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万見- EMDB-10019: RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10019 | |||||||||
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タイトル | RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF | |||||||||
マップデータ | RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 (OC2) focused refinement on CF | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mueller CW / Sadian Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Molecular insight into RNA polymerase I promoter recognition and promoter melting. 著者: Yashar Sadian / Florence Baudin / Lucas Tafur / Brice Murciano / Rene Wetzel / Felix Weis / Christoph W Müller / 要旨: RNA polymerase I (Pol I) assembles with core factor (CF) and Rrn3 on the rDNA core promoter for transcription initiation. Here, we report cryo-EM structures of closed, intermediate and open Pol I ...RNA polymerase I (Pol I) assembles with core factor (CF) and Rrn3 on the rDNA core promoter for transcription initiation. Here, we report cryo-EM structures of closed, intermediate and open Pol I initiation complexes from 2.7 to 3.7 Å resolution to visualize Pol I promoter melting and to structurally and biochemically characterize the recognition mechanism of Pol I promoter DNA. In the closed complex, double-stranded DNA runs outside the DNA-binding cleft. Rotation of CF and upstream DNA with respect to Pol I and Rrn3 results in the spontaneous loading and opening of the promoter followed by cleft closure and positioning of the Pol I A49 tandem winged helix domain (tWH) onto DNA. Conformational rearrangement of A49 tWH leads to a clash with Rrn3 to initiate complex disassembly and promoter escape. Comprehensive insight into the Pol I transcription initiation cycle allows comparisons with promoter opening by Pol II and Pol III. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10019.map.gz | 5.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10019-v30.xml emd-10019.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10019.png | 70.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10019 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10019 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10019.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 (OC2) focused refinement on CF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF
全体 | 名称: RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF
超分子 | 名称: RNA Polymerase I Open Complex conformation 2 focused refinement on CF タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20 |
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-超分子 #2: RNA Polymerase I
超分子 | 名称: RNA Polymerase I / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#16 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-超分子 #3: DNA
超分子 | 名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #4: transcription initiation factors
超分子 | 名称: transcription initiation factors / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #17-#20 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 1.57175 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59963 |