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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0759 | |||||||||||||||
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タイトル | TRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.1-C1 | |||||||||||||||
マップデータ | TRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.1-C1 | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Chaperonin TRiC/CCT / Allosteric network / ATPase cycle / Conformational landscape / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / CHAPERONE (シャペロン) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / : / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / : / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / : / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / フォールディング / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.62 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jin M / Cong Y | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: An ensemble of cryo-EM structures of TRiC reveal its conformational landscape and subunit specificity. 著者: Mingliang Jin / Wenyu Han / Caixuan Liu / Yunxiang Zang / Jiawei Li / Fangfang Wang / Yanxing Wang / Yao Cong / 要旨: TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo- ...TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast TRiC at various nucleotide concentrations, with 4 open-state maps resolved at near-atomic resolutions, and a closed-state map at atomic resolution, revealing an extra layer of an unforeseen N-terminal allosteric network. We found that, during TRiC ring closure, the CCT7 subunit moves first, responding to nucleotide binding; CCT4 is the last to bind ATP, serving as an ATP sensor; and CCT8 remains ADP-bound and is hardly involved in the ATPase-cycle in our experimental conditions; overall, yeast TRiC consumes nucleotide in a 2-ring positively coordinated manner. Our results depict a thorough picture of the TRiC conformational landscape and its allosteric transitions from the open to closed states in more structural detail and offer insights into TRiC subunit specificity in ATP consumption and ring closure, and potentially in substrate processing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0759.map.gz | 7.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0759-v30.xml emd-0759.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0759.png | 147.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0759.cif.gz | 8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0759 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0759 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ks7MC 0756C 0757C 0758C 0760C 0761C 0762C 0763C 0764C 0765C 0766C 0767C 6krdC 6kreC 6ks6C 6ks8C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TRiC at 0.1 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.1-C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.318 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : TRiC complex
+超分子 #1: TRiC complex
+分子 #1: T-complex protein 1 subunit eta
+分子 #2: T-complex protein 1 subunit alpha
+分子 #3: T-complex protein 1 subunit beta
+分子 #4: T-complex protein 1 subunit delta
+分子 #5: T-complex protein 1 subunit epsilon
+分子 #6: T-complex protein 1 subunit epsilon
+分子 #7: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma, rep-His-CBP ...
+分子 #8: T-complex protein 1 subunit theta
+分子 #9: T-complex protein 1 subunit zeta
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61702 |