGAA AGCAUCUAAG GCCGAA GC(OMG) GCCCCCGAAA ACAGGCGGCC ACUCCUGGGC GUUGGGCCUG GGCGACCGGU CCGUUGCCCA GGACG(A2M)GGG CCCGGGAAGA AGACCCGGUU GAUGGGG(OMC)GG GGAUGUAAGC GGGAAGGGAA ACCGACCCGU UCAGUCUGCC GCUCCC AAC AGCCCGAGUG CUACCGGGC

+
分子 #28: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 40.744309 KDa
配列文字列:
GGUACGGCGG CCAUAGCGGC GGGGCCACAC CCGGUCUCGU UUCGACCCCG GAAGUUAAGC CCGCCAGCGU UCCCGGGUGU ACUGCCCUC CGAGAGGGGG CGGGAAACCG GGAACGCCGC CGGCCAC

GENBANK: GENBANK: AP006878.1

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.039793 KDa
配列文字列: MEEYLVPLDQ YLAAGVHIGT QQKTKDMKKF IYRVRQDGLY VLDVRKTDER LRVAGKFLAK FDPESILAVS VRLYGQRPVK KFGEVTGAK AIPGRFLPGT MTNPQVKNFI EPDVLIVTDP RADHQALKEA VEIGIPIVAL VDTENFLSYV DIAIPTNNKG R KALALIYW ...文字列:
MEEYLVPLDQ YLAAGVHIGT QQKTKDMKKF IYRVRQDGLY VLDVRKTDER LRVAGKFLAK FDPESILAVS VRLYGQRPVK KFGEVTGAK AIPGRFLPGT MTNPQVKNFI EPDVLIVTDP RADHQALKEA VEIGIPIVAL VDTENFLSYV DIAIPTNNKG R KALALIYW ILAREVLYNR KEIESREDFK IPVEDFEMRI IRT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.39016 KDa
配列文字列: MAIERYFIKE GVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVTIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ ...文字列:
MAIERYFIKE GVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVTIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ AQLKLGVIGV KVSIMPPDAK LPDEIEIKEI VEEEVSANEA Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.06492 KDa
配列文字列: MARGNPRKRA AAAKDKWKMK EWYIVYAPDF FGSKEIGLTP ADDPEKVIGR VIETTLKDLT GDFTKGHVKL YFQVYDVKGQ NAYTKFKGH TLARSYIRSL VRRRTTRVDG IFNITTKDGY KLRVMGMVIA YRRIQTSQER AIRKIIQDII YKKAEELNFA D FVLQSVNG ...文字列:
MARGNPRKRA AAAKDKWKMK EWYIVYAPDF FGSKEIGLTP ADDPEKVIGR VIETTLKDLT GDFTKGHVKL YFQVYDVKGQ NAYTKFKGH TLARSYIRSL VRRRTTRVDG IFNITTKDGY KLRVMGMVIA YRRIQTSQER AIRKIIQDII YKKAEELNFA D FVLQSVNG QIASEIAKEA RKIYPIKRAE VRKIKVLAEP SA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.240621 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPSHPWIK ERLDRERVLK RNYALKNKKE LWRHETQLKE FRRRARRLLA ARGKQAEIER QQLLQRLYRL GLLPADAVL DDVLSLTVED VLERRLQTIV YRKGLARTMK QARQLIVHGH IEVNGQVIRS PGYLVLREEE DTITYAKGSP F AKEGHPER MVIEQAKQGG EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 27.820629 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IHRKAYKWAV RPSPGPHSMK TSIPLIYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK ILVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE AKLKPFRINN KRMVKGAKVQ LNLHDGSNHL VSLAEKDAYK T SYTVIMQV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IHRKAYKWAV RPSPGPHSMK TSIPLIYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK ILVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE AKLKPFRINN KRMVKGAKVQ LNLHDGSNHL VSLAEKDAYK T SYTVIMQV PERQIVKVLP FEVGAYVFVT QGKNVARKGK IVEVRQFPMG WPDVVTIEDE NGELFDTLKE YAFVIGKDKP EI SLP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 26.372613 KDa
配列文字列: MSDPREIAQR VLEEWEPKTK LGRLVKEGQI TDIHEIFRKG YQIKEPEIVD VLLPEVNLRE NQEVLDIALT VRMTDSGRRI RFRVLAAVG NRDGYVGLGI GHGREVGIAI RKAINYAKMN IIEIKRGCGS WECRCRRPHS IPFAVEGKEG SVRVKLMPGP R GLGLVIGD ...文字列:
MSDPREIAQR VLEEWEPKTK LGRLVKEGQI TDIHEIFRKG YQIKEPEIVD VLLPEVNLRE NQEVLDIALT VRMTDSGRRI RFRVLAAVG NRDGYVGLGI GHGREVGIAI RKAINYAKMN IIEIKRGCGS WECRCRRPHS IPFAVEGKEG SVRVKLMPGP R GLGLVIGD VGKKILTLAG VQDVWSQTLG ETRTTVNFAK AVFNALYNTN RVAIKPEDIE RYGIVVGRAM PTTFEVE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.760986 KDa
配列文字列:
MATFKLVISN PKNGVAKQVE ISGPEADKLI GRRIGEEIPA SELGLNLSEI FGEEIPADAK LKITGGTDKD GFPMRPDVHG PRRVKILLS RGPGFRPRER GERRKKTVHG NTISPNIVQV NMKIVF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 24.573713 KDa
配列文字列: MAKPLTERFF IPKEVKVMGR WSVEDVTVED PSLKPYINLD ARILPHSHGR YAKKPFGKAN VHIVERLINK VMRSGASHYK AGGHFMRRE HRSIMSKKMK AYEVVKEAFM IIERRTKQNP IQVLVKAIEN SAPREDTTTI AFGGIRYHMS VDVSPLRRLD I ALKNIALG ...文字列:
MAKPLTERFF IPKEVKVMGR WSVEDVTVED PSLKPYINLD ARILPHSHGR YAKKPFGKAN VHIVERLINK VMRSGASHYK AGGHFMRRE HRSIMSKKMK AYEVVKEAFM IIERRTKQNP IQVLVKAIEN SAPREDTTTI AFGGIRYHMS VDVSPLRRLD I ALKNIALG ASIKCYRNKT TYAQALAEEI IAAANKDPKS FAYSKKEEIE RIAQSSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.602109 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKKEVYIKPA SKLIGEVLRV MLENGYIGEF ELIDDGRAGI YRVQLIGKIN KAGAIKPRFP VKARDYEKW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMTHKEALEK GIGGRLIAYV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.548031 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLK KPSGGRIILA RKKRKRELGR EPANTKVGED REKRKIIRTY GGNRKVRLVE ALYANVFEGG KGKKVKILNV VENPANRQY ARRNIITKGA IIETEIGKAI VTSRPGQDGV VNAVLIKEEN A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.358943 KDa
配列文字列:
MRVIQTAGKR KTAVARATIR EGKGRVRINH KPVEIIEPEI ARFTIMEPLI LAGEEIVSRV DIDVKVEGGG FMGQAEAARV AIARALVEW TNDMNLKEKF MKYDRTMLVG DSRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.716666 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TNIKALNEVT DQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRITTR KSPDGEGSAT FDRFELRVHK RLVDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.111241 KDa
配列文字列:
MSEEQTTQVN IKKKEKWGVA HIYSSYNNTI IHITDLTGAE TISRWSGGMV VKADRDEPSP YAAMIAARRA AEEAMEKGIT GVHIKVRAP GGSKSKSPGP GAQAAIRALS RAGLRIGRVE DVTPIPHDGT RPKGGRRGRR V

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.488537 KDa
配列文字列:
MAGKKAPYGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSAMR KAVRVQLIKN GKVVTAFTP GDGAINHIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.025875 KDa
配列文字列:
MTENFRHIVR VAGVDIDGHK QVRWALTGIK GIGINFATMV LRVAGIDPFM KAGYLTDEQV KKIEEILADP VAHGIPAWAV NRPKDYETG KDMHLITAKL VMAWREDVNR LRRIRAYRGI RHELGLPVRG QRTRSNFRHG TTVGVSRRKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.583785 KDa
配列文字列:
MARIHARKRG KSGSKRPPRT APPAWVEYTA EEVEALVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PSVKLITGKK ITKILEENGL APEIPEDLM FLIRRAVNLR KHLEQHPKDK HSRRGLQLIE SKIRRLVKYY RRTGKLPAKW RYDPEQAKLL VR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 6.634088 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CMRCGQYGPI IRIHGLMLCR HCFREVAPKL GFKKYE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.219385 KDa
配列文字列:
MREIGLRVQP PAEVCNDPKC PWHGNLKIHG RYVEGIVVSD KGKKTVVVER QYYHYLKKYE RYELRKSKVH AHNPECINAK VGDKVLIAE TRPISKTKSW VVVAVLQRAE RAEEV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.036431 KDa
配列文字列:
MGNIKQTFIK RTARELFDRY PDKFTRDFEH NKKMVAELTN VTSKTIRNRI AGYITRLVRM KEEGKIL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.453374 KDa
配列文字列:
MARKKEFRYR GYTLDELLNM SLEEFAKLLP SRQRRSLKRG LSPEQKKLLR KIRLAKKGKY NKPIRTHSRD MIVLPEMVGM TIHVYNGKE FVPVEIKEEM IGHYLGEFAM TRKVVQHGSP GVGATRSSMF VAVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.303977 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAKAL KEVPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASVFR KVYIDGPVGI ERLRTWYGGR KNRGHAPEH FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVQKVPGEGR IVTPKGQSFL DKIATELKKE LEEQIPELKK Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.458116 KDa
配列文字列:
MEIKVTEIRE NKLLGRKEIY FDVLHEGEPT PSREAVKGKL VAMLDLDPNT TVIQYIRSYF GSNVSKGYAK AYETRERMLY IEPEYILVR DGLVQKQEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.085514 KDa
配列文字列:
MALPKNLIPM PRSRFLRVKC IDCGNEQIVF SHPATPVRCL VCGATLVEPT GGKGIIKAKV LEVEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.971244 KDa
配列文字列:
MSDEGYPAEV IEIVGRTGVT GGVTQVKVRI LEGRDKGRVI RRNVKGPVRV GDIVILRETE REAREIRRRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #26: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation

分子名称: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.001247 KDa
配列文字列:
MFAVEMKFEV PVCTSCGKEI TPREHATHFV CPNCGEAIIW RCESCRVLSV PYKCPKCGWE GP

UniProtKB: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 26.092432 KDa
配列文字列: MGKSLIQQRR GKGTTTFRAP SHRYRGAVRY VPLNLVQERT LRGVVEEILH DPGRTAPVAR VKFEDGTKKL IIAPEGVLVG QEIYIGPEA PIAIGNTLPL AKIPEGTYVY DIEGVPGDGG KYVRAGGTYA LVVSREKDKV IVQLPSGELK AFNPMCRATI G VVAGGGRL ...文字列:
MGKSLIQQRR GKGTTTFRAP SHRYRGAVRY VPLNLVQERT LRGVVEEILH DPGRTAPVAR VKFEDGTKKL IIAPEGVLVG QEIYIGPEA PIAIGNTLPL AKIPEGTYVY DIEGVPGDGG KYVRAGGTYA LVVSREKDKV IVQLPSGELK AFNPMCRATI G VVAGGGRL EKPIVKAGKA YYIAKARNRF WPKPRGVKMN AVNHPHGGKE HHIGRPSTVS RRAPPGRKVG HIAARRTGRR K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 39.118637 KDa
配列文字列: MGKIHRPRRG SLAYSPRKRA KSIVPRIRSW PKDSEVRMLG FAGYKAGMTH ILMIDDSPGL TKGKEIFVPV TIVEVPPLFV YGIRAYKQG YLGLETATEV WFHDLHKNVA RRIKTLPKNY NEEAFQAKLG QLEDLVNDGE IADVRLLVHT QPWLIGLKKK P EVMEYAIG ...文字列:
MGKIHRPRRG SLAYSPRKRA KSIVPRIRSW PKDSEVRMLG FAGYKAGMTH ILMIDDSPGL TKGKEIFVPV TIVEVPPLFV YGIRAYKQG YLGLETATEV WFHDLHKNVA RRIKTLPKNY NEEAFQAKLG QLEDLVNDGE IADVRLLVHT QPWLIGLKKK P EVMEYAIG GDDVKAKFDY AKEKIGKELR AGEVLHEGEL LDVIAVTKGK GTQGPVKRWG VKVQFHKAQR AGKGRHIGNL GP WHPARVM WTVPQAGQMG FHHRTEFNKR LIAIGENGKL VLDGNEIEIT PKGGFPHYGI VRSDFLMIEG TIPGSFKRII RVR PAIRPP KKKPPVERPQ ITYVSRESKQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 28.768604 KDa
配列文字列: MKVKVFNLEG EPVEEIELPK VFSTPFRPDL IRRAVIASWT HRIQPQGRDP QAGKRRVTEN IGKGHGMARV ERIKTSPRFA AFVPFAVGG RRTHPPKVEK IIWEDINKKE RRLAIMSAIA ATANYDLVRA RGHVVDNVVQ IPLVVTDDLQ KVFKTAQTRE I FKKLGVWD ...文字列:
MKVKVFNLEG EPVEEIELPK VFSTPFRPDL IRRAVIASWT HRIQPQGRDP QAGKRRVTEN IGKGHGMARV ERIKTSPRFA AFVPFAVGG RRTHPPKVEK IIWEDINKKE RRLAIMSAIA ATANYDLVRA RGHVVDNVVQ IPLVVTDDLQ KVFKTAQTRE I FKKLGVWD DIERAKKNTK IRAGKGKMRG RRYKKAKGPL IVVAKNEGIV QGARNHPGVD VVTVDNLGVE YLAPGTHPGR LT IWTKGAI ERLREIYG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.02757 KDa
配列文字列:
MQINREAILA DWEAHPMRKP RIAKVTINIG VGESGERLTK AETMLEQLVG QKPIRRRAKQ TNRDFGIRRG EPIAVKVTLR GEKAYQMLD RLLEAVDRKL KASNFDEHGN FCFGIQEHIN IPGVEYDPEI GIFGMDVCVT LERPGFRVAK RKRQRRKIPT K HKLTKEEG IVFAMEELKA KVEGL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 20.888271 KDa
配列文字列:
MPVDAWIREE IEIPEGVEVT VEGNTVKVKG PKGELQRELK YPGVQIFTED GKVVIYKEFP RKKDVAIVRT FKAHINNMIK GVTEGFKYR LKVVYSHFPM TVKVQGDEVV IENFLGEKNP RRAKILPGVT VKVKGSEIEV EGIDKEAVGQ TAANIEQATR I TKWDRRVF QDGIYIVEKA GKPIKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.454623 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPQELAEKAL EAVEIARDTG RIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYVYV PSKKELGAA AGLEVPAASV AIIEPGKARE LVEDIAMKVK ELMK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL8

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L10e

分子名称: 50S ribosomal protein L10e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.116596 KDa
配列文字列:
MGLRPAKIDR DVDKPAYTRR EYIRGAPGPK ITIFDMGNLS AEFEYEVSLH AEQAMQIRQN ALEAIRIQVN RYLQKNVGRS NYHFKIRVY PFQVLRENPM ATGRKADRYG NGMRRPFGKP IGLAARVRKD QKILTVWVNG QHLKFALGAM HRAKMKLPYS A YYRIYDKE GNDVTTKVLS TMKL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.316173 KDa
配列文字列:
MRIINAEGLI LGRLASKVAK MLLEGEEVVI VNAEKAIITG NREDIFAKYK QRTELRTRTN PRRGPFYPKR SDEIVRRTVR GMLPWKTDR GRKAFKRLKV YVGVPKEFEG KEFETISEAH MSRLATPKYV TVGEVAKFLG GKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.181888 KDa
配列文字列:
MAKKGAGATR GISPVRPTRA LPIGAYLKVA DNSGAKVIQI IGVVGYKGTR RRLAAAGVGD MVVATVKKGR PDMRHQVVRA VVVRQRKEY RRLDGMRVKF EDNAAAIVTP EGVPRGTEIR GAIAREAAER WVRLGSIASI VL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L14e

分子名称: 50S ribosomal protein L14e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.968527 KDa
配列文字列:
MPAIEVGRIA VVIAGRRAGQ KVVVADIIDK NFVLVTGAGL NKVKRRRMNV KHLEPLPERV NIQRGASDEE IKAALEGAGI SLE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL14

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.571436 KDa
配列文字列:
MIRRRKKVRK LRGSHTHGWG CKKKHRGGGS KGGRGMAGTG KRKDQKWTWT IKYAPDRLGK RGFHRPKAVQ YIPKVINLND IDENFELFK DAGIIYEEDG KLVFDATALG VDKILGTGKL TRALVVKAYY VTPKAEEKIK AAGGEVLLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L15e

分子名称: 50S ribosomal protein L15e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 22.607863 KDa
配列文字列: MGMYKYIREA WKSPKKSYVG ELLKKRMIQW RRDPVVKRIE RPTRLDRARS LGYQAKQGYV VVRVRVRRGG RKRPRWKGGR KPSKMGMVK YSPKKSLQWI AEEKAARKFP NLEVLNSYWV GEDGMYKWFE VIMVDPHHPV IKSDPKIAWI AGKAHKGRVF R GLTSAGKR ...文字列:
MGMYKYIREA WKSPKKSYVG ELLKKRMIQW RRDPVVKRIE RPTRLDRARS LGYQAKQGYV VVRVRVRRGG RKRPRWKGGR KPSKMGMVK YSPKKSLQWI AEEKAARKFP NLEVLNSYWV GEDGMYKWFE VIMVDPHHPV IKSDPKIAWI AGKAHKGRVF R GLTSAGKR SRGLLNKGKG AEKVRPSIRA HQGKGK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL15

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 22.895449 KDa
配列文字列: MAHGPRYRVP FRRRREGKTN YHKRLKLLKS KKPRLVVRKT LNHHIAQIVV YDPKGDKTLV SAHTMELMRD FGWKGHGGNT PSAYLLGLL IGYKAKQAGI EEAILDIGLH PPTRGSSIFA VLKGAVDAGL NVPHSEEIYP EDYRINGEHI ANYAKALKEE D EALYRKQF ...文字列:
MAHGPRYRVP FRRRREGKTN YHKRLKLLKS KKPRLVVRKT LNHHIAQIVV YDPKGDKTLV SAHTMELMRD FGWKGHGGNT PSAYLLGLL IGYKAKQAGI EEAILDIGLH PPTRGSSIFA VLKGAVDAGL NVPHSEEIYP EDYRINGEHI ANYAKALKEE D EALYRKQF SGYLVKGLEP EKLPEHFEEV KAKIIEKFEG ARE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L18e

分子名称: 50S ribosomal protein L18e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.799152 KDa
配列文字列:
MVKRTGPTDI NLRRLIRTLR KKSNEEGVKI WKDIAWRLER PRRQRAEVNI SKINRYTKEG DVVIVPGSVL GAGRLEHKVV VAAWKFSEA ARRKIIEAGG EAISIEELME RNPKGSGVII ME

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL18

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L19e

分子名称: 50S ribosomal protein L19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.667176 KDa
配列文字列:
MIMLKTQRRI AAELLKCGEN RIWIDPERIE DVAAAITRED IKRLIHDGVI KKKPIKGQSR ARARAFQEAR KKGRHRGPGS KKGKKTARM GKKEVWMMTI RALRKELRKL KAEGKLDAHT YRRLYIRAKG GQFKNKRQLY MFMQEHGILK E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL19

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L18Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L18Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.227708 KDa
配列文字列:
MEVKVFRVKG TFERLGKKQP FTKEYRALKE EHVRELVYSD IGSKHRVPRT KIWIESIEEI KPEEAEDPVV RRLSLEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL20

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L21e

分子名称: 50S ribosomal protein L21e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.290313 KDa
配列文字列:
MVKKAHSFRR KTRGKLSKHP RRRGLPPLTR FLQEFEVGQK VHIVIEPSYH KGMPDPRFHG RTGTVVGKRG DAYIVQITDG GKVKTFFIH PVHLRPQKG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL21

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.838777 KDa
配列文字列:
MSRGRFSYSF QNFDPERMAR ASGRDLRISP KHSVELLREI RGMMLNDALR YLDDVIAKKR PVPMKRFNDS QGHKPGKGFG PGRYPVKVA KAVKKILLNA KNNAEQKGLD VDRLKIIHAA AHRGPVLRGY IPRAFGRATP FNEQTTHIEI VVEEIRR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.915769 KDa
配列文字列:
MDPYKVIIRP LVTEKAVSLI ERENKLTFIV DRRATKQDIK RAVEEMFNVK VAKVNTLVTM KGEKKAYVKL KPEYDASEIA ARLGLF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.225809 KDa
配列文字列:
MKLDMKQPRK QRKFLYNAPL HLRGKIMSAP LSKELREKYG VRNLPIRVGD KVKVMRGDFK GVEGKVVEVD LRRYRIHVEG VTHKKTDGT EVFYPLHPSN VMIVELNLED EKREKIIERR AA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L24e

分子名称: 50S ribosomal protein L24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.111553 KDa
配列文字列:
MARWNVCSYC GREFEPGTGK MFVRNDGRVL FFCSSKCEKY YFMGRNPRKL KWTKAFQEAR LQRAKRK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL24

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.937539 KDa
配列文字列:
MKPSEIREMS IEEIDKKIRE LRLELAKERG VLTMGASMEN PMVIRNLRRD IARLLTIKRE KLREKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.856193 KDa
配列文字列:
MAKLALIRLR SGIRARGEVR DTLAMLRLHR INHLVIVDDT PSYRGMIQKV KDYITWGEID KETLAKLLRK RGRLIGNKPI TDEYVKEKL GMTIEEFAEK VVNGEMKLRD LPNIKPVFRL HPPRGGLKGS KKRSFKEGGA LGYRGEKINE LIERML

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L30e

分子名称: 50S ribosomal protein L30e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.97282 KDa
配列文字列:
MVDFAFELRK VQDTGKIVMG AKKSIHLAKV GGAKLIIVAR NARPDIKEDI YYYAKLSGIP VYEFEGTSVE LGTLLGRPHT VSALAVIDP GESKILALAG GKE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL30

+
分子 #53: 50S ribosomal protein L31e

分子名称: 50S ribosomal protein L31e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.354293 KDa
配列文字列:
MPIKPGEEVI FVVPINKIKK RVPRWKRAPR AARFVREWIA RHAKADEVII GTDVNEKIWE RGAEKPPGKL RVKVVVEESE GKRIARVSL A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL31

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L32e

分子名称: 50S ribosomal protein L32e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.65448 KDa
配列文字列:
MNEKARLLRI RAKLKRKKPR FLRQEWWRYP KFKNDPKWRR PKGIDSKMRL KKKGKPRSPS IGWSSPKAVR GLHPSGYEEV LVHNVKELE AIDPTRQAAR IAGTVGARKR EMILARAKEL GVKVLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL32

+
分子 #55: 50S ribosomal protein L34e

分子名称: 50S ribosomal protein L34e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.558783 KDa
配列文字列:
MKPMYRSRSW RRKYVRTPGG RTVIHFERRK PKVAHCAMCG RPLNGVPRGR PSELRKLPKT KKRPERPYPN LCPSCMRKVM KAQVRASIT A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34

+
分子 #56: Ribosomal protein eL35A

分子名称: Ribosomal protein eL35A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.064885 KDa
配列文字列:
MNGTTPWPEA EGVVVVRKAV VLSYVGSHEH RDPNRVILKP LDVNDRGSAA RLIGRKVVWR TPTGRKLVGK IVRTHGTRGE VKAVFKPGL PGQALGDYVE IL

+
分子 #57: 50S ribosomal protein L37Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L37Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.24004 KDa
配列文字列:
MGRTTKVGSA GRFGPRYGLK IRRRVAAVEA RMKQKHVCPV CGRKAVRRIS TGIWQCQKCG ATFAGGAYLP TTPAGKVAKR VTASKA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL43

+
分子 #58: 50S ribosomal protein L37e

分子名称: 50S ribosomal protein L37e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.470875 KDa
配列文字列:
MGAGTAPKGK RNRTPTHIRC RRCGRRAFNV KKGYCAACGF GRSRRMRKYS WSHKWRKKRN LSY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL37

+
分子 #59: 50S ribosomal protein L39e

分子名称: 50S ribosomal protein L39e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 59 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 6.262679 KDa
配列文字列:
MARNKPFAKK LRLAKAAKQN RRVPVWVIVK TNRKVITHPK RRHWRRTKLK E

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL39

+
分子 #60: 50S ribosomal protein L40e

分子名称: 50S ribosomal protein L40e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 60 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.781971 KDa
配列文字列:
MARFPEAEAR IFRKLVCMRC GATNPWGAKK CRKCGYKGLR PKAREPRGGG R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL40

+
分子 #61: LSU ribosomal protein L41E

分子名称: LSU ribosomal protein L41E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 61 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.051409 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKRQR RKERGLI

UniProtKB: LSU ribosomal protein L41E

+
分子 #62: 50S ribosomal protein L44e

分子名称: 50S ribosomal protein L44e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 62 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.204441 KDa
配列文字列:
MKYPKQIRTY CPFCKRHTIH KVEKVKKRPR SELSAGQRRF RRKLKGYTGF PRPNPAGREK PVKKLDLRFR CTVCGKAHTR GQGFRVKKF ELVEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL42

+
分子 #63: Nucleic acid-binding protein, containing C2H2 zinc-finger

分子名称: Nucleic acid-binding protein, containing C2H2 zinc-finger
タイプ: protein_or_peptide / ID: 63 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.485575 KDa
配列文字列:
MAVLKAIKIE DRDGEILFRC PRCGMVFRSA KAYTRHVNKA HGHLFRK

UniProtKB: Nucleic acid-binding protein, containing C2H2 zinc-finger

+
分子 #64: Predicted exosome subunit, UPF0023 family

分子名称: Predicted exosome subunit, UPF0023 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 64 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 26.873123 KDa
配列文字列: MPISVDKAVI ARLKTHGETF EILVDPYLAR DFKEGKDVPI EEILATPYVF KDAHKGDKAS EHEMEKIFGT SDPYEVAKII LRKGEVQLT AEQRRQMLED KKRYIATVIH RHAVDPRTGY PHPVDRILRA MEEAGVHIDI FKDAEAQVPQ VIKAIRPILP L KLEVKVIA ...文字列:
MPISVDKAVI ARLKTHGETF EILVDPYLAR DFKEGKDVPI EEILATPYVF KDAHKGDKAS EHEMEKIFGT SDPYEVAKII LRKGEVQLT AEQRRQMLED KKRYIATVIH RHAVDPRTGY PHPVDRILRA MEEAGVHIDI FKDAEAQVPQ VIKAIRPILP L KLEVKVIA VKIPGDYVGR AYGEVRKFGN IKREEWGSDG SWMFVIEIPG GVEEEFYEKL NALTKGEAIT KLLERKGL

UniProtKB: Ribosome maturation protein SDO1 homolog

+
分子 #65: Unknown ribosomal protein

分子名称: Unknown ribosomal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 65 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 2.434661 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAA

+
分子 #66: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 66 / コピー数: 14 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #67: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 67 / コピー数: 3556 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 116585

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6skg:
Cryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome in TkNat10 deleted strain

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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