+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0566 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system with DotF fused to a superfolder GFP (aligning the OM-complex)分泌 | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system with DotF fused to a superfolder GFP (aligning the OM-complex).分泌 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Ghosal D / Jeong KC / Chang YW / Vogel JP / Jensen GJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019 タイトル: Molecular architecture, polar targeting and biogenesis of the Legionella Dot/Icm T4SS. 著者: Debnath Ghosal / Kwangcheol C Jeong / Yi-Wei Chang / Jacob Gyore / Lin Teng / Adam Gardner / Joseph P Vogel / Grant J Jensen / 要旨: Legionella pneumophila survives and replicates inside host cells by secreting ~300 effectors through the defective in organelle trafficking (Dot)/intracellular multiplication (Icm) type IVB secretion ...Legionella pneumophila survives and replicates inside host cells by secreting ~300 effectors through the defective in organelle trafficking (Dot)/intracellular multiplication (Icm) type IVB secretion system (T4BSS). Here, we used complementary electron cryotomography and immunofluorescence microscopy to investigate the molecular architecture and biogenesis of the Dot/Icm secretion apparatus. Electron cryotomography mapped the location of the core and accessory components of the Legionella core transmembrane subcomplex, revealing a well-ordered central channel that opens into a large, windowed secretion chamber with an unusual 13-fold symmetry. Immunofluorescence microscopy deciphered an early-stage assembly process that begins with the targeting of Dot/Icm components to the bacterial poles. Polar targeting of this T4BSS is mediated by two Dot/Icm proteins, DotU and IcmF, that, interestingly, are homologues of the T6SS membrane complex components TssL and TssM, suggesting that the Dot/Icm T4BSS is a hybrid system. Together, these results revealed that the Dot/Icm complex assembles in an 'axial-to-peripheral' pattern. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0566.map.gz | 3.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0566-v30.xml emd-0566.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0566.png | 69.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0566 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0566 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system with DotF fused to a superfolder GFP (aligning the OM-complex). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV...
全体 | 名称: Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system with DotF fused to a superfolder GFP (aligning the OM-complex).分泌 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV...
超分子 | 名称: Subtomogram average of the Legionella pneumophila Dot/Icm type IV secretion system with DotF fused to a superfolder GFP (aligning the OM-complex). タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: We used electron cryotomography and subtomogram averaging to visualize L. pneumophila Dot/Icm (DotF-GFP fusion) complex directly in intact, frozen-hydrated bacterial cells |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Lp02 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.9 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 75 / 使用した粒子像数: 254 / ソフトウェア - 名称: PEET |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 254 |