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- EMDB-10223: Cryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10223
タイトルCryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome
マップデータT. kodakarensis 30S body map
試料
  • 複合体: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 58種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L14e / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal ...Small zinc finger protein HVO_2753-like, zinc-binding pocket / Small zinc finger protein HVO_2753-like / Small zinc finger protein HVO_2753-like, Zn-binding pocket / Ribosomal protein L14e / : / Ribosomal protein L40e, archaeal / : / Ribosomal protein S9, archaeal / Ribosomal protein S13, archaeal / Ribosomal protein S17, archaeal / Ribosomal protein S6e, archaeal / Ribosomal protein S4, archaeal / Ribosomal protein S12, archaea / Ribosomal protein S3, archaeal / 30S ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S7, archaeal / Ribosomal protein S19e, archaeal / Ribosomal protein S11, archaeal / Ribosomal protein S2, archaeal / Ribosomal protein S14, type Z, archaeal / Ribosomal protein S8e, archaeal / Ribosomal protein L15e, archaeal / Ribosomal protein L30, archaeal / Ribosomal protein L6P, archaea / Ribosomal protein L14P, archaeal / Ribosomal protein L21e, archaeal / Ribosomal protein L18e, archaea / Ribosomal protein L10e, archaea / Ribosomal protein L32e, archaeal / Ribosomal protein L3, archaeal / Ribosomal protein L4, archaea / Ribosomal protein L5, archaeal / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S17e, conserved site / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L30/YlxQ / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 ...Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Small ribosomal subunit protein eS6 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL42 / LSU ribosomal protein L41E / Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS8 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein eS1 / Small ribosomal subunit protein eS19 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Small ribosomal subunit protein eS24 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein eL40 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Matzov D / Sas-Chen A / Thomas JM / Santangelo T / Meier JL / Schwartz S / Shalev-Benami M
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Dynamic RNA acetylation revealed by quantitative cross-evolutionary mapping.
著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / ...著者: Aldema Sas-Chen / Justin M Thomas / Donna Matzov / Masato Taoka / Kellie D Nance / Ronit Nir / Keri M Bryson / Ran Shachar / Geraldy L S Liman / Brett W Burkhart / Supuni Thalalla Gamage / Yuko Nobe / Chloe A Briney / Michaella J Levy / Ryan T Fuchs / G Brett Robb / Jesse Hartmann / Sunny Sharma / Qishan Lin / Laurence Florens / Michael P Washburn / Toshiaki Isobe / Thomas J Santangelo / Moran Shalev-Benami / Jordan L Meier / Schraga Schwartz /
要旨: N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics ...N-acetylcytidine (acC) is an ancient and highly conserved RNA modification that is present on tRNA and rRNA and has recently been investigated in eukaryotic mRNA. However, the distribution, dynamics and functions of cytidine acetylation have yet to be fully elucidated. Here we report acC-seq, a chemical genomic method for the transcriptome-wide quantitative mapping of acC at single-nucleotide resolution. In human and yeast mRNAs, acC sites are not detected but can be induced-at a conserved sequence motif-via the ectopic overexpression of eukaryotic acetyltransferase complexes. By contrast, cross-evolutionary profiling revealed unprecedented levels of acC across hundreds of residues in rRNA, tRNA, non-coding RNA and mRNA from hyperthermophilic archaea. AcC is markedly induced in response to increases in temperature, and acetyltransferase-deficient archaeal strains exhibit temperature-dependent growth defects. Visualization of wild-type and acetyltransferase-deficient archaeal ribosomes by cryo-electron microscopy provided structural insights into the temperature-dependent distribution of acC and its potential thermoadaptive role. Our studies quantitatively define the acC landscape, providing a technical and conceptual foundation for elucidating the role of this modification in biology and disease.
履歴
登録2019年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6skf
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10223.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10223.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T. kodakarensis 30S body map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.24538869 - 0.44123247
平均 (標準偏差)0.0003702157 (±0.011424991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 408.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z408.000408.000408.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.2450.4410.000

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添付データ

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追加マップ: T. kodakarensis 50S map

ファイルemd_10223_additional_1.map
注釈T. kodakarensis 50S map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: T. kodakarensis 50S unsharpened map

ファイルemd_10223_additional_2.map
注釈T. kodakarensis 50S unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: T. kodakarensis 30S body unsharpened map

ファイルemd_10223_additional_3.map
注釈T. kodakarensis 30S body unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: T. kodakarensis 30S body unsharpened map

ファイルemd_10223_additional_4.map
注釈T. kodakarensis 30S body unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: T. kodakarensis 30S head map

ファイルemd_10223_additional_5.map
注釈T. kodakarensis 30S head map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: T. kodakarensis 30S head unsharpened map

ファイルemd_10223_additional_6.map
注釈T. kodakarensis 30S head unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis

全体名称: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
要素
  • 複合体: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensisリボソーム
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S27eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S28eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
    • RNA: 23S rRNA23SリボソームRNA
    • RNA: 5S rRNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L10eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L37Aeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L37eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L39eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L40eリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: LSU ribosomal protein L41E
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L44eリボソーム
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis

超分子名称: 70S ribosome from Thermococcus kodakarensis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#61
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)

+
分子 #1: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 488.234531 KDa
配列文字列: AUUC(4AC)GG(OMU)UG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC A(OMU)GCGAGUCA UGGG GCGCG CUCUGCGCGC ACCGGCGGAC GGCUCAGUAA CACGUCGGUA ACCUACCCUC GGGAGGGGGA UAACCC(4AC)G (OMG) GAAACUGGGG ...文字列:
AUUC(4AC)GG(OMU)UG AUCCUGCCGG AGGCCACUGC UAUGGGGGUC (4AC)GACUAAGCC A(OMU)GCGAGUCA UGGG GCGCG CUCUGCGCGC ACCGGCGGAC GGCUCAGUAA CACGUCGGUA ACCUACCCUC GGGAGGGGGA UAACCC(4AC)G (OMG) GAAACUGGGG CUAAUCCCCC AUAGGCCUGA GGUACUGGAA GGUCCUCAGG C(OMC)GAAAGGGG CAUCUGCCCG C CCGAGGAU GGGCCGGCGG C(LHH)GAUUAGGU AG(OMU)UGGUG(OMG)G GUAACGGCCC ACCAAGCCGA AGAUCGGUAC GGGCCAUGA GAGUGGGAG(OMC) C(4AC)GGAGA(OMU)GG ACACUGAGAC ACG(OMG)GUCCAG GCCCUACGGG GCGCA GCAG GCGCGA(A2M)ACC UC(4AC)GCAAUGC GGGCAAC(4AC)GC GACGG(OMG)(OMG)GGA CCCCCAGUGC CGUGGC AUA GCCACGGCUU UUCCGGAGUG UAAAAAGCUC CGGGAAUAAG G(OMG)CUG(OMG)GCAA GG(5MC)(4AC)GGUGG (5MC)AGCCGCCGC GGUAA(OMU)ACCG GCGGCCCGAG UGGU(OMG)GC(4AC)GC UAUUAUUGGG CCUAAAGCGU C (4AC)GUAGCC(OMG) GG(OMC)CCGUAAG UCCCUGGCGA AAUCCCACGG CUCAAC(4AC)GUG GGGCUUGCUG GGGAUA CUG CGGGCCUUGG GAC(4AC)GGGAGA GGCCGGGGGU ACCCCUGGGG UAGG(OMG)GUGAA AUCCUAUAAU CCCAGGG (OMG)G ACCGCCAGU(2MG) G(5MC)GAAGGCGC C(4AC)GGCUGGAA CGGGUC(4AC)GAC GGUGAGGGAC GAAGGCCA G GGGAGCGAAC (4AC)GGAUUAGAU ACCCGGGUAG UC(OMC)UGGCUGU AAAGGAUGCG G(OMG)CUAGGUGU CGGGCGA GC UUCGAGCUCG CCCGGUGCCG GAGGGAAGC(4AC) GUUAAG(OMC)C(4AC)G CCGCCUGGGG AGUACGGC(4AC)G CA A(OMG)G(5MC)UGA AACUUAAAGG AAUUGGCG(OMG)G GGAGCACUAC AAGG(OMG)GUGGA GCGUGCGGUU UAAUU (OMG)GAU (5MU)(LV2)AACGCCGG GAACCUCACC GGGGG(5MC)GACG GCAGGAUGAA GGCCAGGCUG AAGGUCUUGC CGGACACGC CGAGAGGA(OMG)G UGCAUGGC(5MC)G C(4AC)GUCAGCUC GUAC(LHH)GUGA(OMG) (OMG)CGUCCA CU UAAGUGUGGU AACGAG(B8T)GAG ACCCGCGCCC CCAGUUGCCA GUCCUCCCCG CUGGGGAGGA GGCACUCUGG GG (OMG)GACCGC CGGCGAUAAG CCGGAGGAAG GAGCGGG(B8T)GA CGGUAGGUCA GUAUGCCCCG AAACCCCCGG GCUAC ACGC GCGCUACAAU GGGCGGGACA AUGGGAUCCG ACCC(4AC)GAAAG GGGAAGGGAA UCCCCUAAAC CCGCCCUCAG UU CGGAUCG (B8T)GG(OMG)CUGCAA CUC(OMG)(5MC)CCGCG UGAAGCUGGA AUCCCUAGUA CCCGCGUGUC AUCAUCG CG CGGCGAAUAC GUCCCUGCUC CUUGCACACA C(5MC)G(OMC)CCG(OMU)CA (OMC)UCCACCCGA GCGGGGUCCG GG UGAGGCC UGGUCUCCCU UCGGGGAGGC CGGGUCGAGC CUGGGCUCCG UGAG(OMG)GGGGA GAAGUCGUA(6MZ) CAAGG UAGC (4AC)GUAGGGG(MA6)(MA6) CCUACGG(5MC)U(5MC) GAUCACCUCC UAUCGCCGGA

+
分子 #27: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 990.337312 KDa
配列文字列: AACGUCCCGC CCGGUGGCAA CUAAGC(4AC)GCC UGG(OMU)GGAUGG CUCGGCUCGG GGCGC(4AC)GACG AA(OMG) (OMG)GCGUG GCAAGCUGCG AUAAGCCCCG GCGAGGCGCA GGCAGCCGUC GAACCGGGGA UGCC(4AC)GAAUG GGACCU CCC GCGGCUUUUG ...文字列:
AACGUCCCGC CCGGUGGCAA CUAAGC(4AC)GCC UGG(OMU)GGAUGG CUCGGCUCGG GGCGC(4AC)GACG AA(OMG) (OMG)GCGUG GCAAGCUGCG AUAAGCCCCG GCGAGGCGCA GGCAGCCGUC GAACCGGGGA UGCC(4AC)GAAUG GGACCU CCC GCGGCUUUUG CCGCACUCCC AGUCGGGAGG GGGAACGCGG GGAAUUGAAA CAUCUUAGUA CC(4AC)GCAGGAA AAG (A2M)AA(OMG)CA AAAGCGAUGC CGUUAGUAGG GGCGAC(4AC)GAA AG(OMC)GGCACAG GGCAAACUGA ACCCCGGG C CGAAAGGUUC GGG(OMG)GAUGUG G(5MU)GUUGUAGG GCCCGCGGAG GAGCCCUGGG GGCGAAGC(4AC)G AAGUCCG CU GGAACGC(OMG)GC G(B8T)CGGAGAG(OMG) GUGAAAGCCC (4AC)GUAGGCGUA AGCCCCCGAG CUCCUGCGGU GU CCCUGAG UAC(4AC)(OMG)UCGGU CGGAUAUC(4AC)G GCGGGAAGCU GGGAGGCA(OMU)C GGCUCCCAAC CCUAAAU AC GUCCCGAGAC CGAU(A2M)GCGAA CUAGUAC(4AC)GU G(A2M)GGGAAAGC UGAAAAGCAC CC(LHH)GGGAGGG GG G(5MU)GAAAA GAGCCUGAA(OMG) CCAGGCGG(OMC)G AUAGGAGGG(5MU) GC(OMG)GCCCGAA AGGGUUGACC CUC CCCGAA GGAAACACGG GCGAC(LHH)G(OMU)GG AGUACGAGGG GAGGUGACCG GGGUUGCACC GUCCG(OMU)CUUG GA UCACGGG GCA(OMG)GGAGUU CACCCGAGCG GCGAGGUUAA GGGGGUCAAC CC(4AC)GAAG(OMC)CG CA(OMG)GGAA AC (4AC)GACAGGUCC GCAGCCCGUA AGGG(OMC)G(A2M)GGG ACG(OMG)GGUG(OMU)G AAAGCGCC(4AC)G GAGU CGCUC GGGUGAGACC (4AC)(OMG)AAGC(4AC)GGU CGAUCUAGCC CGGGGC(A2M)GGG UGAA(OMG)UCCCU CAACA GAGG G(A2M)UGGAGGCC (4AC)GCUAGGGGU G(OMC)UG(A2M)CG(5MU)GC A(A2M)UUCGCUCC CGUGACCCCG GG CUAGGGG UGAAA(OMG)GCCA AUCGAGGC(4AC)G GCGAU(A2M)GCUG GUUCCCG(5MC)CG AAUUAUCCCC CAGGAUA GC CCGGCCGGAG GUAGGCAGUG GGGUAGAGCA CUGAUUGGGG GUUUAGGGGG CGAAAGCCUC CGGCUCCCUG UCAAACUC C GAACCCACUG CCGCCGUAGA UGGCCGGAGU AGGGGGGCGG (5MU)GUAAGCCGU CACCCGAGAG G(OMG)GAACAACC C AGACCGGG GUUAAGGCCC CAAAGUGCCG GCUAAGUGUU ACUCCAAAGG GUGUCCCUGG CCUUAGACAG CGGGGAGGUA GG CUUAGAA GCAGCCAUCC UUUAAAGAGU GCGUAACAGC UCACCCGUCG AGGUCAGGGG CCCCGAAAAU GG(A2M)CGGGGC UUAAGCCGGC CGCCGAGACC CCGGCGCACG GAC(4AC)GAUUGG UCCGUGA(OMU)CG GGUAGGCGGG CGUGC(4AC)GA (OMU) GGGGCGGAAG CCGGGC(4AC)GUG AGGUCCGGUG GACC(4AC)GUCGG UAUUGCGGAU CCUGC(4AC)G(OMG)G (A2M)GUAGCAGCA UAGCCGGGUG AGAAUCC(4AC)GG C(4AC)GC(4AC)GUAGG GGCCAGGGUU CCACGGCAAU GUUC GUCAG C(4AC)GUGGGUUA G(OMU)CGGUCCUA ACCCGACCCG UAACUCGGCG UCGGGGAA(A2M)G GGAAAC(OMG)GG UUUAUAUUCC CGUAC(4AC)GCGG (5MU)GG(OMU)AGGUGC (OMG)GCAACGCAA GCCCGAGGGG UGACGCCUCG GGGU AGGCG GACCGGUCCA CAAGGCCGGC UAAGCGUAUA AGCCCGGGGA GUGC(4AC)GUAAU GGCGAGAACC GGGUGAAAGC G CGAAUGGC CUCCCGUAAG GGGGGUUCCG (5MC)CGAUCCCUG GGGCCCGUGA AAAGCCCCUC GGGAACGAUC CACCGCGA C CGUAC(OMC)GAGA ACCGACACUG GUGCCCCUGG G(OMU)GAGAAGCC UAAGG(OMC)GUGU CGGG(OMG)GAAAC CCA GC(4AC)GAG GGAACU(OMC)GGC AAAUUGGCCC CGUAACUUCG GGAGAAGGGG UGCCUGCGGG UGUGUAACCC GCAGGU CGC AGUGACUAG(OMG) GGGGCC(4AC)GAC UG(5MU)UUAGUAA AAACACAGGU CCCAGCUAGC C(4AC)GAAAG (OMG)G UUUGUACUGG G(OMG)C(4AC)GACGCC UGC(5MC)CAG(OMU)GC CGGUAUGUGA AGCCCGGGUA CAACCGGG U GAAGCACCG(OMG) UAAAC(OMG)G(OMC)(OMG)G GGGUAACUAU AACC(5MC)UCUUA AGGUAG(OMC)GAA AUUC (5MC)UUGU CGGUUAAAUG (5MC)CGAC(5MC)UGCA UGAAUGGCGU AACGAGGUCC CCACUGUCCC CGGCUGGGGC C (4AC)GG(OMC)GAAA CCUCUGCCAG GCGCAUAUGC CUG(OMG)GACCUC (4AC)GGUGGGAA(OMG) CGAAGACCCC AU GGAGCUU UACUGCAGCC UGCCGUUGCC GUACGGCGGG GGGUGCGCAG CGUAGGCGGG AGGCGUCGAA GCCCGCCCUC CGG GGCGGG UGGAGCCGCC CAUGAGACAC CGCCCACCCU CUGCCGUACG GCUAACCCGC GGAAGCG(OMG)GG ACAGCGGUAG GUGGGCAGU UUGGCUG(OMG)GG CGGCACACCC UCGAAAAGGU AUC(OMG)AGGG(5MU)G CCC(OMU)AAGGUC GGCUC AGGC GGGUCAGGAA UCCGCCGUAG AGUGCAAGGG CAAAAGCCGG CCUGACUGGA CC(LHH)GUAACAG AGGCGGGUCC AG CCGCGAA AGCGUGGCCU AGCGAACCCC UGUGCCUCCC CGGUGGG(OMG)GC CAG(OMG)(OMG)AUGAC AGAAAAGC (OMU) AC(OMC)CUGG(OMG)GA (4SU)AACAGAGUC GUCUC(OMG)GG(OMC)G AGAGCCCA(4SU)A UCGACCC (4AC)G AGG(OMC)UUGCUA CCU(5MC)GCUG(OMU)C GGCUCUUCCC AUCCUGGC(OMC)C UGCAGCAGGG GCCAAGGG U GGGGG(OMU)(OMG)UUC ACCCAUUAAA G(OMG)GGAACGUG AGCUGGG(5MU)UU AGACCGUCGU G(A2M)GACAGGU CGGAUGCUAU CUACCGGA(OMG)G UGUUGGCCGC CUGAG(OMG)GGAA GGCUCCCCCA GUACGAGAGG AACAGGGAGC (4AC)GCGGCCUC UGGUCUAC(4AC)G GUUGUCCUAC AGGGCAUAGC CGGGCAGCUA CGC(4AC)GCAGC(4AC) GAUAA GGCC UGAAAGCAUC UAAGG(5MC)CGAA GCGGCCCCCG AAAACAGGCG GCCACUCCUG GGCGUUGGGC CUGGGCGACC GG UCCGUUG CCCAGGACGA GGGCCCGGGA AGAAGACC(LHH)G GUUGAUGGGG CGGGGAUGUA AGCGGGAAGG GAAAC (4AC)GAC C(4AC)GUUCAGUC UGC(4AC)GCUCCC AACAGCC(4AC)GA GUGCUACCGG GC

+
分子 #28: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 40.744309 KDa
配列文字列:
GGUACGGCGG CCAUAGCGGC GGGGCCACAC CCGGUCUCGU UUCGACCCCG GAAGUUAAGC CCGCCAGCGU UCCCGGGUGU ACUGCCCUC CGAGAGGGGG CGGGAAACCG GGAACGCCGC CGGCCAC

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.039793 KDa
配列文字列: MEEYLVPLDQ YLAAGVHIGT QQKTKDMKKF IYRVRQDGLY VLDVRKTDER LRVAGKFLAK FDPESILAVS VRLYGQRPVK KFGEVTGAK AIPGRFLPGT MTNPQVKNFI EPDVLIVTDP RADHQALKEA VEIGIPIVAL VDTENFLSYV DIAIPTNNKG R KALALIYW ...文字列:
MEEYLVPLDQ YLAAGVHIGT QQKTKDMKKF IYRVRQDGLY VLDVRKTDER LRVAGKFLAK FDPESILAVS VRLYGQRPVK KFGEVTGAK AIPGRFLPGT MTNPQVKNFI EPDVLIVTDP RADHQALKEA VEIGIPIVAL VDTENFLSYV DIAIPTNNKG R KALALIYW ILAREVLYNR KEIESREDFK IPVEDFEMRI IRT

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.39016 KDa
配列文字列: MAIERYFIKE GVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVTIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ ...文字列:
MAIERYFIKE GVKEMLIDEF LEKELRRAGY GGLDIKKTPL GTKVTIFAAN PGYVIGRGGR RIRELTRILE KQFGLENPQI EVEEIKNPY LNAKVQAVRL AQALERGIHF RRAAYSAIRA IMRNGARGVE IRLSGKLTGE RAKSVRFYQG YLAKVGNPAE T LVSRGYAQ AQLKLGVIGV KVSIMPPDAK LPDEIEIKEI VEEEVSANEA Q

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S3Ae

分子名称: 30S ribosomal protein S3Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 23.06492 KDa
配列文字列: MARGNPRKRA AAAKDKWKMK EWYIVYAPDF FGSKEIGLTP ADDPEKVIGR VIETTLKDLT GDFTKGHVKL YFQVYDVKGQ NAYTKFKGH TLARSYIRSL VRRRTTRVDG IFNITTKDGY KLRVMGMVIA YRRIQTSQER AIRKIIQDII YKKAEELNFA D FVLQSVNG ...文字列:
MARGNPRKRA AAAKDKWKMK EWYIVYAPDF FGSKEIGLTP ADDPEKVIGR VIETTLKDLT GDFTKGHVKL YFQVYDVKGQ NAYTKFKGH TLARSYIRSL VRRRTTRVDG IFNITTKDGY KLRVMGMVIA YRRIQTSQER AIRKIIQDII YKKAEELNFA D FVLQSVNG QIASEIAKEA RKIYPIKRAE VRKIKVLAEP SA

+
分子 #5: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.240621 KDa
配列文字列:
MGDPKRQRKK YETPSHPWIK ERLDRERVLK RNYALKNKKE LWRHETQLKE FRRRARRLLA ARGKQAEIER QQLLQRLYRL GLLPADAVL DDVLSLTVED VLERRLQTIV YRKGLARTMK QARQLIVHGH IEVNGQVIRS PGYLVLREEE DTITYAKGSP F AKEGHPER MVIEQAKQGG EA

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S4e

分子名称: 30S ribosomal protein S4e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 27.820629 KDa
配列文字列: MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IHRKAYKWAV RPSPGPHSMK TSIPLIYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK ILVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE AKLKPFRINN KRMVKGAKVQ LNLHDGSNHL VSLAEKDAYK T SYTVIMQV ...文字列:
MARKGPKRHL KRLAAPTSWY IHRKAYKWAV RPSPGPHSMK TSIPLIYIVR DYLGYAKTAR EARKILNEGK ILVDGRVRKD YKFPVGIMD VVSIPETGEH YRVLPNRIGK LILHPISEEE AKLKPFRINN KRMVKGAKVQ LNLHDGSNHL VSLAEKDAYK T SYTVIMQV PERQIVKVLP FEVGAYVFVT QGKNVARKGK IVEVRQFPMG WPDVVTIEDE NGELFDTLKE YAFVIGKDKP EI SLP

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 26.372613 KDa
配列文字列: MSDPREIAQR VLEEWEPKTK LGRLVKEGQI TDIHEIFRKG YQIKEPEIVD VLLPEVNLRE NQEVLDIALT VRMTDSGRRI RFRVLAAVG NRDGYVGLGI GHGREVGIAI RKAINYAKMN IIEIKRGCGS WECRCRRPHS IPFAVEGKEG SVRVKLMPGP R GLGLVIGD ...文字列:
MSDPREIAQR VLEEWEPKTK LGRLVKEGQI TDIHEIFRKG YQIKEPEIVD VLLPEVNLRE NQEVLDIALT VRMTDSGRRI RFRVLAAVG NRDGYVGLGI GHGREVGIAI RKAINYAKMN IIEIKRGCGS WECRCRRPHS IPFAVEGKEG SVRVKLMPGP R GLGLVIGD VGKKILTLAG VQDVWSQTLG ETRTTVNFAK AVFNALYNTN RVAIKPEDIE RYGIVVGRAM PTTFEVE

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6e

分子名称: 30S ribosomal protein S6e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.760986 KDa
配列文字列:
MATFKLVISN PKNGVAKQVE ISGPEADKLI GRRIGEEIPA SELGLNLSEI FGEEIPADAK LKITGGTDKD GFPMRPDVHG PRRVKILLS RGPGFRPRER GERRKKTVHG NTISPNIVQV NMKIVF

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 24.573713 KDa
配列文字列: MAKPLTERFF IPKEVKVMGR WSVEDVTVED PSLKPYINLD ARILPHSHGR YAKKPFGKAN VHIVERLINK VMRSGASHYK AGGHFMRRE HRSIMSKKMK AYEVVKEAFM IIERRTKQNP IQVLVKAIEN SAPREDTTTI AFGGIRYHMS VDVSPLRRLD I ALKNIALG ...文字列:
MAKPLTERFF IPKEVKVMGR WSVEDVTVED PSLKPYINLD ARILPHSHGR YAKKPFGKAN VHIVERLINK VMRSGASHYK AGGHFMRRE HRSIMSKKMK AYEVVKEAFM IIERRTKQNP IQVLVKAIEN SAPREDTTTI AFGGIRYHMS VDVSPLRRLD I ALKNIALG ASIKCYRNKT TYAQALAEEI IAAANKDPKS FAYSKKEEIE RIAQSSR

+
分子 #10: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.602109 KDa
配列文字列:
MTLLDPLANA LSHITNSERV GKKEVYIKPA SKLIGEVLRV MLENGYIGEF ELIDDGRAGI YRVQLIGKIN KAGAIKPRFP VKARDYEKW EKRFLPAFEF GILIVSTSQG VMTHKEALEK GIGGRLIAYV Y

+
分子 #11: 30S ribosomal protein S8e

分子名称: 30S ribosomal protein S8e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.548031 KDa
配列文字列:
MAIWQGRSLK KPSGGRIILA RKKRKRELGR EPANTKVGED REKRKIIRTY GGNRKVRLVE ALYANVFEGG KGKKVKILNV VENPANRQY ARRNIITKGA IIETEIGKAI VTSRPGQDGV VNAVLIKEEN A

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.358943 KDa
配列文字列:
MRVIQTAGKR KTAVARATIR EGKGRVRINH KPVEIIEPEI ARFTIMEPLI LAGEEIVSRV DIDVKVEGGG FMGQAEAARV AIARALVEW TNDMNLKEKF MKYDRTMLVG DSRRTEPHKP NRSTKGPRAK RQKSYR

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.716666 KDa
配列文字列:
MQKARIKLAS TNIKALNEVT DQIKQIAERT GVRMSGPIPL PTKRIRITTR KSPDGEGSAT FDRFELRVHK RLVDIEADER AMRQIMRIR VPEDVTIEIE LIS

+
分子 #14: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.111241 KDa
配列文字列:
MSEEQTTQVN IKKKEKWGVA HIYSSYNNTI IHITDLTGAE TISRWSGGMV VKADRDEPSP YAAMIAARRA AEEAMEKGIT GVHIKVRAP GGSKSKSPGP GAQAAIRALS RAGLRIGRVE DVTPIPHDGT RPKGGRRGRR V

+
分子 #15: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.488537 KDa
配列文字列:
MAGKKAPYGE FAGRKLKLKR KKFRWSDIRY KRRVLRLKEK SDPLEGAPQA RGIVLEKIAV EAKQPNSAMR KAVRVQLIKN GKVVTAFTP GDGAINHIDE HDEVIIEGIG GPKGGSMGDI PGIRYKVVKV NRVSLKELVK GRKEKPRR

+
分子 #16: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.025875 KDa
配列文字列:
MTENFRHIVR VAGVDIDGHK QVRWALTGIK GIGINFATMV LRVAGIDPFM KAGYLTDEQV KKIEEILADP VAHGIPAWAV NRPKDYETG KDMHLITAKL VMAWREDVNR LRRIRAYRGI RHELGLPVRG QRTRSNFRHG TTVGVSRRKK

+
分子 #17: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.583785 KDa
配列文字列:
MARIHARKRG KSGSKRPPRT APPAWVEYTA EEVEALVVKL RKEGYSTAMI GTILRDQYGI PSVKLITGKK ITKILEENGL APEIPEDLM FLIRRAVNLR KHLEQHPKDK HSRRGLQLIE SKIRRLVKYY RRTGKLPAKW RYDPEQAKLL VR

+
分子 #18: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 6.634088 KDa
配列文字列:
MAKADYNKRK PRKFGKGARR CMRCGQYGPI IRIHGLMLCR HCFREVAPKL GFKKYE

+
分子 #19: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.219385 KDa
配列文字列:
MREIGLRVQP PAEVCNDPKC PWHGNLKIHG RYVEGIVVSD KGKKTVVVER QYYHYLKKYE RYELRKSKVH AHNPECINAK VGDKVLIAE TRPISKTKSW VVVAVLQRAE RAEEV

+
分子 #20: 30S ribosomal protein S17e

分子名称: 30S ribosomal protein S17e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.036431 KDa
配列文字列:
MGNIKQTFIK RTARELFDRY PDKFTRDFEH NKKMVAELTN VTSKTIRNRI AGYITRLVRM KEEGKIL

+
分子 #21: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.453374 KDa
配列文字列:
MARKKEFRYR GYTLDELLNM SLEEFAKLLP SRQRRSLKRG LSPEQKKLLR KIRLAKKGKY NKPIRTHSRD MIVLPEMVGM TIHVYNGKE FVPVEIKEEM IGHYLGEFAM TRKVVQHGSP GVGATRSSMF VAVK

+
分子 #22: 30S ribosomal protein S19e

分子名称: 30S ribosomal protein S19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.303977 KDa
配列文字列:
MATVYDVPGD LLVERVAKAL KEVPEIKPPE WAPFVKTGRH KERLPEQEDW WYYRVASVFR KVYIDGPVGI ERLRTWYGGR KNRGHAPEH FYKAGGSIIR KALQQLEAAG FVQKVPGEGR IVTPKGQSFL DKIATELKKE LEEQIPELKK Y

+
分子 #23: 30S ribosomal protein S24e

分子名称: 30S ribosomal protein S24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.458116 KDa
配列文字列:
MEIKVTEIRE NKLLGRKEIY FDVLHEGEPT PSREAVKGKL VAMLDLDPNT TVIQYIRSYF GSNVSKGYAK AYETRERMLY IEPEYILVR DGLVQKQEE

+
分子 #24: 30S ribosomal protein S27e

分子名称: 30S ribosomal protein S27e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.085514 KDa
配列文字列:
MALPKNLIPM PRSRFLRVKC IDCGNEQIVF SHPATPVRCL VCGATLVEPT GGKGIIKAKV LEVEE

+
分子 #25: 30S ribosomal protein S28e

分子名称: 30S ribosomal protein S28e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.971244 KDa
配列文字列:
MSDEGYPAEV IEIVGRTGVT GGVTQVKVRI LEGRDKGRVI RRNVKGPVRV GDIVILRETE REAREIRRRR

+
分子 #26: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation

分子名称: Predicted zinc-ribbon RNA-binding protein involved in translation
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.001247 KDa
配列文字列:
MFAVEMKFEV PVCTSCGKEI TPREHATHFV CPNCGEAIIW RCESCRVLSV PYKCPKCGWE GP

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 26.092432 KDa
配列文字列: MGKSLIQQRR GKGTTTFRAP SHRYRGAVRY VPLNLVQERT LRGVVEEILH DPGRTAPVAR VKFEDGTKKL IIAPEGVLVG QEIYIGPEA PIAIGNTLPL AKIPEGTYVY DIEGVPGDGG KYVRAGGTYA LVVSREKDKV IVQLPSGELK AFNPMCRATI G VVAGGGRL ...文字列:
MGKSLIQQRR GKGTTTFRAP SHRYRGAVRY VPLNLVQERT LRGVVEEILH DPGRTAPVAR VKFEDGTKKL IIAPEGVLVG QEIYIGPEA PIAIGNTLPL AKIPEGTYVY DIEGVPGDGG KYVRAGGTYA LVVSREKDKV IVQLPSGELK AFNPMCRATI G VVAGGGRL EKPIVKAGKA YYIAKARNRF WPKPRGVKMN AVNHPHGGKE HHIGRPSTVS RRAPPGRKVG HIAARRTGRR K

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 39.118637 KDa
配列文字列: MGKIHRPRRG SLAYSPRKRA KSIVPRIRSW PKDSEVRMLG FAGYKAGMTH ILMIDDSPGL TKGKEIFVPV TIVEVPPLFV YGIRAYKQG YLGLETATEV WFHDLHKNVA RRIKTLPKNY NEEAFQAKLG QLEDLVNDGE IADVRLLVHT QPWLIGLKKK P EVMEYAIG ...文字列:
MGKIHRPRRG SLAYSPRKRA KSIVPRIRSW PKDSEVRMLG FAGYKAGMTH ILMIDDSPGL TKGKEIFVPV TIVEVPPLFV YGIRAYKQG YLGLETATEV WFHDLHKNVA RRIKTLPKNY NEEAFQAKLG QLEDLVNDGE IADVRLLVHT QPWLIGLKKK P EVMEYAIG GDDVKAKFDY AKEKIGKELR AGEVLHEGEL LDVIAVTKGK GTQGPVKRWG VKVQFHKAQR AGKGRHIGNL GP WHPARVM WTVPQAGQMG FHHRTEFNKR LIAIGENGKL VLDGNEIEIT PKGGFPHYGI VRSDFLMIEG TIPGSFKRII RVR PAIRPP KKKPPVERPQ ITYVSRESKQ

+
分子 #31: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 28.768604 KDa
配列文字列: MKVKVFNLEG EPVEEIELPK VFSTPFRPDL IRRAVIASWT HRIQPQGRDP QAGKRRVTEN IGKGHGMARV ERIKTSPRFA AFVPFAVGG RRTHPPKVEK IIWEDINKKE RRLAIMSAIA ATANYDLVRA RGHVVDNVVQ IPLVVTDDLQ KVFKTAQTRE I FKKLGVWD ...文字列:
MKVKVFNLEG EPVEEIELPK VFSTPFRPDL IRRAVIASWT HRIQPQGRDP QAGKRRVTEN IGKGHGMARV ERIKTSPRFA AFVPFAVGG RRTHPPKVEK IIWEDINKKE RRLAIMSAIA ATANYDLVRA RGHVVDNVVQ IPLVVTDDLQ KVFKTAQTRE I FKKLGVWD DIERAKKNTK IRAGKGKMRG RRYKKAKGPL IVVAKNEGIV QGARNHPGVD VVTVDNLGVE YLAPGTHPGR LT IWTKGAI ERLREIYG

+
分子 #32: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.02757 KDa
配列文字列:
MQINREAILA DWEAHPMRKP RIAKVTINIG VGESGERLTK AETMLEQLVG QKPIRRRAKQ TNRDFGIRRG EPIAVKVTLR GEKAYQMLD RLLEAVDRKL KASNFDEHGN FCFGIQEHIN IPGVEYDPEI GIFGMDVCVT LERPGFRVAK RKRQRRKIPT K HKLTKEEG IVFAMEELKA KVEGL

+
分子 #33: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 20.888271 KDa
配列文字列:
MPVDAWIREE IEIPEGVEVT VEGNTVKVKG PKGELQRELK YPGVQIFTED GKVVIYKEFP RKKDVAIVRT FKAHINNMIK GVTEGFKYR LKVVYSHFPM TVKVQGDEVV IENFLGEKNP RRAKILPGVT VKVKGSEIEV EGIDKEAVGQ TAANIEQATR I TKWDRRVF QDGIYIVEKA GKPIKF

+
分子 #34: 50S ribosomal protein L7Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L7Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.454623 KDa
配列文字列:
MAKPSYVKFE VPQELAEKAL EAVEIARDTG RIRKGTNETT KAVERGQAKL VIIAEDVDPE EIVAHLPPLC EEKEIPYVYV PSKKELGAA AGLEVPAASV AIIEPGKARE LVEDIAMKVK ELMK

+
分子 #35: 50S ribosomal protein L10e

分子名称: 50S ribosomal protein L10e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 21.116596 KDa
配列文字列:
MGLRPAKIDR DVDKPAYTRR EYIRGAPGPK ITIFDMGNLS AEFEYEVSLH AEQAMQIRQN ALEAIRIQVN RYLQKNVGRS NYHFKIRVY PFQVLRENPM ATGRKADRYG NGMRRPFGKP IGLAARVRKD QKILTVWVNG QHLKFALGAM HRAKMKLPYS A YYRIYDKE GNDVTTKVLS TMKL

+
分子 #36: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.316173 KDa
配列文字列:
MRIINAEGLI LGRLASKVAK MLLEGEEVVI VNAEKAIITG NREDIFAKYK QRTELRTRTN PRRGPFYPKR SDEIVRRTVR GMLPWKTDR GRKAFKRLKV YVGVPKEFEG KEFETISEAH MSRLATPKYV TVGEVAKFLG GKF

+
分子 #37: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 15.181888 KDa
配列文字列:
MAKKGAGATR GISPVRPTRA LPIGAYLKVA DNSGAKVIQI IGVVGYKGTR RRLAAAGVGD MVVATVKKGR PDMRHQVVRA VVVRQRKEY RRLDGMRVKF EDNAAAIVTP EGVPRGTEIR GAIAREAAER WVRLGSIASI VL

+
分子 #38: 50S ribosomal protein L14e

分子名称: 50S ribosomal protein L14e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.968527 KDa
配列文字列:
MPAIEVGRIA VVIAGRRAGQ KVVVADIIDK NFVLVTGAGL NKVKRRRMNV KHLEPLPERV NIQRGASDEE IKAALEGAGI SLE

+
分子 #39: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 16.571436 KDa
配列文字列:
MIRRRKKVRK LRGSHTHGWG CKKKHRGGGS KGGRGMAGTG KRKDQKWTWT IKYAPDRLGK RGFHRPKAVQ YIPKVINLND IDENFELFK DAGIIYEEDG KLVFDATALG VDKILGTGKL TRALVVKAYY VTPKAEEKIK AAGGEVLLA

+
分子 #40: 50S ribosomal protein L15e

分子名称: 50S ribosomal protein L15e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 22.607863 KDa
配列文字列: MGMYKYIREA WKSPKKSYVG ELLKKRMIQW RRDPVVKRIE RPTRLDRARS LGYQAKQGYV VVRVRVRRGG RKRPRWKGGR KPSKMGMVK YSPKKSLQWI AEEKAARKFP NLEVLNSYWV GEDGMYKWFE VIMVDPHHPV IKSDPKIAWI AGKAHKGRVF R GLTSAGKR ...文字列:
MGMYKYIREA WKSPKKSYVG ELLKKRMIQW RRDPVVKRIE RPTRLDRARS LGYQAKQGYV VVRVRVRRGG RKRPRWKGGR KPSKMGMVK YSPKKSLQWI AEEKAARKFP NLEVLNSYWV GEDGMYKWFE VIMVDPHHPV IKSDPKIAWI AGKAHKGRVF R GLTSAGKR SRGLLNKGKG AEKVRPSIRA HQGKGK

+
分子 #41: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 22.895449 KDa
配列文字列: MAHGPRYRVP FRRRREGKTN YHKRLKLLKS KKPRLVVRKT LNHHIAQIVV YDPKGDKTLV SAHTMELMRD FGWKGHGGNT PSAYLLGLL IGYKAKQAGI EEAILDIGLH PPTRGSSIFA VLKGAVDAGL NVPHSEEIYP EDYRINGEHI ANYAKALKEE D EALYRKQF ...文字列:
MAHGPRYRVP FRRRREGKTN YHKRLKLLKS KKPRLVVRKT LNHHIAQIVV YDPKGDKTLV SAHTMELMRD FGWKGHGGNT PSAYLLGLL IGYKAKQAGI EEAILDIGLH PPTRGSSIFA VLKGAVDAGL NVPHSEEIYP EDYRINGEHI ANYAKALKEE D EALYRKQF SGYLVKGLEP EKLPEHFEEV KAKIIEKFEG ARE

+
分子 #42: 50S ribosomal protein L18e

分子名称: 50S ribosomal protein L18e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 13.799152 KDa
配列文字列:
MVKRTGPTDI NLRRLIRTLR KKSNEEGVKI WKDIAWRLER PRRQRAEVNI SKINRYTKEG DVVIVPGSVL GAGRLEHKVV VAAWKFSEA ARRKIIEAGG EAISIEELME RNPKGSGVII ME

+
分子 #43: 50S ribosomal protein L19e

分子名称: 50S ribosomal protein L19e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.667176 KDa
配列文字列:
MIMLKTQRRI AAELLKCGEN RIWIDPERIE DVAAAITRED IKRLIHDGVI KKKPIKGQSR ARARAFQEAR KKGRHRGPGS KKGKKTARM GKKEVWMMTI RALRKELRKL KAEGKLDAHT YRRLYIRAKG GQFKNKRQLY MFMQEHGILK E

+
分子 #44: 50S ribosomal protein L18Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L18Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.227708 KDa
配列文字列:
MEVKVFRVKG TFERLGKKQP FTKEYRALKE EHVRELVYSD IGSKHRVPRT KIWIESIEEI KPEEAEDPVV RRLSLEL

+
分子 #45: 50S ribosomal protein L21e

分子名称: 50S ribosomal protein L21e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.290313 KDa
配列文字列:
MVKKAHSFRR KTRGKLSKHP RRRGLPPLTR FLQEFEVGQK VHIVIEPSYH KGMPDPRFHG RTGTVVGKRG DAYIVQITDG GKVKTFFIH PVHLRPQKG

+
分子 #46: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.838777 KDa
配列文字列:
MSRGRFSYSF QNFDPERMAR ASGRDLRISP KHSVELLREI RGMMLNDALR YLDDVIAKKR PVPMKRFNDS QGHKPGKGFG PGRYPVKVA KAVKKILLNA KNNAEQKGLD VDRLKIIHAA AHRGPVLRGY IPRAFGRATP FNEQTTHIEI VVEEIRR

+
分子 #47: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.915769 KDa
配列文字列:
MDPYKVIIRP LVTEKAVSLI ERENKLTFIV DRRATKQDIK RAVEEMFNVK VAKVNTLVTM KGEKKAYVKL KPEYDASEIA ARLGLF

+
分子 #48: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.225809 KDa
配列文字列:
MKLDMKQPRK QRKFLYNAPL HLRGKIMSAP LSKELREKYG VRNLPIRVGD KVKVMRGDFK GVEGKVVEVD LRRYRIHVEG VTHKKTDGT EVFYPLHPSN VMIVELNLED EKREKIIERR AA

+
分子 #49: 50S ribosomal protein L24e

分子名称: 50S ribosomal protein L24e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 8.111553 KDa
配列文字列:
MARWNVCSYC GREFEPGTGK MFVRNDGRVL FFCSSKCEKY YFMGRNPRKL KWTKAFQEAR LQRAKRK

+
分子 #50: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.937539 KDa
配列文字列:
MKPSEIREMS IEEIDKKIRE LRLELAKERG VLTMGASMEN PMVIRNLRRD IARLLTIKRE KLREKR

+
分子 #51: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 17.856193 KDa
配列文字列:
MAKLALIRLR SGIRARGEVR DTLAMLRLHR INHLVIVDDT PSYRGMIQKV KDYITWGEID KETLAKLLRK RGRLIGNKPI TDEYVKEKL GMTIEEFAEK VVNGEMKLRD LPNIKPVFRL HPPRGGLKGS KKRSFKEGGA LGYRGEKINE LIERML

+
分子 #52: 50S ribosomal protein L30e

分子名称: 50S ribosomal protein L30e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.97282 KDa
配列文字列:
MVDFAFELRK VQDTGKIVMG AKKSIHLAKV GGAKLIIVAR NARPDIKEDI YYYAKLSGIP VYEFEGTSVE LGTLLGRPHT VSALAVIDP GESKILALAG GKE

+
分子 #53: 50S ribosomal protein L31e

分子名称: 50S ribosomal protein L31e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 53 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.354293 KDa
配列文字列:
MPIKPGEEVI FVVPINKIKK RVPRWKRAPR AARFVREWIA RHAKADEVII GTDVNEKIWE RGAEKPPGKL RVKVVVEESE GKRIARVSL A

+
分子 #54: 50S ribosomal protein L32e

分子名称: 50S ribosomal protein L32e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 54 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 14.65448 KDa
配列文字列:
MNEKARLLRI RAKLKRKKPR FLRQEWWRYP KFKNDPKWRR PKGIDSKMRL KKKGKPRSPS IGWSSPKAVR GLHPSGYEEV LVHNVKELE AIDPTRQAAR IAGTVGARKR EMILARAKEL GVKVLN

+
分子 #55: 50S ribosomal protein L34e

分子名称: 50S ribosomal protein L34e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 55 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 10.558783 KDa
配列文字列:
MKPMYRSRSW RRKYVRTPGG RTVIHFERRK PKVAHCAMCG RPLNGVPRGR PSELRKLPKT KKRPERPYPN LCPSCMRKVM KAQVRASIT A

+
分子 #56: 50S ribosomal protein L37Ae

分子名称: 50S ribosomal protein L37Ae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 56 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 9.24004 KDa
配列文字列:
MGRTTKVGSA GRFGPRYGLK IRRRVAAVEA RMKQKHVCPV CGRKAVRRIS TGIWQCQKCG ATFAGGAYLP TTPAGKVAKR VTASKA

+
分子 #57: 50S ribosomal protein L37e

分子名称: 50S ribosomal protein L37e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 57 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 7.470875 KDa
配列文字列:
MGAGTAPKGK RNRTPTHIRC RRCGRRAFNV KKGYCAACGF GRSRRMRKYS WSHKWRKKRN LSY

+
分子 #58: 50S ribosomal protein L39e

分子名称: 50S ribosomal protein L39e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 58 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 6.262679 KDa
配列文字列:
MARNKPFAKK LRLAKAAKQN RRVPVWVIVK TNRKVITHPK RRHWRRTKLK E

+
分子 #59: 50S ribosomal protein L40e

分子名称: 50S ribosomal protein L40e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 59 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.781971 KDa
配列文字列:
MARFPEAEAR IFRKLVCMRC GATNPWGAKK CRKCGYKGLR PKAREPRGGG R

+
分子 #60: LSU ribosomal protein L41E

分子名称: LSU ribosomal protein L41E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 60 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 5.051409 KDa
配列文字列:
MKRRPRKWKK KGRMRWKWIK KRIRRLKRQR RKERGLI

+
分子 #61: 50S ribosomal protein L44e

分子名称: 50S ribosomal protein L44e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 61 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌)
分子量理論値: 11.204441 KDa
配列文字列:
MKYPKQIRTY CPFCKRHTIH KVEKVKKRPR SELSAGQRRF RRKLKGYTGF PRPNPAGREK PVKKLDLRFR CTVCGKAHTR GQGFRVKKF ELVEV

+
分子 #62: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 62 / コピー数: 12 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #63: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 63 / コピー数: 2367 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 53737

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6skf:
Cryo-EM Structure of T. kodakarensis 70S ribosome

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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