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- EMDB-0727: Structure of PSI from H. hongdechloris grown under far-red light ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0727
タイトルStructure of PSI from H. hongdechloris grown under far-red light condition
マップデータ
試料
  • 複合体: far-red PSI
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 12種
キーワードPhotosystem I (光化学系I) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系)
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...チラコイド / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / 光合成 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI subunit V / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit PsaK
類似検索 - 構成要素
生物種Halomicronema hongdechloris (バクテリア) / Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Kato K / Nagao R
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the adaptation and function of chlorophyll f in photosystem I.
著者: Koji Kato / Toshiyuki Shinoda / Ryo Nagao / Seiji Akimoto / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Min Chen / Suleyman I Allakhverdiev / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Tatsuya Tomo /
要旨: Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first ...Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first found in a cyanobacterium Halomicronema hongdechloris. The location and function of Chl f in photosystems are not clear. Here we analyzed the high-resolution structures of photosystem I (PSI) core from H. hongdechloris grown under white or far-red light by cryo-electron microscopy. The structure showed that, far-red PSI binds 83 Chl a and 7 Chl f, and Chl f are associated at the periphery of PSI but not in the electron transfer chain. The appearance of Chl f is well correlated with the expression of PSI genes induced under far-red light. These results indicate that Chl f functions to harvest the far-red light and enhance uphill energy transfer, and changes in the gene sequences are essential for the binding of Chl f.
履歴
登録2019年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月15日-
マップ公開2020年1月15日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
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  • 原子モデル: PDB-6kmx
  • 表面レベル: 0.06
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0727.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0727.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.30953747 - 0.91508144
平均 (標準偏差)0.0009085082 (±0.013346554)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 313.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.870.870.87
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z313.200313.200313.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3100.9150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : far-red PSI

全体名称: far-red PSI
要素
  • 複合体: far-red PSI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII光化学系I
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: Chlorophyll F
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: far-red PSI

超分子名称: far-red PSI / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 87.406258 KDa
配列文字列: MTTSPPEQRQ RVRVEVDQNP NPTSFEKWAK PGHFERSLAR GPKTTTWIWD LHADAHDFDS HTTDLEDISR KIFSAHFGHL AVIFLWLSG MYFHGARFSN FSSWMTDPIH IKPSAQVVWP IFGQEILNAD MGDGFRGIQI TSGLFQMWRG EGFTHEFQLF W TAIGALVM ...文字列:
MTTSPPEQRQ RVRVEVDQNP NPTSFEKWAK PGHFERSLAR GPKTTTWIWD LHADAHDFDS HTTDLEDISR KIFSAHFGHL AVIFLWLSG MYFHGARFSN FSSWMTDPIH IKPSAQVVWP IFGQEILNAD MGDGFRGIQI TSGLFQMWRG EGFTHEFQLF W TAIGALVM AALMMFAGWF HYHVRAPKLD WFRNWESMMN HHLAGLLGLG SLGWAGHLIH VALPTNKLLD AGVPLEDIPL PH EFILNKS LMVDLYPSFA EGVKPFFTLN WSAYADFLTF KGGLNPVTGG LWMTDIAHHH VAIAVLFIIA GHFYRTNWGI GHS FRELLD DARTPKMLPI FNFIGPVGHR GLDKIFETSW HANLAIHLVQ FGTASLLVAH HMYAMPPYPY LATDYATVTS LFTH HVWIA GFCIVGGAAH AAIFLVRDYN PADHVNNVLD RTLRHRDTVV SHLAWVCQFL GFHSFAMYCH NDTMRAFGRP QDMFS DTGI QLQPIFAQWV QQIQTMAVGA NLQAAEPLGN VFGGLRNIDL AGVGVTAPGL GGPVSHAFGG GVVAIGDKIA MMPIQL GTA DFLIHHIHAF TIHVTVLVLL KGVLFSRNSR LIPDKGELGF RFPCDGPGRG GTCQVSAWDH VFLGLFWMYN SLSIVIF HF FWKMQSDVWG TVGADGTISH ITGGNFAQAS ITNNGWLRDF LWAQASQVIG SYGSALSAYG LFFLAGHFIF GFSLMFLF S GRGYWQELIE SIVWAHNKLK ITTAIQPRAL SITQGRAVGV AHYLLGGIVT TWAFFLARMA AIG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 83.287695 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLQRDPTTRR LFYAIATAHD FESHDGMSEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ISGILFHVAW QGNFEQWIQD PLNNSPIAH AIWDAQFGPP AIAAYTQAGA MNPVDICYSG VYHWWYTIGM RTNNDLFMGS IFLLLLSSVM LYAGWLHLQP R FRPGLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLQRDPTTRR LFYAIATAHD FESHDGMSEE NLYQRIFASH FGHLAIIFLW ISGILFHVAW QGNFEQWIQD PLNNSPIAH AIWDAQFGPP AIAAYTQAGA MNPVDICYSG VYHWWYTIGM RTNNDLFMGS IFLLLLSSVM LYAGWLHLQP R FRPGLAWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWTGHLVHVA LPESRGQHVG WDNFLSIRPH PEGLAPLFTG NWGAYAQNPD TA EHAFGTA QGAGSAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVIFIVA GHMYRTNFGI GHNIKEMTEA LQGPGRSGFF IAP RTGRGH KGIYDTYNNS LHFQLGWHLA CLGVITSLVA QHMYAMPPYA FMARDYTTMS ALYTHHQYIA GFLMIGAFAH GAIF LIRDY DPEANRDNVL ARMLAHKEAI ISHLSWVSLF LGFHTLGLYV HNDCEVALGS PEKQILIEPV FAQWTQAFHG KALYG INSL LSNPDSVAST AWPNYGNVWL SGWLEAVNNG ANSLFLTIGP GDLLVHHAIA LGLHVTTLIL VKGALDARGS KLMPDK KDF GYSFPCDGPG RGGTCDISAW DAFYLATFWM LNTLGWVTFY WHWKHLSVWS GNVAQFNESS TYLMGWFRDY LWANSAQ LI NGYSPAGTNS LAVWAWMFLF GHLAWAVSFM FLITWRGYWQ ELIETLMWAH ENTPLSFGYP KDKPVALSIV QARLVGLT H FTVGYIATYG AFLIASTSSR FP

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 8.782184 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPLDVLEMVP WDGCKAGSIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 15.7238 KDa
配列文字列:
MAETLTGKTP VFGGSTGGLL TRAAVEEKYA ITWTSTKQQV FEMPTGGAAI MHEGENLLYL ARKEQCLALG TQLRSKFKPK IEDYKIYRI YPNGETQYVH PADGVFPEKV NEGREYNGKI DRNIGANPDP ATVKFSGKAP YEV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 7.907028 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWYRD IGTVATVDQS GIRYPAIVRF DKVNYYGISS NNFALSELEE VEPPKKKK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 7.136356 KDa
配列文字列:
MADMTQLTGA YAAPWLPWIM IPLIFYILPF PIFAIIFLWI EREGNGVNDM GGEPMKSDGN YPV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 9.726539 KDa
配列文字列:
MFGFGIAGFN GGLLAQASPQ TAEWSLSIAV IMVVCNLFVL AIGKYAIQRP GAGPELPVQL PMLFAGFGLP ELLATASLGH ILGAGMILG LGNAGLL

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 20.191928 KDa
配列文字列: MTNTETSTWV DAYDQKDIIQ PYRGNPELGN LATPVNSSNL VKTYINNLPA YRPGLTPFLR GLEIGMAHGY FLVGPEVVVG PLRETAHGA NLSGLITAIY ITVSACLGIS IFALATFQGD PRGAYNSNSP DRLRPLRSKD GWFQLSGGIL LGSMGGAIFA Y VLLENFGD ...文字列:
MTNTETSTWV DAYDQKDIIQ PYRGNPELGN LATPVNSSNL VKTYINNLPA YRPGLTPFLR GLEIGMAHGY FLVGPEVVVG PLRETAHGA NLSGLITAIY ITVSACLGIS IFALATFQGD PRGAYNSNSP DRLRPLRSKD GWFQLSGGIL LGSMGGAIFA Y VLLENFGD LDAILRGAVN VSQWLGGGVM G

UniProtKB: PSI subunit V

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア)
分子量理論値: 3.440141 KDa
配列文字列:
MTLSETQVFV ALVIALVPAI LAFRLSTELY K

+
分子 #10: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #11: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 246 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #12: Chlorophyll F

分子名称: Chlorophyll F / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 21 / 式: F6C
分子量理論値: 905.457 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-F6C:
Chlorophyll F / Chlorophyll f

+
分子 #13: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #15: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 51 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #16: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #17: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 3 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 3 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #19: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 15 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #20: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #21: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 636 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.071 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 構成要素:
濃度名称
20.0 mMMES-NaOH
0.04 %DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 311993
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jb0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6kmx:
Structure of PSI from H. hongdechloris grown under far-red light condition

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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