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- EMDB-0589: Cryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Map classified... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0589
タイトルCryo-EM structure of the human TFIIH core complex: Map classified for presence of the p62 BSD2 domain.
マップデータMap classified for presence of the p62 BSD2 domain.
試料
  • 複合体: Transcription factor IIH (TFIIH)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Greber BJ / Toso D / Fang J / Nogales E
資金援助 米国, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01-GM63072 米国
Swiss National Science FoundationP300PA_160983 スイス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesP01-GM063210 米国
Swiss National Science FoundationP300PA_174355 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The complete structure of the human TFIIH core complex.
著者: Basil J Greber / Daniel B Toso / Jie Fang / Eva Nogales /
要旨: Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is ...Transcription factor IIH (TFIIH) is a heterodecameric protein complex critical for transcription initiation by RNA polymerase II and nucleotide excision DNA repair. The TFIIH core complex is sufficient for its repair functions and harbors the XPB and XPD DNA-dependent ATPase/helicase subunits, which are affected by human disease mutations. Transcription initiation additionally requires the CdK activating kinase subcomplex. Previous structural work has provided only partial insight into the architecture of TFIIH and its interactions within transcription pre-initiation complexes. Here, we present the complete structure of the human TFIIH core complex, determined by phase-plate cryo-electron microscopy at 3.7 Å resolution. The structure uncovers the molecular basis of TFIIH assembly, revealing how the recruitment of XPB by p52 depends on a pseudo-symmetric dimer of homologous domains in these two proteins. The structure also suggests a function for p62 in the regulation of XPD, and allows the mapping of previously unresolved human disease mutations.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
登録2019年2月19日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map classified for presence of the p62 BSD2 domain.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.074499294 - 0.15476762
平均 (標準偏差)0.00024787447 (±0.0040356484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 294.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.151.151.15
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.400294.400294.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0740.1550.000

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添付データ

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ハーフマップ: Unfiltered half-map.

ファイルemd_0589_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map.

ファイルemd_0589_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Transcription factor IIH (TFIIH)

全体名称: Transcription factor IIH (TFIIH)
要素
  • 複合体: Transcription factor IIH (TFIIH)

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超分子 #1: Transcription factor IIH (TFIIH)

超分子名称: Transcription factor IIH (TFIIH) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 500 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.0049 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes-KOH
150.0 mMSodium chloride塩化ナトリウム
5.0 mMMagnesium chloride
0.015 %NP40 substitute
1.5 %Glycerolグリセリン
2.0 %Trehaloseトレハロース
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: A thin film of continuous carbon was floated onto Protochips C-flat CF-4/2 holey carbon grids and glow discharged or plasma cleaned before application of 4 uL of sample solution..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 43478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Residual beam tilt corrected in RELION 3.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 21437 / 平均露光時間: 8.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected as dose-fractionated movie frames (33 or 50 frames per exposure).
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
GctfCTF determination
RELION (ver. 3)CTF correction

詳細: CTF correction during 3D reconstruction in RELION 3.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3802

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 23000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
詳細: This map has been post-processed (sharpened, low-pass filtered) in RELION.
使用した粒子像数: 92200

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6nmi

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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